R/RStudio 設定編
- 【RStudio】RとRStudioのインストール
- 【RStudio】テーマを変更
- 【RStudio】デフォルトの作業ディレクトリを変更
- 【Rの設定】基本言語を変更
- 【RStuido】パッケージをアップデート
- 【RStudio】ショートカットキー
- 【RStudio】environment内のオブジェクトを一掃する
- 【RStudio】Console内のオブジェクトを一掃する
- 【RStudio】任意の単語etc.を全選択（VSCodeの Ctrl+L, Ctrl+Dの代わりになるショートカットキーは？）
- 【RStudio】シンタックスハイライトを維持した状態でコードをメール本文に貼り付ける方法
- 【RStudio】RStudio Cloud を使う
- 【RStudio Server】Ubuntuで RStudio Server の構築
- 【RStudio Server】Docker でRStudio Server を構築
- Visual Studio Code で Rの実行環境を整える
- Git／GitHubの環境構築
- 【RStudio】RStudio を Git と連携
- 【RStudio】RStudio を GitHub と連携
- 【RStudio】RStudioで作成したスクリプトを「Commit」→ GitHubに「Push」
- 【RStudio】GitHubのリポジトリからRStudioに「Pull」
- 【RStudio】GitHubのブランチ（Branch）を作って作業する
- 【RStudio】RStudio に GitHub Copilot と ChatGPT を取り込む
R基本編
- 【Rベーシック】データ構造とデータ型
- 【Rベーシック】演算子
- 【Rベーシック】パイプ演算子：%>%
- 【Rベーシック】パイプ演算子：|>
- 【Rベーシック】ベクトル (Vector) を作る
- 【Rベーシック】行列 (Matrix) を作る
- 【Rベーシック】リスト (List) を作る
- 【Rベーシック】リスト（List）をベクトル（Vector）に変換：unlist
- 【Rベーシック】データフレーム (Data Frame) を作る
- 【Rベーシック】データのインポート
- 【Rベーシック】[ ] (square brackets) を使って各要素にアクセスする
- 【Rベーシック】"While" ループ (The "While" loop)
- 【Rベーシック】"For" ループ (The "For" loop)
- 【Rベーシック】空ベクトル etc. を作る
- 【Rベーシック】"If" 構文 (The "If" statement)
- 【Rベーシック】ベクトル化 (vectorized operations) の強みを活かす
- 【Rベーシック】Function
- 【Rベーシック】パッケージ
- 正規表現とメタ文字の覚え書き
- Rで使う正規表現と、正規表現を使える関数の色々
Rマークダウン
- 【RMarkdown】R Markdown の使い方色々
- 【RMarkdown】チャンクオプションの色々
- 【RMarkdown】cache オプションと無効化の方法
- 【R Markdown】コードを隠す
- 【RMarkdown】現在の日時を記入：Sys.Date(), Sys.time()
- 【RMarkdown】アウトラインの表示
- 【RMarkdown】ビジュアルモードで記述
- 【R Markdown】Figureサイズの設定方法
- 【R Markdown】エラーが起こっても中止しない方法
- 【RMarkdown】レンダリングできないとき
- 【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
- 【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
- 【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
- 【RMarkdown】外部スクリプト等をチャンク内で読み込む
- 【R Markdown】レポート・論文を書く
Rでデータ整理
データのインポートとエクスポート
データ型シリーズ
- 【Rベーシック】データ構造とデータ型
- 【Rデータ整理】tidy data に変換する
- 【Rデータ整理】factor と numeric の変換
- 【Rデータ整理】列名とデータ型の変換
- 【Rデータ整理】スコア “1+, 2+…” を数値 “1, 2…” に変換し、データ型を数値型に変更
- 【Rデータ整理】factor 内の順序を決める
欠損値シリーズ
- 【Rデータ整理】NA とは？
- 【Rデータ整理】NAを無視して計算する
- 【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い①：欠損値／欠損値以外のデータの抽出方法
- 【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い②：欠損値を含むレコードを削除する
- 【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い③：他のデータから予測し補完する
- 【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い④：群の中央値で補完する
- 【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い⑤：他のデータ値から計算で求める
データ整理いろいろ
- 【Rデータ整理】データフレームの最初の数行、ディメンジョン、構造を確認する：head／dim／str
- 【Rデータ整理】データの中身（構造）を確認する：str
- 【Rデータ整理】データフレームの結合：join
- 【Rデータ整理】データフレームの行名と列名を変更：rownames／rename／colnames
- 【Rデータ整理】データフレームの行と列を入れ替える：t／as.data.frame
- 【Rデータ整理】１行目を列名に変更する：colnames
- 【Rデータ整理】１列目を行名に指定する：rownames
- 【Rデータ整理】rownames()の使い方いろいろ
- 【Rデータ整理】行や列の抽出：subset
- 【Rデータ整理】行の抽出：[ ]を使う
- 【Rデータ整理】行の抽出：filter
- 【Rデータ整理】行の抽出：grep ✕正規表現
- 【Rデータ整理】行の順序を並び替える：arrange／order／sort
- 【Rデータ整理】列の抽出：[ ]を使う
- 【Rデータ整理】列の抽出／削除／並び替え：select
- 【Rデータ整理】列の順序を並び替える：select
- 【Rデータ整理】列の追加：mutate
- 【Rデータ整理】文字列の追加：mutate／transform
- 【Rデータ整理】文字を切り出して新しい列を追加する：mutate／substr／str_sub
- 【Rデータ整理】2つの要素をまとめて、新しい列に追加する：fct_collapse
- 【Rデータ整理】重複する列を削除：distinct
文字列の操作
- R標準パッケージ（base）とstringrパッケージの比較
- R標準パッケージ（base）とstringrパッケージはどちらが速いのか？
- Rで使う正規表現と、正規表現を使える関数の色々
- 【Rデータ整理】フォーマットを変更する：str_to_upper／ str_to_lower／str_to_title／str_to_sentence
- 【Rデータ整理】文字列の長さを数える：str_length／nchar
- 【Rデータ整理】文字列の抽出や置換：str_sub／substr
- 【Rデータ整理】文字列の結合：str_c／paste／paste0
- 【Rデータ整理】文字列の中に数式を入れたい場合：paste／str_c
- 【Rデータ整理】文字列vector要素を繋げて1つの文字列にする：str_flatten／paste0
- 【Rデータ整理】文字列を繰り返し複製する：str_dup／strrep
正規表現が使える関数
- 【Rデータ整理】パターンが含まれているかどうかを確認する：str_detect／grepl
- 【Rデータ整理】文字列のマッチする箇所の数を返す：str_count
- 【Rデータ整理】文字列や数値の抽出：str_extract／str_extract_all／readr::parse_number
- 【Rデータ整理】文字の置換：gsub／sub／str_replacement／str_replacement_all
- 【Rデータ整理】文字列の分割：str_split／strsplit
- 【Rデータ整理】パターンに一致する部分の位置を返す：str_locate／str_locate_all
計算系
- 【Rデータ整理】ちょっとした集計
- 【Rデータ整理】クロス集計表
- 【Rデータ整理】行方向の平均値を出して任意の列に適応
- 【Rデータ整理】小数点以下を0.00とかに揃えたい場合
- 【Rデータ整理】特定の条件を満たす行数をカウント
- 【Rデータ整理】apply()
- 【Rデータ整理】tapply()
- 【Rデータ整理】lapply()
- 【Rデータ整理】sapply()
- 【Rデータ整理】vapply()
- 【Rデータ整理】mapply()
Rで作表
- 【Rで作表】{knitr}パッケージのkable()と{kableExtra}パッケージの組み合わせ
- 【Rで作表】{gr}パッケージ
- 【Rで作表】tableoneで全てのカテゴリを表示する
- 【Rで作表】flextableで計算結果を表にする
Rで作図
- 【Rで作図】ggplot（gglot2）の基本概念
- 【Rで作図】ヒストグラム
- 【Rで作図】棒グラフ
- 【Rで作図】積み上げグラフ
- 【Rで作図】箱ひげ図 (Box plot)
- 【Rで作図】バイオリン・プロット（Violin plot）
- 【Rで作図】複数の折れ線グラフとスタンダードカーブ
- 【Rで作図】x軸の順番を変更
- 【Rで作図】x軸を斜めにする
- 【Rで作図】Y軸タイトルを2列にする
- 【Rで作図】軸を切断して途中を省略し、軸幅の割合を変える
- 【Rで作図】エラーバーを追加する
- 【Rで作図】グラフタイトル、x軸、y軸、レジェンドタイトルを変更する
- 【Rで作図】レジェンドを消す
- 【Rで作図】レジェンドのタイトルを消す
- 【Rで作図】特定のグループ毎に固めて表示する
- 【Rで作図】facetのタイトルのフォントサイズを変更
- 【Rで作図】棒グラフにプロットを重ねる
- 【Rで作図】グループ内でサブブループによってプロットの形と色を変える
- 【Rで作図】有意差マーク（P値）をつける
- 【Rで作図】グラフの背景を変更する
- 【Rで作図】facet毎に色を変える
- 【Rで作図】複数グループのグラフの順番を並べ替える
- 【Rで作図】EPSファイルやsvgファイルで出力
Rで統計
分布シリーズ
- 【Rで統計】正規分布、標準正規分布と、rnorm, dnorm, pnorm, qnorm
- 【Rで統計】カイ二乗分布
- 【Rで統計】t分布
- 【Rで統計】F分布
- 【Rで統計】ポワソン分布、二項分布
検定シリーズ
- 【Rで統計】オッズ比、P値、信頼区間
- 【Rで統計】カイ二乗検定
- 【Rで統計】フィッシャーの正確率検定
- 【Rで統計】正規分布の検定（シャピロ・ウィルク検定, Shapiro–Wilk test）
- 【Rで統計】Rank 関数を使って非正規分布のデータを解析する
- 【Rで統計】F検定とｔ検定
- 【Rで統計】3群以上の等分散の検定（バートレット検定, Bartlett test）
- 【Rで統計】Wilcoxonの順位和検定 (Mann-WhitneyのU検定)
- 【Rで統計】3群以上のノンパラメトリック検定（クラスカル・ウォリス検定, Kruskal. Wallis test）
- 【Rで統計】McNemar検定
分散分析と多重比較シリーズ
- 【Rで統計】1元配置分散分析（One-way factorial ANOVA）
- 【Rで統計】1元反復分散分析（One-way measured ANOVA）
- 【Rで統計】2元配置分散分析（Two-way factorial ANOVA）
- 【Rで統計】2元反復分散分析（Two-way factorial ANOVA）
- 【Rで統計】多重比較
回帰分析シリーズ
- 【Rで統計】単回帰分析
- 【Rで統計】非線形回帰分析
- 【Rで統計】ロジスティック回帰分析
- 【Rで統計】順序ロジスティック回帰分析
- 【Rで統計】回帰分析で参照グループを指定する
- 【Rで統計】重回帰分析
- 【Rで統計】共分散分析：ANCOVA
Rトラブルシュート
- 【Rトラブルシュート】パッケージをインストールできないとき
- 【Rトラブルシュート】パッケージを読み込めないないとき
- 【Rトラブルシュート】caret がインストールできなかった件
- 【Rトラブルシュート】’rlang’ does not have a namespace
- 【Rトラブルシュート】glm 関数でのエラー：Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in ‘y’))
- 【Rトラブルシュート】unused argument
- 【Rトラブルシュート】”R code execution error”
- 【Rトラブルシュート】Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names
- 【Rトラブルシュート】longer object length is not a multiple of shorter object length
- 【Rトラブルシュート】number of items to replace is not a multiple of replacement length
- 【Rトラブルシュート】invalid factor level, NA generated
- 【Rトラブルシュート】Error: attempt to use zero-length variable name
- 【Rトラブルシュート】Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘○○’
- 【Rトラブルシュート】Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection
- 【Rトラブルシュート】’list’ object cannot be coerced to type ‘double’
- 【Rトラブルシュート】the condition has length > 1 and only the first element will be used
- 【Rトラブルシュート】Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer
- 【Rトラブルシュート】 attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions
- 【Rトラブルシュート】package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace と Error in app$vspace(new_style$`margin-top` %||% 0) : attempt to apply non-function
- 【Rトラブルシュート】Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ℹ Please use `linewidth` instead.
- 【Rトラブルシュート】Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : invalid multibyte string at ‘83>|81>[‘
- 【Rトラブルシュート】Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(j - i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): namespace ‘cli’ 3.3.0 is already loaded, but >= 3.6.1 is required
- 【Rトラブルシュート】undefined columns selected
- 【Rトラブルシュート】ggplot2 で “scale_fill_manual” が効かないとき
- 【R Markdownトラブルシュート】レンダリングできないとき（openBinaryFile: invalid argument）
- 【R Markdownトラブルシュート】Run All Chunks Above が使えなくなった件
- 【R Markdownトラブルシュート】openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument)
- 【R Markdownトラブルシュート】openBinaryFile: permission denied (Permission denied)
- 【R Markdownトラブルシュート】csvで書き出すとき遭遇したトラブル
- 【R Markdownトラブルシュート】Knitエラー：the execution halted because of the Error in match.fun(FUN) object 'spaces' not found
- 【R Markdownトラブルシュート】Error: pandoc document conversion failed with error 1
- 【RMarkdownトラブルシュート】Error: Functions that produce HTML output found in document targeting docx output.
- 【R Markdownトラブルシュート】Error in parse_block(g[-1], g[1], params.src, markdown_mode)
- 【RMarkdownトラブルシュート】knit error: bkm [reaction mix] should only contain alphanumeric characters, ":", "-" and "_".
