ViolinPlot-eyecatch

データをグラフにするとき、

「これのデータは バイオリン プロット で表すのが最適。」

と思う時があります。

今回は、それを R で作るときの備忘録。

ggplot2 のインストール

ggplot2 は、“The Grammer of Graphics” という体系に基づいて設計されたパッケージ。

Hadley Wickham氏が作成。

ggplot2の文法

グラフ = 座標 (ggplot) + グラフの種類 (geom_**) + グラフの修飾

インストールは、コンソールに下記をタイプすればOK。

> install.packages("ggplot2")

インストールがうまくいかないときは、下記が参考になるかも。

インストール後、ggplot2のライブラリを読み込む。

> library(ggplot2)

グラフ用のデータを作成

1. エクセルでデータを作成。

今回のエレメントは、"FN", "Dx", "Region" の3要素)。

ViolinPlot1

2. 保存形式を .csv にして、R の directoryがある場所に保存する(私の場合は、Dドライブ > R > directory)。

ViolinPlot2

3. 作業ディレクトリの場所は、

> getwd()

で確認できる。

ViolinPlot3

データを取り込む

1. コンソールに下記入力してデータを取り込む。

> data=read.csv("ファイル名.csv", header=TRUE)

1行目はヘッダー。

※ エクセル上のある部分だけコピーして取り込む方法も便利。

方法:

1. エクセル上の解析したい部分を選択してコピー。

2. Rのコンソールに下記入力で取り込み。

> data=read.table("clipboard", header=TRUE)

2. ちゃんと取り込めているか、最初の6行を確認する。

> head(data)
ViolinPlot4

3. dimension と stringer も確認(ちゃんと3要素になっているかとか)。

> dim(data)
> str(data)
ViolinPlot5

バイオリンプロット作成

2.基本コードを入力

> p<-ggplot(data,aes(x=Region,y=FN))+geom_violin()
ViolinPlot6

x軸の順番を変更

上記だと、x軸の順番が昇順になっているので、これを任意の順番に変更。

> p<-p+scale_x_discrete(limit=c('LBD-LATE','AD-LATE'))
> p

ViolinPlot7

平均化の度合いを大きく

4. 凹凸をもうちょっと滑らかにしたい場合。

> p+geom_violin(adjust=2)
ViolinPlot8

各バーの横幅を調節

> p+geom_violin(width=1.5)
ViolinPlot9

横幅と滑らかさを同時に調節する場合は "," でつなぐ。

> p+geom_violin(width=5, adjust=5)
ViolinPlot10

背景を変更

背景をなしにしたい場合は、

> p<-p + theme_classic()
ViolinPlot11

ドットプロットの重ね合わせ

それぞれの値をドットで重ねたいときは、

> p<-p + geom_jitter(shape=16, position=position_jitter(0.02))
ViolinPlot12

jitter(0.02)の部分に任意の数字を入れて、ばらつきの度合いを変更する。

Shapeは16種類。

ggpubr::show_point_shapes()

で確認できる。

ViolinPlot13

各バーの色を変更

それぞれ指定したい場合

p+scale_fill_manual(values=c("#999999", "#E69F00"))

カラーコードは下記参照

パッケージを利用する場合

カラーパッケージのインストール

install.packages("RColorBrewer")

ディスプレイで見てみる

library("RColorBrewer")
display.brewer.all()
ViolinPlot14

References

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