【QuPath】Thresholdで二値化して陽性部分の面積を求める
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例えば、このマウスのIHC画像。 海馬と皮質の部分をそれぞれannotationして、二値化してDAB染色陽性部分の面積を測定したい。 アノテーションを作成する まずは、計測したいエリアを選択して、アノテーションを作成す […]
「QuPath / HALO」の記事一覧
【QuPath】複数の画像を並べて表示
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右側のパネルに、画像を複数並べて表示したい場合、 「View」→「Multi-view」→「Wet grid size」を選択すると、色々選択肢が出てくる。 1ｘ1 1ｘ2（横並び） 2ｘ1（縦並び） 2ｘ2 3ｘ3 A […]
【QuPath】スキャナ画像を取り込んで観察する
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QuPath でスキャナイメージを観察する方法 (基本)。 スキャナ画像のインポート 画面左側にある "Create project" をクリックすると、 フォルダーの作成が要求される。 プロジェクトを作成したい場所に新 […]
【QuPath】QuPathのインストール
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以前まではHaloでスキャナ画像の解析をしていたけど、 異動先のラボではHaloを導入していなかった……とゆーことで、フリーソフトのQuPathを使う事に。 せっかくなので、方法等を随時書き留めていく事に。 […]
【HALO】バーチャルスライド解析の備忘録
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こちらのラボではスライドスキャナーがあるので、スキャナーでスライドを取り込んでバーチャルスライドとして全体の解析が可能です。 私は今まで画像解析はImage Jで行っていたのですが、画像が大きすぎてImage Jは使えな […]