【QuPath】Thresholdで二値化して陽性部分の面積を求める
例えば、このマウスのIHC画像。 海馬と皮質の部分をそれぞれannotationして、二値化してDAB染色陽性部分の面積を測定したい。 アノテーションを作成する まずは、計測したいエリアを選択して、アノテーションを作成する。 左タブから「Annotations」タブを選択。 アノテーション作成によく使うのは、赤枠で囲った「Brush」ツールと「Wand」ツール。 まずはWandツールを使って、輝度 […]
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QuPath / HALO
【QuPath】複数の画像を並べて表示
右側のパネルに、画像を複数並べて表示したい場合、 「View」→「Multi-view」→「Wet grid size」を選択すると、色々選択肢が出てくる。 1ｘ1 1ｘ2（横並び） 2ｘ1（縦並び） 2ｘ2 3ｘ3 Add row：行を追加 Add column：列を追加 Remove row：行を削除 Remove column：列を削除 Reset viewer sizes：設定をリセット […]
【QuPath】スキャナ画像を取り込んで観察する
QuPath でスキャナイメージを観察する方法 (基本)。 スキャナ画像のインポート 画面左側にある “Create project” をクリックすると、 フォルダーの作成が要求される。 プロジェクトを作成したい場所に新規フォルダを作成し、名前をつける。 プロジェクトフォルダができると、そこに、撮影済みのスキャナ画像の構成済みファイルをドラッグ＆ドロップで入れ込む。 (再構 […]
【QuPath】QuPathのインストール
以前まではHaloでスキャナ画像の解析をしていたけど、 異動先のラボではHaloを導入していなかった……とゆーことで、フリーソフトのQuPathを使う事に。 せっかくなので、方法等を随時書き留めていく事に。 QuPathのダウンロードとインストール まずは QuPath のインストール。 下記サイトからダウンロードする。 私は Windows を使用しているので、Windows のサ […]
【HALO】バーチャルスライド解析の備忘録
こちらのラボではスライドスキャナーがあるので、スキャナーでスライドを取り込んでバーチャルスライドとして全体の解析が可能です。 私は今まで画像解析はImage Jで行っていたのですが、画像が大きすぎてImage Jは使えないと言われました。 Fijiで開いてみたら、開くことができたので、「できるじゃん」と一瞬思ったけれど、ものすごく粗い画像がでてきました。 サイトで確認すると、やっぱりmrxsファイ […]