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あるデータで線形混合モデルを使っていたときの話。

R の場合、参照グループは一番最初に分類されているグループと決められています。

例えば、

Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE(-)", "LBD-LATE(+)", "AD-LATE(-)", "AD-LATE(+)", "LBDAD-LATE(-)", "LBDAD-LATE(+)"))

と論理型のレベルを指定すると、最初のグループである "LBD-LATE(-)" を参照グループとして計算する事になります。

r-reference-1

 

これを、「グループの並びを変える事なく、参照グループを自在に指定したい」と思って調べたら、下記に答えが。

 

それによると、

データフレーム$列 <- relevel(データフレーム$列, ref="参照グループ" )

で可能のよう。

実際に上記方法で"LBDAD-LATE(+)"というグループを参照グループとして指定してみると、

Data1$Group <- relevel(Data1$Group, ref="LBDAD-LATE(+)" )
lmerTest::lmer(rank(MMSETotal, ties.method="average", na.last="keep" )~Group*MMSEtoDeath + GlobalAgeOnset + Education + (1|INDDID), Data1)

期待どおりの結果が得られました♪

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