【ImageJ/Fiji】色を変更
例えば2重染色と核染色の3つの画像を撮影したlifファイルをFijiで開いたとき、各stack画像は全部青に疑似カラーされている。 これだとイメージが湧きにくいので、Color1の色を緑、Color2の色を赤に変更してみる。 各Stackイメージの疑似色を変更 Color1を緑にしてみる。 2枚目のStack画像（Color1画像）を選択した状態で、Image -> Lookup Table […]
CATEGORY
ImageJ / Fiji
【ImageJ/Fiji】マージして作製したTIFF画像を、目的のカラーで見えるようにする
Fijiで作製したmerge画像をTiffで保存した場合、viewerなどで見ると疑似カラー等が消え、各チャネルがstack画像として保存される。 このままだと目的のmerge画像には見えないので、これはこれで保存しておき、別に目的の色に見えるような画像形式で保存している。 方法はいくつかある。 JPEGにするのも一つの方法だけど、私はRBGカラーでTIFF保存にしている。 目的のカ […]
【ImageJ/Fiji】イメージサイズ（解像度）を変更
コントラストの変更、切り抜きを行った後に、イメージサイズを変更する。 イメージサイズの変更 スタート時点でのイメージサイズは、200 px ✕ 200 px。 これをサイズダウンしてみる。 Image > Adjust > Size 目的のイメージサイズになるように、Width (px) と Height (px) を設定する。 今回は、300 dpi で 0.5 inch の大きさに […]
【ImageJ/Fiji】画像の切り抜き
前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する（今回は、縦と横のアスペクト比が１：１になるように。） 画像の切り取り 選択できたら、Image > Crop (Ctrl + Shift + X) で切り取り。 切り取られた画像は、35. […]
【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更
Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。 （論文ではMethodsに記載する必要がある。） 画像の取り込みと確認 生データをFijiで取り込む 顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。 （今回は、cziファイル。撮影は16bitで撮影し、16bitのまま編集、最後にRGBに置換してtifで保存する。） 最初のディスプレイは何もチェックせず、”OK” […]
【ImageJ/Fiji】ホワイトバランスをとる方法
顕微鏡写真を撮影するときに、予めホワイトバランスをとることは基本ですが、 中には後から見直して、 「あれ？ホワイトバランスとったつもりだったけど……なんか変。」 となる事も…… 私の場合、今まで使い慣れていた顕微鏡だったら問題ないですが、 最近使用した czi ファイルを Fiji で開くと 「なんか彩度がおかしい……」 という事がありました。 photoshop だっ […]
【ImageJ/Fiji】マクロ作成
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Macroの作成 Plugins→Macros→Recordを選択し、その状態で上記プログラムを実行していく。 Recorderの中のCreateを押す。 ijm画面が出てくるので、必要があれば編集し、File→Save asを選択する。 ファイル名.txtで、app→Plugins→ […]
【ImageJ/Fiji】Colocalization算出（Striatum, spine markers）
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Colocalization Assay 1. Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。 2. Rectangleで、vesselsやStriosomesをよけるように選択し、 Image → Crop → Save as → T […]
【ImageJ/Fiji】Striatum の Spine density のカウント
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Spine DensityのCount（cell countにも使える） Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。Color mode : Grayscaleにし、Split channelsの☑を外しておく。 Rectangleで、v […]
【ImageJ/Fiji】StriatumのSpineのIntensityの求め方
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Intensityの求め方 Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。Color mode : GrayscaleにしSplit channelsの☑を外しておく。 Rectangleで、vesselsやStriosomesをよけるように […]
【ImageJ/Fiji】Representative image作成
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Representative Imageの作り方 1. Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。 Split channelsに☑をいれておく。 2. Image → Color → Merge Channels 3. 見せたい色のとこ […]
【ImageJ/Fiji】スケールバーを表示
ImageJ/Fijiでスケールバーを表示する方法。 ……高性能の顕微鏡で撮影した画像には、たいていスケールの情報が入っているので、まずはそちらから。 スケール情報を表示 通常の場合 Fijiで画像を開く> Analyze > Tools > Scale bar… スケールバーの表示方法を設定（長さ、太さ、色、フォントetc.） Width in µm: 横方向のバ […]