愛犬の死の連絡を受けて
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私の実家では、小さな頃から何かしらのペットを飼っていました。 金魚、亀、文鳥ファミリー、ハムスター、犬2匹、猫2匹……。 みんな人間よりも短命なので、子供の頃から、彼らが天寿を全うしたり、突然命が絶たれたりするのを見てき […]
【R Markdown】ビジュアルモードで記述
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RMarkdownで記述→knit→記述→knit...という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 […]
黒質ドパミン神経細胞の中でも、パーキンソン病で特にやられやすいサブタイプ
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パーキンソン病（Parkinson's disease, PD）は、黒質緻密部（substantia nigra pars compacta, SNc）のドパミン（DA）神経細胞が障害され、それに伴って振戦・固縮・動作緩 […]
【Word】辞書機能を賢く利用する
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他の人の原稿を添削する時によく気になるのが、「スペルチェック」のnotificationを無視している事。 例えば以下のような原稿。 "amylacea" という単語の下に赤の波線が引かれていて、「スペルミスじゃないで […]
ラボを出ていく同僚にアドバイスを求めてみました
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先日、ラボの一人が製薬会社にポストを得て異動する事が決まりました。 彼はアメリカ人なのですが、なんというか、典型的な "デキる" タイプの方のアメリカ人だったので、 建設的な話し方や人々への配慮の仕方など、私はこっそり参 […]
【Rで統計】一元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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統計について何もわからないまま研究を始めた頃、最初に覚えた合言葉：パラメトリックで２群比較はｔ検定、３群以上の比較は分散分析（Analysis of variance, ANOVA）。 ・ ・ ・ &nbs […]
TDP-43のC末断片はゲル状の細胞内封入体を作る
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先日、TDP-43の凝集体はアミロイドフィブリル状の構造をしておらず、もっとグチャッとしている……のような内容の論文 [1] について考察しましたが、 それに関連して……今回は、TDP-43のC末断片（TDP-25）凝集 […]
【Illustrator】Dot-density map を作成し、Heatmap と重ねる
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先日、ハーフトーンでスケールを作る方法を書き留めたばかりだけど、 私の持っている heatmap アプリがハーフトーンのスケールを認識しなかった（まあ、あたり前かもだけど……）。 で、結局グレースケールで一度ヒートマップ […]
世にも恐ろしい観覧車
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少し前に "Six Flags" というテーマパークに遊びに行った時の話。 絶叫系アトラクションをはしごした後、私達は観覧車でひとブレイク入れることにしました。 遠くに見える観覧車を目指して歩いていると、次 […]
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
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RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書を […]
α-シヌクレインのNAC領域の変異（E83Q）の解析
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α-シヌクレイン（α-synuclein, α-Syn）は、パーキンソン病（Parkinson's disease, PD）やレヴィ小体型認知症（dementia with Lewy bodies, DLB）の主要病理で […]
【Illustrator】ドッド模様（ハーフトーン）を作る
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Heatmapのテンプレート作成中。 ドット模様のスケールが必要になったので、その備忘録。 ドット模様（ハーフトーン）を作る グラディエントの図を作成 まずは、グラディエントの図形を作成する。 「M」（もしくは、ツールバ […]
日韓関係について韓国人と話してみた事
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ちょっと前の話になりますが、隣の席の韓国人の同僚が、祖国でポジションを得て、急遽帰国することになりました。 彼は私達夫婦と同じ脳神経内科医で、韓国で患者さんを診ながら臨床研究でたくさん業績を出していたのですが、 「一度は […]
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
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先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 […]
アルツハイマー病では、神経細胞の遺伝子がより多く変異している
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私達は、普段何気なく生活しているこの瞬間にも、どこかの体細胞の遺伝子が傷つき、損傷と自己修復を繰り返しています。 増殖抑止機能の部分の遺伝子修復が追いつかなかったりして、自己増殖能がイカれた細胞の一部はがん細胞として独り […]
【Illustrator】魔法の消しゴムツール
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まあ、言ってしまえばただの消しゴムなんだけど、あたかも鉛筆で書いた線を消しゴムで消すかのように消して、ベクターを再編成してくれるから、魔法みたいだなーと思う。 消しゴムツール 例えば下記のような線の余計な部分を消したい場 […]
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
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RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマ […]
ジワジワと進展してきたタウが下前頭回でAβと出会った時、新皮質への爆発的広がりの扉が開く
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私が研究を始めた頃、アミロイドβ（amyloid beta, Aβ）がアルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の根本的原因とする「アミロイド仮説」が全て、のような雰囲気がありました。 「Aβが溜 […]
【Illustrator】ライブペイントで色塗り
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Heatmapのテンプレづくりに欠かせないライブペイント。 私の使っているHeatmapアプリでは、アトラスの各領域をソフトに認識してもらうために、グレースケールで領域を指定したテンプレートを作っておく必要がある。 ライ […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い⑤：他のデータ値から計算で求める
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前回の続き。 下記データフレーム（Dat）で、"Expenses" の値を補完しようと思うけど、 17行目の "Expenses" は、両隣の "Revenue" と "Profit" から計算できる。 この場合は、 " […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い④：群の中央値で補完する
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NAの取り扱いシリーズ第４段。 今回は、他のデータから推測して補完する方法。 よく使われるのは、中央値（median）で補完する方法。 場合によっては平均値（mean）でもいいけど、中央値の方が外れ値の影響 […]
自作漫画……を読んでもらいたい
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長女（9歳）は、不定期に自分で絵本や漫画を作っており、 出来上がると、私達両親に見せに来ます。 いずれのお話も、長女の頭の中に浮かんだストーリーを浮かんだままに書かれている感じで、色々な意味で独創的です。 […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い③：他のデータから予測し補完する
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NAの取り扱いシリーズ第３段。 今回は、他のデータから予測できる場合にその情報を使って補完する方法。 他のデータを使って補完 例えば下記のようなデータフレームがあった場合、 "State" が<NA& […]
ナイアシン受容体のHCAR2がミクログリアを活性化し、ADに保護的に働く
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ビタミンB群が神経保護的に働く事は時々聞きますが、その中の1つであるナイアシンは、ビタミンB3に該当し、ニコチン酸（nicotinic acid）とニコチンアミド（nicotinamide）の総称になります。 ニコチン酸 […]
【Illustrator】オープンパスの連結
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Heatmapのテンプレ画像を作る為にイラレ作業中。 ちょこちょこ忘れている所があったので、備忘録。 オープンパスの連携 例えば下図真ん中のように、パスが離れている場合、 色塗りできないからくっつけたい。 こんな時は、離 […]
フィクションの世界に生きてみたい
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ある日、私が化粧台でお化粧をしていると、暇を持て余した長男（11歳）がやってきて、私の隣にあるトレーニングジムセットで懸垂を始めました。 鉄棒にぶら下がった状態で、彼は私に話しかけてきました。 長男 「 あ […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い②：欠損値を含むレコードを削除する
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NAの取り扱いシリーズ第２段。 今回は、NAがある行を取り除いて解析する方法。 NAのある行を抽出 まずは、解析したい列に欠損値がある行を抽出する方法。 Dat[!complete.cases(Dat)] で、例えば " […]
【Illustrator】検索と置換
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イラストレーター内で、文字を検索したり置換したりしたいとき。 wordみたいに Ctrl＋F／Ctrl+H はできないけど、ちゃんと検索・置換機能がある。 検索と置換 上にある「編集（Edit）」タブから、「検索と置換（ […]
眼鏡が飛んでいった件
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「春休みだから、どこかに遊びにいけるんでしょう！？」 という長女の言葉を受けて、週末に休みをとり、ニュージャージー州の Six Flags というアミューズメントパークに遊びに行きました。 大型のアトラクションのあるパー […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い方①：欠損値／欠損値以外のデータの抽出方法
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データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 データのインポートと欠損値（NA）の抽出、欠損値行を避けて抽出する方法 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄 […]
髄液中の可溶性TAM受容体（sAXLとsTyro3）はアルツハイマー病のバイオマーカーになり得るか
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神経炎症は、アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）を含む多くの神経変性疾患で認める初見で、病態との関連も多く報告されています。 炎症を語る上で外せない細胞の１つがミクログリアですが、そのミクロ […]
イースター 2022
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今年の Easter（復活祭）は、4月17日。 地域でもイースターのお祭りの為に色々なイベントが企画されています。 私達がお世話になっている教会では、ここ2年ほどCOVID-19のパンデミックでお祭りが中止 […]
【Illustrator】丸（○）のオブジェクトを四角（□）に変換 etc.
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同僚からの依頼。 下グラフのDLB2の黄緑の○を、上のDLB1と同じ深緑色に変えて、形を○から□に変更したい、という内容。 途中まではさくっとできたけど、○ → □ って、どうすればいいかなーと迷ったので、 […]
