神経活動が抗体を呼び、C1q依存性シナプス喪失を引き起こす
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease：AD）では、病初期から海馬などの一部の神経回路に過剰な活動がみられます。また、ADを含むさまざまな神経変性疾患では、古典的補体経路の開始因子であるC1qが脆弱なシナプスに沈着し、シナプス喪失に関与することが報告されています。 発達期の脳では、過剰に形成されたシナプスが神経活動に応じて除去され、成熟した神経回路が形成されます。特に発達期の視覚 […]
新着記事一覧
【GitHub】commit & push（RStudio Terminal / Git Bash）
RStudio の Terminal から GitHub にコードを反映する方法の覚書。 もちろん、Git Bash でも使える。 RStudio の反応が悪い時には、Git Bash から送信したほうが早い場合も多い。 今回は、研究コード管理で頻用する commit → push（Terminal編） をまとめておく。 GitHubに変更を反映する（commit & push）の基本 […]
【RStudio】作成済みの GitHub リポジトリを URL 経由で RStudio に Clone する
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 今回は、GitHub に作成していたリポジトリを RStudio に Clone する方法。 作成済みの GitHub リポジトリを RStudio に Clone する GitHub リポジトリの URL をコピーする GitHubに移動し、左上のGitHubのアイコンをクリック。 任意のリポジトリを選択。 リポジトリ画面に […]
【RStudio】RStudio のプロジェクトを URL 経由でGitHub と連携
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回、RStudioとGitとの連携まで行った。 今回は、RStudioとGitHubとの連携まで。今回はURLを使う方法（SSHより簡便。） 事前準備 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作成 RStudioとGitとの連携 方法は下記参照。 […]
【GitHub】リポジトリを作成
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 GitHubでリポジトリ（Repository）を作成 GitHubのアカウントへ移動し、Dashboardの左上にある「New」ボタンをクリック。 Repository nameをつける（今回は”test”） PublicかPrivateを選択。 Publicにすると全世界に公開される。Private […]
親は片方の子どもを贔屓（ひいき）しやすい
親としては、自分たちの子どもを分け隔てなく育てたいもの。 けれども、実際には、片方の子どもを贔屓してしまう……ということは、よく起こっているようです。 今回、アメリカ・Brigham Young大学（BYU）のDr. JensenとDr. Jorgensen-Wellsは、この問題について、メタ分析を行いました。 親は片方の子どもを贔屓しやすい 彼らは、これまで報告された論文のデータを基にマルチレ […]
サイトメガロウイルス感染ーCD38+ミクログリアーアルツハイマー病の関係
ウイルス感染とアルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) との関係は、これまでにも多くの報告があります [1, 2, 3] 。 ミクログリアは脳内の免疫細胞として日々働いているわけですが、ウイルス感染、特にサイトメガロウイルス（human cytomegalovirus, HCMV）感染では、特徴的な変化が起こっているようです。 今回、アメリカ・ASU-Ban […]
寂しい人は、病気になりやすい
「社会的に活動的な人は、健康で長生きする」という研究結果は、これまでにも多く報告されています [1, 2] 。 逆に言うと、「社会的に孤立している人は、病気になりやすい」という事にもなるわけで……。 今回、中国・Fudan大学の研究グループは、UKバイオバンクに登録されている血清データを元に、「社会的孤立や孤独が、疾病や死亡率に与える影響」について、生化学的に検証しました [3] 。 […]
神経活動を駆動力に、ミトコンドリアDNAが記憶を守る
加齢により、私達の記憶力は低下しますが、同時にミトコンドリアの機能も低下しています。 けれども、この2つの現象、実はつながっている可能性があったようです。 今回、中国・浙江大学（Zhejiang University School of Medicine）のDr. Maらの研究グループは、神経活動がミトコンドリアDNAの転写を促進し、記憶を改善することを発見しました [1]。 今回の発見 興奮‐転 […]
脳の老化に関与するキープレイヤー達
今年最初の一人抄読会は、今、私が最も気になっているテーマの一つ、細胞老化のお話から。 生物の加齢に伴い、脳内の細胞も老化していきますが、その老化に対する感受性や抵抗生は、細胞の種類や解剖学的場所によって様々です。 今回、アメリカ・Allen脳科学研究書の Dr. Zeng, Dr. Tasicらの研究グループは、マウスの脳内の細胞老化の、細胞毎や解剖学的部位毎の特徴について、シングルセルRNAシー […]
2025年 注目の科学（Nature）
新年を迎えました。 2025年、科学の世界でどのようなイベントが注目されているのでしょうか？ Nature誌の ”2025年に注目すべきサイエンスイベント” からの情報。 今年注目されている領域は、去年に引き続き、体重減少の薬、そして宇宙ミッションや気候変動への対策等……。 2025年 注目の科学（Nature） 奇跡の減量薬 『奇跡』の薬として話題のウェゴビー（セマグルチド）や他のGLP-1作動 […]
2024年 今年のブレイクスルー研究（Science）
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 今年の後半は一人抄読会を全く更新できませんでしたが、せめて Science の Breakthrough of the Year は毎年書き残しておきたい！ 2023 BREAKTHROUGH OF THE YEAR 今年のBreakthroughに選ばれたのは、抗HIV薬の話題でした。 劇的に効果的な抗HIV薬 何十年に […]
【Outlook】メール内の画像が「☒」になって見られないときの対処法
Outlookでメールを開いたときに画像がブロックされ、「☒」と表示されて見えなくなっていた。 これはセキュリティ保護のため、Outlookが既定で外部からの画像ダウンロードを無効化しているために起こる。 安全重視は良いことだけれど、信頼できる送り主からの画像が見られないと困る。 とゆーわけで、以下、設定方法。 Outlookで画像が「☒」となって表示されないときの対処法 1. Ou […]
Windowsの時計をクリックしてもカレンダーが出ないとき
ある日、画面左下の「日付と時刻」をクリックしても、いつも出てくるはずのカレンダーがポップアップしなくなった。普段は予定確認に使っているので、出てこないと地味に不便だった。 症状 左下の時計をクリックしても無反応。 本来表示される「カレンダーと予定表」が出ない。 結論 エクスプローラー（Windows Explorer）の再起動で即解決。 手順 Ctrl + Shift + Esc を押して「タスク […]
Windowsの時計をクリックしてもカレンダーが出ないとき
ある日、画面左下の「日付と時刻」をクリックしても、いつも出てくるはずのカレンダーがポップアップしなくなった。普段は予定確認に使っているので、出てこないと地味に不便だった。 症状 左下の時計をクリックしても無反応。 本来表示される「カレンダーと予定表」が出ない。 結論 今回は、「エクスプローラー（Windows Explorer）の再起動」で即解決した。 手順 Ctrl + Shift + Esc […]
Dドライブに勝手にできた、管理者権限のフォルダを削除
ある日気づいたら、Dドライブに「Program Files」ができていた。 中身は空。Cドライブにはちゃんと存在しているから、Dにあるのは完全にいらないシロモノ。 ただ、右クリックで消そうとすると「SYSTEMの権限が必要です」みたいなエラーが出て削除できない。…こういうのはちょっと厄介。 今回は、試行錯誤して、これを無事に消去するまでの備忘録。 管理者権限のフォルダを削除 フォルダの中身が空であ […]
Rで使う正規表現の色々
Rでよく使う正規表現のパターンを、カテゴリー別に整理してみた。 Rで使用する正規表現いろいろ 文字の検索・位置指定に関するパターン パターン 説明 例 ^ 文字列の先頭を指定 ^Hello は “Hello World” に一致 $ 文字列の末尾を指定 World$ は “Hello World” に一致 \\b 単語の境界 (word bounda […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error: pandoc document conversion failed with error 1
RMarkdownをwordファイルにknitしようとしたとき、下記エラーメッセージが出て止まってしまった。 Error: pandoc document conversion failed with error 1 このエラーは、pandocが出力ファイル（Wordドキュメント）を作成または上書きする際にアクセス権限の問題が発生していることを示している。 で、なんで問題が発生してい […]
【Google Search Console】HTTP marked with canonical tag
先日、日録のカテゴリーをサブドメインに移動した。 思っていたよりも簡単にできたけど、SEO的に必要な項目を抑えているかどうか不安が残るところ。 とゆーことで、サブドメインに記事を移動した後、ちょくちょく ”Google Search Console” で確認していた……ある日。 “HTTPS”のところで “Non-HTTPS URLs” が1件表示さ […]
【VSCode】VSCodeにGitHub Copilotを導入
先日、RStudioにGitHub Copilotを入れて、かなり使いやすいと感じたので、 （順番が逆ですが）VS Codeにも導入することにしました。 以下、導入方法と使い方についてまとめておきます。 事前準備 事前準備として必要なこと VS Codeのインストール GitHub Copilotを サブスクリプション GitHub Copilotのサブスクリプションの方法は下記参照。 GitHu […]
【RStudio】RStudio に GitHub Copilot と chattr を取り込む
RStudioにCopilotとchattrを導入すると、かなりの時短につながり、一度取り込むと、元には戻れぬ……。 双方の得手不得手は、こちらの比較サイトを参照 ▼ GitHub CopilotとChatGPTのざっくりとした違い GitHub Copilot Copilotは、GitHubのAIによるコーディングアシスタント。 色々と機能はあるけれど、最も重宝されている機能は、I […]
【RStudio】GitHubのブランチ（Branch）を作って作業する
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了し、RStudioとGitHub間のコードのやり取り（Pull/Push）を行いました。 もう一人用のアーカイブとしてはこれで十分だと思いますが、一応、ブランチの作成までさらっと記録に残しておきます。 ブランチ（Branch）を作る必要性のある場面 ブランチが威力を […]
【RStudio】GitHubのリポジトリからRStudioに「Pull」
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了し、RStudioで作成したコードをGitHubに送りました。 今回は逆に、GitHubからコードを取得する方法。 準備1：各種インストールと相互連携 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウ […]
【RStudio】RStudioで作成したスクリプトを「Commit」→「GitHubにPush」
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了しました。 今回からいよいよ、RStudioのスクリプトをGitHubに送ったり、逆にGitHubからスクリプトを取得したりします。 事前準備 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作 […]
【RStudio】RStudio のプロジェクトを SSH 経由でGitHub と連携
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 今回は、RStudioとGitHubとの連携まで。今回はSSHを使う方法。 事前準備 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作成 RStudioとGitとの連携 方法は下記参照。 SSHの設定 GitHubと接続する際、HTTPSを使う方法と、S […]
【RStudio】RStudio を Git と連携
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまで RとRStudioのインストール Gitのインストール RStudioの情報をGitへ伝える（Configuration） RStudioでローカルリポジトリの作成とGitの「Initial commit」 GitHubのアカウント作成 SSH鍵の設定と認証（※op […]
小児に偶発的に見つかった脳腫瘤性病変に関する文献的考察
先日、頭部MRIで偶発的に見つかった片側視床の腫瘤性病変。 それが何なのか現時点でははっきりとはわかりませんが、脳外科の主治医によると、このような子どもの症例は、時々見かけるそうです。 そのまま大きくならずに経過している症例も多いそうですが、数年後に急に大きくなって有症候性となり、治療的介入を要する症例もある……ということで、息子の所見も、これから定期的に画像フォローしていくこととなりました。 現 […]
【Rで作表】{knitr}パッケージのkable()と{kableExtra}パッケージの組み合わせ
作表で使われるのは、{knitr}パッケージのkable()(=kbl())と{kableExra}パッケージの組み合わせや、{gt}パッケージ等。 臨床論文の最初に出てくる「Table1」を作るときにはtableone()も便利。 今回は、{knitr}パッケージのkable()(=kbl())と{kableExra}パッケージの組み合わせについての備忘録。 kbl()で作表 kb […]
【R Markdown】コードを隠す
例えば、R Markdownで簡単な表を作った場合、 ```{r} df_6h <- data.frame("1"=c("Cont_6h_1","LPS_6h_1"), "2"=c("Cont_6h_2","LPS_6h_2"), "3"=c("Cont_6h_3","LPS_6h_3")) rownames(df_6h) <- c("A: Cont", "B: LPS" ) coln […]
Git／GitHubの環境構築
これまで、Rのスクリプトやプロジェクトの管理を、職場のサーバーに諸々保存して、リモートデスクトップで編集して、、、とゆー感じでやっていました。 けれど、新しい職場はセキュリティ対策的なもので、しょっちゅうネットワークがリセットされるし、繋がらなくなったりするし⋯⋯で、仕事のパフォーマンスがだだ下がり orz…。 でも、今更自宅にサーバーを構築するのも時間かかるし⋯⋯とゆーことで、以前ア […]
【Outlook】送信メールの取り消し/やり直し
メールを送信した後で、「しまった！間違えた！」という時がある。 Gmailだったら、完全送信までに30秒間の猶予を与えてくれるけど、Outlookの場合はそのまま送ってしまうよう。 でも、相手が未読の状態だったら、「送信取り消し」や「送信のやり直し」が可能。 送信メールの取り消し／やり直し 送信フォルダから、取り消し／やり直ししたいメールを選択し、ダブルクリックでポップアウトさせる。 左上の「Fi […]
【Google Sheet】カレンダー（Date Picker）を表示する
グループ内でのスケジュール管理などに何かと便利なGoogle Sheet。 日付をカレンダーからピックアップしたいときは、Date Pickerにしておくと便利。 Date pickerの表示方法 1．対象のセルを選択。 2．右クリック→View more cell actions→Data validation 3．Criteriaのところで “Is valid date” […]
【Rトラブルシュート】Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): namespace ‘cli’ 3.3.0 is already loaded, but >= 3.6.1 is required
”tidyverse”のfunctionがない、というエラーメッセージが出たので、アンインストール／再インストールを試みた。 remove.packages("tidyverse") install.packages("tidyverse") library(tidyverse) するとここでまたエラーメッセージ。 Error: package or namespace load fa […]
【Excel】CSVファイルが文字化けする時
必要なデータをCSVファイルとしてダウンロードした時、時々文字化けして困ることがある。 これは、文字コードの違いであることがほとんど。 文字コードの違いが原因かどうか確認する方法 文字化けの原因が文字コードの違いによるものかどうかを確認するために、ワードパットなどのテキストエディタで開いてみる。 テキストエディタでは文字化けしていない。 文字化け解消方法①：テキストエディタで文字コードを […]
【Rトラブルシュート】Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : invalid multibyte string at ‘<83>|<81>[‘
read.csvでダウンロードしたCSVファイルを開こうとしたら、 read.csv("D:/Downloads/New_file.csv") 下記メッセージ。 Error in make.names(col.names, unique = TRUE) : invalid multibyte string at '<83>|<81>[' 困ったなと思って調べる […]
【Rデータ整理】特定の文字を含む行を抽出：grepl()
文字列に特定の文字が含まれている行を抽出したい場合、grepl()を使うと便利。 grepl()の特徴 grepl()は、文字列に特定のパターンが含まれるかどうかをTRUE/FALSEで返す。 データフレームの行抽出の際に便利。 特定の文字を含む行を抽出：grepl() データフレームの作成 以下のようなデータフレームを作ってみる。 # サンプルデータフレーム df <- data.fram […]