【Rデータ整理】tidy data に変換する
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↑ これは見やすいけど、Rで計算する場合は tidy data じゃないのでちょっと困る。 これを、Rに取り込んで、tidy data に変換する方法。 tidy data と messy data については、多くのサ […]
「R」の記事一覧
【R Markdown】エラーが起こっても中止しない方法
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通常、エラーが起こったらRは処理を停止するけれど、人へのチュートリアルなどの時は、エラーを見せたい時もある。 そんな時は、 error = TRUE をチャンクオプションに加える。（通常は FALSE になっている。） […]
【Rトラブルシュート】’list’ object cannot be coerced to type ‘double’
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３行目をcolnamesにする前に "for" を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2) […]
【Rで統計】二元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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二元配置分散分析の求め方。 "二元" の "２" は、「目的変数に影響を与えるかもしれない因子型の説明変数が２つある」とゆーこと。 例えば下記の例。 基本事項は一元配置分散分析と同じだけれど、二元配置分散分 […]
【Rトラブルシュート】openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument)
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RMarkdown を word で出力しようとした時に出たエラー。 openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument) で、word styleの reference […]
【R Markdown】外部スクリプト等をチャンク内で読み込む
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RMarkdownは多機能だけど、内容が増えたら、コードを外部の.rmdファイルや、他の.rファイルなどに配置し、チャンクで読み込むようにした方がなにかと便利。 見た目が簡潔になるし、Rコードのデバック等も、Rスクリプト […]
【Rデータ整理】行方向の平均値を出して任意の列に適応
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列A、列B、列C...の各行毎に平均値を出して、それぞれ新しい列に結果を追加する方法３つ。 個人の練習も兼ねて前後の工程も記載しているので、あしからず。 事前準備 データの取り込み 人からもらった、とあるデータを取り込む […]
【R Markdown】ビジュアルモードで記述
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RMarkdownで記述→knit→記述→knit...という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 […]
【Rで統計】一元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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統計について何もわからないまま研究を始めた頃、最初に覚えた合言葉：パラメトリックで２群比較はｔ検定、３群以上の比較は分散分析（Analysis of variance, ANOVA）。 ・ ・ ・ &nbs […]
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
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RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書を […]
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
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先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 […]
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
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RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマ […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い⑤：他のデータ値から計算で求める
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前回の続き。 下記データフレーム（Dat）で、"Expenses" の値を補完しようと思うけど、 17行目の "Expenses" は、両隣の "Revenue" と "Profit" から計算できる。 この場合は、 " […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い④：群の中央値で補完する
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NAの取り扱いシリーズ第４段。 今回は、他のデータから推測して補完する方法。 よく使われるのは、中央値（median）で補完する方法。 場合によっては平均値（mean）でもいいけど、中央値の方が外れ値の影響 […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い③：他のデータから予測し補完する
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NAの取り扱いシリーズ第３段。 今回は、他のデータから予測できる場合にその情報を使って補完する方法。 他のデータを使って補完 例えば下記のようなデータフレームがあった場合、 "State" が<NA& […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い②：欠損値を含むレコードを削除する
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NAの取り扱いシリーズ第２段。 今回は、NAがある行を取り除いて解析する方法。 NAのある行を抽出 まずは、前回のおさらい。 全体でNAがある行を抽出する方法。 Dat[!complete.cases(Dat),] で、 […]
【Rデータ整理】NAの取り扱い方①：NA／NA以外のデータの抽出方法
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データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 前処理：空欄を NA に置き換えてデータをインポートする 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄がある。 これ […]
【Rトラブルシュート】Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection
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Rでcsvファイルを読み込もうとしたら、下記エラーメッセージ↓。 Error in file(file, "rt") : cannot open the connection ちょっと困って、下記を参考にして direc […]
【R Markdown】Figureサイズの設定方法
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R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_ […]
【Rトラブルシュート】Error: attempt to use zero-length variable name
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R markdown のチャンクに ```{r fig.height=10 fig.width=6} コード色々 ``` と書いて、「Ctrl + Enter」で実行しようとしたら下記エラーが出た。 Error: att […]
【Rで作図】グループ内でサブブループによってプロットの色と形を変える
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下記のようなグラフがあり、 これにプロットを重ねたい……でもただプロットするだけじゃなくて、各グループ内にいるオスとメスがプロットの形と色で区別できるようにしたい。 そんな場合の備忘録↓ グループ内でサブブループによ […]
【Rで作図】棒グラフにプロットを重ねる
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最近はどのジャーナルからも「棒グラフにはプロットを重ねるように」と言われると思う。 私自身、プロットしていないと気持ちが悪い。 で、その方法 ↓ 棒グラフにプロットを重ねる 棒グラフだけだと mean とかのデータを使う […]
【Rで作図】x軸ラベルを斜めにする
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下記グラフのx軸ラベルを斜めにしたい場合。 theme(axis.text.x = element_text(angle = 角度, hjust = 高さの調節)) を追加する。 theme(axis.text.x = […]
【Rで統計】F検定とt検定
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等分散の検定 データが等分散かどうか、F test で検証。 var.test(グループ1, グループ2) var.test(Tg$NFT, WT$NFT) アウトプットは下記↓ output F test […]
【Rトラブルシュート】Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’
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パッケージ "ggsignif" をインストールしようとして、 install.packages(ggsignif) と入れて実行したら下記エラーメッセージ↓ Error in library(ggsignif) : t […]
【Rで作図】x軸の順番を変更
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下記のようにグラフを作った。 # bar graphs factor(Data_NFT_sum$Region, levels=c("Ipsi-Hipp", "Ipsi-Ctx" , "Cont-Hipp" , "Cont […]
【Rで作図】エラーバーを追加する
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とある棒グラフを作成。 このグラフにエラーバーを付けたい場合、 geom_errorbar() を追加する。 エラーバーをつける 標準偏差（standard deviation, SD） SDは、 dplyr::summ […]
【Rで作図】グラフタイトル、x軸、y軸、レジェンドタイトルを変更する
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下記の様に棒グラフを作成。 # bar graphs Data$Group <- factor(Data$Group, levels=c("WTM", "PdM" , "WTF" , "PdF" )) Data$R […]
【Rデータ整理】列の順番を並び替える
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データフレームの列の順番を並び替える時は、列選択で使用する dplyr::select を使う。 例えば、下記の様なデータフレーム（データ名: Dat1）があって、 これを左から 「Sex -> Genotype […]
【Rで作図】ggplot の基本概念
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ggplot (ggplot2) では色々なグラフがかけるけど、基本概念は「レイヤー構造」で作る、という事。 イメージは photoshop や illustrator のレイヤーと似てる。 ggplot( […]
【Rデータ整理】ちょっとした集計：dplyr::summarise
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データフレーム内の合計や平均値などを求める時、Rでは「aggregate関数」が用意されているけど、比較的作業時間がかかるため、「dplyr::summarise」の方が良さげ。 ちょっとした集計：dplyr::summ […]
【Rデータ整理】文字を切り出して新しい列に追加する
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文字列から一部だけ切り出して、新しい列を作りたい時。 列の追加は dplyrパッケージ: mutate 文字の切り出しは R標準パッケージ: substr or substring stringrパッケージ: st […]
【RStudio】environment 内のオブジェクトを一掃する方法
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RStudioでは、実行したオブジェクト（ベクトル、リスト、データフレームなど）はそのまま "environment" の中に残り、再利用することができる。 Emvironment に残っているオブジェクトの確認方法 こ […]
【Rで統計】Kruskal.Wallis検定
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前回、ノンパラメトリックの2群検定の方法を書き留めておいたけど、 「よく考えたら、2群じゃなくて、2群ｘ3群の6群でみなきゃじゃん。」 とゆーことに気づき、 多重比較のデータを追加した。 各グループが正規分布じゃないこと […]
【Rで統計】Wilcoxonの順位和検定
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あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 […]
【Rで作図】ヒストグラム
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あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 […]