【R Markdown】ビジュアルモードで記述 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年5月21日 R RMarkdownで記述→knit→記述→knit...という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 […] 続きを読む
【Rで統計】一元配置分散分析:One-way factorial ANOVA 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年5月17日 R 統計について何もわからないまま研究を始めた頃、最初に覚えた合言葉:パラメトリックで2群比較はt検定、3群以上の比較は分散分析(Analysis of variance, ANOVA)。 ・ ・ ・ &nbs […] 続きを読む
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年5月13日 R RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書を […] 続きを読む
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年5月9日 R 先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 […] 続きを読む
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年5月5日 R RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマ […] 続きを読む
【Rデータ整理】欠損値(NA)の取り扱い⑤:他のデータ値から計算で求める 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年5月3日 R 前回の続き。 下記データフレーム(Dat)で、"Expenses" の値を補完しようと思うけど、 17行目の "Expenses" は、両隣の "Revenue" と "Profit" から計算できる。 この場合は、 " […] 続きを読む
【Rデータ整理】欠損値(NA)の取り扱い④:群の中央値で補完する 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年5月2日 R NAの取り扱いシリーズ第4段。 今回は、他のデータから推測して補完する方法。 よく使われるのは、中央値(median)で補完する方法。 場合によっては平均値(mean)でもいいけど、中央値の方が外れ値の影響 […] 続きを読む
【Rデータ整理】欠損値(NA)の取り扱い③:他のデータから予測し補完する 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年5月1日 R NAの取り扱いシリーズ第3段。 今回は、他のデータから予測できる場合にその情報を使って補完する方法。 他のデータを使って補完 例えば下記のようなデータフレームがあった場合、 "State" が<NA& […] 続きを読む
【Rデータ整理】欠損値(NA)の取り扱い②:欠損値を含むレコードを削除する 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年4月27日 R NAの取り扱いシリーズ第2段。 今回は、NAがある行を取り除いて解析する方法。 NAのある行を抽出 まずは、解析したい列に欠損値がある行を抽出する方法。 Dat[!complete.cases(Dat)] で、例えば " […] 続きを読む
【Rデータ整理】欠損値(NA)の取り扱い方①:欠損値/欠損値以外のデータの抽出方法 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年4月23日 R データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 データのインポートと欠損値(NA)の抽出、欠損値行を避けて抽出する方法 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄 […] 続きを読む
【Rトラブルシュート】Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection 更新日:2023年5月11日 公開日:2022年4月15日 R Rでcsvファイルを読み込もうとしたら、下記エラーメッセージ↓。 Error in file(file, "rt") : cannot open the connection ちょっと困って、下記を参考にして direc […] 続きを読む
【R Markdown】Figureサイズの設定方法 更新日:2022年4月23日 公開日:2022年4月3日 R R Markdown で Figures のサイズを設定する方法3つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_ […] 続きを読む
【Rトラブルシュート】Error: attempt to use zero-length variable name 公開日:2022年3月26日 R R markdown のチャンクに ```{r fig.height=10 fig.width=6} コード色々 ``` と書いて、「Ctrl + Enter」で実行しようとしたら下記エラーが出た。 Error: att […] 続きを読む
【Rで作図】グループ内でサブブループによってプロットの色と形を変える 公開日:2022年3月22日 R 下記のようなグラフがあり、 これにプロットを重ねたい……でもただプロットするだけじゃなくて、各グループ内にいるオスとメスがプロットの形と色で区別できるようにしたい。 そんな場合の備忘録↓ グループ内でサブブループによ […] 続きを読む
【Rで作図】棒グラフにプロットを重ねる 公開日:2022年3月18日 R 最近はどのジャーナルからも「棒グラフにはプロットを重ねるように」と言われると思う。 私自身、プロットしていないと気持ちが悪い。 で、その方法 ↓ 棒グラフにプロットを重ねる 棒グラフだけだと mean とかのデータを使う […] 続きを読む
【Rで作図】x軸ラベルを斜めにする 公開日:2022年3月14日 R 下記グラフのx軸ラベルを斜めにしたい場合。 theme(axis.text.x = element_text(angle = 角度, hjust = 高さの調節)) を追加する。 theme(axis.text.x = […] 続きを読む
【Rで統計】F検定とt検定 更新日:2023年3月31日 公開日:2022年3月10日 R 等分散の検定 データが等分散かどうか、F test で検証。 var.test(グループ1, グループ2) var.test(Tg$NFT, WT$NFT) アウトプットは下記↓ output F test […] 続きを読む
【Rトラブルシュート】Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’ 公開日:2022年3月6日 R パッケージ "ggsignif" をインストールしようとして、 install.packages(ggsignif) と入れて実行したら下記エラーメッセージ↓ Error in library(ggsignif) : t […] 続きを読む
【Rで作図】x軸の順番を変更 更新日:2022年2月13日 公開日:2022年2月5日 R 下記のようにグラフを作った。 # bar graphs factor(Data_NFT_sum$Region, levels=c("Ipsi-Hipp", "Ipsi-Ctx" , "Cont-Hipp" , "Cont […] 続きを読む
【Rで作図】エラーバーを追加する 公開日:2022年1月29日 R とある棒グラフを作成。 このグラフにエラーバーを付けたい場合、 geom_errorbar() を追加する。 エラーバーをつける 標準偏差(standard deviation, SD) SDは、 dplyr::summ […] 続きを読む
【Rで作図】グラフタイトル、x軸、y軸、レジェンドタイトルを変更する 公開日:2022年1月23日 R 下記の様に棒グラフを作成。 # bar graphs Data$Group <- factor(Data$Group, levels=c("WTM", "PdM" , "WTF" , "PdF" )) Data$R […] 続きを読む
【Rデータ整理】列の順番を並び替える 更新日:2022年4月16日 公開日:2022年1月19日 R データフレームの列の順番を並び替える時は、列選択で使用する dplyr::select を使う。 例えば、下記の様なデータフレーム(データ名: Dat1)があって、 これを左から 「Sex -> Genotype […] 続きを読む
【Rで作図】ggplot の基本概念 公開日:2022年1月15日 R ggplot (ggplot2) では色々なグラフがかけるけど、基本概念は「レイヤー構造」で作る、という事。 イメージは photoshop や illustrator のレイヤーと似てる。 ggplot( […] 続きを読む
【Rデータ整理】ちょっとした集計:dplyr::summarise 更新日:2022年5月22日 公開日:2022年1月11日 R データフレーム内の合計や平均値などを求める時、Rでは「aggregate関数」が用意されているけど、比較的作業時間がかかるため、「dplyr::summarise」の方が良さげ。 ちょっとした集計:dplyr::summ […] 続きを読む
【Rデータ整理】文字を切り出して新しい列に追加する 更新日:2022年5月12日 公開日:2022年1月7日 R 文字列から一部だけ切り出して、新しい列を作りたい時。 列の追加は dplyrパッケージ: mutate 文字の切り出しは R標準パッケージ: substr or substring stringrパッケージ: st […] 続きを読む
【RStudio】environment 内のオブジェクトを一掃する方法 更新日:2023年4月24日 公開日:2021年12月20日 R RStudioでは、実行したオブジェクト(ベクトル、リスト、データフレームなど)はそのまま "environment" の中に残り、再利用することができる。 Emvironment に残っているオブジェクトの確認方法 こ […] 続きを読む
【Rで統計】Kruskal.Wallis検定 公開日:2021年12月12日 R 前回、ノンパラメトリックの2群検定の方法を書き留めておいたけど、 「よく考えたら、2群じゃなくて、2群x3群の6群でみなきゃじゃん。」 とゆーことに気づき、 多重比較のデータを追加した。 各グループが正規分布じゃないこと […] 続きを読む
【Rで統計】Wilcoxonの順位和検定 更新日:2021年12月9日 公開日:2021年12月8日 R あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 […] 続きを読む
【Rで作図】ヒストグラム 公開日:2021年12月4日 R あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 […] 続きを読む
【Rデータ整理】文字列や論理値列を追加 更新日:2021年11月28日 公開日:2021年11月26日 R Rで列を追加する時は、 dplyr::mutate() を使っている。 mutate(列A+列B) のように計算式の結果を入れられるので便利だけど、文字列を入れる時はこんな感じ ▼ 例:Data というデータフレーム内で […] 続きを読む
【RStudio】任意の単語etc.を全選択(VSCodeの Ctrl+L, Ctrl+D の代わりになるショートカットキーは?) 更新日:2023年4月24日 公開日:2021年11月22日 R R Studio を使っていてちょっと不便だなと思ったのが、VS Code で多用している Ctrl + Shift + L (カーソル上と同じ単語etc. を全選択) Ctrl + Shift + D (カーソル上と同 […] 続きを読む
【Rで作図】facet毎に色を変える 公開日:2021年11月18日 R 認知機能の変化を、LBD, AD, LBD+AD グループ毎に、LATE(+)とLATE(-)で分けて示したいと思い、下記のようにグラフを作製。 ```{r fig.width=6} filter(Data, compl […] 続きを読む
【Rで統計】回帰分析で参照グループを指定する 公開日:2021年11月14日 R あるデータで線形混合モデルを使っていたときの話。 R の場合、参照グループは一番最初に分類されているグループと決められています。 例えば、 Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE( […] 続きを読む
【Rトラブルシュート】invalid factor level, NA generated 更新日:2021年11月14日 公開日:2021年11月10日 R あるデータフレームに論理型(factor)の列を追加しようとして、下記のように作成した。 Data <- %>% mutate(Group = factor(NA, levels = c("LBD-L […] 続きを読む
【Rトラブルシュート】number of items to replace is not a multiple of replacement length 更新日:2021年11月14日 公開日:2021年11月6日 R ある病理のスコアで、Brainstem (BS) が NA の項目があったので、 "Midbrain(MB) と Pons(Pons) と Medulla (Med) のどこかで 1 以上のスコアがあったら、BS = 1 […] 続きを読む
【Rデータ整理】データフレームに文字列を追加する 更新日:2022年5月13日 公開日:2021年10月29日 R データフレームに列を追加する時の方法2つ。 dplyr::mutate() 普段は dplyr パッケージの dplyr::mutate() を使っている。 文字列は " " で括って追加する。 mutate(列名 = […] 続きを読む