RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。
今回は、RStudioとGitHubとの連携まで。今回はSSHを使う方法。
事前準備
- RとRStudioのインストール
- Gitのインストールと初期設定
- GitHubアカウントの作成
- RStudioとGitとの連携
方法は下記参照。
Rは統計解析等に強いプログラミング言語。 RStudioは、Rを使うための総合開発環境（IDE）の一つ。 両方とも無料でダウンロードできる。 Rのダウンロード／インストール Rのダウンロード CRANウェブサイトへ。 私 …
これまで、Rのスクリプトやプロジェクトの管理を、職場のサーバーに諸々保存して、リモートデスクトップで編集して、、、とゆー感じでやっていました。 けれど、新しい職場はセキュリティ対策的なもので、しょっちゅうネットワークがリ …
前回、Gitのインストールと初期設定、GitHubアカウントの作成まで行いました。 今回は、RStudioとGitの連携まで。 事前準備 事前準備として必要な事リスト GitHubアカウントの作成 RとRStudioのイ …
SSHの設定
GitHubと接続する際、HTTPSを使う方法と、SSH（Secure SHell）を使う方法がある。
HTTPSを使ってもよいけれど、SSHを使った方がよりセキュリティが強くなるので、今回はSSHを使って接続する方法を書き留めておく。
RStudio：公開鍵の取得
RStudioには、公開鍵が用意されている。
RStudioを開き、「Tools」-> 「Global Options…」
「Git/SVN」を選択し、「Create SSH Key…」をクリック。
SSH key typeは「ED25519」でOK。Passphraseを設定した方がよりセキュリティが強くなるようだけど、よくわからないので今回はこのまま。
「create」を押して閉じると、SSHの情報が現れる。
Optionsウィンドウに戻り、「SSH key:」の右側にある「View public key」をクリック。
「public key（公開鍵）」が現れてSSHが表示されるのでコピーしておく。
GitHub：公開鍵の登録
GitHubへ移動して、右上のアイコンをクリック -> 「Settings」を選択。
SSH and GPG keys -> 「New SSH key」ボタンをクリック。
Titleを適当につけ、「Key」のところに「RStudio」で取得したSSHをペーストする。
「Add SSH Key」ボタンをクリックすると、完了。
GitHubでリポジトリ（Repository）を作成
GitHubのアカウントへ移動し、Dashboardの左上にある「New」ボタンをクリック。
Repository nameをつける（今回は”test”）
PublicかPrivateを選択。
Publicにすると全世界に公開される。Privateを選択すると、公開されない。
※以前はPrivateは有料だったけれど、現在は、無料アカウントでもPrivateが使用でき、「自分とあと3人のユーザーのみで共有できる」ようになった。
私はまだ個人使用レベルなので、「Private」を選択。
そのファイル/プロジェクトについての長い説明を記載する場合は、「Add a README file」に☑を入れる。
Git管理しないファイルを追加するときは、「Add .gitignore」に追加する（けど、後からRStudioの方でいくらでも追加できるので、今回はそのまま）。
設定が完了したら、右下の「Create repository」を押して作成。
“test” リポジトリが作成された。
GitHubリポジトリを SSH 経由で Clone
GitHubでCloneする方法を選択
リポジトリ右上にある「<>Code」を押すと、連携するためのURLが表示される。
「HTTPS」か「SSH」かどちらかを選んでコピーする。
せっかくSSH設定したので、今回は「SSH」を選択（SSH設定をしていなかったら、HTTPSしか選択できない）。
表示された「SSH」をコピーする。
ローカルのRStudioにClone
RStudioに移動し、「File」->「New Project」
「Version Control」を選択。
「Git」を選択。
「Clone Git Repository」に、URLを入力する。
作業が成功すると、「Git」ペインの右上に「master」と「New Branch」のボタンが現れる。
「master」はローカルリポジトリ。「New Branch」で新たなブランチを作成できる。
作成済みのRプロジェクトを GitHub に連携する場合（SSH経由）
既にRStudioでProjectを色々と作成していた場合は、そのProjectをRStudioからGitHubに連携させることができる。
別にスクリプトに書いてもよいのだけれど、この作業は1回しか行わず、保存する必要がないので、コンソールに書いた方が効率的。
Personal Access Token (PAT)の作成
まずは、usethisをインストール。
install.packages("usethis")
library(usethis)そして、create_github_token()を使ってGitHubのPATを作成する。
create_github_token()Enterを押すと、下記outputが出てきて、
output
☐ Call gitcreds::gitcreds_set() to register this token in the local
Git credential store.
ℹ It is also a great idea to store this token in any
password-management software that you use.
✔ Opening URL
<https: //github.com/settings/tokens/new?scopes=repo,user,gist,workflow&description=DESCRIBE THE TOKEN'S USE CASE>.
GitHubアカウントの画面に移動する。
パスワードを入れてEnterすると、自分のアカウントの「Takens(classic)」のページに入る。
一番下までスクロールして、「Generate token」でPATを作成。
PATが作成されたので、横のコピーマークをクリックしてコードをコピー。
RStudioにPATを登録
コードをコピーしたままRStudioに戻り、コンソールに貼り付ける。
まずは、gitcredsを読み込む。
library(gitcreds)そして、gitcreds_set。
gitcreds_set()? Enter password or token:と出てくるので、先ほどコピーしたPATを貼り付ける。
? Enter password or token: "コピーしたPAT"この作業でPATが登録される。
output
-> Adding new credentials...
-> Removing credentials from cache...
-> Done.
GitHubにリポジトリ登録
usethisを読み込み、`git_github()。
library(usethis)
use_github()すると、GitHub画面が現れ、新しくリポジトリが作成される。
※ use_github()でエラーが起こった場合
use_github()と入れて下記エラーになった場合、
output
Error in `git_default_branch()`:
✖ Can't determine the local repo's default branch.
Run `rlang::last_trace()` to see where the error occurred.これはinitial commitをしておらず、branchが見当たらないから。
initial commitをすると、
branchのところが「master」となり、作業を進める事ができる。
initial commitの方法はこちらの記事を参照。
前回、Gitのインストールと初期設定、GitHubアカウントの作成まで行いました。 今回は、RStudioとGitの連携まで。 事前準備 事前準備として必要な事リスト GitHubアカウントの作成 RとRStudioのイ …
References
Learn the essentials of using Git and GitHub with RStudio. T…
Objective: make sure that you can pull from and push to GitH…
Here we verify that RStudio can issue Git commands on your b…
2017年12月時点での状況を振り返り、変更点や新しい機能等について更新、文章の見直しを行いました。差分はこちらからも確…
初めに 前回の記事で、RStudioでRを開発することにしました。 wet-to-dry.hatenablog.com …
