妊娠中のストレスは胎児の脳の発達に影響する
「妊娠中に過度のストレスにさらされると、お腹の赤ちゃんの発育に良くない」 と、よく言われますが…… イギリス・エジンバラ大学のDr. Boardmanらの研究グループは、妊娠中のお母さんのストレスと子供の脳の発育について科学的に検証しました [1]。 妊娠中のストレスは胎児の脳の発達に影響する 著者らは、７８組の母子を対象に、 母親の妊娠中の毛髪に含まれるコルチゾールの量（hair cortiso […]
新着記事一覧
Rinkerで商品管理
商品管理は「Rinker」か「カエレバ」が使いやすいと聞き、 検討の末、「Rinker」を導入することに。 以下、使い方▼ プラグインのインストール 公式サイトから「Rinker」のダウンロード（無料） アカウントを持っていない場合は、pisiv IDを作成 ZIPファイルのままWordPressのプラグインへアップロード プラグイン＞新規追加＞プラグインのアップロード ZIPファイルを選択し、 […]
αシヌクレイン凝集形成の多様性について真面目に検証
αシヌクレイン（α-synuclein, α-syn）は、パーキンソン病、レビィ小体型認知症、多系統萎縮症など、シヌクレイノパチーの主要病理タンパクとして研究が進められており、 α-syn凝集体の多様性が疾患や病理の多様性を生んでいる、という考えが主流となっています。 α-synは、タウetc.と違って、ただ振盪させているだけでモノマーが勝手に凝集していくのですが、 今までは、その時のバッファーの […]
タグを一括編集
新しいタグを、そのキーワードを踏む投稿全てに一括で追加したい場合。 1. 追加したいタグの名称で検索 1-1. 投稿＞投稿一覧＞検索 1-2. もし、全ての検索結果が１ページに表示されない場合は、右上の「表示オプション」タブを押し、ページごとに表示する項目数を検索結果数に変更して再度検索。 2. リストした投稿を一括編集 2-1. タイトル横のチェックボタンをクリックして、全選択。 2-2. 一括 […]
ADリスク遺伝子多型を持つ人は若い頃から海馬が小さくなる
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）には、これまで多くのリスク遺伝子が報告されており、特にAPOE4は最も強力なリスク多型と言われています。 ADのリスク遺伝子ランキング（Alzform/TopResults.asp [1] より） # Gene Polymorphism Ethnicity OR (95% CI) P-value 1 APOE APOE_ […]
【ImageJ/Fiji】Colocalization算出（Striatum, spine markers）
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Colocalization Assay 1. Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。 2. Rectangleで、vesselsやStriosomesをよけるように選択し、 Image → Crop → Save as → T […]
画像の遅延読み込み（Lazy Load）
地道にサイトの高速化実施中。 今回取り組んだのは、画像の遅延読み込み「Lazy Load」。 プラグインで。 Lazy Loadのプラグインは色々あるが、今回は 有効インストール数が多い 更新頻度が高い 現在使用中のSPバージョンと相互性がある 他サイトでの評価が高い 等の理由から、「Smush」というプラグインを導入した。 このプラグインは、全ての画像の圧縮＆最適化と遅延読み込みが […]
ヒトの野生型APP遺伝子ノックインマウス
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の２大病理タンパクであるアミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）と過リン酸化タウ。 アミロイド仮説の提唱とともに、多くの変異アミロイド前駆体蛋白質（Amyloid precursor protein, APP）やプレセニリン (Presenilin, PSEN) 遺伝子の過剰発現マウスが開発され、AD研究に重要な […]
【Rで作図】バイオリン・プロット（Violin plot）
データをグラフにするとき、 「これのデータは バイオリン プロット で表すのが最適。」 と思う時があります。 今回は、それを R で作るときの備忘録。 ggplot2 のインストール ggplot2 は、“The Grammer of Graphics” という体系に基づいて設計されたパッケージ。 Hadley Wickham氏が作成。 ggplot2の文法 グラフ = 座標 (ggplot) + […]
WordPress記事内の文字を一括で置換する
蓄積した記事内の特定の文字を一括で置換したい… という時に便利なプラグイン 「Better Search Replace」 Better Search Replaceの使い方 1. インストール → 有効化 2. 管理画面 → ツール → Better Search Replace 3．各項目を選択し、プレビュー 3-1. Search for 検索したい文字列。 3-2. Replace wit […]
固定記事にウィジェットを表示（プラグインで）
使用したのは、「Page Builder by SiteOrigin」というプラグイン。 Page Builder by SiteOriginの使い方 1. インストール → 有効化 2. 投稿画面に「ページビルダー」というタブが現れるので、選択 3. 「列を追加」で、列の数、サイズをカスタマイズ可能 4. 「ウィジェットを追加」で、任意の列にウィジェットを入れていく 5. 「公開」 […]
そのオリゴマー抗体の特異度、大丈夫？
以前、A53T変異の入ったBAC-SNCA-Tgマウスを解析していた事があり、 その際、α-シヌクレイン（α-syn）のオリゴマー抗体（SynO1）とフィブリル抗体（SynF2）を使って、 α-synのオリゴマーが特定の部位で増加している、 という研究結果を報告しましたが… その時のアッセイで、 SynO1もSynF2も、ある程度まではモノマーに結合するなー SynO1はフィブリルに […]
Tmem106bの完全欠損はFTLD-GRNマウスのフェノタイプを増悪させる
今回は、前頭側頭葉変性症（Frontotemporal lobar degeneration, FTLD）の約半数を占める 「TDP43凝集体を伴うFTLD（FTLD-TDP）」 …に深く関与する、 ProgranulinとTMEM106bについてのお話。 研究の背景 Progranulin Progranulin（PGRN）は成長因子の一種であり、 細胞増殖、腫瘍形成、創傷治癒、発達、炎症etc […]
投稿者名を非表示に
セキュリティー上、個人ブログの投稿者名は非表示にしておいた方が良い… という事で、今までは「Show and Hide Author」というプラグインを使っていましたが、プラグインなしでも簡単にできそうだったので、やってみました。 投稿記事の投稿者名を非表示に 1. 管理画面 → 外観 → テーマエディター 2. 投稿者名は、「function.php」の中で、下記のように設定されている。 fun […]
【ImageJ/Fiji】Striatum の Spine density のカウント
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Spine DensityのCount（cell countにも使える） Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。Color mode : Grayscaleにし、Split channelsの☑を外しておく。 Rectangleで、v […]
Aβプラークの新しいタイプーcoarse-grained plaqueー
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の２大病理といえば、 アミロイドβ（Aβ）プラークと神経原線維変化（NFT）ですが、 Aβプラークには、その形態や構成Aβによって、いくつかの種類に分類されていました [1]。 Fibrillar plaques : 30–100 µm, Aβ+, 認知機能との相関あり compact / cored-only plaq […]
noindex / nofollow / sponsored / ugc …どうする？
SEO対策で noindex／nofollow／sponsored／ugc の設定をちゃんとした方がいい… ということで、 内容をまとめました。 そもそも私のブログは自分用の要素が強いので、 SEO対策は最重要項目ではないはずなのですが… ただ、ブログを書く上での方法を色々調べていると、 高頻度で「SEO対策」という言葉に出会います。 「やっぱり私も色々し […]
LRRK2はミクログリアの神経毒性を惹起する
α-シヌクレイン（α-synuclein, α-syn) は、ミクログリアを活性化し、神経障害に関与する事が知られていますが、その詳細なメカニズムについては議論が続いています。 アメリカNIH, NIAのDr. Kim, Dr. Masliahらの研究グループは、 α-synのオリゴマーがToll-like receptro2 (TLR2) を介してミクログリアを活性化し [1]、 nuclear […]
【Excel】外れ値の検定（Smirnov-Grubbsの棄却検定）
データの中に、一つだけ他のデータとかけ離れている値がある場合、それを外れ値として棄却するべきかどうか、検定する方法。 スミルノフ・グラブス棄却検定 帰無仮説：この値は外れ値ではない 対立仮説：この値は外れ値である 1. 検定統計量Tを求める エクセルの場合、 eg. A1:A10の中にあるデータ中、A5の値が外れ値かどうか検証したい場合 作業セル：= (A5-(average(A1:A10))/S […]
【ImageJ/Fiji】StriatumのSpineのIntensityの求め方
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Intensityの求め方 Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。Color mode : GrayscaleにしSplit channelsの☑を外しておく。 Rectangleで、vesselsやStriosomesをよけるように […]
Aβ抗体の持つ、Aβ凝集阻害機能について検証
1999年にSchenkらの研究グループがアミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）抗体による、ADモデルマウス脳内のAβプラーク消失と認知機能改善を報告 [1] して以来、現在まで多くのAβ抗体が開発され、臨床応用に向けて様々な努力が続けられています。 Aβ抗体のAβ除去メカニズムについては、諸説ありますが、現在ではミクログリアの貪食作用を介したAβ除去説が一番に考えられています。 他には […]
【ImageJ/Fiji】Representative image作成
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Representative Imageの作り方 1. Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。 Split channelsに☑をいれておく。 2. Image → Color → Merge Channels 3. 見せたい色のとこ […]
【Excel】INDEX関数とMATCH関数を使って、任意のデータを抽出
違う時期に抽出したデータで、 各行の並びがバラバラになっている事がある。 「嗚呼、こっちのデータとあっちのデータを照合したい…」 という時に便利な関数。 例題 eg. 下記のようなDeta AとData Bがあるとする。 データA： A B C D 1 Data A data A-1 data A-2 data A-3 2 apple 21 32 21 3 orange 31 44 32 4 gr […]
【Rデータ整理】データフレームの最初の行、ディメンジョン、構造を確認する：head／dim／str
テーブルデータを取り込んだ後は、最初の6行、ディメンジョン、概要などを確認する。 データの取り込み 例えば、 コンソールに下記入力してデータを取り込む。 例えば、Dドライブにある”data.csv”というファイルを取り込む場合。 > data <- read.csv("D:/R/R directroy/data.csv", header=TRUE) 1行目はヘッ […]
【RStudio】Console内のオブジェクトを一掃する
コンソールがごちゃごちゃなって、内容を一掃したいときは、 右上の🧹マークをクリック。 ・ ・ ・ きれいになった。
Single-Nucleus RNAシークエンスの落とし穴
脳内での細胞達の動向をみるために、シングルセルRNAシークエンス（single-cell RNA-Seq, scRNA-Seq）が注目され、 これまで、マウス脳内やヒト脳内での各細胞のheterogeneityについて多数報告されてきました [1, 2, 3] 。 特にミクログリアでは、今までマウスとヒトとでだいぶプロファイルが違うと言われてきており [4]、 ミクログリアを扱う同僚の一人は、 「 […]
【Excel】ピアソン相関係数（r値, t値, p値）
エクセルでピアソン相関係数を算出する方法 例題 eg. 下記のようなデータがあった場合 r value =PEARSON(データ1の範囲,データ2の範囲) =PEARSON(A2:A28,B2:B28) r = 0.62 という数値が返る t value t valueは、 =相関係数*SQRT(n数-2)/SQRT(1-相関係数^2) =E14*SQRT(27-2)/SQRT(1-E14^2) […]
認知機能低下の一番の要因は混合病理
心機能障害、糖尿病 (diabetes mellitus, DM)、心血管障害 (cardiovascular disease, CaVD) は、アルツハイマー病病理（Alzheimer’s disease neuropathologic change, ADNC）を持つ患者の認知機能低下の要因として知られている。 今回、スウェーデン・Uppsala大学病院のDr. IrinaとDr. […]
【Excel】各セルの名前を一括で追加/削除
Data analysisから抽出したエクセルデータで、時々各セルの名前を一括変更したい時がある。 名前を削りたい時 例えば、 “D:\Slide Scanner\Scan-200825-BF-409-Hipp-FN-CPI\1986-089_409.mrxs” という名前がずらっと並んでいた場合、 “1986-089” という名前だけにしたい時。 […]
【Excel】オッズ比とP値
オッズ比とP値はエクセルで計算可。 X1 X2 Total Y1 a b a+b Y2 c d c+d Total a+c b+d a+b+c+d 上記のようなデータがあった場合、期待値は、 期待値 X1 X2 Total Y1 (a+c)*(a+b) /(a+b+c+d) (a+b)*(b+d) /(a+b+c+d) a+b Y2 (a+c)*(c+d) /(a+b+c+d) (b+d)*(c+ […]
VCPがタウ凝集体を分解する ー “vacuolar tauopathy”
valosin-containing protein (VCP) は、全ての真核生物と古細菌などに存在するATPaseで、 ユビキチン－プロテアソーム系（Ubiquitin-proteasome system, UPS） アポトーシス オートファゴソーム形成 etc. 様々なタンパク分解系に関与し、 タンパク複合体、オルガネラ、クロマチンなど、大きなタンパクの分解に関与すると言われています [1] […]
【ImageJ/Fiji】スケールバーを表示
ImageJ/Fijiでスケールバーを表示する方法。 ……高性能の顕微鏡で撮影した画像には、たいていスケールの情報が入っているので、まずはそちらから。 スケール情報を表示 通常の場合 Fijiで画像を開く> Analyze > Tools > Scale bar… スケールバーの表示方法を設定（長さ、太さ、色、フォントetc.） Width in µm: 横方向のバ […]
OneDrive, Dropbox, Creative Cloudの保存先を別ドライブに移動
私は、ドキュメントファイル系はDドライブに入れるように設定していましたが、OneDriveやDropbox等のクラウドストレージの保存先をCドライブにしたままだったため、 Cドライブの容量が少ななくなってきました。 …ということで、今回、OneDrive、Dropbox、Creative Cloud の保存先を変更。 ディスクマネージャを開いて確認 1-1. Win + X → Disk Mana […]
PD遺伝子変異が特発性レム睡眠行動異常に関連するか
レム睡眠行動異常（rapid-eye-movement sleep behavior disorder, RBD）は、レム睡眠期の筋緊張低下が消失し、夢の内容によって実際に体が動いてしまう症状です。 RBDとパーキンソン病（Parkinson disease, PD）関連疾患との関係は強く、 特発性RBD（isolated RBD, iRBD）の発症から１０年以上経つと、多くの患者さんがパーキンソ […]
【Windows】別ユーザーのPCをリモートデスクトップ接続：同時接続（セッションシャドウィング）も
以前、長男（１０歳）のゲーム中毒疑惑について触れましたが、 この問題が深刻味を帯び、とうとう、オンライン授業中にオンラインゲームやYouTubeをこっそり楽しんでいる事が判明。 オンライン授業のサポートをしてくれているアフタースクールの担当者に見つかり、厳重注意を受けました。 長男がSchool districtから支給されているPCは、”.io” […]
Logitech（logicool, ロジクール）キーボード/マウス/トラックボールに複数のデバイスをペアリング
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