ImageJ-Fiji

ImageJ/Fijiでスケールバーを表示する方法。

……高性能の顕微鏡で撮影した画像には、たいていスケールの情報が入っているので、まずはそちらから。

スケール情報を表示

通常の場合

Fijiで画像を開く> Analyze > Tools > Scale bar... 

scale-1

スケールバーの表示方法を設定(長さ、太さ、色、フォントetc.)

scale-2

  • Width in µm: 横方向のバーの長さ
  • Height in µm: 縦方向のバーの長さ
  • Thickness in pixels: バーの太さ
  • Font size: フォントの大きさ
  • Color: バーの色
  • Background: 数値の部分が目立つようにバックグラウンドカラーを入れるかどうか
  • Location: バーの位置

 

  • Horizontal: チェックを入れると横方向のバーが表示
  • Vertical: チェックを入れると縦方向のバーが表示
  • Bold Text: チェックを入れると数値が太字に
  • Hide Text: チェックを入れると、数値が非表示に(論文ではこの設定)

scale-3

  • Serif Font: フォントをserifフォントに
  • Overlay: 表示を焼き付けるかどうか(チェックを入れると焼付なし。チェックを入れないとバーが表示された状態で保存される。)

単位表示が目的の単位と違った場合

普通は適切な単位表示になるけど、別ファイルで保存した場合などは、イマイチな単位で表示されることもある。

例えば下記のように inch 表示だった場合……これは μm に直したいところ。

scale-7

この場合は、

Analyze > Set Scale...

scale-4

Unit of length の単位を変更

μmにしたい場合は、"micron" もしくは "um" とすればOK。

scale-5

あとは、上記1と同じようにスケールバーの表示設定を行う。

スケール情報がない場合

使用した顕微鏡とPCによっては、画像データにスケール情報が入っていない場合もある。

その場合は、自分でスケールを設定する。

予め同じ倍率でのスケールを撮影しておく

ちょっと面倒だけれど、スケールバーを入れた画像を一枚撮影しておき、その長さを元に自分で設定する。

スケールの画像を開く

scale-8

スケールの長さに合わせて線を引く

直線のアイコンをクリックして、

scale-9

スケールバーのサイズに合わせてラインを引く。

scale-10

Analyze > Set Scale

scale-11

Set Scale のウインドウが開く。

各インデックスの意味
  • Distance in pixels: さっき引いたラインの長さの情報
  • Known distance: そのラインの本来の長さ
  • Pixel aspect ratio: 基本は1.0
  • Unit of length: 長さの単位。大抵 µm か nm
  • Global: チェックを入れると、他の全ての画像にも適応される

scale-12

 

"Distance in pixels" のところに、さっき引いたラインの長さの情報が入っている。

13

Know distanceに実際の長さを記入

上の例の場合は 100 µm。

  14 

Unit of lengthsの単位を指定

大抵 µm か nm。今回の例では "um" もしくは "micron" と入れればOK。

scale-15

Global にチェックを入れて "OK"

他の画像も同じ倍率のレンズで撮っていた場合、Global にチェックを入れておくと、他の画像にもこの設定が適応される。

scale-16

 

これでスケール情報が登録される。

後は、上記1の方法でスケールバーを表示されればOK。

保存はJPEGで

Scaleを出してもTIFFで保存するとviewerなどで見えないから、scale情報の画像はJPEGで保存している。

にほんブログ村 子育てブログ ワーキングマザー育児へ