ImageJ-Fiji

以前作成した、Image Jのプロトコール。

※ Fijiのダウンロード:http://fiji.sc/Fiji

Representative Imageの作り方

1. Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。

Split channelsに☑をいれておく。

2. Image → Color → Merge Channels

3. 見せたい色のところにそれぞれのチャネルを設定。

▼ の二つに☑を入れておく。

  • Create composite (それぞれのチャネルに対して操作できる)
  • Keep source images

 

4. 画面の下にスライドバーが出てくる。

それぞれのチャネルに合わせ、

Image → Lookup Tablesで色を変える。

(補色にする。Green-Magenta, Cyan-Red, Blue-Yellow etc.)

Image → Adjust → Brightness & Contrastで明るさを調整する。

ヒストグラムの頂点にMinimun,

裾野にMaximumを合わせると良い。

調整が終わったらApplyを押す。

 

5. Median Filterをかける。

Process → Filters → Median → Radiusを0 pixelsくらいにすると、

2,3pixelのノイズをとれる。

(2000 x 2000の場合はこれくらいが良い。)

 

6. Type → RGB colorにすると1枚の画像になる。

Image → Color → Split Channelsにすると、

個々のチャネルが出てくる。

 

7. それぞれFile→Save as→Tiffで保存。

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