【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い④：群の中央値で補完する
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NAの取り扱いシリーズ第４段。 今回は、他のデータから推測して補完する方法。 よく使われるのは、中央値（median）で補完する方法。 場合によっては平均値（mean）でもいいけど、中央値の方が外れ値の影響 […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い③：他のデータから予測し補完する
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NAの取り扱いシリーズ第３段。 今回は、他のデータから予測できる場合にその情報を使って補完する方法。 他のデータを使って補完 例えば下記のようなデータフレームがあった場合、 "State" が<NA& […]
ナイアシン受容体のHCAR2がミクログリアを活性化し、ADに保護的に働く
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ビタミンB群が神経保護的に働く事は時々聞きますが、その中の1つであるナイアシンは、ビタミンB3に該当し、ニコチン酸（nicotinic acid）とニコチンアミド（nicotinamide）の総称になります。 ニコチン酸 […]
【Illustrator】オープンパスの連結
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Heatmapのテンプレ画像を作る為にイラレ作業中。 ちょこちょこ忘れている所があったので、備忘録。 オープンパスの連携 例えば下図真ん中のように、パスが離れている場合、 色塗りできないからくっつけたい。 こんな時は、離 […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い②：欠損値を含むレコードを削除する
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NAの取り扱いシリーズ第２段。 今回は、NAがある行を取り除いて解析する方法。 NAのある行を抽出 まずは、前回のおさらい。 全体でNAがある行を抽出する方法。 Dat[!complete.cases(Dat),] で、 […]
【Illustrator】検索と置換
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イラストレーター内で、文字を検索したり置換したりしたいとき。 wordみたいに Ctrl＋F／Ctrl+H はできないけど、ちゃんと検索・置換機能がある。 検索と置換 上にある「編集（Edit）」タブから、「検索と置換（ […]
【Rデータ整理】NAの取り扱い方①：NA／NA以外のデータの抽出方法
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データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 前処理：空欄を NA に置き換えてデータをインポートする 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄がある。 これ […]
髄液中の可溶性TAM受容体（sAXLとsTyro3）はアルツハイマー病のバイオマーカーになり得るか
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神経炎症は、アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）を含む多くの神経変性疾患で認める初見で、病態との関連も多く報告されています。 炎症を語る上で外せない細胞の１つがミクログリアですが、そのミクロ […]
【Illustrator】丸（○）のオブジェクトを四角（□）に変換 etc.
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同僚からの依頼。 下グラフのDLB2の黄緑の○を、上のDLB1と同じ深緑色に変えて、形を○から□に変更したい、という内容。 途中まではさくっとできたけど、○ → □ って、どうすればいいかなーと迷ったので、 […]
【Rトラブルシュート】Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection
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Rでcsvファイルを読み込もうとしたら、下記エラーメッセージ↓。 Error in file(file, "rt") : cannot open the connection ちょっと困って、下記を参考にして direc […]
【Excel】カット（コピー）したセルを挿入する時のショートカット
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エクセルでセルをカット（コピー）して別の場所に挿入する場合、 今までは、 １．セルをカット「Ctrl + X」or コピー「Ctrl + C」 ２．挿入先を選択 ３．「Shift + F10」 (右クリック) ４．「Al […]
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?③：FTLD-TDPにみられるアミロイドフィブリルはTDP-43じゃなくてTMEM106B!?
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TMEM106B凝集体のcryo-EM解析第３段。 前回までのおさらいですが、最近、TMEM106B凝集体に関する論文がCellに1報、Natureに2報掲載されました。 Cellの論文は、アメリカ・コロンビア大学のDr […]
【Excelマクロ／VBA】PERSONAL.xlsm/PERSONAL.SLXB を開く
エクセルでマクロを personal.xlsm に記録・呼び出しするためには、PERSONAL.xlsm を開いておかなければならない。 その保存先についての備忘録。 1. 「Win + E」でファイルエク […]
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?②：TMEM106Bの凝集体は神経疾患の他、健常高齢者脳内でも観察される
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前回 [1] に引き続き、 TMEM106Bに関する論文。 今回は、Nature誌に掲載された、イギリス・MRC研究所のDr. Goedert、Dr. Scheresらの研究グループからで、色々な神経変性疾患の他、健常高 […]
【R Markdown】Figureサイズの設定方法
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R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_ […]
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?①：TMEM106Bの凝集体が色々な変性疾患で観察される
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先日、TMEM106Bに関する驚きの論文がCellに1報、Natureに2報掲載されました。 Cellの論文は、アメリカ・コロンビア大学のDr.Fitzpatric、カナダ・英コロンビア大学のDr.Mackenzieらの […]
【Excelマクロ／VBA】開発タブの表示
マクロ登録する時に、開発タブ（Developer）があったほうが便利。 でも、デフォルトでは非表示になっている…… ので、表示させる方法 ↓ 開発タブの表示 １．「ファイル（File）」 ２．「オプション（ […]
Glymphaticドレナージは細胞外タウを洗い流して、タウ凝集化や神経障害を防ぐ
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私達の脳は液体で満たされており、 脳の間質内：脳間質液（interstitial fluid, ISF） 脳室や脳周囲：脳脊髄液（cerebrospinal fluid, CSF） と名付けられています。 ISFは、間質 […]
ガンテネルマブの２回目の第３相治験が始まる：SKYLINE
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Roche社は、抗アミロイドβ（Aβ）抗体のガンテネルマブ（gantenermumab）の２回目の第３相治験についてアナウンスしました。 ドナネマブはAβフィブリルに結合するヒトIgG1抗体でAβのN末と中央部を認識しま […]
【Rトラブルシュート】Error: attempt to use zero-length variable name
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R markdown のチャンクに ```{r fig.height=10 fig.width=6} コード色々 ``` と書いて、「Ctrl + Enter」で実行しようとしたら下記エラーが出た。 Error: att […]
CSF中sTREM2から、ミクログリアの善戦の跡を垣間見る
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TREM2 (triggering receptor expressed on myeloid cell 2) は、脳内では主にミクログリアに発現する膜貫通型の糖蛋白です。 このTREM2をコードする遺伝子TREM2の点 […]
【Rで作図】グループ内でサブブループによってプロットの色と形を変える
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下記のようなグラフがあり、 これにプロットを重ねたい……でもただプロットするだけじゃなくて、各グループ内にいるオスとメスがプロットの形と色で区別できるようにしたい。 そんな場合の備忘録↓ グループ内でサブブループによ […]
PSPとCBDの脊髄にTDP-43病理
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前頭側頭葉変性症（Frontotemporal lobar degeneration, FTLD） は、人格変化、情動異常、言語障害などを特徴とする認知症の1つで、若年性認知症（65歳以下）の症例数としては、アルツハイマ […]
【Rで作図】棒グラフにプロットを重ねる
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最近はどのジャーナルからも「棒グラフにはプロットを重ねるように」と言われると思う。 私自身、プロットしていないと気持ちが悪い。 で、その方法 ↓ 棒グラフにプロットを重ねる 棒グラフだけだと mean とかのデータを使う […]
リコンビナントのタウでも本物に近い構造の凝集体が作れる
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タウは微小管結合タンパクで、その異常凝集体はアルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の主要病理の1つと言われています。 他にも、前頭側頭型認知症（frontotemporal dementia, […]
【Rで作図】x軸ラベルを斜めにする
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下記グラフのx軸ラベルを斜めにしたい場合。 theme(axis.text.x = element_text(angle = 角度, hjust = 高さの調節)) を追加する。 theme(axis.text.x = […]
【Rで統計】F検定とt検定
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等分散の検定 データが等分散かどうか、F test で検証。 var.test(グループ1, グループ2) var.test(Tg$NFT, WT$NFT) アウトプットは下記↓ output F test […]
変異GCaseはシャペロン介在性オートファジーを阻害する
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ゴーシェ病の原因遺伝子 GBA1。 GBA1 はリソソーム脂質加水分解酵素グルコセレブロシダーゼ（Glucocerebrosidase, GCase）をコードする遺伝子で [1] 、GBA1のホモ変異でGCaseの活性が […]
【Rトラブルシュート】Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’
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パッケージ "ggsignif" をインストールしようとして、 install.packages(ggsignif) と入れて実行したら下記エラーメッセージ↓ Error in library(ggsignif) : t […]
タウのインターラクトームマップ
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タウは、アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の主要病理の1つである神経原線維変化（neurofibrillary tangles, NFT）の構成タンパクの1つで、これまでに色々なタンパクと […]
Alzforum: 2021年のまとめと2022年の展望
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今年に入ってから、身内の手術やメンターの他界などであまり頭が働かず、論文もアブストをさらっと見るだけで、内容をまともに読めていませんでした。 でも、このまま停滞していても良くないので、一人抄読会を再開しようと思います。 […]
【Excelマクロ／VBA】Can’t Execute Code in Break Mode
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家で作ったVBAをクラウドに上げて、職場で実行しようとした時に出てきたこの表示。 あれ？と思って調べた時の備忘録。 前置き：別の場所で作ったVBAの参照元を変更した まず、クラウドに上げておいたVBAは、自宅PCの保管場 […]
【Rで作図】x軸の順番を変更
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下記のようにグラフを作った。 # bar graphs factor(Data_NFT_sum$Region, levels=c("Ipsi-Hipp", "Ipsi-Ctx" , "Cont-Hipp" , "Cont […]
【Excelマクロ/VBA】マクロ実行ボタンの設置
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ボタンをポンっと押すだけで自動でマクロを実行できるようにしたい……という場合。 こんな感じでボタンを作っておくと便利 ↓ マクロ実行ボタンの設置 １．「開発」タブ → 「挿入」→ 「ボタンマーク」を選択。 […]
【Rで作図】エラーバーを追加する
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とある棒グラフを作成。 このグラフにエラーバーを付けたい場合、 geom_errorbar() を追加する。 エラーバーをつける 標準偏差（standard deviation, SD） SDは、 dplyr::summ […]