【Rで作図】棒グラフにプロットを重ねる
最近はどのジャーナルからも「棒グラフにはプロットを重ねるように」と言われると思う。 私自身、プロットしていないと気持ちが悪い。 で、その方法 ↓ 棒グラフにプロットを重ねる 棒グラフだけだと mean とかのデータを使うけど、プロットを重ねる時はボックスプロットなどと同じ様に生データのデータフレームを使う。 （コード内では、表の上にもっていきたい方を後ろの方に書く。） 棒グラフの部分は、 stat […]
新着記事一覧
リコンビナントのタウでも本物に近い構造の凝集体が作れる
タウは微小管結合タンパクで、その異常凝集体はアルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の主要病理の1つと言われています。 他にも、前頭側頭型認知症（frontotemporal dementia, FTD）、進行性核上性麻痺（Progressive supranuclear palsy, PSP）、cortico basal degeneration（CBD）、 […]
【Rで作図】x軸ラベルを斜めにする
下記グラフのx軸ラベルを斜めにしたい場合。 theme(axis.text.x = element_text(angle = 角度, hjust = 高さの調節)) を追加する。 theme(axis.text.x = element_text(angle = 45)) angle だけ指定すると、文字は真ん中で回転する。 なので、高さも指定。 theme(axis.t […]
閉経後の女性に朗報？FSHを抑えてアルツハイマー病を防ぐ
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【Rで統計】F検定とt検定
等分散の検定 データが等分散かどうか、F test で検証。 var.test(グループ1, グループ2) var.test(Tg$NFT, WT$NFT) アウトプットは下記↓ output F test to compare two variances data: Tg$NFT and WT$NFT F = 4.3765, num df = 5, denom df = 5, p- […]
変異GCaseはシャペロン介在性オートファジーを阻害する
ゴーシェ病の原因遺伝子 GBA1。 GBA1 はリソソーム脂質加水分解酵素グルコセレブロシダーゼ（Glucocerebrosidase, GCase）をコードする遺伝子で [1] 、GBA1のホモ変異でGCaseの活性が低下し、基質のグルコセレブロシドが肝脾、骨髄、脳内などに蓄積し重篤な症状をきたします。 この変異をヘテロで持つキャリアの人達は、ゴーシェ病への罹患は免れますが、晩年パーキンソン病（ […]
【Rトラブルシュート】Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’
パッケージ “ggsignif” をインストールしようとして、 install.packages(ggsignif) と入れて実行したら下記エラーメッセージ↓ Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’ なので、下記ページを参照して、 install.packages("remotes […]
タウのインターラクトームマップ
タウは、アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の主要病理の1つである神経原線維変化（neurofibrillary tangles, NFT）の構成タンパクの1つで、これまでに色々なタンパクとの相互作用が報告されてきました [1, 2] が、 生理状態のタウと変異タウとでインターラクトームを直接比較した研究はあまりありませんでした。 今回、アメリカ・Glad […]
Alzforum: 2021年のまとめと2022年の展望
今年に入ってから、身内の手術やメンターの他界などであまり頭が働かず、論文もアブストをさらっと見るだけで、内容をまともに読めていませんでした。 でも、このまま停滞していても良くないので、一人抄読会を再開しようと思います。 仕切り直しの初回は、論文ではなく Alzforum から。 先月に投稿されていた2021年のまとめ記事で、頭を整理し直したいと思います。 Aβ抗体による治療 アデュカヌマブ（Adu […]
【Excelマクロ／VBA】Can’t Execute Code in Break Mode
家で作ったVBAをクラウドに上げて、職場で実行しようとした時に出てきたこの表示。 あれ？と思って調べた時の備忘録。 前置き：別の場所で作ったVBAの参照元を変更した まず、クラウドに上げておいたVBAは、自宅PCの保管場所を指定しているはず。 試しにそのまま RUN したら、普通にストップした。 VBAを開いて、下記部分のデータ参照先を 新たに保存したフォルダに変更。 フォルダの場所は、下記方法で […]
【Rで作図】x軸の順番を変更
下記のようにグラフを作った。 # bar graphs factor(Data_NFT_sum$Region, levels=c("Ipsi-Hipp", "Ipsi-Ctx" , "Cont-Hipp" , "Cont-Ctx" )) Data_NFT_sum %>% ggplot(aes(x = Sex, y = mean_NFT, fill = Group)) + geom_col(posi […]
【Excelマクロ/VBA】マクロ実行ボタンの設置
ボタンをポンっと押すだけで自動でマクロを実行できるようにしたい……という場合。 こんな感じでボタンを作っておくと便利 ↓ マクロ実行ボタンの設置 １．「開発」タブ → 「挿入」→ 「ボタンマーク」を選択。 ２．任意の場所にボタンを挿入する。 ３．どのマクロを実行するか選択。 ４．できあがり。ボタンを押すと、指定したマクロが実行される。 複数のマクロ毎にボタ […]
【Rで作図】エラーバーを追加する
とある棒グラフを作成。 このグラフにエラーバーを付けたい場合、 geom_errorbar() を追加する。 エラーバーをつける 標準偏差（standard deviation, SD） SDは、 dplyr::summarise(新規作成列名 = sd(参照データの列)) で求める。 dplyr::summarise(mean = mean(Data), sd = sd(Data)) で、このS […]
【Excel】数式を列全体に一括で適応
普段からオートフィルにはお世話になっているけど、100セル以上とかオートフィルするのは、地味に時間がかかる。 ので、数式を列全体（とか長いセルとか）に一瞬でオートフィルする方法↓ 数式を列全体に一括で適応 方法１：数式を先に入れておく方法 例えば、下記のように、S7に数式を入れておいて、S100くらいまで相対参照でコピーしたい場合。 １．S7に数式を入れる。 ２. 「Ctrl + G」もしくは「F […]
【Rで作図】グラフタイトル、x軸、y軸、レジェンドタイトルを変更する
下記の様に棒グラフを作成。 # bar graphs Data$Group <- factor(Data$Group, levels=c("WTM", "PdM" , "WTF" , "PdF" )) Data$Region <- factor(Data$Region, levels=c("Ipsi-Hipp", "Ipsi-Ctx" , "Cont-Hipp" , "Cont-Ctx […]
【Excelマクロ/VBA】Personal Macro Workbook in Startup Folder must stay open for recording
マクロを登録しようとしていたら、下記表示が出て先に進めなくなった。 Personal Macro Workbook in Startup Folder must stay open for recording ……ちょっと前に別のウィンドウを消していってて、誤って Personal Macro Workbook も消してしまったらしい。 で、再度 open させる方は下記。 &nbs […]
進行の早いアルツハイマー病のタウの構造の違いを間接的に検証
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）は、認知症をきたす疾患の中で最も症例の多い疾患ですが、同じADでも、10年以上かけてゆっくり進行するタイプもあれば、発症から数ヶ月～1年程度で急激に症状が悪化するタイプもあり、その臨床経過は様々です。 以前より、発症から2－3年以内に急激に臨床症状が悪化し、死亡してしまうタイプのADを「急性進行形AD（rapid pro […]
【Rデータ整理】列の順番を並び替える：select
データフレームの列の順番を並び替える時は、列選択で使用する dplyr::select を使う。 例えば、下記の様なデータフレーム（データ名: Dat1）があって、 これを左から 「Sex -> Genotype -> Region -> Area -> NFT -> FN -> それ以外の列」 とゆーふーに並べ変えたい場合、 dplyr::select(Dat […]
【ファイルエクスプローラー】拡張子を表示
普段隠れているファイルの拡張子。 時々表示させて確認したり、拡張子を変更したりしたい。 ……そんな時には、 ファイルエクスプローラーの「表示」タブ→「表示／非表示」にある「ファイル名拡張子」にチェックを入れる。 ・ ・ ・ 拡張子が表示される。
Aβ38が多いと認知機能低下がマイルド
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の主要病理の1つ、アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) 。 Aβは、アミロイド前駆蛋白 (Amyloid precursor protein, APP) から、まずβセクレターゼでN側が切断され（β切断）、次にγセクレターゼでC側が切断され（γ切断）、Aβとして細胞外に分泌されます [1, 2]。 この […]
【Rで作図】ggplot の基本概念
ggplot (ggplot2) では色々なグラフがかけるけど、基本概念は「レイヤー構造」で作る、という事。 イメージは photoshop や illustrator のレイヤーと似てる。 ggplot() でグラフ作りを始め、 aes() でx, y 軸などを決定し、 その上に追加要素としてレイヤーを重ねていくイメージ。 できたグラフは ggsave() で出力する […]
【Excel】01, 001…という形で記入する方法
エクセルで、「01」と記入しても、自動的に「1」と変換されて困る事がある。 特に、ID番号とか付けたい場合は、順番がずれないように「01」とか「001」にしたい。 この場合は、「書式設定」を変更する。 01, 001… という形で記入する方法 問題のセル（もしくは行や列）を選択し、 右クリック（もしくは「Shift + F10」）。 「セルの書式設定（Format Cells̷ […]
Aβがp181タウとp217タウを誘導する
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の２大病理といえば「アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）」と「タウ」ですが、 この２つの病理はどちらが先か、という議論は以前から続いていました。 １０年以上前までは「アミロイド仮説（Aβ → タウ）」が主流で、Aβがタウをリン酸化する経路も多く報告されました [1] 。 その後、「 […]
【Rデータ整理】ちょっとした集計：dplyr::summarise
データフレーム内の合計や平均値などを求める時、Rでは「aggregate関数」が用意されているけど、比較的作業時間がかかるため、「dplyr::summarise」の方が良さげ。 ちょっとした集計：dplyr::summarise 全体での平均値を出す場合 例えば、下記テーブル “Data” の “FN” と “NFT” の列 […]
【Excel】セルをドラッグできなくなったら……
ある時期から、自宅PCのエクセルでセルのドラッグができなくなった。 オートフィルとか、ページセクションとか、トラックボールでできなくって結構不便……。 で、知らべたら解決方法が。 セルをドラッグできるようにする設定方法 １．「ファイル（File）」 ２．「オプション（Options)」 ３．「詳細設定（Advanced）」 ４．「フィル ハンドルおよびセル […]
【CPSを上げたい！】色々なクリッキング法のアンケート結果：中間報告
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加齢による炎症増加のメカニズムに核ラミナの減少が関与
加齢による慢性炎症は、アルツハイマー病やパーキンソン病などの神経変性疾患と密接に関係しており、 炎症がこれら変性疾患の二次的変化だけでなく、増悪因子として働く事は周知の事実だと思います。 でも、どうして歳をとると慢性炎症が起こりやすくなるのでしょうか？ 今回、アメリカ・MDI生物学研究所の Dr. Samuelらのグループは、 「加齢により各ラミナが減少し、それによって炎症遺伝子の発現が上がる」 […]
【Rデータ整理】文字を切り出して新しい列に追加する：mutate／substr／str_sub
文字列から一部だけ切り出して、新しい列を作りたい時。 列の追加は dplyrパッケージ: mutate 文字の切り出しは R標準パッケージ: substr or substring stringrパッケージ: str_sub 等を使う。 substr 例えば、下記テーブル “Data” の “Group” 列の左から3番目の文字 “ […]
【Excel】セルの装飾で、違うセルの値を参照する方法
幾つかの遺伝子改変マウスを管理するときに、セルを色分けしているとわかりやすい。 ただこの場合、例えばバイジェニックだと２個のセル（DFとDG）を参照して別セル（DD）をハイライトする事になる。 今回はその方法の備忘録。 違うセルを参照にして特定のセルを装飾する １．装飾したいセル（私の場合は列）を選択した状態で、「ホーム（Home）」タブ → 「書式（Style）」 → 「条件付き書式」→ 「新し […]
2022年 注目の臨床試験（Nature Medicine）
2022年、医療科学界で注目されている臨床試験について、Nature Medicine が各領域のリーダー達にインタビューしています。 感染症から変性疾患まで、11の臨床試験がピックアップされました。 2022年に注目すべき11の臨床試験 Treatment Condition or disease Sponsor Phase and size Mosaic nanoparticle immuno […]
【Excel】オートフィル etc. のショートカット
マウス（動物の方）の管理をExcelで行っているけど、私は基本マウス（PCの方）操作が嫌いなので、キーボードのショートカットを多用している。 前回は相対参照⇔絶対参照のショートカットキー「F4」を書き留めたので、今回は次によく使う「オートフィル」と、その他よく使うショートカットキーについて書いておく。 オートフィル（AutoFill）とは ある上下のセルに数値を入れ、そのセルを選択して右下にカーソ […]
2022年 注目の科学（Nature）
新年を迎えました。 2022年、サイエンス界でどのようなイベントが注目されているのでしょうか？ 今回は、Nature誌の ”2022年に注目すべきサイエンスイベント” からの情報。 今年注目されている領域は、コロナウイルスのオミクロン株、惑星探査、物理のビックデータ etc. のようです。 2022年 注目の科学（Nature） COIVD-19 は続く COVID-19がパンデミックを起こしてか […]
2021年 今年のブレイクスルー研究（Science）
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 今回は、Science誌の ”2021 Breakthrough of the Year” から。 2021 BREAKTHROUGH OF THE YEAR 全ての蛋白構造決定がAIで可能に 今年のブレイクスルーに選ばれたのは、AIのタンパク構造解析でした。 1972年のノーベル賞受賞式で、アメリカ人生化学者 Chris […]
Windows 11で表示されるようになったタスクバーの余計なアイコンを非表示
先日 Windows 11 にアップグレードしてから IME でちょっとイラッときたので、この機会にタスクバーに追加された余計なアイコンも削除した。 アップグレードによってタスクバーに追加されたアイコンは下記5点（Edgeは、職場のPCに接続する為に以前から使用していた） ……だけど、いずれも下記のように代用可能もしくは要らない。 Win アイコン → 「Win キー」 検索ボックスアイコン → […]
2021年 Nature選出サイエンスニュース（Nature）
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 今回は、Nature誌の ”The science news that shaped 2021: Nature’s picks” から。 2021年 Nature選出サイエンスニュース（Nature） コロナウイルス変異株はワクチンが効きにくい!? 今年もコロナウイルスの話題でもちきりー特に新たに現れた変異株達。 2020 […]
Windows11: 日本語IMEの削除
先日 Windows11 にアップグレードしてから、日本語IMEも再インストールされていた。 私は Google Japanese Input の方が断然好きで、日本語IMEは要らない……。 どころか、英語との切り替え時に「Alt+Shit」を押すとなぜか Google Japanese Input を素通りして日本語IMEとENG(US)との間で切り替わるようになり、Google Japanes […]