パーキンソン病患者さんの歩行を助けるロボ
パーキンソン病（Parkinson’s disease, PD）は、非運動症状（睡眠障害、便秘、嗅覚異常 etc.）の後に、運動症状（安静時振戦、筋強剛、無動/寡動、姿勢反射障害 etc.）をきたし、重症化すると歩行が困難になります。 運動症状は、早期の段階ではL-DOPAやドパミン受容体アゴニストなどの薬物療法で改善できますが、症状が進行すると、薬物療法だけでは対応できず、脳深部刺激 […]
新着記事一覧
髄液中GAP-43は、Aβに関連したタウ病理を反映する
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の二大病理のひとつ、タウ凝集体の病理は、シナプスを介して広がっていくことが分かっています [1,2,3]。 また、二大病理のもう一つ、アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) は、異常な神経活動過活動を誘発し、神経ネットワークを介したタウ病理の脳内進展を増悪させます [4,5,6] 。 ADの患者脳内では、 […]
Alzforum: 2023年のまとめと2024年の展望
頭は停滞していても、Alzforumのチェックだけは欠かすべからず。 去年はこれをまとめるだけの気力がなかったですが、今年は挽回……とゆーことで。 Alzforumの2023年のまとめ記事。 治療 レケンビ（レカネマブ） 去年、最も世間を賑わせたのが、Leqembi（Lecanemab）ですね。 2023年7月に承認を受けてから、アメリカの複数の大学ですぐに実用化されました。 日本でも2023年9 […]
α-シヌクレインを減らしてパーキンソン病を防ぐ
パーキンソン病 (Parkinson’s disease, PD) はその多くが孤発性ですが、10％程度に遺伝性で発症する家族性PDがあります [1]。 その中で、主要病理蛋白であるα-シヌクレイン (α-synuclein, α-syn) をコードするSNCA遺伝子のコピー数が2倍体 [2]、3倍体 [3] と、α-synの発現量が増えることで家族性PD（PARK4）を発症することが […]
【Outlook】Exchangeでメールを同期
職場のメールがExchange Serverになったので、自宅PCのOutlookにも同期させることに。 Exchangeに接続 コントロールパネルを開き、右上の「View by」のリストで「Small icons」を選ぶ。 「Mail（Microsoft Outlook）」を選択。 「Mail Setupのウィンドウが開いたら、「Profiles → Show Profiles…」を […]
APOE-E136S (Christchurch) 変異がアルツハイマー病に打ち勝つメカニズム
以前、PSEN1-E280A変異という強力な家族性アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の遺伝子変異を持ちながら、70歳まで認知症を発症しなかった、APOE3 R136S変異（Chistchurch変異、APOE3ch）の症例 [1] について取り上げましたが、 今回、米国ワシントン大学のDr.Holzmanらは、APOE3chのモデルマウスを作製し、マウス […]
2024年 注目の科学（Nature）
新年を迎えました。 2024年、科学の世界でどのようなイベントが注目されているのでしょうか？ Nature誌の ”2024年に注目すべきサイエンスイベント” からの情報。 今年注目されている領域は、やはりAI、そして月面再着陸、超高速スーパーコンピュータ、などなど。 2024年 注目の科学（Nature） AIの躍進 皆さんお馴染みのChatGPT。 去年はChatGPT-4がリリースされ […]
【RMarkdown】チャンクオプションの色々
R Markdownのチャンクオプション（include など）は、コードチャンクやその出力の表示方法および動作を制御するために用いる。 これにより、レポートの構成や内容を柔軟にカスタマイズすることが可能となる。 RMarkdownのチャンクオプション色々 include オプション チャンク全体を出力に含めるか否かを制御するオプション。 include = TRUE: チャンクのコードと結果を出 […]
2023年 今年のブレイクスルー研究（Science）
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 諸事情で、帰国後ほとんど post 出来なかった Self Journal Club ですが、少し the shape of the land が見えてきたように思うので、こちらも徐々に復活させていきたいです。 まずは、毎年楽しみにしている Science の Breakthrough of the Year から。 20 […]
【ファイルエクスプローラー】ファイル名を一括で変更
これまで、ファイル名をハイフン “-” で区切っていたけど、諸々の事情でアンダースコア “_” に変更することに。 でも、一つ一つ手作業で変更するのは大変。 ……とゆーことで、ファイルエクスプローラー内のフォルダ名やファイル名を一括で変更する方法の備忘録。 いくつか方法があるけど、私はWindowsを使っているので、PowerShellを使って一括変 […]
【Rデータ整理】文字列や数値の抽出：str_extract／str_extract_all／readr::parse_number
文字列の抽出には、stringrパッケージのstr_extract()やstr_extract_all()を使う。 また、数値の抽出には、readrパッケージのparse_number()も使える。 3つの関数のざっくりとしたイメージは以下の通り。 str_extract(), str_extract_all(), parse_number()の特徴 str_extract()：最初の一致を抽出 […]
【Rデータ整理】マッチするかどうかを返す：str_detect／grepl
特定の条件にマッチするかどうかを判定する関数には、str_detect() と grepl()を使うことができる。 str_detect() は stringr パッケージの関数で、grepl() はRの標準パッケージ（base）。 どちらとも正規表現が使える。 シンプルな検出なら grepl() でもよいけれど、str_detect()の方が汎用性が広いので、こちらをよく使っている。 また、st […]
【Rデータ整理】文字列のマッチする箇所の数を返す：str_count
str_count(string, pattern) は、文字列内に正規表現pattern がいくつ出現するかをカウントする関数。 この関数は、stringr パッケージに含まれているので、まずは、library(stringr) でパッケージを読み込む。 install.packages("stringr") library(stringr) str_count() str_count()の基本 […]
【Rデータ整理】文字列を繰り返し複製する：str_dup／strrep
文字列を繰り返し複製する時には、str_dup() と strrep()などを使う。 str_dup()：stringrパッケージの関数で、ベクトル化が簡単、使い方が直感的。 strrep()：base R (標準関数)の関数で、追加パッケージのインストールは不要。 類似の関数にrep()があるけど、これは、ベクトル全体を繰り返すのに使う。str_dup()とstrrep()は文字列 […]
【Rデータ整理】文字列のフォーマットを変更する：str_to_upper／str_to_lower／str_to_title／str_to_sentence
文字列のフォーマットを変更する時には、stringrパッケージに含まれているstr_to_upper(), str_to_lower(), str_to_title(), str_to_sentence()等を使う。 文字列のフォーマットを変更する関数 大文字にしたい → str_to_upper() 小文字にしたい → str_to_lower() タイトルケースにしたい → str_to_ti […]
【Rデータ整理】文字列vector要素を繋げて1つの文字列にする：str_flatten／paste0
あるvectorの要素を繋げて一つの文字列にしたい場合、str_flatten()やpaste0()を使う。 どちらも文字列を結合（連結）するための関数だけれど、使い方や挙動にいくつかの違いがある。 str_flatten() str_flatten() は、stringrパッケージの関数で、ベクトル内の要素を1つの文字列に結合するために使う。 ベクトル内の各要素を、collapseの区切り文字で […]
【Rデータ整理】文字列の抽出や置換：str_sub／substr
文字列を部分的に抽出したり、置換したりするときには、R標準パッケージ（base）のsubstr()、もしくは stringrパッケージならstr_sub()を使う。 substr()とstr_sub()の違い substr() は、Rの標準関数で、インストール不要でどこでも使える。 str_sub() は、stringrパッケージの関数で、可読性が高く、機能が充実。 実際には、以下の […]
【Rデータ整理】文字列の長さを数える：str_length／（nchar）
文字列の中の文字数をカウントする方法としては、R標準パッケージ（base）に含まれるnchar()関数や、stringrパッケージのstr_length()関数等を使う。 ここでは主にstr_length()関数についてまとめておく。 str_length() str_length() の基本構造 str_length(string) 引数 string: 文字列または文字ベクトル。str_len […]
【Rデータ整理】データフレームの結合：dplyr::join
2つのデータフレームを結合するときには、dplyr::join()関数を使う。 join()関数は、dplyrパッケージの関数なので、まずはdplyrパッケージをインストールして読み込む必要がある。 install.packages("dplyr") library(dplyr) ただし、join()という関数自体はdplyrには存在せず、inner_join()、left_join()、righ […]
【Rデータ整理】rownames()の使い方色々
Rのrownames()関数は、データフレームや行列（matrix）の行名（row names）を取得または設定するための関数。 基本的な使い方 行名を取得する rownames(データフレームまたは行列) 例： df <- data.frame(A=1:3, B=c("X", "Y" , "Z" )) rownames(df) # 行名を取得 output [1] "1" "2" "3" […]
R標準パッケージ（base）とstringrパッケージはどちらが速いのか？
前回、R標準パッケージ（base）とstringrパッケージの比較をしてみて、「処理速度は、場合によってはbase、場合によってはstringrの方が速い」ということがわかった。 で、具体的にどのときにbase、どのときにstringrが速いのか、調べてみた。 処理速度に関する違い stringr の方が速い場合 ベクトル化された処理が可能なため、stringrの方が速くなることがある。 一貫した […]
【Rベーシック】リスト (List) を他の型に変換：unlist()
とあるデータをインポートし、数セル分だけ抽出。 # データのインポート df1 <- read_excel("Data/data.xlsx", sheet="mom" ) df2 <- filter(df1, df1$...3=="Unknown" ) RefGene <- df2[df2$...5=="GAPDH" , "...6" ] ここでRefGeneはリスト型で返ってく […]
【Rトラブルシュート】ggplot2 で “scale_fill_manual” が効かないとき
下記コードを書いて、scale_fill_manualでバーグラフの色を指定したけど、効かなかった。 p1 <- ggplot(df_6h, aes(x=Sample.name, y=Rel.Exp)) + stat_summary(fun=mean, geom="bar", colour="black" ) + scale_fill_manual(values=c("Cont"="whit […]
【RStuido】パッケージをアップデート
古いバージョンのパッケージを使っている場合、互換性の問題を引き起こす事がある。 この場合、update.packages()でパッケージをアップデートすると良い。 update.packages() アップデートが必要なパッケージをどんどん見つけ出してくれる。 「UPDATEしたい？」と聞かれるBOXが現れるので、「YES」とすれば、自動でアップデートしてくれて便利。
テプラの無線接続設定いろいろ
職場で、キングジムのテプラPRO SR599Pを購入。 このテプラ、PC上でデザインして、無線で印刷できるスグレモノ。 ……なんだけど、無線の設定に手間取ったので、同僚のPC設定のために備忘録。 いくつか方法があるけど、環境によって設定方法が異なる。 共通項目：アプリケーションのインストール ここは共通。 KING JIMのHPから、テプラPRO用ソフトウェア（とドライバ）をダウンロードする。 ダ […]
Creative Cloud のアイコンに紐づけするアカウントを変更
今まで、個人で Adobe Creative Cloud をサブスクリプションしていたけれど、今度から職場の Adobe ライセンスを利用できるようになりました！ 2011年にAdobe がサブスク化してから、驚くほど使用料が高くなった……けれど、Adobe 関係の App は毎日と言っていいほど使っているので、弱者は言われるままでに高額サブスク料を支払うのみ……という関係がもう10年以上続いてい […]
個人の OneDrive から職場の OneDrive にデータを移行
最近職場が変わり、任期なしポストに着任しました。 これからよっぽどの事がない限り職場が変わらない……とゆー意気込みで、この機会に、個人購入していた Office365 を職場の Office365（テニュアは無料！）に完全移行することにしました。 で、そこで問題となるのが、長年貯めてきた OneDrive のデータ。 最初は地道に “ダウンロード → アップロードR […]
iphoneでテザリングしてPCをインターネットに接続
最近、思い切って異動！で、自宅から2時間弱かけて通うようになって……まあ、遠いです💦 往復4時間近くの通勤時間を無駄にはできないので、特急電車で通勤し、移動中も仕事の時間に！ で、そこで重要となるのが、テザリング。 電車の中にもWiFiは入っているけど、まだイマイチ遅いので、毎回iphoneでテザリングして、メールのやりとりなどをしています。 今回はその […]
【Rトラブルシュート】undefined columns selected
grepで特定の行を抽出しようとして下記コードを書いたら、 data=c <- Data[grep("Int", Data$ADNC, invert=T)] 下記メッセージ。 Error in `[.data.frame`(Data, grep("Int", Data$ADNC, invert = F)) : undefined columns selected あれ？と思って […]
【Rデータ整理】行の抽出：filter
データフレームから、dplyr::filter()を使って、特定の行を抽出する方法。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Cohort Sex Age ADNC LBDSubtype 1 149 LBD M 83 Low BP 2 634 AD M 78 High DN 3 632 AD F 75 High BP 4 901 LBD M 74 Not T […]
【Rデータ整理】行の抽出：grep ✕ 正規表現
データフレームから、grepを使って、特定の行を抽出する方法。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Cohort Sex Age ADNC LBDSubtype 1 149 LBD M 83 Low BP 2 634 AD M 78 High DN 3 632 AD F 75 High BP 4 901 LBD M 74 Not TL 5 621 AD […]
【Rデータ整理】列の抽出：[ ]を使う
[ ] (square brackets)を使って、各要素にアクセスする方法は、下記参照。 この基本を使って、データフレームの列を抽出する。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Cohort Sex Age ADNC LBDSubtype 1 149 LBD M 83 Low BP 2 634 AD M 78 High DN 3 632 AD F 75 Hig […]
【Rデータ整理】行や列の抽出：[]を使う
[ ] (square brackets)を使って、各要素にアクセスする方法は、下記参照。 この基本を使って、データフレームの行や列を抽出する。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Cohort Sex Age ADNC LBDSubtype 1 149 LBD M 83 Low BP 2 634 AD M 78 High DN 3 632 AD F 75 H […]
【Rトラブルシュート】Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ℹ Please use `linewidth` instead.
久しぶりにRで作図していたら、下記メッセージ。 Using `size` aesthetic for lines was deprecated in ggplot2 3.4.0. ℹ Please use `linewidth` instead. あれ？今までこんなメッセージ出てなかったのに……と思って調べると、ggplot2 3.4.0からは、線の太さを「size」ではなくて「li […]
【Rで作図】棒グラフを作る
以下に示すのは、ggplotを使って、平均値で棒グラフを作る方法。 前準備 パッケージのインストール あらかじめ、必要なパッケージをインストールしておく。 library(tidyverse) library("ggplot2") データフレームのインポート 使用するデータフレームをインポートする。 今回は、任意の場所に作っておいたxlsxファイルを使用。 # xlsxファイルの読み込み Data […]
【QuPath】複数の画像を並べて表示
右側のパネルに、画像を複数並べて表示したい場合、 「View」→「Multi-view」→「Wet grid size」を選択すると、色々選択肢が出てくる。 1ｘ1 1ｘ2（横並び） 2ｘ1（縦並び） 2ｘ2 3ｘ3 Add row：行を追加 Add column：列を追加 Remove row：行を削除 Remove column：列を削除 Reset viewer sizes：設定をリセット […]