【Windows】IPアドレスの確認方法／サブネットマスク／デフォルトゲートウェイ
Linux で IP アドレスを確認する方法をメモったので、 ついでにWindowsのも書き留めておく。 コマンドプロンプトを使ってIPアドレスの情報を取得 Win + R で “Run” ウィンドウを開く。 検索欄に “cmd” と入れて、コマンドプロンプトを開く。 Win キーのみで、検索欄に command prompt (もしくは cmd) […]
新着記事一覧
【Linux】IP address の確認方法
Linux で IP アドレスを確認する方法。 私は Ubuntu 22.04 LTS を使用している。 以前は ifconfig が使えてたけど、Ubuntu 18 Ver.以降はデフォルトでは使えなくなっているよう。 で、どうするかというと、 ipコマンドを使う。 IP コマンドで IP アドレス情報を取得する 試しに ip address (ip a)と入れてみる (a は […]
NASの設定 (Synology)
研究室に戻ってきて、少しずつセットアップを進めつつある今日この頃。 今日は、イメージデータ保存のためのNASのセットアップを行った……ので、せっかくなので備忘録。 Network-Attached Storage (NAS) とは Network-Attached Storage (NAS) は、LAN に接続して利用する外付けHDDのこと。 通常の外付けHDDとの違い 通常の外付けHDDは、PC […]
【Synology】 ユーザーIDとパスワードをリセット
帰国後、以前セッティングしていた Synology NAS のユーザーIDとパスワードを忘れてしまっていて、さらにどこにもメモっていなかった……orz。 ……このままでは前に進めないので、下記方法でリセットした。 Synology NAS をリセット 1. Synology 本体の後ろにあるリセットボタンを、細長い棒 (クリップの先等) で長押し。 2. 「ビーッ」と音がなるので、ボタンを離す。 […]
【Synology】 インターネット経由でDSMのセッティングができなかった件
帰国後、ラボで Synology のセッティングをしようとしたけど、ブラウザのアドレスバーに「find.synology.com」と入れても、 LAN内にあるはずのSynology DS218j を認識してくれなかった。 ブラウザにIPアドレスを入れてアクセスしようとしたけど、Synology DiskStationのユーザー名とPWを忘れてしまっていて、アクセスできない……。 とりあえず Syn […]
【Synology】DSM のアップグレード
帰国後、Synology のセットアップ中。 久しぶりに Synology のアカウントを開いたら、DSM のバージョンが古かったのでアップデートした。 DSM のアップグレード：コントールパネルから コントロールパネルを開き、 System → Update & Restore を選択。 DSM 7.0 が available になっているので、”Update” […]
仮想マシンの保存場所を変更する
先日、Hyper-V で仮想マシンを作成したけど、保存場所の初期設定が 構成ファイル：C:¥ProgramData¥Microsoft¥Windows¥Hyper-V フォルダ内 仮想ハードディスク：C:¥Users¥Public¥Documents¥Hyper-V¥Virtual hard disks フォルダ内 の状態にしていた。 私はCドライブは起動系やプログラムファイルのみに […]
Hyper-V仮想マシンにUbuntu22.04を入れる
RStudio Server を利用したくなったけれども、RStudio Server で必要な OS は Linux。 なので、仮想マシンに Linux distributions の何かを入れて、そこに RStudio Server をインストールする必要がある。 とゆーことで、今回はHyper-Vの仮想マシンに Ubuntu22 をインストールしたときの備忘録。 ローカルで仮想環境を構築する […]
【RStudio Server】Ubuntu で RStudio Server の構築
以前、RStudio Cloud を導入して使用していたが、使用限度などの問題があり、なんだかんだと使い辛さを感じるようになってきた。 なので、しばらく敬遠していた RStudio Server 環境作りに着手することにした。 RStudio Server を使うメリット 計算端末と操作端末を分離できる RStudio Server を、ハイスペックのローカルPCに導入しておけば、R のスクリプト […]
仮想化システムについてのまとめ
仮想化・仮想サーバーについての覚書。 仮想化 (Virtualization) とは 仮想化とは、物理的な環境にとらわれることなく、ハードウェアに含まれるCPU、メモリなどのリソースを倫理的に分割・統合する技術のことで、サーバ仮想化、ストレージ仮想化、ネットワーク仮想化……など、いくつかの種類がある。 仮想マシン (Virtual Machine, VM) とは 仮想マシンとは、仮想化の一つ、「サ […]
Linux についてのまとめ
Linuxについての覚書。 Linux とは Linux とは、Windows や Mac OS と同じ Operating system (OS) の一種。 Windows や Mac OS などの OS は有料だけど、Linux は無料で公開・配布されているため、誰でも手軽に使える。 オープンソースで、誰でもフリーで使える。 スマホやTVなど、身の回りの機器の多くで使用されている。 Linux […]
Windows10/11: 時刻を設定する
アメリカから帰国してしばらく経ったある日の事、子供から「PCの時刻を設定し直して。」と頼まれた。 画面を見ると、時刻設定がアメリカのまま。 夕方なのに明け方の時間になっている。 「OK。」 と二つ返事でOKし、日付のところを右クリック。 “Adjust date/time” を選択して画面を開いたけれど……。 「……選択できない。」 “Time zoneR […]
【QuPath】スキャナ画像を取り込んで観察する
QuPath でスキャナイメージを観察する方法 (基本)。 スキャナ画像のインポート 画面左側にある “Create project” をクリックすると、 フォルダーの作成が要求される。 プロジェクトを作成したい場所に新規フォルダを作成し、名前をつける。 プロジェクトフォルダができると、そこに、撮影済みのスキャナ画像の構成済みファイルをドラッグ＆ドロップで入れ込む。 (再構 […]
【QuPath】QuPathのインストール
以前まではHaloでスキャナ画像の解析をしていたけど、 異動先のラボではHaloを導入していなかった……とゆーことで、フリーソフトのQuPathを使う事に。 せっかくなので、方法等を随時書き留めていく事に。 QuPathのダウンロードとインストール まずは QuPath のインストール。 下記サイトからダウンロードする。 私は Windows を使用しているので、Windows のサ […]
変更したCSSが、キャッシュ機能のために反映されないときの対処法
先日、Prism.jpのThemeを変更し、サーバーにアップロードしたけど、CSSが反映されなかった。 最終的に、Chromeのキャッシュを削除したら解決したので、それらの備忘録。 キャッシュ機能とは キャッシュ機能とは、ブラウザやサーバーなどに一時的にウェブページのデータを保存し、次に同じページを開いた時に素早く表示させる仕組み。 色々なところでキャッシュ機能を使っているので、どのキャッシュが効 […]
【Rで統計】正規分布とrnorm, dnorm, pnorm, qnorm
Rを使った正規分布関連の覚書。 正規分布 (normal distribution) とは 正規分布とは、平均値と最頻値・中央値が一致し、それを軸として左右対称となっている確率分布。 多くの統計的手法において、データが正規分布に従うことを仮定している。 正規分布の特徴 紡錘形 左右対称 平均値と中央値が中央で一致している 「平均」と「分散」が重要 正規分布の68-95-99ルール 約68％のデータ […]
【Rベーシック】If 構文
if 構文、if else 構文、if else if 構文の覚書。 If 構文 iF 構文は、他の反復 構文と同じく、 if (条件){処理} で表す。 例1：rnorm の標準正規分布で出てきた数値が正の数だったら、”Greater than 1″ とプリントする。 “rnorm” は、正規分布の値から無作為に数値を抽出する関数。 […]
【Rベーシック】空ベクトル etc.を作る
データフレームの要素などにあてがう時は、空vectorなどを先に作っておき、そこに処理結果を書き込むようにする。 空のvectorやlistを作る場合は、 vector() 、data frameの場合は matrix() と data.frame() を使用して作成。 空ベクトル (Empty Vector) vector(mode = X, length = Y) mode は データ型 do […]
【Rベーシック】For ループ
For ループは「仕事を反復 (iterate) する」ループ機能の一つ。 for(条件){処理} で表す。 前回紹介した While ループと違うのは、()内に繰り返す回数が入る事。 For ループの書き方と While ループとの違い 例1：”Hello”とプリントする。 while ループだと、 # TRUEだったら"Hello"とプリントする。 while(TRUE […]
【Rベーシック】While ループ
while ループでは、ある条件式が与えられると、その条件式が偽になるまで処理を繰り返し続ける構文。 while(条件){処理} で表す。 Rではapplyファミリーで代用できるし、速度も遅いので、他の言語ほどは while loop を使わない。 でも、基本は知っておく必要がある。 永遠に繰り返す while ループ 例1：TRUEだったら”Hello”とプリントする # […]
【Google日本語入力】数値入力の初期設定を半角にする
Google日本語入力で数値を打ち込む時、デフォルトは全角。 でも、2桁以上の場合は半角が良いと思う……ので、「数値設定を半角にする方法」の覚書。 Google日本語入力 の数値入力の初期設定を半角にする方法 1．右下の「ひらがな／英数アイコン」を右クリック。 2．「プロパティ」を選択。 3．「入力補助」のタブを選択。 「文字グループ」リストの「数値」の「変換前文字列」 […]
【Rベーシック】リスト (List) を作る
リストは異なるデータ構造を複数個格納することができるデータ構造の事。 Vector, Matrix, DataFrameなども混ぜて格納できる。 リスト (List) を作る list は list() で作成する。 my_list <- list( v=c(1,2,3,4,5,6), v2=c("a","b","c"), m=matrix(1:6, ncol=2), df=data.fra […]
【Rベーシック】データフレーム (Data Frame) を作る
データフレーム (data frame) の作り方色々。 データフレーム (Data Frame) とは データフレームは list の２次元バージョン。 データサイエンスで最も多く使用される。 データフレームにはここのベクトルをまとめて２次元の表にする。 ここの vector は表の中の “列” になる。 それぞれの列は異なる型のデータを格納できるが、同じ列内は vect […]
【Rベーシック】行列 (Matrix) を作る
行列 (Matrix) の作り方。 行列 (Matrix) とは matrix は線形代数の行列と同じように、２次元配列に値を格納する。 Matrix を作る 行を指定する場合 matrix を作る時は、行列に再構成する vector を渡し、さらに nrow 引数に数値を渡して行列の行数を定義する。 すると matrix は指定された行数の行列になるように vector を再構成す […]
【Rベーシック】ベクトル (Vector) を作る
ベクトル (vector) の作り方。 ベクトル (Vector) とは vector は１次元ベクトルとして値を格納する。 イメージは、「１列のデータセット」。 例えば、下記の場合、Boxの中にそれぞれ数値が入っている。 これは、左から１，３，７，１１，１４という数字が格納された vector。 vector の中身は、数値でもいいし、文字列でも良い。 だたし、数値と文字列の混在の […]
抗体のエピトープのホモロジーを調べる
抗体のエピトープマップのホモロジーを調べる時。 例えば、以下の抗体。ヒトの抗体しかないので、マウスに使えるか、相同性を確認してみる。 免疫原：Recombinant fragment corresponding to Human ATP13A5 aa 537-629. Sequence: ILLNGTIQGDPLDLKMFEGTAWKMEDCIVDSCKFGTSVSNIIKPGPKASK SPVE […]
2023年 注目の科学（Nature）
新年を迎えました。 2023年、サイエンス界でどのようなイベントが注目されているのでしょうか？ Nature誌の ”2023年に注目すべきサイエンスイベント” からの情報。 今年注目されている領域は、月面再着陸、mRNAワクチン、地球温暖化対策 etc. のようです。 2023年 注目の科学（Nature） 次世代ワクチン COVID-19 の mRNA ワクチンの成功を受けて、様々な製薬会社が様 […]
2022年 今年のブレイクスルー研究（Science）
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 帰国後、臨床が忙しすぎて一人抄読会も全くできていませんでしたが、やっぱり Sience誌の Breakthrough of the Year だけはまとめておきたいかな……と思い、筆をとりました。 2022 BREAKTHROUGH OF THE YEAR 宇宙望遠鏡 JWST の華々しいデビュー 今年のブレイクスルーに選 […]
【Rデータ整理】１列目を行名に指定する：rownames
例えば、下記データフレームを作る。 # データフレームを作成 df <- data.frame( x = c("A", "B", "C"), y = c(1, 3, 5), z = c("Apple", "Banana", "Cherry") ) # データフレームを表示 print(df) output > print(df) x y z 1 A 1 Apple 2 B 3 Bana […]
【Rデータ整理】列の抽出／削除／並び替え：select
例えば下記データ（Data_c）がある。 X ID Cohort Sex Age ADNC 1 1 232493 LBD Male 83 Low 2 2 326342 AD Male 78 High 3 3 326322 LBD Female 75 Low 4 4 219018 LBD Male 74 Low 5 5 326217 AD Male 78 High 6 6 324906 LBD Ma […]
【Rデータ整理】データの中身（構造）を確認する：str
データをインポートしたらまず始めにする作業。 今回は、同じ階層にある”my_Data”というエクセルファイルをインポート library(readxl) Data_C <- readxl::read_xlsx("../my_Data.xlsx") str()でデータの中身を確認する。 str(Data_C) output tibble [1,052 × […]
【Rデータ整理】１行目を列名に指定する：colnames
下記のようなデータが得られて、 １行目の値を列名に宛てがいたい場合。 colnames() で列名を１行目に指定した後、１行目を削除する。 colnames(df7) <- df7[1,] df7 <- df7[-1,]
【Rデータ整理】行の並び替え：arrange／order／sort
下記のようなデータフレーム(df)があり、行を昇順or降順で並べ替えたい時。 私が使いやすいと思う順で arrange() , order , sort() の使い方を書き留めておく。 dplyr::arrange() 関数 arrange() はdplyrのパッケージの中に入っている。 install.packages("dplyr") library(dplyr) 昇順で並べ替え 方法は、 a […]
【Rデータ整理】データフレームの行と列を入れ替える：t／as.data.frame
下記のようなデータがあって、行と列を入れ替えたい場合。 t(データ) でOK。 df6 <- t(df5) ただこれだと行列で返ってくるので、 > class(df6) [1] "matrix" "array" > is.data.frame(df6) [1] FALSE as.data.frame でデータフレームに戻す。 > df7 <- as.data.fram […]
【Rデータ整理】重複する列を削除：distinct
下記のようなデータがあって、 “Deceased” が “True” と “False” と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか count(group_by()) で求めると、 Dat1 <- read_xlsx("./Data/test.xlsx") %>% rename(OldestCDR = ' […]
【Rデータ整理】特定の条件を満たす行数をカウント
例えば、下記のようなデータがあって、 “Deceased” が “True” と “False” と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか知りたい時。 count(group_by()) で求める。 Dat1 <- read_xlsx("./Data/test.xlsx") %>% rename(Olde […]