【Rデータ整理】文字列の中に数式を入れたい場合：str_c／paste
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例えば作表の際、列名に「(N = 数字)」という情報をいれたくて、数値は計算式で出したい場合、 stringr::str_c() 文字列操作は Hadley氏作製の stringr パッケージで完結できる。 string […]
Year: 2021年
タウフィラメントの構造でタウオパチーを分類する
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クライオ電子顕微鏡法（cryo-electron microscopy, cryo-EM）でのフィラメント構造解析については、このブログでも何回かとりあげました。 主に、イギリス・MRC分子生物学研究所の […]
【Rデータ整理】NAを無視して計算する：na.rm = TRUE
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Rにはベクトル専用の関数が多く用意されている。 例えば、 sum() ：合計を求める mean() ：平均値を求める median() ：中央値を求める etc. この時注意したいのが、データフレーム内に「 […]
【R Markdownトラブルシュート】Run All Chunks Above が使えなくなった件
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ある日、今までサクサク動いていた "Run All Chunks Above" ボタンが、全く反応しなくなりました。 Ctrl+Alt+Shift+P を押してもダメだし、 右上の、"Run" タブから "Run All […]
ミクログリアはナノチューブを介して、お隣さんにα-synをおすそ分けする
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ミクログリアは脳内のお掃除屋さんで、アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）、タウ、αシヌクレイン（α-synuclein, α-syn）など、神経変性疾患に関わる様々な病的蛋白を貪食・分解・除去してくれています […]
【Rデータ整理】2つの要素をまとめて、新しい列に追加する：fct_collapse
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例えば、あるデータ（Data）内に Alzheimer's disease neuropathologi change (ADNC) の項目があり、 そのデータフレームに ADNC="Not" と ADNC="Low" […]
もっと大規模な、ADのGWAS解析
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アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) の90％は孤発性で、リスク遺伝子多型に関しては今までにも何度かゲノムワイド関連解析 (genome-wide association study, G […]
【Rデータ整理】小数点以下を0.00とかに揃えたい場合
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R で小数点第○○位まで出したい、というときは、Excel でもおなじみの Round 関数が使える。 round(データ, 桁数) round(0.12345, 3) output 0.123 ただこれだと、小数点以下 […]
早発性家族性アルツハイマー病の原因遺伝子：Upsala APP deletion
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家族性アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) の殆どはAβ産生系の遺伝子に変異があり、10％はアミロイド前駆蛋白 (Amyloid precursor protein, APP) の遺伝子に […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names
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R Markdown で Knit しようとしたら、下記 warning が出て止まった。 Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match prev […]
Wi-Fi が繋がらない場所で iPhone のインターネットが使えなくなったけど、見事に解決した件
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ある時から、iPhone の通信マークがずっとぐるぐるして（spinning gear）、インターネットに繋がらなくなりました。 Wi-Fi に繋いでいたら普通に使えるので、問題は LTE/4G にあるよう…… &nbs […]
CHAMP7の核内集積がNPC異常のきっかけになり、ALS特有のTDP-43異所性凝集を誘導する
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筋萎縮性側索硬化症 (Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS) は、主に上位下位の運動神経が障害されていく疾患で、約10%が家族性、90%が孤発性に発症します。 ALSで同定されているものの […]
【Rデータ整理】スコア “1+, 2+…” を数値 “1, 2…” に変換し、データ型を数値型に変更
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相変わらず R でデータ整理中。 今回は、データベースに記載されている 1+, 2+ などのスコアを数値 1, 2... に変換し、データ型を数値型に変更する方法。 データベースから落としてきたときは、下記のようになって […]
公開日・更新日の設定とGoogle 検索画面に「更新日」を表示させる方法
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賢威8.0 では、投稿記事の日付を、 表示しない 投稿日と更新日を表示する 更新日を表示 投稿日を表示 の4種類から選択できる。 日記的要素が強いブログなら、「投稿日」の方が意味があると思うけれど、 情報発信系ブログなら […]
【Rベーシック】パイプ演算子：%>%
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便利なパイプ演算子 %>% ……の覚書。 パイプ演算子とは パイプ演算子は、左辺のオブジェクトを右辺の関数に入れる機能を持つ演算子。 %>% %>%はtidyverseに含まれているパイプ演算子。%&g […]
【Rで作図】EPSファイルやsvgファイルで出力
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R は色々なグラフィックスが作れて嬉しくなる。 作成した図表をそのまま R Markdown で出力できるのも魅力の一つだが、場合によっては、別のソフトで編集したいときも。 私の場合、Figures 等を作 […]
【Rで作表】tableoneで全てのカテゴリを表示する方法
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医学臨床系論文の Table 1. は、たいてい "Patient Demographics"… その "Table 1" を作るために非常に便利な R パッケージ: tableone。 基本的な使い方は、 […]
【Rデータ整理】列名とデータ型の変換
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R にデータを取り込んで、そこから最初に行う作業の備忘録。 データのインポート 私は、データベースからエクセル (.xlsx) でデータを取得し、それを R に取り込む場合が多い。 エクセルの取り込みは、 readxl: […]
運動は認知機能低下を抑制できるー特に血漿中タウが高い人に効果的
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運動がアルツハイマー病などの認知症予防に効果的であることは、このブログでも何度かとりあげました。 機序的にも疫学的にも、運動の認知機能に対するポジティブな効果は疑いようがないんじゃないかと思います。 でも運動の効果って、 […]
【Rデータ整理】データフレームの結合 : join
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最近リバイスが返ってきて、データ整理に追われ中…… n数を増やす目的等で他から持ってきたデータを結合させた時の備忘録。 dplyr::join dplyr パッケージの join 関数を使う。 join 関数は４種類。 […]
【PowerPoint】Adobe Acrobat のスクリーンショットを貼り付けた画像の解像度が悪いときにはコレ！
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先日、同僚のプレゼンテーションで、Adobe Acrobat のスクショ機能を使って貼り付けたであろう画像がぼやけていたので、 改善方法を伝えたらとても感謝された。 個人的には最近ほとんど使わなくなった Adobe Ac […]
【Rトラブルシュート】”R code execution error”
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ある時、R でコードを打つ度に、"R code execution error" という warning sign に遭遇するようになりました。 普通に仕事は進められるけど、警告の度に作業がストップされるので、ちょっと […]
【Excel】グラフの形式（フォーマット）をコピーする
一つのテーマで複数のグラフを作るときには、フォーマットをあわせたくなるのが心情。 でも、一つ一つフォーマットを作り直していたら時間が勿体ない。 そんな時便利なのが、「グラフのフォーマットをコピペする」方法。 グラフのフォ […]
【Rデータ整理】データフレームの行名と列名を変更：rownames／rename／colnames
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下記のようなデータフレームがあり、この表の行名（左側の列）と列名（一番上のヘッダー行）とを変更したい場合。 Estimate Std. Error Pr(>|z|) OR CI_low CI_high (Inter […]
ある遺伝子の発現量を、脳部位別、細胞別、細胞内小器官別で確認するサイト達
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脳内にある、特定の遺伝子やタンパクの発現量をみるとき、いくつか方法があるけど、個人的によく使うサイトを書き留めておく。 主にはmRNAレベル。 脳の部位別発現量をみたいとき 使っているのは「Allen Brain Atl […]
【Rトラブルシュート】unused argument
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この間まで普通に動いていた下記コードが、突然エラー表示に。 Data_D <- readxl::read_xlsx("sample", guess_max=40000, range="A1:AK755") %> […]
【Excel】セルの中で改行する方法
この間、同僚から 「どうやったらエクセルのセルの中で改行できるの？」 と聞かれました。 普通に「Enter」を押すと、セルの中で改行せずに、下のセルに移動してしまいます。 「セル内で改行」したいときには、 […]
社会から隔離されると睡眠不足になり過食にはしる……という事をハエで検証
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COVID-19 で自宅待機が長らく続き、精神的に辛い日々を過ごされた方は多いんじゃないかと思います。 外を出歩けず、対面で人と話せず……社会的に隔離されたように感じていたかもしれません。 アメリカでは、COVID-19 […]
【VSCode】正規表現を使って置換
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例えば、下記のようなコードで、 省略された小数点3桁目が「0」の場合にその「0」を追加したいと思った場合。 何万字の中から一つ一つ見つけ出して置換していくのは大変。 そんなときは正規表現を使ってサクッと置換する。 正規表 […]
海馬のリップル波は血糖値を調節する？
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睡眠時、海馬で観察される脳波の一つにリップル波（sharp wave ripple）があり、学習直後の睡眠時に一過性に上昇して記憶の定着に関与することが知られています [1]。 また一方で、海馬は視床下部とのコネクション […]
【賢威8.0】関連コンテンツユニット等の画像が「no image」となる事への対応：メイン画像に差し替える
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Google AdSense の 関連コンテンツユニットを見ていると、メインページの画像が「no image」になっていた。 でも、賢威にサイト全体のアイキャッチ画像を設定する項目はない。 ……この「no image」画 […]
タウのオリゴマーはアストロサイトの老化および HMGB1 分泌を促し、神経障害や認知機能障害を悪化させる
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神経変性疾患分野では、老化細胞 (senescent cells) への注目が集まっていると思います。 以前、老化したグリアを除去するとモデルマウスのタウ病理と認知機能が改善したという論文を紹介しましたが、 今回は、その […]
【Excel】COUNTIF (COUNTIFS) で、A ∪ B（A集合 OR B集合）の数をカウントする
例えば、下記のように、臨床診断 (Clinical Dx) が PD (Parkinson's disease), PDD (Parkinson's disease with Dementia), DLB (Dement […]
GABA受容体を持つミクログリアは抑制性シナプスを剪定する
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ミクログリアが神経シナプスの剪定を行い、シナプスの再編や可塑性に重要な役割を果たしている事は周知の事実ですが、 その働きについては主に興奮性シナプスについて研究されてきました [1, 2]。 ただ、最近明らかになってきた […]
特殊記号のショートカットキー (Alt コード)
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個人的によく使っている特殊記号 (Alt コード) の出し方備忘録。 単位 etc. Alt 0181 : μ (μg とかで使う。) Alt 0176 : ° (後ろに C を打って ℃ にする。) 遺伝子や名前 et […]
言語障害の患者さんが話そうとしている内容を読み取るデバイス
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脳卒中や筋萎縮性側索硬化症 (Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS) などの疾患で、手足も動かせず、言葉も発せられない患者さん達は、自分の考えていることを周りに伝えることができません。 私 […]