タウワクチン「AADvac1」の第二相試験の結果
アデュカヌマブのFDA限定承認で注目を集める、アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の免疫療法ですが、 もちろん、アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) だけでなく、もう一つの AD 主要病理であるタウに対する免疫療法（ワクチン、抗体療法）もどんどん開発され、続々と臨床試験が行われています。 今回、Axon Neuroscience SE社が […]
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2021年
【RStudio】パッケージを読み込めないとき
先日、今まで普通につかえていた R Markdown ドキュメントを開いて Knit しようとしたら、途中でエラー表示がでました。 内容は、「tidyverseがインストールされていない」というもの。 Error in library(tidyverse) : there is no package called ‘tidyverse’ 「あれ？」と思って、tidyverse を再インストールする […]
【Photoshop】「別名で保存」が「JPEG」でできなくなった件
ある日、Photoshop をアップデートしたら、JPEGで保存ができなくなった。 保存形式の選択肢は、 PSD PSB PDF TIF の4種類に激減…… 困って調べると、下記にその理由と対処法が載っていた……ありがたし！ JPEG で保存ができなくなった経緯 5月のアップデートで、画像に透過情報が含まれるだけで、JPEG が選択できなくなってしまったらしい。 従来の「別名で保存」を実行した場合 […]
外傷による核細胞質間輸送の障害がTDP-43病理を引き起こす
「頭部外傷 (traumatic brain injury, TBI) 」には、 一回の強い外傷によって生じる頭部外傷 複数回の慢性的な外傷によって生じる脳障害 に分けられます。 後者の中に、「慢性外傷性脳症 (chronic traumatic encephalopathy, CTE) 」も分類されます。 CTE は、複数回の頭部外傷後に進行性の認知機能低下を生じる神経変性疾患です [1]。 ボ […]
【Excel】フィルター & ソート（並べ替え）機能
今更だけど、エクセルのフィルターとソート機能って便利だな－と思うので、必要な誰かのために記録。 フィルターで要らない行を隠す 例えば下記データがあって、”D: FreezerLocation” が空欄の行は使わない場合 ▼ 必要なセルを選択した状態で、Ctrl + Shift + L もしくは、リボンから Data > Filter でフィルター機能をO […]
ニューロンのAPOEは免疫系を介してアルツハイマー病の神経障害に寄与する
アポリポタンパクE (Apolipoprotein E, APOE) は、孤発性アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の最大のリスク多型ですが、その多くはアストロサイトから分泌されます [1]。 以前、アストロサイト由来のAPOEがAD病理に与える影響について取り上げました [2, 3]。 でも、ニューロンから極わずかに分泌されているAPOEも、ADの病 […]
【Rベーシック】データ構造とデータ型
データ構造とデータ型の覚え書き。 データ構造 データ構造とは データ構造とは、データがどのように入っているのかを定めるもの。 Rでは５種類のデータ構造がある。 ベクトル (Vector) 行列 (Matrix) 配列 (Array) リスト (List) データフレーム (Data Frame) ベクトル (Vector) vector は１次元ベクトルとして値を格納する。 １つの vector […]
【Excel】空行を一括削除する方法
先日同僚から、下記のように１行空きの状態の Excel データが送られてきた。 このまま R に取り入れるんだったら問題ないんだけど、今回は Excel のままで作業するために、空行を削除。 1,2行の場合：”Ctrl + – “ 1,2行だったら、普通に「Ctrl + -」で行削除すればいい。 ……けど、今回は1000行近くあったので、これだと時間と労力がかか […]
将来アルツハイマー病になるかどうか、凄い精度で診断するツール
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) のバイオマーカーは年々進化していっているように感じています。 私が修練医だった頃は、髄液中Aβ42/40比の有用性は報告されていたものの、たいていは神経診察と脳MRI、SPECTやFDG PETくらいで診断していました。 今では、アミロイドPETに加えてタウPETが登場し、近年は髄液中ではなく血漿のリン酸化タウが測定 […]
サイトスピードの向上：Google PageSpeed Insights で100点をとるまでの軌跡
去年の夏、サイトスピードが遅いという警告があり、PageSpeed Insights で確認したら、 モバイル: 17 デスクトップ: 56 というひどい状況だった。 「なんとかせねば」と思い、ウェブ上で地道に調べて修復していった。 その方法で88点くらいまでには改善したけれど、それ以上はなかなか素人では難しかったので、 最後はプロの人に相談し、最終的に モバイル: 98 デスクトッ […]
【Rトラブルシュート】caret がインストールできなかった件
caret を install.pakages ("caret") でインストールしようとしたら、 Error in install.packages : object 'caret' not found となってインストールできなかった。 下記に答えが ▼ install.packages('caret', repos='http://cran.us.r-project.org') […]
加齢により髄膜のCCR7+リンパ球が減り、認知機能が悪くなる
脳の髄膜リンパ管が “再発見” されてから [1, 2]、神経変性疾患と髄膜リンパ管との関連についての研究が立て続けに報告されています [3, 4, 5]。 それと並行して、髄膜内の免疫系についても注目が集まっているようです (Glossary 参照)。 今回、アメリカ・メイヨー・クリニックの Dr. Mesquita, Dr. Kipnis らの研究グループは、 加齢によ […]
【Excelマクロ/VBA】Excelマクロを使って、作業時間を大幅に短縮する
仕事をしていると、結構同じ作業が必要なことが多い。 例えば私の場合、 ラボのデータベースから情報を取り出して、エクセルでダウンロードする。 このとき、色々なDx名がやたら長いので、全部省略したい。 e.g. Alzheimer’s disease -> AD でも、Dx名は十数種類あるので、全部書き換えてたら時間がかかる。 こんなときに、エクセルマクロで瞬時に作業を完成させると気 […]
【CPSを上げたい！】ドラッグクリック・バタフライクリック・ジッタークリックの方法とおすすめのマウス
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【R Markdown】アウトラインの表示
ドキュメントの中身が長くなってくると、ほしいコードや文書がどこにあるかわかりにくくなる。 そんな時、ドキュメントのアウトラインを表示しておくと、内容を整理しやすいし、目的の場所にすぐジャンプすることができて便利。 アウトラインの表示 普段は下記のような表示設定。 右上の、アウトラインボタンを押すと、 スクリプトペインの右側にアウトラインが表示される。 スクリプトで、 # : h1タグ ## : h […]
レヴィ病理の構成成分は、α-シヌクレインと細胞小器官
パーキンソン病 (Parkinson’s disease, PD) や多系統萎縮症 (Multiple system atrophy, MSA) の主要病理、レヴィ小体やオリゴデンドログリア細胞内嗜銀性封入体 (glial cytoplasmic inclusion, GCI) の主要成分は、α-シヌクレイン (α-synuclein, α-syn) と言われています。 1960年代か […]
【Excel】全ての空欄を抽出し、文字を入力する方法
Excelで、空欄は「空欄ですよ」と明記したい……。 そんな時、私は下記方法で空欄に「NA」と一括で記入しています。 全ての空欄を抽出し、「NA」と入力する方法 1. まず、どこかのセルに「NA」と入れておいて、 2. Ctrl + Cでクリップボードにコピーしておく。 3. 下記データの空欄を「NA」で埋めたい場合、 空欄のある列を選択しておき、Ctrl + G で「ジャンプ（Go To）」画 […]
タウのアセチル化がシャペロン介在性オートファジーを抑制し、タウ病理を促進する
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の主要病理の一つ、タウは、リン酸化の他、アセチル化、ユビキチン化、SUMO化、ニトロ化など、色々な翻訳後修飾（post-translational modification, PTM）を受けており、様々な機序で病態に関与すると言われています。 今回、アメリカ・アインスタイン メディカルセンターの Dr. Cuervo […]
【VSCode】Emmetを使う
VSCodeを使用する際、 マルチカーソル Emmet Snippet の3つを使うか使わないかで、全然効率が違うと思う。 前回、Snippetの書き方をまとめたので（こちら）、 今回はEmmetの備忘録。 Emmetとは Emmetは、Syntax, HTML, CSSなどを省略記法で簡潔に記述するためのコード。 指定された形式で記入すれば、VSCodeが判断して補完してくれる。 私はHTMLし […]
アルツハイマー病のタウ病理の広がり方は4種類
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の主要病理の一つ、神経原線維変化 (neurofibrillary tangles, NFTs) は、主に過リン酸化タウで構成されています。 このタウ病理の広がり方については、Dr. Braak の提唱する「Braak仮説」が最も有力とされています [1]。 ただ、実際の AD 患者さんの脳MRIをみていると、Pos […]
ファイル エクスプローラーの一番最初の行にアクセスする方法
ファイル エクスプローラーで任意のファイルやフォルダを選択したい時、 これくらいの量だったらそこまで問題ないと思いますが、 フォルダ内のファイル／フォルダの数が多い場合、ファイル／フォルダをあれこれ探していると時間が勿体ないですね。 その場合、目的のファイル／フォルダの「イニシャル or 番号」を入力すると、そこまでジャンプして選択できます。 でもこの方法、一番上のファイル／フォルダには適応されな […]
正規表現とメタ文字の覚え書き
色々使える正規表現の覚え書き。 正規表現（Regular Expression, Regex）とは 正規表現とは、「いくつかの文字列を一つの形式で表現するための表現方法」。 この形式を使えば、違う言葉etc.が入った文字列でも検索することが可能となる。 正規表現では、「一つの形式で表現する」ため、いくつかの文字に対して特別な意味を与えている。 . ^ $ [ ] * + ? | ( ) \ &nb […]
【R Markdown】R Markdown の使い方色々
R Markdownとは、RとMarkdownが結合されたもので、文章の表示とRの実行が同時にできる事が魅力の1つ。 R Markdownでは文章の中にコマンドを同梱できるため、ファイルが複数に散逸せず、整理しやすいという利点がある。 また、rmdファイルを送った相手に、解析内容を詳細に伝えられ、また相手側で簡単に再現できるという、 共同研究を行う上で最重要項目の1つ、「データを正しく共有」という […]
Aβ抗体療法成功の鍵は髄膜リンパ管が握っている？
アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) の抗体療法は、アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の治療として最も期待がかかっている治療法の一つですが、 治験の結果は、マウスの実験結果ほど手応えがない……というのが現状です。 マウスとヒトとで脳内環境が異なる、というのがその答えになるとは思いますが、 では具体的にどこを改善したら、ヒトでもAβ抗体療 […]
【VSCode】自動整形
VSCodeで自動整形するときの備忘録。 自動整形のショートカット 自動整形（auto formatting）のショートカットは、 Windowsの場合：Alt + Shift + F Macの場合：Shift + Option + F Linuxの場合：Ctrl + Shift + I ※v.1.6からはデフォルトで自動整形機能が搭載されているが、それより以前のVer.でフォーマッターがインスト […]
【Rで作図】複数グループのグラフの順番を並べ替える
facet_wrap で３グループのグラフに分けて、ボックスプロットを作った。 MMSE <- filter(Data, complete.cases(Disease), complete.cases(LBD_Subtype)) %>% ggplot(aes(x = Disease, y = MMSE)) + geom_boxplot(outlier.shape = NA) + ggb […]
シンタックスハイライトを維持した状態でコードをメール本文に貼り付ける方法
ある日、友人にR Markdown のコードを確認してもらいたかったんですが、添付ファイルがごちゃごちゃしていたので、本文にも重要箇所だけ記載しておきたいという気持ちになりました。 でも、シンタックスハイライトがないと、なんとも読みにくい…… そこで、シンタックスハイライトを維持したままメールに添付する方法 ▼ R Markdown の内容を VS codeに貼り付け VS code を使います。 […]
ミクログリアが Aβのコア・プラークを作っていた
Alzheimer’s disease (AD) の 主要病理の一つである アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) プラークですが、その形態によって、いくつかの種類に分かれています [1, 2]。(Glossary参照) その中でも、孤発性 AD の脳内で多くを占める Aβプラークは、 中心にコアを持つ、典型的老人斑 (cored plaques) 中心にコアを持たない、び […]
【Excel】重複する行を削除
例えば、下記のようなデータがあった場合 最左の”ID”の列をみてみると、いくつか重複する数字がある。 これら重複する行を選出し、１つだけにしたい場合の方法。 重複する箇所をハイライトする 実際、どこが重複しているかこのままでは見にくいので、まずは重複箇所をハイライトする。 （しなくてもいいんだけど、私はこうした方が、ちゃんとworkしているか確認できるので、安心。） A:I […]
MSA由来の凝集体の α-syn を増幅させるのは難しいみたい
神経変性疾患で大きなトピックとなっているタンパク凝集体の実験について。 リコンビナントのタウやα-シヌクレイン (α-synuclein, α-syn) の凝集体は、実際の患者さん脳内のタンパク凝集体と構造が異なることが、度々問題になってきました。 でも、ヒトの脳からタンパク凝集体を抽出するのは毎回大変だし、サンプル数も限られている…… という事で、うちのラボで必死になってやっているのが、 「ヒト […]
【Rベーシック】演算子
演算子等の覚え書き。 論理演算子 論理演算子 < 左片は右辺より小さい > 左片は右辺より大きい <= 左片は右辺以下 >= 左片は右辺以上 == 等しい != 等しくない ! 否定 | 両辺のどちらかはTRUE & 両辺がともにTRUE || 条件内での “どちらかTRUE” && 条件内での “ともにTRUE& […]
【Rトラブルシュート】’rlang’ does not have a namespace
ある日突然、今までできていた パッケージのインストールができなくなることが時々ある。 今回は、’tidyverse’ を読み込もうとしたら、下記メッセージが出てきて止まった。 Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’: package ‘rlang’ does not have a namespace … […]
α-syn フィブリルから放出された α-syn オリゴマーが神経細胞障害をおこす
アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) もタウもα-シヌクレイン (α-synuclein, α-syn)も、 モノマー → オリゴマー → フィブリル とだんだん大きく凝集していき、 神経細胞やそれ以外の場所に蓄積していきます。 またフィブリル等の一部が離れてシードとなり、別の細胞内で新たなフィブリルを形成し、病態を伝播させるとも言われています。 このざっくりと3つに分 […]
コアウェブバイタル「CLSに関する問題:0.25超（パソコン）」問題への対処法と、それを通して学んだ事
ある日、Google Search Console から 「CLS issue: more than 0.25 (desktop)」 という警告が届きました。 対象 URL は、なんと 200強……萎えます。 中身をみると、ずっと “need improvement” が続いていて、ある時とうとう “poor” 境界線を超えてしまったようです。 もと […]
SOD1変異のALS患者さんを対象とした、発症前診断・治療の治験
superoxide dismutase-1 (SOD1) の変異は、家族性筋萎縮性側索硬化症 (familial Amyotrophic Lateral Sclerosis, fALS) の原因遺伝子として知られています。 アメリカ・マイアミ大学の Dr. Benatar らのグループは、このSOD1変異の方々が、ALSの症状を発症する前に、アンチセンスオリゴヌクレオチド（antisense o […]
アストロサイトが運動神経回路形成のゴールデンタイムを決める
個体の発生段階で、神経回路が形成されていくわけですが、このダイナミックな動きには、色々な分子の増減が関わっていて、 その時間・空画的な制御をイメージすると、その精密さはまさに「神業」と思ってしまいます。 今回、アメリカ・オレゴン大学のDr. Ackerman、Dr. Doeらの研究グループは、ショウジョウバエモデルを使って、 運動神経回路形成のゴールデンタイムをアストロサイトが制御し […]