【Excel】プルダウンリストから選択し、リスト毎に文字やセルを修飾する
エクセルで情報管理しているときに、時々「これはリストから選べるようにした方が効率的だな」と思う時があります。 例えば私の場合、マウスのジェノタイプを入力するときに、 +/+ +/- -/- と入れていますが、エクセルでは計算式と間違わないために、直前に「’（シングル・クオート）」を入れて下記のように入力しなければなりません。 ‘+/+ ‘+/- ‘- […]
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2021年
TREM2 を急に減らすとミクログリアの貪食機能が上がり、Aβ プラークが減る
TREM2 (triggering receptor expressed on myeloid cell 2) は、アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) のリスク遺伝子の一つで、 TREM2 の変異をヘテロで持つ人達は、low-of-function で約3倍 AD になりやすいといわれています [1, 2]。 また TREM2 ノックアウトマウスでは、 […]
【Rで統計】Rank 関数を使って非正規分布のデータを解析する
先日、共著者から送られたデータの中に、下記のようなコードがありました。 model <- lm(rank(Data$MMSETotal, ties.method = "average", na.last = "keep") ~ LATE + ADcopath + Phenotype + GlobalAgeOnset + Education + MMSEtoDeath, Data) %> […]
【WordPress】自動整形機能によるPタグが勝手に入らないようにする
ワードプレスには自動整形機能があり、ビジュアルテキストなどで書いた記事に、自動でPタグなどをつけてくれています。 ただ、私のように、別のテキストエディタで記事を書き、ワードプレスのテキストエディタに貼り付けている場合、 <!--コメントアウト--> の部分にも勝手にPタグがついてしまい、余計な空白部分ができて困ります。 プラグイン「Advanced Editor Tool […]
ドナネマブの第3相臨床試験決定：TRAILBLAZER-ALZ3
抗 アミロイドβ 抗体ドナネマブ (Donanemab, LY3002813) の第2相臨床試験の結果を受けて、 イーライリリー (Eli Lilly) とバナー・アルツハイマー病研究所（Banner Alzheimer’s Institute）がドナネマブの第3相試験を行うことを発表しました。 対象者は、 「認知症を発症していないけれども、血漿 p-tau217 が上昇 […]
【Rデータ整理】Factor 内の順序を入れ替える
例えば下記のように、 症例の年齢 Alzheimer’s Disease Neuropathologic Change (ADNC) で10症例のデータフレームを作った場合。 Age <- c(65, 72, 82, 68, 75, 74, 78, 68, 69, 80) ADNC <- c("Intermediate", "High" , "Low" , "Interme […]
【The Thor】テーマを The Thor に変更し、AMP化の設定を行う
私のサイトでは、メインドメイン、サブドメインともに PageSpeed Insights で90点以上を保っていましたが、 サブドメインの個別記事は、アフィリリンクを貼っているものが多く、低速化が懸念されていました。 以前にも AMP化を試みた事はあったのですが、レイアウト崩れが困ったので、結局元にもどしていました。 けれども、以前購入して、そのままだった【THE THOR（ザ・トー […]
PD／MSA由来増幅 α-Syn の ドパミン神経細胞毒性についてと、DJ-1 欠失の影響について検証
パーキンソン病 (Parkinson’s disease, PD) と多系統萎縮症 (Multiple system atrophy, MSA) の主体病理は α-シヌクレイン (α-synuclein, α-syn) の凝集体で、 その凝集体の構造の違いが、病理の脳内分布や臨床症状の違いに影響を与えている、という考えが一般的になっています [1] 。 以前、ベルギーの Dr. Bae […]
【Rトラブルシュート】glm 関数でのエラー：Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in ‘y’
先日、多重ロジスティック回帰分析を行っていて、下記の様に入力していたら、 model <- glm(LATE ~ Age + Sex + DLBType + ADNC, data = Data_L) 下記のエラーが出た。 Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in […]
サイドバーのウィジェットの位置がずれて、コンテンツの下に表示されるようになった件
先日、サブドメインのテーマを変更し、フォーマットを整えていたのですが、 その途中で、トップページの右にあるはずのサイドバーのウィジェットが、記事下に移動してデザインが崩れる、という事態に遭遇しました。 ちょうどテーマを変更中の出来事だったので、そのテーマの設定内容を間違えたのかと思い、 一度テーマを削除して入れ直したりしましたが、改善しません。 その際、元のテーマに戻しても同様の現象 […]
将来アルツハイマー病になるかもしれない人たちの脳の特徴……？
高齢になればなるほどアルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) に罹患する人たちの数は増えていきますが、 同じ年齢でも AD になる人とならない人がいます（どんな病気でもそうですが。） その原因を究明すべく、研究者たちは日夜頑張っているわけですが、 今回、アメリカ・マウントサイナイ医科大学の Dr. Tu らの研究グループは、 AD の人たち AD じゃない人 […]
【Rベーシック】NA とは何か？
「NA」とは、「Not Available」の略。 欠損値の場合もあるし、「認識できない」ときにも表示される。 TRUE #1 で表される FALSE #0 で表される NA という感じで、TRUE でも FALSE でもない場合に、「NA」と表示される。 eg. 下記のように入力した場合、 TRUE == TRUE TRUE == 5 FALSE == 1 FALSE == FALSE […]
【賢威 8.0】サイト全体のフォントを変更
WordPress のテーマを賢威8.0に変更し、諸々ありがたく思っているのですが、フォントに若干の違和感があったので、変更しました。 賢威 8.0のデフォルトのフォントは、 游ゴシック ヒラギノ角ゴシック Pro メイリオ MSPゴシック のような順番になっていますが、 body, input, textarea{ font-family: 'Yu Gothic Medium', '游ゴシック […]
【Rで統計】共分散分析：ANCOVA
共分散分析 (analysis of covariance, ANCOVA) は、 従属変数が「連続型」の場合、1つ以上の独立変数がその連続型の共変量に影響を及ぼしているかどうか調べる時に使う。 「共変量を用いる」という点を除けば、本質的には分散分析 (analysis of variance, ANOVA) と同じ。 R で ANCOVA をする時は、「重回帰分析 ＋ 分散分析」というイメージ。 […]
そろそろブロックエディタに慣れようとクラシックエディタ機能をOFFにしてみたけど、やっぱり困ってしまっている件
私は、ブログの記事を VS Code で作成し、Wordpress のテキストエディタに貼り付けて使用している。 WordPressはずっとクラシックエディタを使っていたが、 「そろそろブロックエディタに慣れないとかなー」 と思い、思い切ってクラシックエディタのプラグインを停止してみたら、やっぱり苦労した……。 色々調べて思ったのは、 「このブロックエディタは私みたいに別のエディタで […]
アストロサイト-IL-3／ミクログリア-IL-3Rαのクロストークは、アルツハイマー病に保護的に働く
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) などの神経変性疾患において、ニューロンだけでなくグリアやサイトカインの役割も次々と明らかになってきています [1]。 インターロイキン３ (Interleukin-3, IL-3) は、炎症や自己免疫疾患との関わりが強いサイトカインですが [2]、 AD のリスク [3, 4, 5, 6] や重症度 [7, 8] と […]
【Rで統計】順序ロジスティック回帰分析
回帰分析をする際、 目的変数が Yes or No などの２つだと、通常のロジスティック回帰を行うが、 これが、例えば Not, Low, Intermediate, or High のように、 ３つ以上の場合は、順序ロジスティック回帰を使う。 順序ロジスティック回帰をRで行う方法 例 ある遺伝子多型 の major allele は “C”, minor allele は […]
【PowerPoint】プレゼンテーションを記録して保存する
ちょっと前、自分のプレゼンテーションの内容を録画・録音して送る必要があったので、その方法を書き留めておく。 2つ方法があるけれど、個人的には「画面録画」を使う方法の方が便利だと思う。 「画面録画」を使って録画・録音する方法 録画の準備 1. 画面上部の「挿入 (Insert)」タブから、「画面録画 (Screen Recording)」を選択。 2. 領域を選択するパネルが現れるので、「Selec […]
LDL受容体を過剰発現すると、APOE の発現を抑えてタウ介在性神経変性が改善する
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) と脂質異常症の関係は以前から報告されており、Low-density lipoproteins (LDL) とアミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) 、タウとの関係も研究されてきました。 ADと脂質異常の関係で最も頭に浮かんでくるタンパクはアポリポタンパクE (Apolipoprotein E, APOE) […]
【Rデータ整理】文字の置換：gsub／sub／str_replacement／str_replacement_all
とある csv データを取り込み…… Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 数値になっていてほしいところが、文字列で認識されている。 これはなんでかというと、 例えば Revenue や Expenses の行は、3桁毎に「,」で区切られているが、R はこれを「数値」だとは認識せず、「文字列」として認識している。 また、Revenue […]
【Excel】IF関数とAND関数の組み合わせ
先日、下記のような一塩基多型データを受け取った。 その場所のSNPは C or T。 このデータから、 a1/a2 ともに C だったら「CC」 a1/a2 の片方が C で片方が T だったら「CT」 a1/a2 ともに T だったら「TT] それ以外（空欄）だったら「NA」 と入力したい。 これを Excel で作業するときには、「IF関数」と「AND関数」を組み合わせる。 IF関数 IF関数 […]
タウのアセチル化を抑制すると、外傷性神経変性を抑制できる
外傷性脳損傷 (traumatic brain injury, TBI) は、外傷による神経障害を指し、特に後にタウやTDP-43が異常凝集し、神経変性が起こる慢性外傷性脳症候群 (chronic traumatic encephalopathy, CTE) が社会問題となっています。 外傷後にどのように神経変性が起こるのかについては、様々なメカニズムが推測されており、治療ターゲットとしていくつか […]
【Rデータ整理】factor と numeric の変換
これからデータ整理の色々と書き留めていく予定。 まず、とあるcsv データを取り込み。 取り込みの方法は下記 ▼ Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 factor になっていてほしいところが、numeric で認識されている。 そして、サマリーをみてみると、 と、西暦なのに最大値とか最小値とか平均値とか四分位とかが出ている……。 & […]
【プラグインなし】記事内のコードにシンタックスハイライトを適応
以前、シンタックスハイライトのプラグインを紹介しましたが、 実際使ってみるとかなり重くて都合が悪かったので、プラグインなしでシンタックスハイライト表示を試みる事にしました。 いくつかみたのですが、「Prism.js」が良さげだったので、こちらを導入しました。 以下、方法の備忘録。 Prism.js のダウンロード 公式サイトからダウンロードします。 テーマ を選択 Theme は、 Default […]
APOE4は進行期ADでCypAを介して血管障害を起こすが、そのメカニズムはAβ非依存的
APOE4は、孤発性アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の最大のリスク多型ですが、 動脈硬化による心筋梗塞や脳梗塞を起こすリスクも高く、血液脳関門（blood-brain barrier, BBB）など、血管障害のメカニズムについても研究が進んでいます。 アメリカ・カリフォルニア大学の Dr. Zlokovic らの研究グループは、以前、 […]
GLT1を強制発現した骨髄細胞を移植すると、SOD1変異マウスの病態進行を抑制できる
筋萎縮性側索硬化症 (Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS) は、運動神経変性を主とする神経変性疾患ですが、 90％が孤発性で、家族性ALSは10％くらいと言われています。 その家族性ALSの原因遺伝子として最初に同定されたのは Cu/Zn superoxide dismutase (SOD1) 変異です。 ALSの病態機序はまだ完全には解明されておら […]
【Rベーシック】データの取り込み
エクセルのデータ etc. を R にインポートする方法。 csv ファイル etc. の取り込み エクセルデータは基本 csv ファイルで保存し、R に取り込む。 CSV ファイル CSV ファイルは、「comma Separated Value」の略。 カンマ（,）で区切った値、という意味。 csvファイルは相互性が高く、Excel、メモ帳、メールソフト、データベースなどほとんどのソフトに取り […]
DIAN-TU: ガンテネルマブとソラネズマブの臨床試験の結果
家族性アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の患者さんを対象に、薬剤の治療効果を観察する DIAN-TU 研究で、 ガンテネルマブ (Gantenerumab) ソラネズマブ (Solanezumab) の4-7年間の観察結果が報告されました [1]。 結果だけみるとネガティブなんですが、バイオマーカーは下がったところもあるよう……アデュカヌマブと似てま […]
Visual Studio Code で R の実行環境を整える
RStudio は、R の IDE として大変使いやすいけれど、マルチカーソルがちょっと使いづらい…… とゆーことで、VSCode で R を動かせるように設定した時の備忘録。 必要なインストール類は下記。 ＜必須＞ R Visual Studio Code VS Code 拡張機能：R (by Yuki Ueda) ＜入れるべき＞ VS Code 拡張機能：R LSP Client (by RE […]
【VS Code】複数のPC間で設定・スニペット・拡張機能 etc. を同期する
VS Code Ver.1.48 でリリースされた、公式の設定同期機能「Settings Sync」が凄く使いやすいと思ったので、書き留めておきます。 VS Code 「Settings Sync」で必要なもの 端末 VS Code GitHub か Microsoft のアカウント 以上。 同期が可能なもの 2021年6月の時点で同期可能なものは、 設定 キーボードショートカット ユーザースニペ […]
Klotho-VSヘテロを持つ人達は、Aβ依存的タウの沈着および認知機能低下が少ない。
昨年、寿命に関わる膜タンパク Klotho遺伝子 の、F352V (rs9536314) とC370S (rs9527025) の二つのミスセンス変異をヘテロで持つ人達（Klotho-VShet）はアルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) になりにくいという論文を紹介しましたが[1] 、 今回、ドイツ・ミュンヘン大学の Dr. Neiuzel、Dr. Ewe […]
【R Markdownトラブルシュート】レンダリングできないとき（openBinaryFile: invalid argument）
先日、R Markdown を knit しようとしたら、下記メッセージがでてレンダリングできなかった。 pandoc.exe openbinaryfile invalid argument (invalid argument) 検索すると、同じエラーで困っている人達の投稿が…… 解決策の一つに、ディレクトリをクラウドからローカルに移すことを推奨。 ……最近、職場と自宅と両方で R を使う必要があ […]
【PowerPoint】デフォルトのテーマとデザインを設定しておく方法
パワーポイントでプレゼン資料を作る時、私は毎回同じ設定で作っている。 で、最初にパワーポイントを開いたときから、その設定にして置いたほうが手間が少なく便利なので、私は自分用テンプレートを作って毎回それを利用している。 以下、その方法。 PPTを開き、いつものデザイン設定を行う PPTのテーマを設定 １．PPTを開いて、「Alt → G」もしくは、上のデザインタブから任意のテーマを選ぶ。 スライドマ […]
Biogen のタウ抗体（Gosuranemab）の治験結果は「効果なし」
「アデュカヌマブ」が初めてのアミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) 抗体としてFDAの限定承認を受け、良くも悪くも注目されている Biogen ですが、 もちろん、他のアプローチによるアルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) 治療についても続々と薬を開発しており、 どんどん臨床試験を進めています。 先日は、タウ抗体「ゴスラネマブ ( […]
【Rで統計】正規分布の検定（シャピロ・ウィルク検定）
Demographics を Table で出す時、 正規分布していたら 平均値と標準偏差（standard devision, SD） 正規分布していなかったら 中央値と四分位範囲（inter quartile range, IQR） で記載する。 他、統計で各群を比較する際にも、 正規分布している：パラメトリック検定 正規分布していない：ノンパラメトリック検定 対応なし 対応あり 対応なし 対 […]
【Word】共著者とのやりとりに欠かせない Word 機能：「校閲」と「比較」
論文の原稿を書いて、共著者に見てもらいたい時、「校閲」機能を使っている人は多いと思います。 この機能のおかげで、共著者達がどこを修正したのか、ひと目でわかるようになり、 修正した方がよいかオリジナルの文書の方がよいかなども簡単に選べるので、大変ありがたいです。 ただ、複数の共著者に一度に原稿を送り、それぞれが別々の箇所を修正してきた場合、校閲機能だけだとちょっと大変…… そんな時は、 […]