2021年 今年のブレイクスルー研究（Science）
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 今回は、Science誌の ”2021 Breakthrough of the Year” から。 2021 BREAKTHROUGH OF THE YEAR 全ての蛋白構造決定がAIで可能に 今年のブレイクスルーに選ばれたのは、AIのタンパク構造解析でした。 1972年のノーベル賞受賞式で、アメリカ人生化学者 Chris […]
YEAR
2021年
Windows 11で表示されるようになったタスクバーの余計なアイコンを非表示
先日 Windows 11 にアップグレードしてから IME でちょっとイラッときたので、この機会にタスクバーに追加された余計なアイコンも削除した。 アップグレードによってタスクバーに追加されたアイコンは下記5点（Edgeは、職場のPCに接続する為に以前から使用していた） ……だけど、いずれも下記のように代用可能もしくは要らない。 Win アイコン → 「Win キー」 検索ボックスアイコン → […]
2021年 Nature選出サイエンスニュース（Nature）
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 今回は、Nature誌の ”The science news that shaped 2021: Nature’s picks” から。 2021年 Nature選出サイエンスニュース（Nature） コロナウイルス変異株はワクチンが効きにくい!? 今年もコロナウイルスの話題でもちきりー特に新たに現れた変異株達。 2020 […]
Windows11: 日本語IMEの削除
先日 Windows11 にアップグレードしてから、日本語IMEも再インストールされていた。 私は Google Japanese Input の方が断然好きで、日本語IMEは要らない……。 どころか、英語との切り替え時に「Alt+Shit」を押すとなぜか Google Japanese Input を素通りして日本語IMEとENG(US)との間で切り替わるようになり、Google Japanes […]
運動すると血漿中のクラステリンによって脳の炎症が抑えられ、認知機能がUPする
運動の認知機能等に対する効果については、このブログでも何度かとりあげてきました。 運動がアルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）などの変性疾患病理を抑えたり神経新生を促したりして、認知機能を保つ効果がある事については多くのエビデンスがありますが、 そのメカニズムは一つではなく、複数の機序がシナジー的に効力を発揮していると考えられます。 その中でも […]
【RStudio】environment 内のオブジェクトを一掃する
RStudioでは、実行したオブジェクト（ベクトル、リスト、データフレームなど）はそのまま “environment” の中に残り、再利用することができる。 Emvironment に残っているオブジェクトの確認方法 この environment に残っているオブジェクトは、そのオブジェクトを environment 内でクリックするか、 ls() で確認できる。 &nbs […]
【Excel】数式の相対参照⇔絶対参照を切り替えるショートカット：F4
エクセルを使っている人達ならほぼほぼみんなお世話になっているであろう「相対参照」と「絶対参照」。 相対参照、絶対参照とは 通常、関数をコピペしたりオートフィルしたりすると、そのセルの場所から移動した分だけ自動的に計算して参照セルを変更してくれるけど、これを「相対参照（relative cell reference）」という。 で、場所を移動しても自動計算しないで同じセルを参照してほしいときには、「 […]
【Rで統計】Kruskal.Wallis検定
前回、ノンパラメトリックの2群検定の方法を書き留めておいたけど、 「よく考えたら、2群じゃなくて、2群ｘ3群の6群でみなきゃじゃん。」 とゆーことに気づき、 多重比較のデータを追加した。 各グループが正規分布じゃないことは確認済みなので、今回は Kruskal-Wallis test（クラスカル・ウォリス検定）を選択。 Kruskal-Wallis test：kruskal.test() 比較グル […]
記憶の固定化には2日目の睡眠も大事みたい
私が大学生の頃、よく一夜漬けで勉強し、後から後悔していました。 テスト初日はなんとかなっても、2日目、3日目となるとそうはいかない…… 後に「記憶の固定にはその日の睡眠が重要」ということを知り、「やっぱりなー」と腑に落ちたのを覚えています。 今回、京都大学の林先生らの研究グループは、 「記憶の固定の各段階において重要な脳部位が、時間的解剖学的に異なる」 ということを明らかにしました。 […]
【Excel】頭文字や後ろの文字など、任意の文字を抽出
エクセルでマウスの管理をしているけど、マウスIDとは別に、実験用のID “experimental ID” を付けたい。 例えば、野生型マウス（WT）でオス（M）でSham手術（S）でインジェクションマテリアルがAD-tau（A）で3ヶ月後に観察（03）で、p03-32 というIDのマウスの場合、 「WTMSA03-0332」 とゆー感じ。 でも、いちいち手動でナンバリング […]
【Rで統計】Wilcoxonの順位和検定
あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 対応のない2群比較の場合は、 正規分布で等分散 → Student t-test（スチューデントのｔ検定、パラメトリック） 正規分布で等分散／不等分散両方OK → Welchi& […]
グリアを神経に変えて病気を治す…という論文には間違いがあったらしいーその２
先日、「アデノ随伴ウイルスベクターを使ってNeuroD1を過剰発現させ、アストロサイトをニューロンに形質転換する」という論文の間違いについて取り上げましたが [1]、 今回は「レンチウイルスで同じNeuroD1を過剰発現し、ミクログリアをニューロンに形質転換する」という論文についても疑問を呈する論文が出ました [2]。 グリアを神経に変えて病気を治す…という論文には間違いがあったらしいーその２ こ […]
【Rで作図】ヒストグラム
あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 対応のない2群比較の場合は、 正規分布で等分散 → Student t-test（スチューデントのｔ検定、パラメトリック） 正規分布で等分散／不等分散両方OK → Welchi& […]
ミクログリアはAβの伝播にも関与する？
先日、ミクログリアがタウの伝播に一役買っているかも…という内容の論文 [1] を紹介しましたが、 今回はアミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）の話。 ドイツ・Freiburg大学の Dr. Meyer-Luehmann の研究グループは、 「野生型マウスのニューロンをAPPマウスに移植したら、移植したニューロンにAβ病理が現れ、その現象にミクログリアが関与していた」 という内容の研究内容 […]
【Excel】大文字、小文字、先頭のみ大文字
エクセルには、ワードに備えられている 「大文字、小文字、先頭のみ大文字 etc.」 を選択するボタンやショートカットがない。 ではどうするかというと、関数を使う。 大文字に変換：UPPER 関数 例えば、A1に “mom neuroscience” と入れて、全部大文字にしたものをB1に出力したい場合。 B1に =UPPER(A1) と入れる。 すると、全部大 […]
タウ＋ニューロンを貪食したミクログリアは、お腹いっぱいになるとそれを吐き出してタウ伝播に一役買ってしまう……
脳のお掃除屋さんのミクログリア。 アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）とかタウとか、脳内で蓄積すると困るタンパク達を貪食して除去しようとしてくれていますが、反面、活性化したミクログリアが炎症性サイトカインを出して現場を荒らしたり、貪食してほしくないモノまで貪食したりと、脳内環境において二面性を示しています。 活性化ミクログリアの広がりがタウ伝播 [1] やシナプス障害 [2]、タウが蓄 […]
【Rデータ整理】列の追加：mutate
Rで列を追加する時は、 dplyr::mutate() を使っている。 mutate(列A+列B) のように計算式の結果を入れられるので便利だけど、文字列を入れる時はこんな感じ ▼ 例：Data というデータフレーム内で、 Age が “Young” or “Aged” Sex が “Male” or “Femal […]
Aβ蓄積と睡眠不足との関係に視床網様核が関与する
睡眠不足とアルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）との関係については、以前から研究されており [1, 2]、 このブログでも以前、 「睡眠不足になるとアミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）やタウが脳内に溜まりやすくなる」 という内容の報告を取り上げました [3]。 逆に、「ADになると睡眠の質が落ちる」という事も報告されており、ADのモデルマウス達（ […]
【RStudio】任意の単語etc.を全選択（VSCodeの Ctrl+L, Ctrl+D の代わりになるショートカットキーは？）
R Studio を使っていてちょっと不便だなと思ったのが、VS Code で多用している Ctrl + Shift + L (カーソル上と同じ単語etc. を全選択) Ctrl + Shift + D (カーソル上と同じ単語etc. を一つずつ選択) と同じショートカット機能がないことです。 この機能に使い慣れている私にとってはかなり困る事象なんですが、普段から R Studio を使っている人 […]
コロナ後遺症「ブレインフォグ」の原因？新型コロナウイルス感染で脳の微小血管が障害される
新型コロナウイルス（SARS-Cov-2）の脳内感染等についてはこのブログでも何度か取り上げましたが、 現在、新型コロナウイルス感染後遺症の一つ「ブレインフォグ（brain fog）」に悩まされている人が多いという現状を考えると、 やはりSARS-Cov-2は脳内に感染し、障害を起こす可能性がある、と考えた方がよさそうです。 今回、ドイツ・リューベック大学の Dr. Schwaniger らの研究 […]
【Rで作図】facet毎に色を変える
認知機能の変化を、LBD, AD, LBD+AD グループ毎に、LATE(+)とLATE(-)で分けて示したいと思い、下記のようにグラフを作製。 ```{r fig.width=6} filter(Data, complete.cases(LATE)) %>% ggplot(aes(x=MMSEtoDeath, y=MMSETotal)) + geom_line(aes(group = IN […]
黒質のドパミン神経特異的にミトコンドリア機能を阻害したら、パーキンソン病の各症状が順に現れる
パーキンソン病（Parkinson’s disease, PD）の原因には、遺伝要因の他に環境要因も示唆されています [1, 2]。 有名なのは、農薬の一種であるロテノン（rotenone）や、合成麻薬の成分の一つである MPTP（1-Methyl-4-phenyl-1,2,3,6-tetrahydropyridine）が典型的なパーキンソニズムをきたす、というもので、 これらはミトコ […]
【Rで統計】回帰分析で参照グループを指定する
あるデータで線形混合モデルを使っていたときの話。 R の場合、参照グループは一番最初に分類されているグループと決められています。 例えば、 Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE(-)", "LBD-LATE(+)", "AD-LATE(-)", "AD-LATE(+)", "LBDAD-LATE(-)", "LBDAD-LATE(+)")) と論理型のレベ […]
タスクフォーカスのトレーニングをしたら頭がキレッキレになる……ということをマウスで実証
「余計な事に気をとられず、タスクフォーカスしたい！」と思っているのは、私だけじゃないはず… 世の中にはタスクフォーカスのトレーニング法の本なども多数出版されており、需要は多いんじゃないかと思います。 時々「今日は集中できたー」と思う事があり、そんな時はちょっと賢くなったような気になりますが、 実際のところ、（少なくともマウスでは）賢くなる方向に神経回路が変化するみたいです。 今回、ア […]
【Rトラブルシュート】invalid factor level, NA generated
あるデータフレームに論理型（factor）の列を追加しようとして、下記のように作成した。 Data <- %>% mutate(Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE(-)", "LBD-LATE(+)", "AD-LATE(-)", "AD-LATE(+)", "LBDAD-LATE(-)", "LBDAD-LATE(+)")) そして […]
TRIP12によるGcaseのユビキチン化がPD病理を促進する
この投稿はパスワードで保護されているため抜粋文はありません。
【Rトラブルシュート】number of items to replace is not a multiple of replacement length
ある病理のスコアで、Brainstem (BS) が NA の項目があったので、 “Midbrain(MB) と Pons(Pons) と Medulla (Med) のどこかで 1 以上のスコアがあったら、BS = 1, それ以外だったら BS = 0” としたくて、下記のようにコードを書いた。 z <- which(is.na(Data_all$BS)) Data […]
ウイルス蛋白が凝集体伝播を促す？
1997年、「狂牛病やクロイツフェルト・ヤコブ病（Creutzheldt-Jakob disease, CJD）ではプリオン蛋白が細胞間を伝播して病態を広げていく」という事を見出した Dr. Prusiner がノーベル賞を受賞しました。 時は流れて、今ではアルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）やパーキンソン病（Parkinson’s disea […]
アデュカヌマブを投与してもよい人は驚くほど少ない
Accelerated Approval Pathway で FDA の承認を受けたアデュカヌマブ。 この動きに乗って、その他のAβ抗体（レカネマブ（エーザイ／バイオジェン）、ドナネマブ（イーライリリー）、ガンテネルマブ（ロシュ）も、次々と申請済みもしくは申請準備を進めています。 アデュカヌマブの承認の根拠となった 第３相臨床試験は、EMERGEとENGAGEですが [1]、 Aβ抗体治療の副作用 […]
【Rデータ整理】文字列の追加：mutate／transform
データフレームに列を追加する時の方法２つ。 dplyr::mutate() 普段は dplyr パッケージの dplyr::mutate() を使っている。 文字列は ” ” で括って追加する。 mutate(列名 = c("文字列１", "文字列２",....), データフレーム名) base::transform() Rの標準パッケージだと、 transform() を […]
FDG-PETは、神経変性だけじゃなくミクログリアの糖代謝も反映していた
先日に引き続き、ミクログリアのイメージングのお話。 アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の診断をつける上で、画像データは欠かせませんが、だいたい single-photon emission computerized tomography (SPECT) か、2-Deoxy-2-[18F]fluoro-D-glucose positron emission […]
【Rデータ整理】文字列の結合：str_c／paste／paste0
文字列を繋げるときには、paste(), paste0(), str_c()などを使う。 paste()とpaste0()は、Rの標準パッケージ（base）。 str_c()は、stringrパッケージの関数。 baseとstringrの違いの詳細は、下記参照。 以下、それぞれの使い方と、使用例、ポイントの比較等のまとめ。 paste() paste()は、文字列を結合する最も基本的な関数。スペー […]
【Illustrator】特定のオブジェクトをまとめて選択し、個別に変形する
久しぶりにイラストレーター。 例えば、下のようなグラフの「ドットの大きさだけ大きくしたいなー」と思った場合、 同じ性質のオブジェクトを選択 個別に変形 機能を使えば簡単に変形できる。 同じ性質のオブジェクトを選択 １．ドットの一つを選択し、「選択」タブから「共通」を選択。 ２．変更したいオブジェクトに共通な性質を考え、 塗りと線 カラー（塗り） 不透明度 カラー（線） 線幅 などを選択する。 今回 […]
活性化ミクログリアがタウ病理の広がりを介在する……かも
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の代表的な病理といえば、 アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ） タウ 神経炎症 血管病変 神経障害 などが挙げられるかと思います。 これらの変化をリアルタイムで見る方法として、AβやタウのPETトレーサーが開発されてきました。 そして、最近は神経炎症の変化を追うため、活性化ミクログリアをターゲットとしたトレー […]
【Rトラブルシュート】longer object length is not a multiple of shorter object length
“longer object length is not a multiple of shorter object length” のエラーメッセージが出たら、 それは、指示したベクター同士の長さがあっていないという事。 例えば、 x = c(1,2,3,4,5) y = c(1,2,3,4,5,6,7,8) z = x + y と指示した場合、ベクターxとベクターyの長さ […]
グリアを神経に変えて病気を治す……という論文には間違いがあったらしい
以前このブログで、「グリアに遺伝子改変操作を加えて機能性ニューロンに変化させる」という内容の論文を紹介しました。 上記2つはマウスのPtbp1をノックダウンしてアストロサイトをニューロンに変える [1, 2] という方法 でしたが、 他にもNeuroD1を過剰発現させてニューロンに変える [3, 4, 5] という方法もあります。 両者とも主に中国からの報告が多く、「最近の中国は凄いな」と思ってい […]