アンダーライン色々：通常下線、太め、マーカー風、波線、２重線
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文字に下線を引く際の色々。 普通の下線: <u> 普通の下線だったら <u> で。 <u>下線を引きます</u> output 下線を引きます 下線のバリエーション①: b […]
【Rで統計】カイ二乗検定
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カイ二乗検定とは カイχ二乗検定というと、一般にピアソンのカイ二乗検定を指す事が多い。 仮説によって、適合度検定や独立性の検定などがある。 基本はｔ検定と似ているけれど、ｔ検定が「２つの群の連続変数（numerical […]
“細胞外” のAβプラークの起源は “細胞内” のオートリソソームだった
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「オートファジー」は、生態系の恒常性を維持する為になくてはならないものであり、アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）を含む数々の変性疾患でオートファジー機能障害との関連性が示唆されています [ […]
【RMarkdownトラブルシュート】openBinaryFile: permission denied (Permission denied)
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前回、"openBinaryFile: invalid argument" の問題は絶対パスを指定することで解消したけど、 次に出てきたエラーメッセージは、 openBinaryFile: permission deni […]
【RStudio】基本言語を変更
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この間、R と RStudio でバグが起こって全インストールし直したら、エラーメッセージが日本語に変わっていた。 どうやら、再インストールする時に疲れていて言語選択をスキップしてたみたい……。 別に日本語 […]
【トラブルシュート】package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace と Error in app$vspace(new_style$`margin-top` %||% 0) : attempt to apply non-function
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ある日、Rを使っていて、突然 "tidyverse" が使えなくなった。 Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace […]
【Rデータ整理】クロス集計表
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カテゴリデータの集計表⇔データフレームの切り替え。 クロス集計表 例えば、 運動あり 運動なし 認知症あり 10 15 認知症なし 20 5 のようなデータの集計表を作る時。 基本は行列で作る。 行列（matrix）で作 […]
【Rトラブルシュート】 attempt to set ‘colnames’ on an object with less than two dimensions
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列名を変更しようとして colnames() を使った時に下記エラーメッセージ。 attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions […]
【RStudio】RStudio Cloud を使う
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私は、自宅PCと職場PCの２箇所でRStudioを利用していますが、時々データをクラウドに上げ忘れたりして困る事があります。 リモート接続で自宅PC⇔職場PCに入り、リモートでデータをクラウドに上げる、という方法で対処し […]
【Rトラブルシュート】Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer
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今までサクサク動いていたコードで、カラーコードだけ変更したつもりでRUNしたら、最後にグラフを ggsave で保存する時に下記メッセージ↓。 Error in seq_len(n) : argument must be […]
【Rデータ整理】tidy data に変換する
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↑ これは見やすいけど、Rで計算する場合は tidy data じゃないのでちょっと困る。 これを、Rに取り込んで、tidy data に変換する方法。 tidy data と messy data については、多くのサ […]
【R Markdown】エラーが起こっても中止しない方法
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通常、エラーが起こったらRは処理を停止するけれど、人へのチュートリアルなどの時は、エラーを見せたい時もある。 そんな時は、 error = TRUE をチャンクオプションに加える。（通常は FALSE になっている。） […]
【Rトラブルシュート】’list’ object cannot be coerced to type ‘double’
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３行目をcolnamesにする前に "for" を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2) […]
【Rで統計】二元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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二元配置分散分析の求め方。 "二元" の "２" は、「目的変数に影響を与えるかもしれない因子型の説明変数が２つある」とゆーこと。 例えば下記の例。 基本事項は一元配置分散分析と同じだけれど、二元配置分散分 […]
【RMarkdownトラブルシュート】openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument)
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RMarkdown を word で出力しようとした時に出たエラー。 openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument) で、word styleの reference […]
CCR5は、記憶同士をリンクする時間枠の窓（temporal window）を閉じる
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記憶の形成というのは色々と複雑な機序が絡み合っているという印象がありますが、「最初に入ってきた記憶が、そのちょっと後に入ってきた記憶の整理に影響する」というのは、私達の実社会でもなんとなく実感が湧くと思います。 マウスで […]
【R Markdown】外部スクリプト等をチャンク内で読み込む
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RMarkdownは多機能だけど、内容が増えたら、コードを外部の.rmdファイルや、他の.rファイルなどに配置し、チャンクで読み込むようにした方がなにかと便利。 見た目が簡潔になるし、Rコードのデバック等も、Rスクリプト […]
【Illustrator】CS2を使う場合
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この記事を読むほとんどの人には関係ないと思うけど、ほぼほぼ自分の為だけに備忘録。 ラボにある古い古いヒートマップアプリのテンプレ画像をイラレで作る際、なぜか自宅PCにインストールしている illustrator CC で […]
【Rデータ整理】行方向の平均値を出して任意の列に適応
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列A、列B、列C...の各行毎に平均値を出して、それぞれ新しい列に結果を追加する方法３つ。 個人の練習も兼ねて前後の工程も記載しているので、あしからず。 事前準備 データの取り込み 人からもらった、とあるデータを取り込む […]
【R Markdown】ビジュアルモードで記述
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RMarkdownで記述→knit→記述→knit...という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 […]
黒質ドパミン神経細胞の中でも、パーキンソン病で特にやられやすいサブタイプ
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パーキンソン病（Parkinson's disease, PD）は、黒質緻密部（substantia nigra pars compacta, SNc）のドパミン（DA）神経細胞が障害され、それに伴って振戦・固縮・動作緩 […]
【Word】辞書機能を賢く利用する
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他の人の原稿を添削する時によく気になるのが、「スペルチェック」のnotificationを無視している事。 例えば以下のような原稿。 "amylacea" という単語の下に赤の波線が引かれていて、「スペルミスじゃないで […]
【Rで統計】一元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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統計について何もわからないまま研究を始めた頃、最初に覚えた合言葉：パラメトリックで２群比較はｔ検定、３群以上の比較は分散分析（Analysis of variance, ANOVA）。 ・ ・ ・ &nbs […]
TDP-43のC末断片はゲル状の細胞内封入体を作る
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先日、TDP-43の凝集体はアミロイドフィブリル状の構造をしておらず、もっとグチャッとしている……のような内容の論文 [1] について考察しましたが、 それに関連して……今回は、TDP-43のC末断片（TDP-25）凝集 […]
【Illustrator】Dot-density map を作成し、Heatmap と重ねる
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先日、ハーフトーンでスケールを作る方法を書き留めたばかりだけど、 私の持っている heatmap アプリがハーフトーンのスケールを認識しなかった（まあ、あたり前かもだけど……）。 で、結局グレースケールで一度ヒートマップ […]
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
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RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書を […]
α-シヌクレインのNAC領域の変異（E83Q）の解析
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α-シヌクレイン（α-synuclein, α-Syn）は、パーキンソン病（Parkinson's disease, PD）やレヴィ小体型認知症（dementia with Lewy bodies, DLB）の主要病理で […]
【Illustrator】ドッド模様（ハーフトーン）を作る
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Heatmapのテンプレート作成中。 ドット模様のスケールが必要になったので、その備忘録。 ドット模様（ハーフトーン）を作る グラディエントの図を作成 まずは、グラディエントの図形を作成する。 「M」（もしくは、ツールバ […]
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
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先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 […]
アルツハイマー病では、神経細胞の遺伝子がより多く変異している
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私達は、普段何気なく生活しているこの瞬間にも、どこかの体細胞の遺伝子が傷つき、損傷と自己修復を繰り返しています。 増殖抑止機能の部分の遺伝子修復が追いつかなかったりして、自己増殖能がイカれた細胞の一部はがん細胞として独り […]
【Illustrator】魔法の消しゴムツール
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まあ、言ってしまえばただの消しゴムなんだけど、あたかも鉛筆で書いた線を消しゴムで消すかのように消して、ベクターを再編成してくれるから、魔法みたいだなーと思う。 消しゴムツール 例えば下記のような線の余計な部分を消したい場 […]
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
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RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマ […]
ジワジワと進展してきたタウが下前頭回でAβと出会った時、新皮質への爆発的広がりの扉が開く
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私が研究を始めた頃、アミロイドβ（amyloid beta, Aβ）がアルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の根本的原因とする「アミロイド仮説」が全て、のような雰囲気がありました。 「Aβが溜 […]
【Illustrator】ライブペイントで色塗り
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Heatmapのテンプレづくりに欠かせないライブペイント。 私の使っているHeatmapアプリでは、アトラスの各領域をソフトに認識してもらうために、グレースケールで領域を指定したテンプレートを作っておく必要がある。 ライ […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い⑤：他のデータ値から計算で求める
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前回の続き。 下記データフレーム（Dat）で、"Expenses" の値を補完しようと思うけど、 17行目の "Expenses" は、両隣の "Revenue" と "Profit" から計算できる。 この場合は、 " […]