![ImageJ-Fiji](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2020/10/201008-ImageJ-Fiji.png)
Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。
(論文ではMethodsに記載する必要がある。)
画像の取り込みと確認
生データをFijiで取り込む
顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。
(今回は、cziファイル。撮影は16bitで撮影し、16bitのまま編集、最後にRGBに置換してtifで保存する。)
![opening](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-opening-1-300x196.jpg)
最初のディスプレイは何もチェックせず、"OK"。
開いたら、イメージタイプを確認
Fijiでcziファイルを取り込むと、ディスプレイに表示される。
![dysplay-16bit-1](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-dysplay-16bt-1-300x257.jpg)
最初に、Image > Type で 16bitであることを確認する。
![dysplay-16bit-2](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-dysplay-16bt-2-300x148.jpg)
コントラストの変更
コントラストの変更は、Image > Adjust > Brightness/Contrast(Ctrl + Shift + C)
![BC-1](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-1-300x110.jpg)
3つのチャネル毎にコントラストを変更。
Maximumを左裾野に合わせる。
蛍光の場合はMinimumを右裾野に合わせるが、明視野の場合はMaximumのみ調整するほうがきれい。
![BC-4](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-4-136x300.jpg)
![BC-5](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-5-135x300.jpg)
![BC-6](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-6-139x300.jpg)
それぞれのMaximumを調整したら、"Apply"。
"pixel valueが変わっちゃうけどいいですか?" と聞かれるけど、"OK" をクリック。
![BC-7](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-7.jpg)
すると、それぞれのチャネルのスペクトラム範囲が変わる。
![BC-8](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-8-138x300.jpg)
![BC-9](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-9-138x300.jpg)
![BC-10](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-10-137x300.jpg)
できた画像はこんな感じ。Maximumをそれぞれのチャネルの裾野に置くことで、全体的に明るくなった。
![BC-11](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-11-300x257.jpg)
この状態で、初めて Image Type をRBGに変更する。(先にすると、スペクトラム範囲が狭くなった状態で画像調節するので、さらに狭くなっちゃう。)
![BC-12](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-12-300x208.jpg)
画像の表示を見ると、16 bit, 16 MB だったのが、RGB 11 MBに変わっていることが確認できる。
![BC-13](https://mom-neuroscience.com/wp-content/uploads/2022/09/220906-BC-13-300x247.jpg)
先日、投稿先のジャーナルから 「レビューアーのレビューは終わったんだけど、ジャーナルのルーチンチェックで画像に懐疑的な問題が指摘されたので、対応してください。」 という旨のメールが届き、一気に心拍数が上昇しました。 ―― …
前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する(今回は、 …
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