【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更

Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。

（論文ではMethodsに記載する必要がある。）

画像の取り込みと確認

生データをFijiで取り込む

顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。

（今回は、cziファイル。撮影は16bitで撮影し、16bitのまま編集、最後にRGBに置換してtifで保存する。）

最初のディスプレイは何もチェックせず、"OK"。

開いたら、イメージタイプを確認

Fijiでcziファイルを取り込むと、ディスプレイに表示される。

最初に、Image > Type で 16bitであることを確認する。

コントラストの変更

コントラストの変更は、Image > Adjust > Brightness/Contrast（Ctrl + Shift + C）

3つのチャネル毎にコントラストを変更。

Maximumを左裾野に合わせる。

蛍光の場合はMinimumを右裾野に合わせるが、明視野の場合はMaximumのみ調整するほうがきれい。

それぞれのMaximumを調整したら、"Apply"。

"pixel valueが変わっちゃうけどいいですか？" と聞かれるけど、"OK" をクリック。

すると、それぞれのチャネルのスペクトラム範囲が変わる。

できた画像はこんな感じ。Maximumをそれぞれのチャネルの裾野に置くことで、全体的に明るくなった。

この状態で、初めて Image Type をRBGに変更する。（先にすると、スペクトラム範囲が狭くなった状態で画像調節するので、さらに狭くなっちゃう。）

画像の表示を見ると、16 bit, 16 MB だったのが、RGB 11 MBに変わっていることが確認できる。