TDP-43のC末断片はゲル状の細胞内封入体を作る
先日、TDP-43の凝集体はアミロイドフィブリル状の構造をしておらず、もっとグチャッとしている……のような内容の論文 [1] について考察しましたが、 それに関連して……今回は、TDP-43のC末断片（TDP-25）凝集体のお話。 TDP-43凝集体の構成成分の中に25-35kDaのTDP-43C末断片が多く存在しているという報告があり、これはTDP-43封入体を持つ前頭側頭葉変性症 […]
新着記事一覧
【Illustrator】Dot-density map を作成し、Heatmap と重ねる
先日、ハーフトーンでスケールを作る方法を書き留めたばかりだけど、 私の持っている heatmap アプリがハーフトーンのスケールを認識しなかった（まあ、あたり前かもだけど……）。 で、結局グレースケールで一度ヒートマップを作ってからイラレ上で dot-density map に変える、という方法を取ることに。 なんで dot-density map が作りたいかというと、異なる形態の […]
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書をRMarkdownで編集したい などの時に、Word → Markdown に変換する方法。 なお、今回参考にしたサイトは下記。 マニュアルで変換 内容が少なければ、 […]
α-シヌクレインのNAC領域の変異（E83Q）の解析
α-シヌクレイン（α-synuclein, α-Syn）は、パーキンソン病（Parkinson’s disease, PD）やレヴィ小体型認知症（dementia with Lewy bodies, DLB）の主要病理であるレヴィ小体の構成蛋白の一つで、この蛋白をコードする遺伝子 SNCA の変異は、家族性PDの原因遺伝子の一つにもなっています。 SNCAの点変異 A53T [1] A […]
【Illustrator】ドッド模様（ハーフトーン）を作る
Heatmapのテンプレート作成中。 ドット模様のスケールが必要になったので、その備忘録。 ドット模様（ハーフトーン）を作る グラディエントの図を作成 まずは、グラディエントの図形を作成する。 「M」（もしくは、ツールバーから四角形のアイコンを選択）で長方形を作成し、 「G」でグラディエント。（グラディエントツールの表示は「Ctrl + 9」、もしくは上のタブから「Window」→「Gradien […]
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場合は、 wordファイルで自分の目的に沿ってスタイルを変更し それを.docxファイルで保存して そのスタイルを参照する という方法をとる。 とゆーわけで、「word […]
アルツハイマー病では、神経細胞の遺伝子がより多く変異している
私達は、普段何気なく生活しているこの瞬間にも、どこかの体細胞の遺伝子が傷つき、損傷と自己修復を繰り返しています。 増殖抑止機能の部分の遺伝子修復が追いつかなかったりして、自己増殖能がイカれた細胞の一部はがん細胞として独り歩きしだしたりするわけですが、がん細胞にまではならなくても、損傷・自己修復の過程で生じた遺伝子変異は蓄積するそうです。 脳内の神経細胞では、その遺伝子変異の数が正常加齢と共に増えて […]
【Illustrator】魔法の消しゴムツール
まあ、言ってしまえばただの消しゴムなんだけど、あたかも鉛筆で書いた線を消しゴムで消すかのように消して、ベクターを再編成してくれるから、魔法みたいだなーと思う。 消しゴムツール 例えば下記のような線の余計な部分を消したい場合、 選択ツール（「V」）で図形を選択した状態で、 「Shift + E」（もしくは、ツールバーから「消しゴムツール」を選択）。 左クリックしながら線をなぞっていくと、消しゴムで消 […]
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマイズした。 RMarkdownのhtmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応 CSSを作る CSSはブログ等で使っている形式と同じ。 今回は変更したかった部分はフォント […]
ジワジワと進展してきたタウが下前頭回でAβと出会った時、新皮質への爆発的広がりの扉が開く
私が研究を始めた頃、アミロイドβ（amyloid beta, Aβ）がアルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の根本的原因とする「アミロイド仮説」が全て、のような雰囲気がありました。 「Aβが溜まり始め、それがタウのリン酸化を引き起こし、神経原線維変化（neurofibrillary tangles, NFT）となって神経細胞が死んでいき、認知機能が低下してい […]
【Illustrator】ライブペイントで色塗り
Heatmapのテンプレづくりに欠かせないライブペイント。 私の使っているHeatmapアプリでは、アトラスの各領域をソフトに認識してもらうために、グレースケールで領域を指定したテンプレートを作っておく必要がある。 ライブペイントツール 例えば下記画像の特定の部分に色を塗りたい場合、 ツールボックスからLive Paint Bucketを選択し、 目的の場所の上をホバリングすると、イラレが「ここが […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い⑤：他のデータ値から計算で求める
前回の続き。 下記データフレーム（Dat）で、”Expenses” の値を補完しようと思うけど、 17行目の “Expenses” は、両隣の “Revenue” と “Profit” から計算できる。 この場合は、 “Expenses (経費)” = “Revenu […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い④：群の中央値で補完する
NAの取り扱いシリーズ第４段。 今回は、他のデータから推測して補完する方法。 よく使われるのは、中央値（median）で補完する方法。 場合によっては平均値（mean）でもいいけど、中央値の方が外れ値の影響を受けにくいので、中央値の方が好まれる。 群の中央値で補完 (1) 例えば下記のようなデータフレーム（Dat）で、”Employees” のデータが２箇所欠 […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い③：他のデータから予測し補完する
NAの取り扱いシリーズ第３段。 今回は、他のデータから予測できる場合にその情報を使って補完する方法。 他のデータを使って補完 例えば下記のようなデータフレームがあった場合、 “State” が<NA>になっているけど、隣の “City” がわかっていれば100%推測可能。 New Yorkはニューヨーク州（NY）だし、San […]
ナイアシン受容体のHCAR2がミクログリアを活性化し、ADに保護的に働く
ビタミンB群が神経保護的に働く事は時々聞きますが、その中の1つであるナイアシンは、ビタミンB3に該当し、ニコチン酸（nicotinic acid）とニコチンアミド（nicotinamide）の総称になります。 ニコチン酸は小腸から吸収されると、肝臓で酸化型のNAD+ (Nicotinamide adenine dinucleotide) に代謝され、還元型の NADH の間で電子のやり取りをするこ […]
【Illustrator】オープンパスの連結
Heatmapのテンプレ画像を作る為にイラレ作業中。 ちょこちょこ忘れている所があったので、備忘録。 オープンパスの連携 例えば下図真ん中のように、パスが離れている場合、 色塗りできないからくっつけたい。 こんな時は、離れた2つのオープンパスをダイレクト選択ツール（△）で選択した状態で、ツールボックスから「Joint Tool」を選択し、 目的の所の上でちょこちょこ動かして魔法をかけると、 2つの […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い②：欠損値を含むレコードを削除する
NAの取り扱いシリーズ第２段。 今回は、NAがある行を取り除いて解析する方法。 NAのある行を抽出 まずは、前回のおさらい。 全体でNAがある行を抽出する方法。 Dat[!complete.cases(Dat),] で、例えば “Industry” の列に欠損値がある行を選出する方法。 Dat[is.na(Dat$Industry),] すると、”Industr […]
【Illustrator】検索と置換
イラストレーター内で、文字を検索したり置換したりしたいとき。 wordみたいに Ctrl＋F／Ctrl+H はできないけど、ちゃんと検索・置換機能がある。 検索と置換 上にある「編集（Edit）」タブから、「検索と置換（Find and Replace…）」を選択。 「検索と置換（Find and Replace）」ウインドウが現れるので、 Find: 置換前の言葉 Replace w […]
【Rデータ整理】NAの取り扱い方①：NA／NA以外のデータの抽出方法
データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 前処理：空欄を NA に置き換えてデータをインポートする 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄がある。 これをRに取り込むと、 Dat <- read.csv("Data.csv") 空欄部分は時々空欄のまま、時々”NA”として認識される。 こ […]
髄液中の可溶性TAM受容体（sAXLとsTyro3）はアルツハイマー病のバイオマーカーになり得るか
神経炎症は、アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）を含む多くの神経変性疾患で認める初見で、病態との関連も多く報告されています。 炎症を語る上で外せない細胞の１つがミクログリアですが、そのミクログリアの活動を調整する因子の１つに TAM受容体ファミリーがあります (Glossary参照) [1, 2] 。 TAM受容体は TYRO3 AXL MER の３種類が […]
【Illustrator】丸（○）のオブジェクトを四角（□）に変換 etc.
同僚からの依頼。 下グラフのDLB2の黄緑の○を、上のDLB1と同じ深緑色に変えて、形を○から□に変更したい、という内容。 途中まではさくっとできたけど、○ → □ って、どうすればいいかなーと迷ったので、その時の解決法をメモ。 同じ線と塗りを選択 まずは「V」（選択ツール）で目的のDLB2の黄緑○を選択したあとで、 「選択」→「共通」→「塗と線」で 共通の黄緑○を全て選択。 色を変 […]
【Rトラブルシュート】Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection
Rでcsvファイルを読み込もうとしたら、下記エラーメッセージ↓。 Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection ちょっと困って、下記を参考にして directory <- ("./フォルダ名") から directory <- ("./フォルダ名/") に変更したり、 作業ディレクトリを一個上の階層 […]
【Excel】カット（コピー）したセルを挿入する時のショートカット
エクセルでセルをカット（コピー）して別の場所に挿入する場合、 今までは、 １．セルをカット「Ctrl + X」or コピー「Ctrl + C」 ２．挿入先を選択 ３．「Shift + F10」 (右クリック) ４．「Alt + I」（カット or コピーしたセルを挿入） ５．元からあったセルを下に移動 としていたけど、もっと簡単にできる方法を見つけたのでその備忘録。 カット（コピー）したセル […]
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?③：FTLD-TDPにみられるアミロイドフィブリルはTDP-43じゃなくてTMEM106B!?
TMEM106B凝集体のcryo-EM解析第３段。 前回までのおさらいですが、最近、TMEM106B凝集体に関する論文がCellに1報、Natureに2報掲載されました。 Cellの論文は、アメリカ・コロンビア大学のDr.Fitzpatric、カナダ・英コロンビア大学のDr.Mackenzieらの研究グループからで、FTLD-TDP, PSP, DLBの患者さんの脳内でTMEM106Bの凝集体があ […]
【Rベーシック】絶対パスと相対パス
絶対パスと相対パスについて 上記、csvファイルやxlsxファイルを取り込む際、データが同じフォルダにあったら”ファイル名.csv” etc.だけでいいけど、ファイルが別の場所にある場合は、絶対パスや相対パスで場所を指定する。 絶対パス 場所を１番上の階層から全部書いていく。 Dat1 <- read_csv("D:/R/R directory/R_example/D […]
【Excelマクロ／VBA】PERSONAL.xlsm/PERSONAL.SLXB を開く
エクセルでマクロを personal.xlsm に記録・呼び出しするためには、PERSONAL.xlsm を開いておかなければならない。 その保存先についての備忘録。 1. 「Win + E」でファイルエクスプローラーを開く。 2. 「Ctrl + L」でアドレスバーに移動 3. 「C:\Users\ユーザー名\AppData\Roaming\Microsoft\Excel\XLST […]
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?②：TMEM106Bの凝集体は神経疾患の他、健常高齢者脳内でも観察される
前回 [1] に引き続き、 TMEM106Bに関する論文。 今回は、Nature誌に掲載された、イギリス・MRC研究所のDr. Goedert、Dr. Scheresらの研究グループからで、色々な神経変性疾患の他、健常高齢者の脳内でもTMEM106Bの凝集体が観察された、というcryo-EMでの解析 [2]。 ざっくりおさらいですが、TMEM106Bは274aaのII型膜貫通型蛋白で […]
【R Markdown】Figureサイズの設定方法
R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_document: fig_width: 6 fig_height: 4 --- チャンク内で設定する チャンク内に下記のように記載する事で設定可能。 knitr::opts_ch […]
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?①：TMEM106Bの凝集体が色々な変性疾患で観察される
先日、TMEM106Bに関する驚きの論文がCellに1報、Natureに2報掲載されました。 Cellの論文は、アメリカ・コロンビア大学のDr.Fitzpatric、カナダ・英コロンビア大学のDr.Mackenzieらの研究グループからで、FTLD-TDP, PSP, DLBの患者さんの脳内でTMEM106Bの凝集体があることをcryo-EMとMSの解析から明らかになった、というもの [1]。 N […]
【Excelマクロ／VBA】開発タブの表示
マクロ登録する時に、開発タブ（Developer）があったほうが便利。 でも、デフォルトでは非表示になっている…… ので、表示させる方法 ↓ 開発タブの表示 １．「ファイル（File）」 ２．「オプション（Options)」 ３．「リボンのカスタマイズ（Customize Ribbon）」 ４．右側にある「開発（Developer）」にチェックを入れる。 […]
Glymphaticドレナージは細胞外タウを洗い流して、タウ凝集化や神経障害を防ぐ
私達の脳は液体で満たされており、 脳の間質内：脳間質液（interstitial fluid, ISF） 脳室や脳周囲：脳脊髄液（cerebrospinal fluid, CSF） と名付けられています。 ISFは、間質に溜まった脳内の代謝産物などをCSFへ送り出し、CSFはそれらを篩骨篩板や鼻のリンパ節などを経由して深部頸部リンパ節へ排出するというドレナージ機能がありますが [1] 、 その排出 […]
ガンテネルマブの２回目の第３相治験が始まる：SKYLINE
Roche社は、抗アミロイドβ（Aβ）抗体のガンテネルマブ（gantenermumab）の２回目の第３相治験についてアナウンスしました。 ドナネマブはAβフィブリルに結合するヒトIgG1抗体でAβのN末と中央部を認識します。 多くのAβ抗体が静注薬剤の中、このガンテネルマブは皮下注で使用するので、より患者さん-friendlyなAβ抗体製剤といえると思います。 DIAN研究でも選ばれ […]
【Rトラブルシュート】Error: attempt to use zero-length variable name
R markdown のチャンクに ```{r fig.height=10 fig.width=6} コード色々 ``` と書いて、「Ctrl + Enter」で実行しようとしたら下記エラーが出た。 Error: attempt to use zero-length variable name 調べると、Rチャンクの一部を普通のRスクリプトの様に実行すると、Rはこのコードを全てのRコードとして実行 […]
CSF中sTREM2から、ミクログリアの善戦の跡を垣間見る
TREM2 (triggering receptor expressed on myeloid cell 2) は、脳内では主にミクログリアに発現する膜貫通型の糖蛋白です。 このTREM2をコードする遺伝子TREM2の点変異はアルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) のリスク遺伝子で、この変異をヘテロで持つ人達は、low-of-function で約3倍 A […]
【Rで作図】グループ内でサブブループによってプロットの色と形を変える
下記のようなグラフがあり、 これにプロットを重ねたい……でもただプロットするだけじゃなくて、各グループ内にいるオスとメスがプロットの形と色で区別できるようにしたい。 そんな場合の備忘録↓ グループ内でサブブループによってプロットの色と形を変える １．サブグループの列を作り、レベル指定する まずは、プロットの色形を変えるためのサブグループ毎のデータを指定する。 今回の例では、”Dat […]
PSPとCBDの脊髄にTDP-43病理
前頭側頭葉変性症（Frontotemporal lobar degeneration, FTLD） は、人格変化、情動異常、言語障害などを特徴とする認知症の1つで、若年性認知症（65歳以下）の症例数としては、アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）に次いで2番目に多いとも言われています [1]。 この疾患は遺伝学的、病理学的観点から、筋萎縮性側索硬化症（Amy […]