【Rで作図】軸を切断して途中を省略し、軸幅の割合を変える
ggplotで作った下記グラフ、一番高いバーのせいで、低いバーが見えにくくなっている。 なので、途中で棒をぶった切って、中間部を省略し、さらに上の方は間隔を狭めたい。 ……と思った時の備忘録。 軸を切断して途中を省略し、軸幅の割合を変える 使う関数は、scale_y_break()。 軸を切断して途中を省略する 試しに、15から19までを切断して省略してみる。 scale_y_break(c(15 […]
新着記事一覧
【Remote Desktop】画面サイズの最適化
リモートデスクトップの時、自宅のモニターとサイズが合わず、タスクバーのアイコンを探す時に下にスクロールしなくちゃならなかったりしてちょっとモヤッとする。 こんな時は、「Smart Sizing」を使うと便利。 画面左上を左クリックして、「Smart sizing」を選択。 画面のサイズ比が変わり、下にタスクバーが見えるようになった。 これだと、画面を最大化しつつ、必 […]
【Rデータ整理】行や列の抽出：subset
データフレームから、subsetを使って、特定の行や列を抽出する方法。 今回は、下記データ（Data）を使用。 > print(Data) ID Cohort Sex Age ADNC LBDSubtype 1 149 LBD M 83 Low BP 2 634 AD M 78 High DN 3 632 AD F 75 High BP 4 901 LBD M 74 Not TL 5 621 […]
【QuPath】Thresholdで二値化して陽性部分の面積を求める
例えば、このマウスのIHC画像。 海馬と皮質の部分をそれぞれannotationして、二値化してDAB染色陽性部分の面積を測定したい。 アノテーションを作成する まずは、計測したいエリアを選択して、アノテーションを作成する。 左タブから「Annotations」タブを選択。 アノテーション作成によく使うのは、赤枠で囲った「Brush」ツールと「Wand」ツール。 まずはWandツールを使って、輝度 […]
【Illustrator】オブジェクトの形を歪める
この血管の図形、内皮細胞がないので、足してみる。 まずは直線でこのような内皮細胞の管をつくる。 これを、ArterioleのBranchに沿って変形させたい。 オブジェクトを歪める この時役に立つのがWarp Tool（Shift + R）。 オブジェクトを選択した状態で、「Shift + R」。 目的の部分の上にカーソルを合わせ、左クリックを押しながら変形させたい方向にドラッグ。 これを複数回繰 […]
【RStudio】RとRStudioのインストール
Rは統計解析等に強いプログラミング言語。 RStudioは、Rを使うための総合開発環境（IDE）の一つ。 両方とも無料でダウンロードできる。 Rのダウンロード／インストール Rのダウンロード CRANウェブサイトへ。 私はWindowsを使っているので、「Download R for Windows」を選択。 （Macの場合は「Download R for macOS」, Linuxの場合は「Do […]
【Outlook】メールボックスがいっぱいになったと警告を受けたら
ある時、職場のOutlookのメールボックスに下記のような警告メッセージが届いた。 まだ赴任して1年も経っていないのに、もうメールボックスがいっぱいだなんて……こんなの仕事にならないわ。。。 IT掛に相談すると、この施設に配布されているメールボックスの空き容量は通常5GBなんだとか……少なっ！ と嘆いているだけでは事態は改善しないので、IT掛に容量拡大を依頼しつつも、現状、優先度の低 […]
句読点のデフォルト「。、」を「．，」に変更：文字変換ソフトから／Word設定から
日本語で文章を書くとき、普段使っている句読点は「、。」だけど、日本語の論文では「，．」を使うように指示されることが多い。 その時だけデフォルトを変更する方法の備忘録。 文字変換ソフトウェアのプロパティから変更 私が普段使っている文字変換ソフトウェアはGoogle日本語入力（←おすすめ）。 でも基本、IMEでもATOKでも同じ。 方法 画面右下にある、文字アイコンを右クリック→プロパティを選択。 G […]
【ReadCube Papers】Bibliographyをカスタマイズ
WordにReadCube Papersのアドインを入れて論文を書く今日この頃。 雑誌の規定にあったBibliographyのフォーマットが、リストの中から見つからなかったりする。 今回は、APAのスタイルに近いんだけど、Referenceのところにリストナンバー「1．2．…」を入れる必要がある。 とゆーことで、SmartCiteのBibliographyをカスタマイズし […]
糖尿病の薬がパーキンソン病に効く？：GLP-1受容体作動薬lixisenatideの第二相試験の結果
Science誌で、去年のBreakthrough賞に選ばれたのは、「GLP-1受容体作動薬」でした。 GLP-1受容体作動薬は、現在、2型糖尿病の治療法として一般的に使用されています。 この薬は、GLP-1受容体の活性を上げることで、腸管からの糖の吸収を抑える働きがあります [1] 。 同時に、食欲も抑え [2]、アメリカでは抗肥満薬としてもFDAに認可されています。 それだけでなく、心不全や血 […]
【Rで作図】Y軸タイトルを2列にする
ggplot2でグラフを描いたとき、Y軸タイトルを長ーくすると、2列に降りたくなる。 ▲ グラフの中にY軸タイトルが収まりきれない。。。 その方法の備忘録。 Y軸タイトルを2列にして、位置を調整する 正規表現「\n」で改行する。 # Y軸タイトルを2行に labs(x = "", y = "Thickness of the CA1 \n (ventral hippocampus) [μm]") 2 […]
【Illustrator】配色を変える
色調のバランスは変えないまま、全体的に配色を変えたい事は多い。 例えば下の細胞の絵でやってみる。 配色を変える 目的のオブジェクトを選択した状態で、 「編集」→「カラーを編集」→「オブジェクトを再配色」 プロパティパネルが現れる。 明度や彩度を変更 明度や彩度を変更したい場合は、プロパティパネルの下にあるバーを動かす。 例えばもっと明彩色にしたい場合は、バーを右側に移動。 明るい黄緑 […]
【PowerPoint】スライド番号の開始番号を変更
PowerPointで、スライド番号を挿入することがよくある。 このとき、表紙には番号をつけたくない。 で、表紙を除いた1枚目を「スライド番号『1』」としたい。 スライド番号の挿入（表紙は番号の表示を隠す） スライドナンバーを挿入するには、「挿入」→「テキスト」→「ヘッダーとフッター」 「スライド番号」に☑を入れると、デザインで配置した場所にスライドナンバーが挿入される。 このとき、 […]
【WordPress/SEO】記事の引っ越しと、その後に必要な操作
先日、諸々の事情あり、サブドメインを作って、特定の記事をそちらに移動した。 その際にいくつか必要な操作があったので、忘れないようにメモメモ….φ(･ω･ )。 記事を別サイトへ移動 All-in-One WP Migrationを使って、まるっと移動 まずは、全記事をまとめて移動する方法。 今回は大量の記事を画像やコメント、PV数etc.ごと、まるっと移動したかったので、プラグインを使 […]
運動によって血管が健康になるメカニズム
運動によって脳が健康になることはこれまでも何回か取り上げてきました [1, 2, 3, 4] もちろん、脳だけでなく、体全体を張り巡らしている「血管」自体の健康も促す事は周知の事だと思います。 今回、アメリカ・カリフォルニア大学ロサンゼルス校の Dr. Hsial らのグループは、 「運動をすると、血管内皮から発現したstearoyl-CoA desaturase 1 (SCD1) の活性が亢進し […]
【Illustrator】ラインの単純化（アンカーポイントを減らす）
この血管細胞のイラスト。。。 ダイレクトセレクトで選択してみると、アンカーポイントが無駄に多いのがわかる。 アンカーポイントが多いと、線がガタガタしているし、保存したときに容量も大きくなるので、こんな単純な形はアンカーポイントを減らした方がよい（単純化）。 単純化（アンカーポイントを減らす） 目的の画像を選択した状態で、「オブジェクト」→「パス」→「単純化」。 アンカーポイントの数は35ポイントあ […]
ストレスで骨髄細胞からMMP8が発現し、脳内環境を変化させる
ストレス社会と言われる現代。 テレビでも、ストレスでうつ病になったり、病気に罹りやすくなったりする人達の特集が組まれているのをよく見かけます。 でも、なぜストレスで心と体にこんなにも影響が出るのでしょうか？ アメリカ・マウントサイナイ医科大学の Dr. Russo らのグループは、 「ストレスで末梢血の骨髄由来細胞で matrix metalloproteinase 8 (MMP8) の発現が上が […]
Aβは細胞膜に埋め込まれてイオンチャネルの働きをし、細胞のホメオスタシスを乱す
アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) のオリゴマー、フィブリルなどの集合体には神経毒性があり、シナプス障害を引き起こし、認知機能低下に繋がる事が示唆されています [1] 。 また、Aβがあると、神経活動が異常に興奮する事も分かっています。 では、Aβはどのように神経毒性を発揮するのでしょうか？ これまでの研究では、 Aβは、細胞膜や細胞内の膜構造のイオンチャネルを調節す […]
TMEM106Bのコア蛋白の蓄積がTDP-43の病態に関与
TMEM106Bは、TDP-43陽性封入体を伴う前頭側頭葉変性症（frontotemporal lobar denegeration with TDP-43 immunoreactive inclusions, FTLD-TDP）のリスク遺伝子として同定されました [1]。 またTDP-43タンパク凝集体はFTLD [2] や辺縁系優位型加齢性TDP-43脳症（limbic-predominant […]
ミクログリアの活性化と補体の抑制でアルツハイマー病を治療
脳の掃除屋、ミクログリア。 アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の脳内に蓄積するアミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) プラーク周囲にも集族し、Aβプラークを除去しようと頑張ります。 けれどもミクログリアは、Aβだけでなく神経シナプス剪定にも関与しており、活性化したミクログリアは神経シナプスも貪食してしまいます。 ……なんとかミクログリアシ […]
APOEの機能を喪失したら、脳が健康に
APOEにはAPOE ε2、ε3、ε4の3つのアイソフォームがあり、APOE4はアルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の最大のリスク多型となります [1] APOE2はADにはなりにくいですが、III型脂質異常症や進行性核上性麻痺 (Progressive supranuclear palsy, PSP) などのリスクになります。 じゃあ、APOEの機能 […]
LATEでもcryptic splicingが増えている
先日、TDP-43プロテイノパチーにおける cryptic exons の発現が筋萎縮性側索硬化症（Amyotrophic lateral sclerosis, ALS）などで発症前から増加するという論文 [1] を紹介しましたが、 cryptic exonsは、ALSや前頭側頭型認知症（fronto-temporal dementia, FTD）だけではなく、アルツハイマー病 (Alzheime […]
α-シヌクレインのアイソフォームの凝集化速度いろいろ
α-シヌクレイン (αsynuclein, αsyn)は、パーキンソン病 (Parkinson’s disease, PD) やレヴィ小体型認知症 (Dementia with Lewy bodies, DLB) 、多系統萎縮症 (Multiple system atrophy, MSA) などのシヌクレイノパチーの主要病理蛋白になります。 これまで、αsynは、 140アミノ酸からな […]
レカネマブの副作用ARIAによる死亡症例報告
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の治療法として、アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) に対する抗体療法が開発されましたが、 その臨床試験が開始されてから今まで、副作用として最も多く報告される「アミロイド関連画像異常（Amyloid-related imaging abnormalities：ARIA）」をどう防ぐかについて、数多く議論 […]
「HDGFL2」のcryptic exon転写産物は、早期ALSのバイオマーカーとなり得るか？
TAR DNA-binding protein 43（TDP-43）には様々な機能が報告されていますが、その中でも重要なものとして、「遺伝子を正確に転写させる機能」があります。 筋萎縮性側索硬化症（Amyotrophic lateral sclerosis, ALS）や 前頭側頭型認知症（fronto-temporal dementia, FTD）などのTDP-43プロテイノパチーでは、このTDP […]
医原生アルツハイマー病!?
「アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) のタウやパーキンソン病 (Parkinson’s disease, PD) のα-シヌクレイン (α-synuclein, α-syn)が、プリオンのように脳内を伝播する」 とわかった時、多くの人達は、 「じゃあ、ADもPDも、狂牛病のように伝染しちゃうんじゃないの？」 と考えました。 けれども、下垂体 […]
【Outlook】メールの自動振り分け
Outlookで受信箱にやってきたメールを自動で振り分ける方法 etc.。 メールの自動振り分け 振り分け先のフォルダを作る まずは、振り分け先のフォルダを作る。 受信箱で右クリック → 新規フォルダを選択。 新規フォルダを作成し、名前をつける。 送信者毎に自動振り分けする①：ルールを作成 自動振り分けしたいメールを選択し、右クリック。 「Rules」を選択。 「From」に☑を入れ […]
ワン・ツー・パンチでアルツハイマー病を撃退
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) に対する抗アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) 抗体が承認され、「疾患修飾薬はない」と言われ続けていたAD治療の分野は大きく前進しました。 けれども、Aβを除去しても、Aβによって活性化したミクログリアやアストロサイトは脳内に炎症物質をまきちらし、現場は焼け野原となっているはず。 「Aβ」だけじゃなくて […]
【Outlook】日時を指定して送信する
私は、「できれば休日深夜早朝構わず、必要と思った時にメールを書いてそのまま送信し、後は次のメールがくるまで忘れておきたい」と思うタイプ。 これまでは、私と同じようなタイプの人たちと仕事をすることが多かったため、特に問題にはなっていなかった。 送信する側としては、 「別に返事を急かすつもりはなく、翌日や週明けに返信がくればいいので。」 くらいの気持ち。 けれども、そこは相 […]
アストロサイト由来の、脂質と結合した状態のアポEの構造
アポリポタンパクE（apolipoprotein E, APOE）司る遺伝子には、ε2, ε3, ε4の3つのアイソフォームがあり、APOE2はアルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）のリスクを下げ、APOE4は上げると言われています [1, 2] 。 この違いは、構造の違いによるものと言われており、APOE2は開いた構造をとって脂質に結合しにくく、APOE4 […]
進行性核上性麻痺のGWAS解析
まだプレプリントだけど、驚いたので早めに書き留めておきます。 進行性核上性麻痺 (Progressive supranuclear palsy, PSP) 。 60-70歳くらいに多い、進行性の認知症、眼球運動障害、体幹部に強い筋強剛、強い姿勢反射障害などをきたし、発症から7-9年くらいで死に至る事が一般的です [1, 2] 。 病理学的には、一次性タウオパチーに分類され、4Rタウで構成される凝集 […]
PCAはやっぱりアルツハイマー病だった
10年以上前の事ですが、外来で他科から紹介を受けた症例の脳MRIをみて驚いた事があります。（上のイメージは、Lancet の “Picture Quiz” より引用しました。） その方は、軽度の認知症と空間認識の障害、鬱様の症状があり、脳MRIでは後頭葉を中心とした強い萎縮がありました。 最初は後頭葉の機能障害が起こりやすいレヴィ小体型認知症 (Dementia with […]
パーキンソン病の生物学的定義／区分について提唱
パーキンソン病 (Parkinson’s disease, PD) の4大症状は、振戦、固縮、無動・寡動、姿勢反射障害と言われており、進行性に運動障害をきたします。 また、便秘、嗅覚障害、レム睡眠行動異常（Rapid eye movement (REM) sleep behavior disorder, RBD）、精神症状、認知症など、多彩な非運動症状をきたし、それらの多くは運動症状よ […]
Biogen がアデュカヌマブの生産を終了
去年、FDAの迅速承認を受け、大きな波紋と議論を呼び起こした、Biogenとエーザイで開発されたアデュカヌマブ。 先日（1月31日）、Biogenはそのアデュカヌマブの生産を終了するとアナウンスしました。 今後は、アデュカヌマブの後に承認されたレカネマブ等に集中する、という方針のよう。 ……まあ、当然の流れでしょう。 様々な議論を呼びはしましたが、アデュカヌマブのFDA […]
神経は細動脈の血管平滑筋にシナプス様の突起を伸ばして、Neurovascular Couplingを形成していた
脳の神経活動と脳血流は密接に連動しています。 神経活動が高まれば、その分多くの酸素を消費する必要があり [1]、その酸素を供給するため、神経活動の高い部分により多くの血流が流れます。 この現象を Neurovascular Coupling（NVC）と呼びますが [2]、そのメカニズムについて、これまでも色々と調べられてきました。 今回、中国西湖（Westlake）大学のDr. Ji […]
髄液中p-tau205はアルツハイマー病の脳内のタウ病理を反映する
私達にとってはおなじみのリン酸化タウ抗体AT8。エピトープはタウのS202とT205のリン酸化部位です [1] 。 このp-tau202/205抗体は、AD脳の神経原線維変化を綺麗に検出します。 じゃあ、これって、アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) のCSF中で増えて、バイオマーカーとして使えるんじゃないの？……ということで、スウェーデンGothenb […]