【ImageJ/Fiji】Striatum の Spine density のカウント
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Spine DensityのCount（cell countにも使える） Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。Color mode : Grayscaleにし、Split channelsの☑を外しておく。 Rectangleで、v […]
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2020年10月
Aβプラークの新しいタイプーcoarse-grained plaqueー
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の２大病理といえば、 アミロイドβ（Aβ）プラークと神経原線維変化（NFT）ですが、 Aβプラークには、その形態や構成Aβによって、いくつかの種類に分類されていました [1]。 Fibrillar plaques : 30–100 µm, Aβ+, 認知機能との相関あり compact / cored-only plaq […]
noindex / nofollow / sponsored / ugc …どうする？
SEO対策で noindex／nofollow／sponsored／ugc の設定をちゃんとした方がいい… ということで、 内容をまとめました。 そもそも私のブログは自分用の要素が強いので、 SEO対策は最重要項目ではないはずなのですが… ただ、ブログを書く上での方法を色々調べていると、 高頻度で「SEO対策」という言葉に出会います。 「やっぱり私も色々し […]
LRRK2はミクログリアの神経毒性を惹起する
α-シヌクレイン（α-synuclein, α-syn) は、ミクログリアを活性化し、神経障害に関与する事が知られていますが、その詳細なメカニズムについては議論が続いています。 アメリカNIH, NIAのDr. Kim, Dr. Masliahらの研究グループは、 α-synのオリゴマーがToll-like receptro2 (TLR2) を介してミクログリアを活性化し [1]、 nuclear […]
【Excel】外れ値の検定（Smirnov-Grubbsの棄却検定）
データの中に、一つだけ他のデータとかけ離れている値がある場合、それを外れ値として棄却するべきかどうか、検定する方法。 スミルノフ・グラブス棄却検定 帰無仮説：この値は外れ値ではない 対立仮説：この値は外れ値である 1. 検定統計量Tを求める エクセルの場合、 eg. A1:A10の中にあるデータ中、A5の値が外れ値かどうか検証したい場合 作業セル：= (A5-(average(A1:A10))/S […]
【ImageJ/Fiji】StriatumのSpineのIntensityの求め方
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Intensityの求め方 Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。Color mode : GrayscaleにしSplit channelsの☑を外しておく。 Rectangleで、vesselsやStriosomesをよけるように […]
Aβ抗体の持つ、Aβ凝集阻害機能について検証
1999年にSchenkらの研究グループがアミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）抗体による、ADモデルマウス脳内のAβプラーク消失と認知機能改善を報告 [1] して以来、現在まで多くのAβ抗体が開発され、臨床応用に向けて様々な努力が続けられています。 Aβ抗体のAβ除去メカニズムについては、諸説ありますが、現在ではミクログリアの貪食作用を介したAβ除去説が一番に考えられています。 他には […]
【ImageJ/Fiji】Representative image作成
以前作成した、Image Jのプロトコール。 ※ Fijiのダウンロード：http://fiji.sc/Fiji Representative Imageの作り方 1. Confocal microscopeで撮影したImageをFijiで開く。 Split channelsに☑をいれておく。 2. Image → Color → Merge Channels 3. 見せたい色のとこ […]
【Excel】INDEX関数とMATCH関数を使って、任意のデータを抽出
違う時期に抽出したデータで、 各行の並びがバラバラになっている事がある。 「嗚呼、こっちのデータとあっちのデータを照合したい…」 という時に便利な関数。 例題 eg. 下記のようなDeta AとData Bがあるとする。 データA： A B C D 1 Data A data A-1 data A-2 data A-3 2 apple 21 32 21 3 orange 31 44 32 4 gr […]
【Rデータ整理】データフレームの最初の行、ディメンジョン、構造を確認する：head／dim／str
テーブルデータを取り込んだ後は、最初の6行、ディメンジョン、概要などを確認する。 データの取り込み 例えば、 コンソールに下記入力してデータを取り込む。 例えば、Dドライブにある”data.csv”というファイルを取り込む場合。 > data <- read.csv("D:/R/R directroy/data.csv", header=TRUE) 1行目はヘッ […]
【RStudio】Console内のオブジェクトを一掃する
コンソールがごちゃごちゃなって、内容を一掃したいときは、 右上の🧹マークをクリック。 ・ ・ ・ きれいになった。
Single-Nucleus RNAシークエンスの落とし穴
脳内での細胞達の動向をみるために、シングルセルRNAシークエンス（single-cell RNA-Seq, scRNA-Seq）が注目され、 これまで、マウス脳内やヒト脳内での各細胞のheterogeneityについて多数報告されてきました [1, 2, 3] 。 特にミクログリアでは、今までマウスとヒトとでだいぶプロファイルが違うと言われてきており [4]、 ミクログリアを扱う同僚の一人は、 「 […]
【Excel】ピアソン相関係数（r値, t値, p値）
エクセルでピアソン相関係数を算出する方法 例題 eg. 下記のようなデータがあった場合 r value =PEARSON(データ1の範囲,データ2の範囲) =PEARSON(A2:A28,B2:B28) r = 0.62 という数値が返る t value t valueは、 =相関係数*SQRT(n数-2)/SQRT(1-相関係数^2) =E14*SQRT(27-2)/SQRT(1-E14^2) […]
認知機能低下の一番の要因は混合病理
心機能障害、糖尿病 (diabetes mellitus, DM)、心血管障害 (cardiovascular disease, CaVD) は、アルツハイマー病病理（Alzheimer’s disease neuropathologic change, ADNC）を持つ患者の認知機能低下の要因として知られている。 今回、スウェーデン・Uppsala大学病院のDr. IrinaとDr. […]
【Excel】各セルの名前を一括で追加/削除
Data analysisから抽出したエクセルデータで、時々各セルの名前を一括変更したい時がある。 名前を削りたい時 例えば、 “D:\Slide Scanner\Scan-200825-BF-409-Hipp-FN-CPI\1986-089_409.mrxs” という名前がずらっと並んでいた場合、 “1986-089” という名前だけにしたい時。 […]
【Excel】オッズ比とP値
オッズ比とP値はエクセルで計算可。 X1 X2 Total Y1 a b a+b Y2 c d c+d Total a+c b+d a+b+c+d 上記のようなデータがあった場合、期待値は、 期待値 X1 X2 Total Y1 (a+c)*(a+b) /(a+b+c+d) (a+b)*(b+d) /(a+b+c+d) a+b Y2 (a+c)*(c+d) /(a+b+c+d) (b+d)*(c+ […]
VCPがタウ凝集体を分解する ー “vacuolar tauopathy”
valosin-containing protein (VCP) は、全ての真核生物と古細菌などに存在するATPaseで、 ユビキチン－プロテアソーム系（Ubiquitin-proteasome system, UPS） アポトーシス オートファゴソーム形成 etc. 様々なタンパク分解系に関与し、 タンパク複合体、オルガネラ、クロマチンなど、大きなタンパクの分解に関与すると言われています [1] […]
【ImageJ/Fiji】スケールバーを表示
ImageJ/Fijiでスケールバーを表示する方法。 ……高性能の顕微鏡で撮影した画像には、たいていスケールの情報が入っているので、まずはそちらから。 スケール情報を表示 通常の場合 Fijiで画像を開く> Analyze > Tools > Scale bar… スケールバーの表示方法を設定（長さ、太さ、色、フォントetc.） Width in µm: 横方向のバ […]
OneDrive, Dropbox, Creative Cloudの保存先を別ドライブに移動
私は、ドキュメントファイル系はDドライブに入れるように設定していましたが、OneDriveやDropbox等のクラウドストレージの保存先をCドライブにしたままだったため、 Cドライブの容量が少ななくなってきました。 …ということで、今回、OneDrive、Dropbox、Creative Cloud の保存先を変更。 ディスクマネージャを開いて確認 1-1. Win + X → Disk Mana […]
PD遺伝子変異が特発性レム睡眠行動異常に関連するか
レム睡眠行動異常（rapid-eye-movement sleep behavior disorder, RBD）は、レム睡眠期の筋緊張低下が消失し、夢の内容によって実際に体が動いてしまう症状です。 RBDとパーキンソン病（Parkinson disease, PD）関連疾患との関係は強く、 特発性RBD（isolated RBD, iRBD）の発症から１０年以上経つと、多くの患者さんがパーキンソ […]
【Windows】別ユーザーのPCをリモートデスクトップ接続：同時接続（セッションシャドウィング）も
以前、長男（１０歳）のゲーム中毒疑惑について触れましたが、 この問題が深刻味を帯び、とうとう、オンライン授業中にオンラインゲームやYouTubeをこっそり楽しんでいる事が判明。 オンライン授業のサポートをしてくれているアフタースクールの担当者に見つかり、厳重注意を受けました。 長男がSchool districtから支給されているPCは、”.io” […]
Logitech（logicool, ロジクール）キーボード/マウス/トラックボールに複数のデバイスをペアリング
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FBXO7のヘテロ変異の組み合わせで家族性若年性PD発症
F-box protein 7 (FBXO7) は、常染色体劣性遺伝型パーキンソニズムの原因遺伝子であるが、そのフェノタイプは様々。 今回、アメリカ・ワシントン大学のDr. Zabetianらの研究グループは、FBXO7に2箇所の変異を持つ、若年性パーキンソニズムを発症した姉妹（onsetはそれぞれ21才と27歳）について報告した。 FBXO7のヘテロ変異の組み合わせで家族性若年性P […]
特定のカテゴリーだけフロントページ／メニュー／ウェジェットに表示しない
自分の備忘録的にさらっと読んだだけの論文とか、PC効率化、Worepress備忘録を記事で残しておきたい。 でも、それを全部フロントページに表示していたら、他の記事が押されて、それらの記事でフロントページが埋め尽くされてしまう… そんな自分用記事etc.をフロントページに表示しない方法。 ついでに、メニュー欄やウェジェットに表示しない方法も。 フロントページに特定のカテゴリーを表示しない 使用して […]