【Rデータ整理】文字列の中に数式を入れたい場合：str_c／paste
例えば作表の際、列名に「(N = 数字)」という情報をいれたくて、数値は計算式で出したい場合、 stringr::str_c() 文字列操作はstringr パッケージで。 stringr の特徴 処理速度が速い。 関数が全て “str_” で始まる。 パイプ（%>%）で連鎖しやすい。 R標準にはない機能も色々追加されている。 stringr パッケージは tidyv […]
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2021年
タウフィラメントの構造でタウオパチーを分類する
クライオ電子顕微鏡法（cryo-electron microscopy, cryo-EM）でのフィラメント構造解析については、このブログでも何回かとりあげました。 主に、イギリス・MRC分子生物学研究所の Dr. Goedert、Dr. Scheres らの研究グループからの報告が多く、ここ数年の間にタウオパチーやシヌクレイノパチーのフィラメント構造を次々と解明してきました。 今回彼 […]
【Rデータ整理】NAを無視して計算する：na.rm = TRUE
Rにはベクトル専用の関数が多く用意されている。 例えば、 sum() ：合計を求める mean() ：平均値を求める median() ：中央値を求める etc. この時注意したいのが、データフレーム内に「NA」があると、計算結果が全て「NA」になってしまう。 この現象を回避するため、 「ベクトルに含まれている NA を無視する」 という指示を記載しておくと良い。 na.rm = T […]
【R Markdownトラブルシュート】Run All Chunks Above が使えなくなった件
ある日、今までサクサク動いていた “Run All Chunks Above” ボタンが、全く反応しなくなりました。 Ctrl+Alt+Shift+P を押してもダメだし、 右上の、”Run” タブから “Run All Chunks Above” を選択してもダメ…… “Run Current Ch […]
ミクログリアはナノチューブを介して、お隣さんにα-synをおすそ分けする
ミクログリアは脳内のお掃除屋さんで、アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）、タウ、αシヌクレイン（α-synuclein, α-syn）など、神経変性疾患に関わる様々な病的蛋白を貪食・分解・除去してくれています。 でも、ミクリグリアにだってキャパシティがあり、あまりにたくさんの病的蛋白を処理しなければならないと、お腹いっぱいですぐにキャパ超えしてしまいます。 そんな時、ミクログリア達はど […]
【Rデータ整理】2つの要素をまとめて、新しい列に追加する：fct_collapse
例えば、あるデータ（Data）内に Alzheimer’s disease neuropathologi change (ADNC) の項目があり、 そのデータフレームに ADNC=”Not” と ADNC=”Low” → ADcopth=”NotLow”、 ADNC=”IntermediateR […]
もっと大規模な、ADのGWAS解析
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の90％は孤発性で、リスク遺伝子多型に関しては今までにも何度かゲノムワイド関連解析 (genome-wide association study, GWAS) が行われてきました。 今までで一番大きいGWAS解析では、71,880症例のAD群と383,378症例のコントロール群のGWAS解析で、29のリスク多型を報告 […]
【Rデータ整理】小数点以下を0.00とかに揃えたい場合
R で小数点第○○位まで出したい、というときは、Excel でもおなじみの Round 関数が使える。 round(データ, 桁数) round(0.12345, 3) output 0.123 ただこれだと、小数点以下の最後が 0 だった場合、0 より手前までしか表示されない。 round(0.12000, 3) output 0.12 これを、”0.120″ […]
早発性家族性アルツハイマー病の原因遺伝子：Upsala APP deletion
家族性アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の殆どはAβ産生系の遺伝子に変異があり、10％はアミロイド前駆蛋白 (Amyloid precursor protein, APP) の遺伝子に変異が報告されています。 今回、スウェーデン・Uppsala大学の Dr. Ingelsson らの研究グループは、新たな変異として、APPのUppsala変異を報告し […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names
R Markdown で Knit しようとしたら、下記 warning が出て止まった。 Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names コードをみると、rbind しようとしていた２つのデータの列の名前が一致していない……ということらしい……。 Data_all <- rbind(Dat […]
Wi-Fi が繋がらない場所で iPhone のインターネットが使えなくなったけど、見事に解決した件
ある時から、iPhone の通信マークがずっとぐるぐるして（spinning gear）、インターネットに繋がらなくなりました。 Wi-Fi に繋いでいたら普通に使えるので、問題は LTE/4G にあるよう…… 一般的な解決方法 ネットで調べると、同じような不具合に遭遇している人は多いようで、いくつか解決策が載っていました。 通信マークがずっとぐるぐるして繋がらない場合の一般的な解決 […]
CHAMP7の核内集積がNPC異常のきっかけになり、ALS特有のTDP-43異所性凝集を誘導する
筋萎縮性側索硬化症 (Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS) は、主に上位下位の運動神経が障害されていく疾患で、約10%が家族性、90%が孤発性に発症します。 ALSで同定されているものの中で最も多い遺伝子変異は C9orf72の6塩基反復配列の伸長で、家族性ALSの約40％、孤発性ALSの約8％に認められています。 C9orf72がALSを発症する機序の一つとして […]
【Rデータ整理】スコア “1+, 2+…” を数値 “1, 2…” に変換し、データ型を数値型に変更
相変わらず R でデータ整理中。 今回は、データベースに記載されている 1+, 2+ などのスコアを数値 1, 2… に変換し、データ型を数値型に変更する方法。 データベースから落としてきたときは、下記のようになっている。 これをそのまま R に取り込むと、文字列として認識される。 全ての文字列を数値化し、中央値とか出しておきたい。 データフレーム内の特定の文字列全てを数値に変換 まず […]
公開日・更新日の設定とGoogle 検索画面に「更新日」を表示させる方法
賢威8.0 では、投稿記事の日付を、 表示しない 投稿日と更新日を表示する 更新日を表示 投稿日を表示 の4種類から選択できる。 日記的要素が強いブログなら、「投稿日」の方が意味があると思うけれど、 情報発信系ブログなら、（読者は最新の情報を求めているので）「更新日」を表示したいところ。 「投稿日と更新日を表示する」にすると、記事内では両方表示されるけれども、Google の検索画面 […]
【Rベーシック】パイプ演算子：%>%
便利なパイプ演算子 %>% ……の覚書。 パイプ演算子とは パイプ演算子は、左辺のオブジェクトを右辺の関数に入れる機能を持つ演算子。 %>% %>%はtidyverseに含まれているパイプ演算子。%>%の左にあるデータを右の関数の第一引数に渡す役割を担う。 |> |>はR 4.1.0以降で備わっているパイプ演算子。 ・ ・ ・ 今回は […]
【Rで作図】EPSファイルやsvgファイルで出力
R は色々なグラフィックスが作れて嬉しくなる。 作成した図表をそのまま R Markdown で出力できるのも魅力の一つだが、場合によっては、別のソフトで編集したいときも。 私の場合、Figures 等を作るときの最終的な整形は illustrator を使っている。 この時、R のグラフを EPS ファイルでの出力が必須。 後の編集が断然しやすい。 EPS ファイルで出力する方法: […]
【Rで作表】tableoneで全てのカテゴリを表示する方法
医学臨床系論文の Table 1. は、たいてい “Patient Demographics”… その “Table 1” を作るために非常に便利な R パッケージ: tableone。 基本的な使い方は、下記参照 ▼ 今回はちょっと躓いたところと、その解決法を書き留めておく。 tableone を使う時に躓いた事とその解 […]
【Rデータ整理】列名とデータ型の変換
R にデータを取り込んで、そこから最初に行う作業の備忘録。 データのインポート 私は、データベースからエクセル (.xlsx) でデータを取得し、それを R に取り込む場合が多い。 エクセルの取り込みは、 readxl::read_xlsx(ファイル名.xlsx) で行う。 そのままファイル名を指定：同じフォルダ内にデータがある場合 R ディレクトリと同じフォルダにデータがある場合は、そのままファ […]
運動は認知機能低下を抑制できるー特に血漿中タウが高い人に効果的
運動がアルツハイマー病などの認知症予防に効果的であることは、このブログでも何度かとりあげました。 機序的にも疫学的にも、運動の認知機能に対するポジティブな効果は疑いようがないんじゃないかと思います。 でも運動の効果って、年齢や性別、基礎疾患などによって様々なような気がしますね。 今回、アメリカ・Rush 大学の Dr Desai らの研究グループは、血漿中のタウをバイオマーカーとして、運動の有無や […]
【Rデータ整理】データフレームの結合 : join
最近リバイスが返ってきて、データ整理に追われ中…… n数を増やす目的等で他から持ってきたデータを結合させた時の備忘録。 dplyr::join dplyr パッケージの join 関数を使う。 join 関数は４種類。 full_join inner_join left_join right_join この中で一番多く使っているのは left_join と full_join right_join […]
【PowerPoint】Adobe Acrobat のスクリーンショットを貼り付けた画像の解像度が悪いときにはコレ！
先日、同僚のプレゼンテーションで、Adobe Acrobat のスクショ機能を使って貼り付けたであろう画像がぼやけていたので、 改善方法を伝えたらとても感謝された。 個人的には最近ほとんど使わなくなった Adobe Acrobat のスクショ機能だけど、世の中にはコレで慣れていて、かつ彼女と同じような症状で悩んでいる人もいるかもしれないので、ここに方法を記録☆ Adobe Acrobat のスクリ […]
【Rトラブルシュート】”R code execution error”
ある時、R でコードを打つ度に、”R code execution error” という warning sign に遭遇するようになりました。 普通に仕事は進められるけど、警告の度に作業がストップされるので、ちょっと annoying… 対処法について調べると、下記に答えが。 R の再起動 (d.g. .rs.restartR()) […]
【Excel】グラフの形式（フォーマット）をコピーする
一つのテーマで複数のグラフを作るときには、フォーマットをあわせたくなるのが心情。 でも、一つ一つフォーマットを作り直していたら時間が勿体ない。 そんな時便利なのが、「グラフのフォーマットをコピペする」方法。 グラフのフォーマットをコピペする方法 例えば、下記のような２つのグラフを作製し、左にある ”Hippocampal Sclerosis” のグラフ形式を右にある ”Brain We […]
【Rデータ整理】データフレームの行名と列名を変更：rownames／rename／colnames
下記のようなデータフレームがあり、この表の行名（左側の列）と列名（一番上のヘッダー行）とを変更したい場合。 Estimate Std. Error Pr(>|z|) OR CI_low CI_high (Intercept) -1.160 2.883 0.687 0.31 0.00 89.13 Age 0.003 0.027 0.915 1.00 0.95 1.06 Sex 0.433 0. […]
ある遺伝子の発現量を、脳部位別、細胞別、細胞内小器官別で確認するサイト達
脳内にある、特定の遺伝子やタンパクの発現量をみるとき、いくつか方法があるけど、個人的によく使うサイトを書き留めておく。 主にはmRNAレベル。 脳の部位別発現量をみたいとき 使っているのは「Allen Brain Atlas」 マウスの場合 マウスのページを開く ページの検索欄に、確認したい遺伝子名を入れて「Search」をクリック。 coronal, sagital など、色々な in situ […]
【Rトラブルシュート】unused argument
この間まで普通に動いていた下記コードが、突然エラー表示に。 Data_D <- readxl::read_xlsx("sample", guess_max=40000, range="A1:AK755") %>% rename(LATE = "TDP") output Error in rename(., LATE = "TDP") : unused argument (LATE = […]
【Excel】セルの中で改行する方法
この間、同僚から 「どうやったらエクセルのセルの中で改行できるの？」 と聞かれました。 普通に「Enter」を押すと、セルの中で改行せずに、下のセルに移動してしまいます。 「セル内で改行」したいときには、 「Alt + Enter」 を押すとOK。 ……凄く感謝されました。ラッキー ♪
社会から隔離されると睡眠不足になり過食にはしる……という事をハエで検証
COVID-19 で自宅待機が長らく続き、精神的に辛い日々を過ごされた方は多いんじゃないかと思います。 外を出歩けず、対面で人と話せず……社会的に隔離されたように感じていたかもしれません。 アメリカでは、COVID-19 で自宅待機が続く間、精神科受診が必要な人達が 30％ 以上上昇したというニュースもありました。 実際社会から孤立すると、脳内ではどのような変化が起こるのでしょうか？ 今回、アメリ […]
【VSCode】正規表現を使って置換
例えば、下記のようなコードで、 省略された小数点3桁目が「0」の場合にその「0」を追加したいと思った場合。 何万字の中から一つ一つ見つけ出して置換していくのは大変。 そんなときは正規表現を使ってサクッと置換する。 正規表現で検索 「Ctrl + F」で検索窓を出す。 検索窓の右側に正規表現のボタンがある。 ちなみに左から、 大文字と小文字を区別 単語単位で検索 正規表現を使用 のボタンになっている […]
海馬のリップル波は血糖値を調節する？
睡眠時、海馬で観察される脳波の一つにリップル波（sharp wave ripple）があり、学習直後の睡眠時に一過性に上昇して記憶の定着に関与することが知られています [1]。 また一方で、海馬は視床下部とのコネクションも強く、ホルモン調節にも関与しているのではないかと言われているそうです [2]。 今回、アメリカ・ニューヨーク大学の Dr. Tingley, Dr. Buzsáki らの研究グル […]
【賢威8.0】関連コンテンツユニット等の画像が「no image」となる事への対応：メイン画像に差し替える
Google AdSense の 関連コンテンツユニットを見ていると、メインページの画像が「no image」になっていた。 でも、賢威にサイト全体のアイキャッチ画像を設定する項目はない。 ……この「no image」画像を別のイメージに差し替える方法２つ。 方法１：OGPの共通画像の項目を設定 １. 「ダッシュボード → 賢威の設定 → SNS設定」 ２．「OGP の共通画像（アイキャッチがない […]
タウのオリゴマーはアストロサイトの老化および HMGB1 分泌を促し、神経障害や認知機能障害を悪化させる
神経変性疾患分野では、老化細胞 (senescent cells) への注目が集まっていると思います。 以前、老化したグリアを除去するとモデルマウスのタウ病理と認知機能が改善したという論文を紹介しましたが、 今回は、そのメカニズムに注目した論文。 アメリカ・テキサス大学の Dr. Kayed らの研究グループは、アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) や […]
【Excel】COUNTIF (COUNTIFS) で、A ∪ B（A集合 OR B集合）の数をカウントする
例えば、下記のように、臨床診断 (Clinical Dx) が PD (Parkinson’s disease), PDD (Parkinson’s disease with Dementia), DLB (Dementia with Lewy Bodies) の患者さん２０人のデータがあったとして、 Dementia with Lewy Bodies の患者さんの何人が病 […]
GABA受容体を持つミクログリアは抑制性シナプスを剪定する
ミクログリアが神経シナプスの剪定を行い、シナプスの再編や可塑性に重要な役割を果たしている事は周知の事実ですが、 その働きについては主に興奮性シナプスについて研究されてきました [1, 2]。 ただ、最近明らかになってきたように、ミクログリアには非常に広い多様性があり、それぞれのサブタイプによって働きが大きく異なります [3, 4]。 今回、アメリカ・ハーバード大学の Dr. Fishell らの研 […]
特殊記号のショートカットキー (Alt コード)
個人的によく使っている特殊記号 (Alt コード) の出し方備忘録。 単位 etc. Alt 0181 : μ (μg とかで使う。) Alt 0176 : ° (後ろに C を打って ℃ にする。) 遺伝子や名前 etc. Alt 916 : Δ (大文字デルタ、欠損とかのときに使う。) Alt 0248 : ø (ファージ。マクロファージとか。) Alt 964 : τ (半減期のタウ。タウ蛋 […]
言語障害の患者さんが話そうとしている内容を読み取るデバイス
脳卒中や筋萎縮性側索硬化症 (Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS) などの疾患で、手足も動かせず、言葉も発せられない患者さん達は、自分の考えていることを周りに伝えることができません。 私が患者さんの立場だったら、 「今思っていることをテレパシーで伝えられたら」 と歯痒い気持ちでいっぱいになると思います。 今回、アメリカ・カリフォルニア大学サンディエゴ […]