Aβ蓄積と睡眠不足との関係に視床網様核が関与する
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睡眠不足とアルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）との関係については、以前から研究されており [1, 2]、 このブログでも以前、 「睡眠不足になるとアミロイドβ（Amyloid beta, A […]
【RStudio】任意の単語etc.を全選択（VSCodeの Ctrl+L, Ctrl+D の代わりになるショートカットキーは？）
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R Studio を使っていてちょっと不便だなと思ったのが、VS Code で多用している Ctrl + Shift + L (カーソル上と同じ単語etc. を全選択) Ctrl + Shift + D (カーソル上と同 […]
コロナ後遺症「ブレインフォグ」の原因？新型コロナウイルス感染で脳の微小血管が障害される
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新型コロナウイルス（SARS-Cov-2）の脳内感染等についてはこのブログでも何度か取り上げましたが、 現在、新型コロナウイルス感染後遺症の一つ「ブレインフォグ（brain fog）」に悩まされている人が多いという現状を […]
【Rで作図】facet毎に色を変える
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認知機能の変化を、LBD, AD, LBD+AD グループ毎に、LATE(+)とLATE(-)で分けて示したいと思い、下記のようにグラフを作製。 ```{r fig.width=6} filter(Data, compl […]
黒質のドパミン神経特異的にミトコンドリア機能を阻害したら、パーキンソン病の各症状が順に現れる
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パーキンソン病（Parkinson's disease, PD）の原因には、遺伝要因の他に環境要因も示唆されています [1, 2]。 有名なのは、農薬の一種であるロテノン（rotenone）や、合成麻薬の成分の一つである […]
【Rで統計】回帰分析で参照グループを指定する
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あるデータで線形混合モデルを使っていたときの話。 R の場合、参照グループは一番最初に分類されているグループと決められています。 例えば、 Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE( […]
タスクフォーカスのトレーニングをしたら頭がキレッキレになる……ということをマウスで実証
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「余計な事に気をとられず、タスクフォーカスしたい！」と思っているのは、私だけじゃないはず… 世の中にはタスクフォーカスのトレーニング法の本なども多数出版されており、需要は多いんじゃないかと思います。 時々「今日は集中でき […]
【Rトラブルシュート】invalid factor level, NA generated
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あるデータフレームに論理型（factor）の列を追加しようとして、下記のように作成した。 Data <- %>% mutate(Group = factor(NA, levels = c("LBD-L […]
【Rトラブルシュート】number of items to replace is not a multiple of replacement length
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ある病理のスコアで、Brainstem (BS) が NA の項目があったので、 "Midbrain(MB) と Pons(Pons) と Medulla (Med) のどこかで 1 以上のスコアがあったら、BS = 1 […]
ウイルス蛋白が凝集体伝播を促す？
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1997年、「狂牛病やクロイツフェルト・ヤコブ病（Creutzheldt-Jakob disease, CJD）ではプリオン蛋白が細胞間を伝播して病態を広げていく」という事を見出した Dr. Prusiner がノーベル […]
アデュカヌマブを投与してもよい人は驚くほど少ない
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Accelerated Approval Pathway で FDA の承認を受けたアデュカヌマブ。 この動きに乗って、その他のAβ抗体（レカネマブ（エーザイ／バイオジェン）、ドナネマブ（イーライリリー）、ガンテネルマブ […]
【Rデータ整理】文字列の追加：mutate／transform
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データフレームに列を追加する時の方法２つ。 dplyr::mutate() 普段は dplyr パッケージの dplyr::mutate() を使っている。 文字列は " " で括って追加する。 mutate(列名 = […]
FDG-PETは、神経変性だけじゃなくミクログリアの糖代謝も反映していた
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先日に引き続き、ミクログリアのイメージングのお話。 アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の診断をつける上で、画像データは欠かせませんが、だいたい single-photon emission […]
【Rデータ整理】文字列の結合：str_c／paste／paste0
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文字列を繋げるときには、paste(), paste0(), str_c()などを使う。 paste()とpaste0()は、Rの標準パッケージ（base）。 str_c()は、stringrパッケージの関数。 str_ […]
【Illustrator】特定のオブジェクトをまとめて選択し、個別に変形する
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久しぶりにイラストレーター。 例えば、下のようなグラフの「ドットの大きさだけ大きくしたいなー」と思った場合、 同じ性質のオブジェクトを選択 個別に変形 機能を使えば簡単に変形できる。 同じ性質のオブジェクトを選択 １．ド […]
活性化ミクログリアがタウ病理の広がりを介在する……かも
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アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の代表的な病理といえば、 アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ） タウ 神経炎症 血管病変 神経障害 などが挙げられるかと思います。 これらの変 […]
【Rトラブルシュート】longer object length is not a multiple of shorter object length
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"longer object length is not a multiple of shorter object length" のエラーメッセージが出たら、 それは、指示したベクター同士の長さがあっていないという事。 […]
グリアを神経に変えて病気を治す……という論文には間違いがあったらしい
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以前このブログで、「グリアに遺伝子改変操作を加えて機能性ニューロンに変化させる」という内容の論文を紹介しました。 上記2つはマウスのPtbp1をノックダウンしてアストロサイトをニューロンに変える [1, 2] という方法 […]
【Rデータ整理】文字列の中に数式を入れたい場合：str_c／paste
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例えば作表の際、列名に「(N = 数字)」という情報をいれたくて、数値は計算式で出したい場合、 stringr::str_c() 文字列操作は Hadley氏作製の stringr パッケージで完結できる。 string […]
タウフィラメントの構造でタウオパチーを分類する
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クライオ電子顕微鏡法（cryo-electron microscopy, cryo-EM）でのフィラメント構造解析については、このブログでも何回かとりあげました。 主に、イギリス・MRC分子生物学研究所の […]
【Rデータ整理】NAを無視して計算する：na.rm = TRUE
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Rにはベクトル専用の関数が多く用意されている。 例えば、 sum() ：合計を求める mean() ：平均値を求める median() ：中央値を求める etc. この時注意したいのが、データフレーム内に「 […]
【R Markdownトラブルシュート】Run All Chunks Above が使えなくなった件
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ある日、今までサクサク動いていた "Run All Chunks Above" ボタンが、全く反応しなくなりました。 Ctrl+Alt+Shift+P を押してもダメだし、 右上の、"Run" タブから "Run All […]
ミクログリアはナノチューブを介して、お隣さんにα-synをおすそ分けする
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ミクログリアは脳内のお掃除屋さんで、アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）、タウ、αシヌクレイン（α-synuclein, α-syn）など、神経変性疾患に関わる様々な病的蛋白を貪食・分解・除去してくれています […]
【Rデータ整理】2つの要素をまとめて、新しい列に追加する：fct_collapse
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例えば、あるデータ（Data）内に Alzheimer's disease neuropathologi change (ADNC) の項目があり、 そのデータフレームに ADNC="Not" と ADNC="Low" […]
もっと大規模な、ADのGWAS解析
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アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) の90％は孤発性で、リスク遺伝子多型に関しては今までにも何度かゲノムワイド関連解析 (genome-wide association study, G […]
【Rデータ整理】小数点以下を0.00とかに揃えたい場合
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R で小数点第○○位まで出したい、というときは、Excel でもおなじみの Round 関数が使える。 round(データ, 桁数) round(0.12345, 3) output 0.123 ただこれだと、小数点以下 […]
早発性家族性アルツハイマー病の原因遺伝子：Upsala APP deletion
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家族性アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) の殆どはAβ産生系の遺伝子に変異があり、10％はアミロイド前駆蛋白 (Amyloid precursor protein, APP) の遺伝子に […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names
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R Markdown で Knit しようとしたら、下記 warning が出て止まった。 Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match prev […]
Wi-Fi が繋がらない場所で iPhone のインターネットが使えなくなったけど、見事に解決した件
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ある時から、iPhone の通信マークがずっとぐるぐるして（spinning gear）、インターネットに繋がらなくなりました。 Wi-Fi に繋いでいたら普通に使えるので、問題は LTE/4G にあるよう…… &nbs […]
CHAMP7の核内集積がNPC異常のきっかけになり、ALS特有のTDP-43異所性凝集を誘導する
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筋萎縮性側索硬化症 (Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS) は、主に上位下位の運動神経が障害されていく疾患で、約10%が家族性、90%が孤発性に発症します。 ALSで同定されているものの […]
【Rデータ整理】スコア “1+, 2+…” を数値 “1, 2…” に変換し、データ型を数値型に変更
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相変わらず R でデータ整理中。 今回は、データベースに記載されている 1+, 2+ などのスコアを数値 1, 2... に変換し、データ型を数値型に変更する方法。 データベースから落としてきたときは、下記のようになって […]
公開日・更新日の設定とGoogle 検索画面に「更新日」を表示させる方法
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賢威8.0 では、投稿記事の日付を、 表示しない 投稿日と更新日を表示する 更新日を表示 投稿日を表示 の4種類から選択できる。 日記的要素が強いブログなら、「投稿日」の方が意味があると思うけれど、 情報発信系ブログなら […]
【Rベーシック】パイプ演算子：%>%
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便利なパイプ演算子 %>% ……の覚書。 パイプ演算子とは パイプ演算子は、左辺のオブジェクトを右辺の関数に入れる機能を持つ演算子。 %>% %>%はtidyverseに含まれているパイプ演算子。%&g […]
【Rで作図】EPSファイルやsvgファイルで出力
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R は色々なグラフィックスが作れて嬉しくなる。 作成した図表をそのまま R Markdown で出力できるのも魅力の一つだが、場合によっては、別のソフトで編集したいときも。 私の場合、Figures 等を作 […]
【Rで作表】tableoneで全てのカテゴリを表示する方法
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医学臨床系論文の Table 1. は、たいてい "Patient Demographics"… その "Table 1" を作るために非常に便利な R パッケージ: tableone。 基本的な使い方は、 […]