2021年 今年のブレイクスルー研究（Science）
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年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 今回は、Science誌の ”2021 Breakthrough of the Year” から。 2021 BREAKTHROUGH OF T […]
Year: 2021年
Windows 11で表示されるようになったタスクバーの余計なアイコンを非表示
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先日 Windows 11 にアップグレードしてから IME でちょっとイラッときたので、この機会にタスクバーに追加された余計なアイコンも削除した。 アップグレードによってタスクバーに追加されたアイコンは下記5点（Edg […]
2021年 Nature選出サイエンスニュース（Nature）
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年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 今回は、Nature誌の ”The science news that shaped 2021: Nature’s picks” から。 202 […]
Windows11: 日本語IMEの削除
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先日 Windows11 にアップグレードしてから、日本語IMEも再インストールされていた。 私は Google Japanese Input の方が断然好きで、日本語IMEは要らない……。 どころか、英語との切り替え時 […]
運動すると血漿中のクラステリンによって脳の炎症が抑えられ、認知機能がUPする
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運動の認知機能等に対する効果については、このブログでも何度かとりあげてきました。 運動がアルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）などの変性疾患病理を抑えたり神経新生を促したりして、認知機能を保つ […]
【RStudio】environment 内のオブジェクトを一掃する
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RStudioでは、実行したオブジェクト（ベクトル、リスト、データフレームなど）はそのまま "environment" の中に残り、再利用することができる。 Emvironment に残っているオブジェクトの確認方法 こ […]
【Excel】数式の相対参照⇔絶対参照を切り替えるショートカット：F4
エクセルを使っている人達ならほぼほぼみんなお世話になっているであろう「相対参照」と「絶対参照」。 相対参照、絶対参照とは 通常、関数をコピペしたりオートフィルしたりすると、そのセルの場所から移動した分だけ自動的に計算して […]
【Rで統計】Kruskal.Wallis検定
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前回、ノンパラメトリックの2群検定の方法を書き留めておいたけど、 「よく考えたら、2群じゃなくて、2群ｘ3群の6群でみなきゃじゃん。」 とゆーことに気づき、 多重比較のデータを追加した。 各グループが正規分布じゃないこと […]
記憶の固定化には2日目の睡眠も大事みたい
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私が大学生の頃、よく一夜漬けで勉強し、後から後悔していました。 テスト初日はなんとかなっても、2日目、3日目となるとそうはいかない…… 後に「記憶の固定にはその日の睡眠が重要」ということを知り、「やっぱりなー」と腑に落ち […]
【Excel】頭文字や後ろの文字など、任意の文字を抽出
エクセルでマウスの管理をしているけど、マウスIDとは別に、実験用のID "experimental ID" を付けたい。 例えば、野生型マウス（WT）でオス（M）でSham手術（S）でインジェクションマテリアルがAD-t […]
【Rで統計】Wilcoxonの順位和検定
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あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 […]
グリアを神経に変えて病気を治す…という論文には間違いがあったらしいーその２
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先日、「アデノ随伴ウイルスベクターを使ってNeuroD1を過剰発現させ、アストロサイトをニューロンに形質転換する」という論文の間違いについて取り上げましたが [1]、 今回は「レンチウイルスで同じNeuroD1を過剰発現 […]
【Rで作図】ヒストグラム
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あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 […]
ミクログリアはAβの伝播にも関与する？
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先日、ミクログリアがタウの伝播に一役買っているかも…という内容の論文 [1] を紹介しましたが、 今回はアミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）の話。 ドイツ・Freiburg大学の Dr. Meyer-Lueh […]
【Excel】大文字、小文字、先頭のみ大文字
エクセルには、ワードに備えられている 「大文字、小文字、先頭のみ大文字 etc.」 を選択するボタンやショートカットがない。 ではどうするかというと、関数を使う。 大文字に変換：UPPER 関数 例えば、A […]
タウ＋ニューロンを貪食したミクログリアは、お腹いっぱいになるとそれを吐き出してタウ伝播に一役買ってしまう……
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脳のお掃除屋さんのミクログリア。 アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）とかタウとか、脳内で蓄積すると困るタンパク達を貪食して除去しようとしてくれていますが、反面、活性化したミクログリアが炎症性サイトカインを出 […]
【Rデータ整理】列の追加：mutate
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Rで列を追加する時は、 dplyr::mutate() を使っている。 mutate(列A+列B) のように計算式の結果を入れられるので便利だけど、文字列を入れる時はこんな感じ ▼ 例：Data というデータフレーム内で […]
Aβ蓄積と睡眠不足との関係に視床網様核が関与する
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睡眠不足とアルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）との関係については、以前から研究されており [1, 2]、 このブログでも以前、 「睡眠不足になるとアミロイドβ（Amyloid beta, A […]
【RStudio】任意の単語etc.を全選択（VSCodeの Ctrl+L, Ctrl+D の代わりになるショートカットキーは？）
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R Studio を使っていてちょっと不便だなと思ったのが、VS Code で多用している Ctrl + Shift + L (カーソル上と同じ単語etc. を全選択) Ctrl + Shift + D (カーソル上と同 […]
コロナ後遺症「ブレインフォグ」の原因？新型コロナウイルス感染で脳の微小血管が障害される
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新型コロナウイルス（SARS-Cov-2）の脳内感染等についてはこのブログでも何度か取り上げましたが、 現在、新型コロナウイルス感染後遺症の一つ「ブレインフォグ（brain fog）」に悩まされている人が多いという現状を […]
【Rで作図】facet毎に色を変える
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認知機能の変化を、LBD, AD, LBD+AD グループ毎に、LATE(+)とLATE(-)で分けて示したいと思い、下記のようにグラフを作製。 ```{r fig.width=6} filter(Data, compl […]
黒質のドパミン神経特異的にミトコンドリア機能を阻害したら、パーキンソン病の各症状が順に現れる
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パーキンソン病（Parkinson's disease, PD）の原因には、遺伝要因の他に環境要因も示唆されています [1, 2]。 有名なのは、農薬の一種であるロテノン（rotenone）や、合成麻薬の成分の一つである […]
【Rで統計】回帰分析で参照グループを指定する
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あるデータで線形混合モデルを使っていたときの話。 R の場合、参照グループは一番最初に分類されているグループと決められています。 例えば、 Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE( […]
タスクフォーカスのトレーニングをしたら頭がキレッキレになる……ということをマウスで実証
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「余計な事に気をとられず、タスクフォーカスしたい！」と思っているのは、私だけじゃないはず… 世の中にはタスクフォーカスのトレーニング法の本なども多数出版されており、需要は多いんじゃないかと思います。 時々「今日は集中でき […]
【Rトラブルシュート】invalid factor level, NA generated
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あるデータフレームに論理型（factor）の列を追加しようとして、下記のように作成した。 Data <- %>% mutate(Group = factor(NA, levels = c("LBD-L […]
【Rトラブルシュート】number of items to replace is not a multiple of replacement length
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ある病理のスコアで、Brainstem (BS) が NA の項目があったので、 "Midbrain(MB) と Pons(Pons) と Medulla (Med) のどこかで 1 以上のスコアがあったら、BS = 1 […]
ウイルス蛋白が凝集体伝播を促す？
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1997年、「狂牛病やクロイツフェルト・ヤコブ病（Creutzheldt-Jakob disease, CJD）ではプリオン蛋白が細胞間を伝播して病態を広げていく」という事を見出した Dr. Prusiner がノーベル […]
アデュカヌマブを投与してもよい人は驚くほど少ない
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Accelerated Approval Pathway で FDA の承認を受けたアデュカヌマブ。 この動きに乗って、その他のAβ抗体（レカネマブ（エーザイ／バイオジェン）、ドナネマブ（イーライリリー）、ガンテネルマブ […]
【Rデータ整理】文字列の追加：mutate／transform
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データフレームに列を追加する時の方法２つ。 dplyr::mutate() 普段は dplyr パッケージの dplyr::mutate() を使っている。 文字列は " " で括って追加する。 mutate(列名 = […]
FDG-PETは、神経変性だけじゃなくミクログリアの糖代謝も反映していた
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先日に引き続き、ミクログリアのイメージングのお話。 アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の診断をつける上で、画像データは欠かせませんが、だいたい single-photon emission […]
【Rデータ整理】文字列の結合：str_c／paste／paste0
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文字列を繋げるときには、paste(), paste0(), str_c()などを使う。 paste()とpaste0()は、Rの標準パッケージ（base）。 str_c()は、stringrパッケージの関数。 str_ […]
【Illustrator】特定のオブジェクトをまとめて選択し、個別に変形する
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久しぶりにイラストレーター。 例えば、下のようなグラフの「ドットの大きさだけ大きくしたいなー」と思った場合、 同じ性質のオブジェクトを選択 個別に変形 機能を使えば簡単に変形できる。 同じ性質のオブジェクトを選択 １．ド […]
活性化ミクログリアがタウ病理の広がりを介在する……かも
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アルツハイマー病（Alzheimer's disease, AD）の代表的な病理といえば、 アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ） タウ 神経炎症 血管病変 神経障害 などが挙げられるかと思います。 これらの変 […]
【Rトラブルシュート】longer object length is not a multiple of shorter object length
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"longer object length is not a multiple of shorter object length" のエラーメッセージが出たら、 それは、指示したベクター同士の長さがあっていないという事。 […]
グリアを神経に変えて病気を治す……という論文には間違いがあったらしい
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以前このブログで、「グリアに遺伝子改変操作を加えて機能性ニューロンに変化させる」という内容の論文を紹介しました。 上記2つはマウスのPtbp1をノックダウンしてアストロサイトをニューロンに変える [1, 2] という方法 […]