【Rデータ整理】tidy data に変換する
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↑ これは見やすいけど、Rで計算する場合は tidy data じゃないのでちょっと困る。 これを、Rに取り込んで、tidy data に変換する方法。 tidy data と messy data については、多くのサ […]
【R Markdown】エラーが起こっても中止しない方法
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通常、エラーが起こったらRは処理を停止するけれど、人へのチュートリアルなどの時は、エラーを見せたい時もある。 そんな時は、 error = TRUE をチャンクオプションに加える。（通常は FALSE になっている。） […]
クラスでの階級を気にするお年頃？
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先日、次男（6歳）が学校でポピュラーになった、と話している出来事について書きましたが、 我が家ではもう一人、ポピュラー云々……を時々口にする子がいます。 ……中学生の長男（11歳）です。 長男「僕は一番ポピュラーなグルー […]
【Rトラブルシュート】’list’ object cannot be coerced to type ‘double’
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３行目をcolnamesにする前に "for" を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2) […]
“keep an eye on” は本当に1つの目を使ってた
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先日、アメリカ人と単数形・複数形の話になった時に、私は長年気になっていたイディオムについて聞いてみました。 それは、 Keep an eye on ～：～に注意しておく、気がけて見ておく etc. について。 私「多くの […]
【Rで統計】二元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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二元配置分散分析の求め方。 "二元" の "２" は、「目的変数に影響を与えるかもしれない因子型の説明変数が２つある」とゆーこと。 例えば下記の例。 基本事項は一元配置分散分析と同じだけれど、二元配置分散分 […]
Math Gameを作る-長女の場合
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以前、長男が小学3年生の時に出た課題で、みんなで Math Game を作りましたが、 長女がちょうどその時の学年になり、同じ課題がでました。 Math Game のルール ボードを用意してMath Gameを作る 12 […]
新たなガールフレンド？
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最近、次男（６歳）の会話の中に、ちょこちょこ Alexa という女の子の名前が出てきます。 次男「Alexa が隣のクラスで僕の事をいっぱい話しているから、僕、学校でポピュラーになっちゃったんだよ！」 &n […]
【Rトラブルシュート】openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument)
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RMarkdown を word で出力しようとした時に出たエラー。 openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument) で、word styleの reference […]
CCR5は、記憶同士をリンクする時間枠の窓（temporal window）を閉じる
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記憶の形成というのは色々と複雑な機序が絡み合っているという印象がありますが、「最初に入ってきた記憶が、そのちょっと後に入ってきた記憶の整理に影響する」というのは、私達の実社会でもなんとなく実感が湧くと思います。 マウスで […]
11歳の赤ちゃん返り
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うちの夫は、子どもたちに何か注意する時、 「ちょっと、Mr !」 と言うのが口癖で、それに対して子どもたちは決まって、 「ミスターじゃないよ。僕／私の名前は○○だよ！」 と反論しています。 だいたい長女（９ […]
【R Markdown】外部スクリプト等をチャンク内で読み込む
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RMarkdownは多機能だけど、内容が増えたら、コードを外部の.rmdファイルや、他の.rファイルなどに配置し、チャンクで読み込むようにした方がなにかと便利。 見た目が簡潔になるし、Rコードのデバック等も、Rスクリプト […]
【Illustrator】CS2を使う場合
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この記事を読むほとんどの人には関係ないと思うけど、ほぼほぼ自分の為だけに備忘録。 ラボにある古い古いヒートマップアプリのテンプレ画像をイラレで作る際、なぜか自宅PCにインストールしている illustrator CC で […]
“They” を単数形で使う
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先日、"彼ら" を意味する "they/their/them/theirs" が、単数の人を指すときの代名詞として使える事を知りました。 普段から使っている人達には常識かもしれませんが、私的には目からウロコだったので、こ […]
【Rデータ整理】行方向の平均値を出して任意の列に適応
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列A、列B、列C...の各行毎に平均値を出して、それぞれ新しい列に結果を追加する方法３つ。 個人の練習も兼ねて前後の工程も記載しているので、あしからず。 事前準備 データの取り込み 人からもらった、とあるデータを取り込む […]
愛犬の死の連絡を受けて
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私の実家では、小さな頃から何かしらのペットを飼っていました。 金魚、亀、文鳥ファミリー、ハムスター、犬2匹、猫2匹……。 みんな人間よりも短命なので、子供の頃から、彼らが天寿を全うしたり、突然命が絶たれたりするのを見てき […]
【R Markdown】ビジュアルモードで記述
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RMarkdownで記述→knit→記述→knit...という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 […]
黒質ドパミン神経細胞の中でも、パーキンソン病で特にやられやすいサブタイプ
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パーキンソン病（Parkinson's disease, PD）は、黒質緻密部（substantia nigra pars compacta, SNc）のドパミン（DA）神経細胞が障害され、それに伴って振戦・固縮・動作緩 […]
【Word】辞書機能を賢く利用する
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他の人の原稿を添削する時によく気になるのが、「スペルチェック」のnotificationを無視している事。 例えば以下のような原稿。 "amylacea" という単語の下に赤の波線が引かれていて、「スペルミスじゃないで […]
ラボを出ていく同僚にアドバイスを求めてみました
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先日、ラボの一人が製薬会社にポストを得て異動する事が決まりました。 彼はアメリカ人なのですが、なんというか、典型的な "デキる" タイプの方のアメリカ人だったので、 建設的な話し方や人々への配慮の仕方など、私はこっそり参 […]
【Rで統計】一元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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統計について何もわからないまま研究を始めた頃、最初に覚えた合言葉：パラメトリックで２群比較はｔ検定、３群以上の比較は分散分析（Analysis of variance, ANOVA）。 ・ ・ ・ &nbs […]
TDP-43のC末断片はゲル状の細胞内封入体を作る
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先日、TDP-43の凝集体はアミロイドフィブリル状の構造をしておらず、もっとグチャッとしている……のような内容の論文 [1] について考察しましたが、 それに関連して……今回は、TDP-43のC末断片（TDP-25）凝集 […]
【Illustrator】Dot-density map を作成し、Heatmap と重ねる
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先日、ハーフトーンでスケールを作る方法を書き留めたばかりだけど、 私の持っている heatmap アプリがハーフトーンのスケールを認識しなかった（まあ、あたり前かもだけど……）。 で、結局グレースケールで一度ヒートマップ […]
世にも恐ろしい観覧車
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少し前に "Six Flags" というテーマパークに遊びに行った時の話。 絶叫系アトラクションをはしごした後、私達は観覧車でひとブレイク入れることにしました。 遠くに見える観覧車を目指して歩いていると、次 […]
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
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RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書を […]
α-シヌクレインのNAC領域の変異（E83Q）の解析
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α-シヌクレイン（α-synuclein, α-Syn）は、パーキンソン病（Parkinson's disease, PD）やレヴィ小体型認知症（dementia with Lewy bodies, DLB）の主要病理で […]
【Illustrator】ドッド模様（ハーフトーン）を作る
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Heatmapのテンプレート作成中。 ドット模様のスケールが必要になったので、その備忘録。 ドット模様（ハーフトーン）を作る グラディエントの図を作成 まずは、グラディエントの図形を作成する。 「M」（もしくは、ツールバ […]
日韓関係について韓国人と話してみた事
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ちょっと前の話になりますが、隣の席の韓国人の同僚が、祖国でポジションを得て、急遽帰国することになりました。 彼は私達夫婦と同じ脳神経内科医で、韓国で患者さんを診ながら臨床研究でたくさん業績を出していたのですが、 「一度は […]
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
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先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 […]
アルツハイマー病では、神経細胞の遺伝子がより多く変異している
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私達は、普段何気なく生活しているこの瞬間にも、どこかの体細胞の遺伝子が傷つき、損傷と自己修復を繰り返しています。 増殖抑止機能の部分の遺伝子修復が追いつかなかったりして、自己増殖能がイカれた細胞の一部はがん細胞として独り […]
【Illustrator】魔法の消しゴムツール
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まあ、言ってしまえばただの消しゴムなんだけど、あたかも鉛筆で書いた線を消しゴムで消すかのように消して、ベクターを再編成してくれるから、魔法みたいだなーと思う。 消しゴムツール 例えば下記のような線の余計な部分を消したい場 […]