以前、孤発性アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）で、
アミロイド前駆体蛋白質（Amyloid precursor protein, APP）が、転写後にゲノム遺伝子に挿入されるという現象が多く起こっている、
という論文を紹介しました。
ヒトの脳内の多様性や複雑性は、普遍的なゲノムによってエンコードされていると考えられている。 脳内におけるゲノムのモザイク現象は、神経前駆細胞や神経細胞で同定され、コピー数の多様性（copy number variatio …
The gene for the amyloid precursor protein (APP) shows somat…
私自身、大変驚いた論文だったのですが、
その現象が、
「他の実験で使われたAPP遺伝子の挿入されたベクターがコンタミしていた事が原因だった」
という内容を、
アメリカ・Boston Children’s HospitalのLeeとWalshらのグループから
去年の10月にバイオアーカイブに報告されていたそうです。
Mutations that occur in cells of the body, called somatic mu…
APPのゲノム組み込み現象はただのコンタミ？……か否か
彼らは、それが何のベクターのコンタミなのかまで明らかにし、
さらに自分たちでAD患者脳を分析しても、APPのモザイクは確認されなかったとのこと。
また、著者らは、他のAPP挿入論文で使われたサンプルも調べ、こちらでも別のコンタミを確認したそうです。
渦中の論文のLee達は、先日、バイオアーカイブに反論の論文をだし、
前回の論文では一部コンタミがあることを認めたものの、他のデータはコンタミでは説明できないこと、
別のAD患者のサンプルを再度解析し、同じようなAPP組み込みの結果が得られたことなどを報告しました。
In the accompanying comment[1][1], Kim et al . concluded tha…
My View
Alzformをみると、最初にLee達の論文が出た時点で、コンタミ疑惑の声が上がっていたとの事。
私は、内容を理解するので精一杯で、コンタミかもなんて考えは露程も浮かびませんでした。
結局、APPのゲノム組み込みという現象は本当にあるのかないのか、
まだ解決したわけではなさそうですが……
最初に 「モザイクだ！」と思った時点で
頭がそれしか考えられなくなり、
それに沿うような実験結果ばかりに目が行ってしまったんじゃないか、
というイメージがなんとなく浮かびつつ……
References
- Lee, M., Siddoway, B., Kaeser, G.E. et al. Somatic APP gene recombination in Alzheimer’s disease and normal neurons. Nature 563, 639–645 (2018). https://doi.org/10.1038/s41586-018-0718-6
- Evidence that APP gene copy number changes reflect recombinant vector contamination
Junho Kim, Boxun Zhao, August Yue Huang, Michael B. Miller, Michael A. Lodato, Christopher A. Walsh, Eunjung Alice Lee
bioRxiv 706788; doi: https://doi.org/10.1101/706788 - Reply: Evidence that APP gene copy number changes reflect recombinant vector contamination
Ming-Hsiang Lee, Christine S. Liu, Yunjiao Zhu, Gwendolyn E. Kaeser, Richard Rivera, William J. Romanow, Yasuyuki Kihara, Jerold Chun
bioRxiv 730291; doi: https://doi.org/10.1101/730291 - ALZFORUM News, Rogue APP Claim Embroiled in Contamination Concerns, https://www.alzforum.org/news/research-news/rogue-app-claim-embroiled-contamination-concerns
