【Rで統計】Rank 関数を使って非正規分布のデータを解析する
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先日、共著者から送られたデータの中に、下記のようなコードがありました。 model <- lm(rank(Data$MMSETotal, ties.method = "average", na.last = "ke […]
投稿者: mom
【WordPress】自動整形機能によるPタグが勝手に入らないようにする
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ワードプレスには自動整形機能があり、ビジュアルテキストなどで書いた記事に、自動でPタグなどをつけてくれています。 ただ、私のように、別のテキストエディタで記事を書き、ワードプレスのテキストエディタに貼り付けている場合、 […]
近似値で使っていた「≒」が伝わらなかった件
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アメリカにきてしばらくたった頃、同僚とディスカッションをしていて、近似値を表すために 「≒」の記号を書いたところ、 「なにこれ？」 と言われました。 「え、これはイコールじゃないけどイコールに近いってゆー意 […]
ドナネマブの第3相臨床試験決定：TRAILBLAZER-ALZ3
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抗 アミロイドβ 抗体ドナネマブ (Donanemab, LY3002813) の第2相臨床試験の結果を受けて、 イーライリリー (Eli Lilly) とバナー・アルツハイマー病研究所（Banner Alzheimer […]
【Rデータ整理】Factor 内の順序を入れ替える
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例えば下記のように、 症例の年齢 Alzheimer's Disease Neuropathologic Change (ADNC) で10症例のデータフレームを作った場合。 Age <- c(65, 72, 82 […]
【The Thor】テーマを The Thor に変更し、AMP化の設定を行う
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私のサイトでは、メインドメイン、サブドメインともに PageSpeed Insights で90点以上を保っていましたが、 サブドメインの個別記事は、アフィリリンクを貼っているものが多く、低速化が懸念されていました。 & […]
PD／MSA由来増幅 α-Syn の ドパミン神経細胞毒性についてと、DJ-1 欠失の影響について検証
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パーキンソン病 (Parkinson's disease, PD) と多系統萎縮症 (Multiple system atrophy, MSA) の主体病理は α-シヌクレイン (α-synuclein, α-syn) […]
【Rトラブルシュート】glm 関数でのエラー：Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in ‘y’
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先日、多重ロジスティック回帰分析を行っていて、下記の様に入力していたら、 model <- glm(LATE ~ Age + Sex + DLBType + ADNC, data = Data_L) 下記のエラーが […]
サイドバーのウィジェットの位置がずれて、コンテンツの下に表示されるようになった件
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先日、サブドメインのテーマを変更し、フォーマットを整えていたのですが、 その途中で、トップページの右にあるはずのサイドバーのウィジェットが、記事下に移動してデザインが崩れる、という事態に遭遇しました。 ちょ […]
お別れ会 Ver.2
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以前、「ラボをやめる」といきなり宣言した同僚の、勤務日最終日のお話。 「今日は私の最後の日だから、みんなでコーヒーでも飲みにいかない？」 と誘われました。 10人くらいのメンバーで院内のスタバに向かい、外の […]
将来アルツハイマー病になるかもしれない人たちの脳の特徴……？
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高齢になればなるほどアルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) に罹患する人たちの数は増えていきますが、 同じ年齢でも AD になる人とならない人がいます（どんな病気でもそうですが。） その原因 […]
【Rベーシック】NA とは何か？
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「NA」とは、「Not Available」の略。 欠損値の場合もあるし、「認識できない」ときにも表示される。 TRUE #1 で表される FALSE #0 で表される NA という感じで、TRUE でも FAL […]
【賢威 8.0】サイト全体のフォントを変更
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WordPress のテーマを賢威8.0に変更し、諸々ありがたく思っているのですが、フォントに若干の違和感があったので、変更しました。 賢威 8.0のデフォルトのフォントは、 游ゴシック ヒラギノ角ゴシック Pro メイ […]
ラボを発展させるための秘訣について伺いました
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先日、PI と Co-PI と私で話す機会があり、「この機会に！」と思って、 ここまでラボを大きくできた秘訣 について、二人に聞いてみました。 ちょっとごちゃごちゃしますが、前半は Co-PI と２人で話した内容で、途中 […]
【Rで統計】共分散分析：ANCOVA
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共分散分析 (analysis of covariance, ANCOVA) は、 従属変数が「連続型」の場合、1つ以上の独立変数がその連続型の共変量に影響を及ぼしているかどうか調べる時に使う。 「共変量を用いる」という […]
そろそろブロックエディタに慣れようとクラシックエディタ機能をOFFにしてみたけど、やっぱり困ってしまっている件
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私は、ブログの記事を VS Code で作成し、Wordpress のテキストエディタに貼り付けて使用している。 WordPressはずっとクラシックエディタを使っていたが、 「そろそろブロックエディタに慣れないとかなー […]
アストロサイト-IL-3／ミクログリア-IL-3Rαのクロストークは、アルツハイマー病に保護的に働く
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アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) などの神経変性疾患において、ニューロンだけでなくグリアやサイトカインの役割も次々と明らかになってきています [1]。 インターロイキン３ (Inter […]
【Rで統計】順序ロジスティック回帰分析
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回帰分析をする際、 目的変数が Yes or No などの２つだと、通常のロジスティック回帰を行うが、 これが、例えば Not, Low, Intermediate, or High のように、 ３つ以上の場合は、順序ロ […]
【PowerPoint】プレゼンテーションを記録して保存する
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ちょっと前、自分のプレゼンテーションの内容を録画・録音して送る必要があったので、その方法を書き留めておく。 2つ方法があるけれど、個人的には「画面録画」を使う方法の方が便利だと思う。 「画面録画」を使って録画・録音する方 […]
LDL受容体を過剰発現すると、APOE の発現を抑えてタウ介在性神経変性が改善する
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アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) と脂質異常症の関係は以前から報告されており、Low-density lipoproteins (LDL) とアミロイドβ (Amyloid beta, […]
【Rデータ整理】文字の置換：gsub／sub／str_replacement
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とある csv データを取り込み…… Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 数値になっていてほしいところが、文字列で認識されている。 これはなんでかというと […]
【Excel】IF関数とAND関数の組み合わせ
先日、下記のような一塩基多型データを受け取った。 その場所のSNPは C or T。 このデータから、 a1/a2 ともに C だったら「CC」 a1/a2 の片方が C で片方が T だったら「CT」 a1/a2 とも […]
RCR⑦：Collaboration（共同研究）
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私の所属する大学の必須トレーニングの一つに、Responsible Conduct of Research (RCR) についてのトレーニングがあります。 CITIという機関のRCRプログラムを受け、合格すると証書が与え […]
タウのアセチル化を抑制すると、外傷性神経変性を抑制できる
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外傷性脳損傷 (traumatic brain injury, TBI) は、外傷による神経障害を指し、特に後にタウやTDP-43が異常凝集し、神経変性が起こる慢性外傷性脳症候群 (chronic traumatic e […]
【Rデータ整理】factor と numeric の変換
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これからデータ整理の色々と書き留めていく予定。 まず、とあるcsv データを取り込み。 取り込みの方法は下記 ▼ Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 fa […]
インパクトファクター2020 (2021年発表) (Quartile 1, IF ≧ 5)
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先日発表された、2020年度のインパクトファクター (Impact Factor, IF)。 総ジャーナル数は 20,932 誌。 ざっとみた感じ、どの雑誌も軒並み IF が上がっているように見えますが、なぜでしょうか？ […]
インパクトファクター2020 (2021年発表) (脳神経科学系)
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先日発表された、2020年度のインパクトファクター (Impact Factor, IF)。 総ジャーナル数は 20,932 誌。 脳神経科学編を Quartile 毎にリストアップしました。 （生命科学系は こちら） […]
【プラグインなし】記事内のコードにシンタックスハイライトを適応
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以前、シンタックスハイライトのプラグインを紹介しましたが、 実際使ってみるとかなり重くて都合が悪かったので、プラグインなしでシンタックスハイライト表示を試みる事にしました。 いくつかみたのですが、「Prism.js」が良 […]
APOE4は進行期ADでCypAを介して血管障害を起こすが、そのメカニズムはAβ非依存的
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APOE4は、孤発性アルツハイマー病 (Alzheimer's disease, AD) の最大のリスク多型ですが、 動脈硬化による心筋梗塞や脳梗塞を起こすリスクも高く、血液脳関門（blood-brain barrier […]
独立記念日（Independence day）2021
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7月4日は、アメリカ独立記念日（Independence day）。 毎年、花火が上がったり、あちこちでイベントがあったりして、みんなで盛り上がります。 今年は、近所の友達と一緒に、公園のイベントに遊びに来 […]
黒人の人たちの髪の毛は絶対に触ってはいけません！……と言われました
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先日、アフリカン・アメリカンの友達から、 「綺麗な髪ねー。」 と、髪の毛を触られたので、私も 「あなたの髪の毛も素敵！」 と言って彼女の髪の毛をわしゃわしゃ触ると、 「わー！Dawn！ヘルプ！！！」 と叫ばれました。 & […]
GLT1を強制発現した骨髄細胞を移植すると、SOD1変異マウスの病態進行を抑制できる
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筋萎縮性側索硬化症 (Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS) は、運動神経変性を主とする神経変性疾患ですが、 90％が孤発性で、家族性ALSは10％くらいと言われています。 その家族性AL […]
【Rベーシック】データの取り込み
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エクセルのデータ etc. を R にインポートする方法。 csv ファイル etc. の取り込み エクセルデータは基本 csv ファイルで保存し、R に取り込む。 CSV ファイル CSV ファイルは、「comma S […]