Windows10/11: 時刻を設定する
- 更新日：
- 公開日：
アメリカから帰国してしばらく経ったある日の事、子供から「PCの時刻を設定し直して。」と頼まれた。 画面を見ると、時刻設定がアメリカのまま。 夕方なのに明け方の時間になっている。 「OK。」 と二つ返事でOKし、日付のとこ […]
【QuPath】スキャナ画像を取り込んで観察する
- 更新日：
- 公開日：
QuPath でスキャナイメージを観察する方法 (基本)。 スキャナ画像のインポート 画面左側にある "Create project" をクリックすると、 フォルダーの作成が要求される。 プロジェクトを作成したい場所に新 […]
【QuPath】QuPathのインストール
- 更新日：
- 公開日：
以前まではHaloでスキャナ画像の解析をしていたけど、 異動先のラボではHaloを導入していなかった……とゆーことで、フリーソフトのQuPathを使う事に。 せっかくなので、方法等を随時書き留めていく事に。 […]
変更したCSSが、キャッシュ機能のために反映されないときの対処法
- 更新日：
- 公開日：
先日、Prism.jpのThemeを変更し、サーバーにアップロードしたけど、CSSが反映されなかった。 最終的に、Chromeのキャッシュを削除したら解決したので、それらの備忘録。 キャッシュ機能とは キャッシュ機能とは […]
【Rで統計】正規分布とrnorm, dnorm, pnorm, qnorm
- 更新日：
- 公開日：
Rを使った正規分布関連の覚書。 正規分布 (normal distribution) とは 正規分布とは、平均値と最頻値・中央値が一致し、それを軸として左右対称となっている確率分布。 多くの統計的手法において、データが正 […]
【Rベーシック】If 構文
- 更新日：
- 公開日：
if 構文、if else 構文、if else if 構文の覚書。 If 構文 iF 構文は、他の反復 構文と同じく、 if (条件){処理} で表す。 例1：rnorm の標準正規分布で出てきた数値が正 […]
【Rベーシック】空ベクトル etc.を作る
- 更新日：
- 公開日：
データフレームの要素などにあてがう時は、空vectorなどを先に作っておき、そこに処理結果を書き込むようにする。 空のvectorやlistを作る場合は、 vector() 、data frameの場合は matrix( […]
【Rベーシック】For ループ
- 更新日：
- 公開日：
For ループは「仕事を反復 (iterate) する」ループ機能の一つ。 for(条件){処理} で表す。 前回紹介した While ループと違うのは、()内に繰り返す回数が入る事。 For ループの書き方と Whil […]
【Rベーシック】While ループ
- 更新日：
- 公開日：
while ループでは、ある条件式が与えられると、その条件式が偽になるまで処理を繰り返し続ける構文。 while(条件){処理} で表す。 Rではapplyファミリーで代用できるし、速度も遅いので、他の言語ほどは whi […]
【Google日本語入力】数値入力の初期設定を半角にする
- 更新日：
- 公開日：
Google日本語入力で数値を打ち込む時、デフォルトは全角。 でも、2桁以上の場合は半角が良いと思う……ので、「数値設定を半角にする方法」の覚書。 Google日本語入力 の数値入力の初期設定を半角にする方法 1．右下の […]
【Rベーシック】リスト (List) を作る
- 更新日：
- 公開日：
リストは異なるデータ構造を複数個格納することができるデータ構造の事。 Vector, Matrix, DataFrameなども混ぜて格納できる。 リスト (List) を作る list はlist()で作成する。 my_ […]
【Rベーシック】データフレーム (Data Frame) を作る
- 更新日：
- 公開日：
データフレーム (data frame) の作り方色々。 データフレーム (Data Frame) とは データフレームは list の２次元バージョン。 データサイエンスで最も多く使用される。 データフレームにはここの […]
【Rベーシック】行列 (Matrix) を作る
- 更新日：
- 公開日：
行列 (Matrix) の作り方。 行列 (Matrix) とは matrix は線形代数の行列と同じように、２次元配列に値を格納する。 Matrix を作る 行を指定する場合 matrix を作る時は、行 […]
【Rベーシック】ベクトル (Vector) を作る
- 更新日：
- 公開日：
ベクトル (vector) の作り方。 ベクトル (Vector) とは vector は１次元ベクトルとして値を格納する。 イメージは、「１列のデータセット」。 例えば、下記の場合、Boxの中にそれぞれ数値が入っている […]
2023年 注目の科学（Nature）
- 更新日：
- 公開日：
新年を迎えました。 2023年、サイエンス界でどのようなイベントが注目されているのでしょうか？ Nature誌の ”2023年に注目すべきサイエンスイベント” からの情報。 今年注目されている領域は、月面再着陸、mRNA […]
2022年 今年のブレイクスルー研究（Science）
- 更新日：
- 公開日：
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 帰国後、臨床が忙しすぎて一人抄読会も全くできていませんでしたが、やっぱり Sience誌の Breakthrough of the Year だ […]
【Rデータ整理】１列目を行名に指定する：rownames
- 更新日：
- 公開日：
例えば、下記データフレームを作る。 # データフレームを作成 df <- data.frame( x = c("A", "B", "C"), y = c(1, 3, 5), z = c("Apple", "Bana […]
【Rデータ整理】列の抽出／削除／並び替え：select
- 更新日：
- 公開日：
例えば下記データ（Data_c）がある。 X ID Cohort Sex Age ADNC 1 1 232493 LBD Male 83 Low 2 2 326342 AD Male 78 High 3 3 326322 […]
【Rデータ整理】データの中身（構造）を確認する：str
- 更新日：
- 公開日：
データをインポートしたらまず始めにする作業。 今回は、同じ階層にある"my_Data"というエクセルファイルをインポート library(readxl) Data_C <- readxl::read_xlsx(". […]
【Rデータ整理】１行目を列名に指定する：colnames
- 更新日：
- 公開日：
下記のようなデータが得られて、 １行目の値を列名に宛てがいたい場合。 colnames() で列名を１行目に指定した後、１行目を削除する。 colnames(df7) <- df7[1,] df7 <- df […]
【Rデータ整理】行の並び替え：arrange／order／sort
- 更新日：
- 公開日：
下記のようなデータフレーム(df)があり、行を昇順or降順で並べ替えたい時。 私が使いやすいと思う順で arrange() , order , sort() の使い方を書き留めておく。 dplyr::arrange() […]
【Rデータ整理】データフレームの行と列を入れ替える：t／as.data.frame
- 更新日：
- 公開日：
下記のようなデータがあって、行と列を入れ替えたい場合。 t(データ) でOK。 df6 <- t(df5) ただこれだと行列で返ってくるので、 > class(df6) [1] "matrix" "array […]
【Rデータ整理】重複する列を削除：distinct
- 更新日：
- 公開日：
下記のようなデータがあって、 "Deceased" が "True" と "False" と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか count(group_by()) で求めると、 Dat1 <- rea […]
【Rデータ整理】特定の条件を満たす行数をカウント
- 更新日：
- 公開日：
例えば、下記のようなデータがあって、 "Deceased" が "True" と "False" と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか知りたい時。 count(group_by()) で求める。 Dat1 […]
【ImageJ/Fiji】イメージサイズ（解像度）を変更
- 更新日：
- 公開日：
コントラストの変更、切り抜きを行った後に、イメージサイズを変更する。 イメージサイズの変更 スタート時点でのイメージサイズは、200 px ✕ 200 px。 これをサイズダウンしてみる。 Image > Adju […]
【Rで作図】グラフの背景を変更する
- 更新日：
- 公開日：
下のようなグラフがあって、この背景を変更したいとき。 themeで変更する。 グラフの背景の変更 白 theme_classic() グレー＋格子（白） theme_gray() 白＋格子（グレー） theme_bw() […]
【Rで作図】レジェンドのタイトルを消す
- 更新日：
- 公開日：
ggplot2でグラフを作っていて、「レジェンドは要るけど、レジェンドタイトルは消したいな」と思って消した時の備忘録。 使う関数は「theme」のlegend.title = element_blank。 theme(l […]
【ImageJ/Fiji】画像の切り抜き
- 更新日：
- 公開日：
前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する（今回は、 […]
【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更
- 更新日：
- 公開日：
Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。 （論文ではMethodsに記載する必要がある。） 画像の取り込みと確認 生データをFijiで取り込む 顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。 （今回は […]
【Rで作図】facet のタイトルのフォントサイズを変更
- 更新日：
- 公開日：
グラフを作っていて、「Facetのタイトルのフォントサイズを変更したい」と思って消した時の備忘録。 themeに"strip.text = element_text(size = ○○)"でサイズを指定すればOK。 th […]
【Photoshop】矢印つきのラインを描く
- 更新日：
- 公開日：
この間、フォトショで矢印ラインの描き方を忘れていたので備忘録。 １．ツールバーでラインを選択。 ２．画面上に出てくるオプションツール（なければ、Window → Option で表示させる。）で、ラインが選択されているこ […]
【Rで作図】レジェンドを消す
- 更新日：
- 公開日：
グラフを作っていて、「レジェンド要らないな」と思って消した時の備忘録。 方法はいくつかあるけど、使い勝手が良かったのは、themeに "legend.position = "none"を追加する方法。 theme(leg […]
低複雑性ドメインのアミノ酸主鎖同士の水素結合が、特定のタンパクの液液相分離および凝集化に関与
- 更新日：
- 公開日：
タンパク質は、通常、２０種類のアミノ酸がバランス良く含まれている事が多く、それらのタンパク質はAnfinsenのドグマに従い、特定の構造に折りたたまれます。 しかしながら、20%程度のタンパク質の中には、限られた種類のア […]
【Rトラブルシュート】csvで書き出すとき遭遇したトラブル
- 更新日：
- 公開日：
あるコードをcsvで書き出し、 # CSV で書き出し write.csv(Data, "file_name.csv", row.names = FALSE) それを別アプリで開こうとすると、下記エラーメッセージが出現し […]
タウの “マスター” リン酸化部位
- 更新日：
- 公開日：
Alzheimer's disease（AD）の主要病理の一つ、過リン酸化タウ。 タウには、リン酸化、ユビキチン火、アセチル化、メチル化、SUMO化、糖化……と、様々な翻訳後修飾（post-translational m […]
【Rトラブルシュート】the condition has length > 1 and only the first element will be used
- 更新日：
- 公開日：
R で if 構文を使うときに時々遭遇する下記エラーメッセージ。 the condition has length > 1 and only the first element will be used 例えば、下 […]