抗体のエピトープのホモロジーを調べる

抗体のエピトープマップのホモロジーを調べる時。

例えば、以下の抗体。ヒトの抗体しかないので、マウスに使えるか、相同性を確認してみる。

免疫原：Recombinant fragment corresponding to Human ATP13A5 aa 537-629.

Sequence: ILLNGTIQGDPLDLKMFEGTAWKMEDCIVDSCKFGTSVSNIIKPGPKASK SPVEAIITLCQFPFSSSLQRMSVIAQLAGENHFHVYMKGAPEM

マウスの配列を調べる

よく使っているのは、「e!nsemble」。

Ensembl genome browser 116

…

「Search」欄に「Mouse」「検索したい遺伝子」を入力し、「Go」

左側のタブで、

• Restrict category to: 「Transcript」
• Restict strain to: 「目的のマウス種」

を選択すると、

右側に候補のTranscriptが現れる。

この内のひとつを選択（だいたい201を選択すればOK）。

次に現れたページ。左側のタブで

• Sequence: 「Protein」

を選択すると、

右側に蛋白の配列が現れる。

……この配列をコピー。

ホモロジーチェック

よく使うのは「CLUSTALW」。

Multiple Sequence Alignment - CLUSTALW

…

トップページで、

• General Setting Parameters: 「CLUSTAL」
• Pairwise Alignment: 「SLOW/ACCURATE」
• Enter your sequences below: 「PROTEIN」

を選択し、シークエンスの欄に、それぞれのシークエンスを入れる。

「Execute Multiple Alignment」をクリックして実行。

次のページに、「CLUSTALW Result」が現れる。

相同性は77％。

実際の相同性は下でチェック。

それぞれの記号の見方は以下の通り。