【Rトラブルシュート】invalid factor level, NA generated
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あるデータフレームに論理型（factor）の列を追加しようとして、下記のように作成した。 Data <- %>% mutate(Group = factor(NA, levels = c("LBD-L […]
「備忘録」の記事一覧
【Rトラブルシュート】number of items to replace is not a multiple of replacement length
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ある病理のスコアで、Brainstem (BS) が NA の項目があったので、 "Midbrain(MB) と Pons(Pons) と Medulla (Med) のどこかで 1 以上のスコアがあったら、BS = 1 […]
【Rデータ整理】文字列の追加：mutate／transform
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データフレームに列を追加する時の方法２つ。 dplyr::mutate() 普段は dplyr パッケージの dplyr::mutate() を使っている。 文字列は " " で括って追加する。 mutate(列名 = […]
【Rデータ整理】文字列の結合：str_c／paste／paste0
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文字列を繋げるときには、paste(), paste0(), str_c()などを使う。 paste()とpaste0()は、Rの標準パッケージ（base）。 str_c()は、stringrパッケージの関数。 str_ […]
【Illustrator】特定のオブジェクトをまとめて選択し、個別に変形する
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久しぶりにイラストレーター。 例えば、下のようなグラフの「ドットの大きさだけ大きくしたいなー」と思った場合、 同じ性質のオブジェクトを選択 個別に変形 機能を使えば簡単に変形できる。 同じ性質のオブジェクトを選択 １．ド […]
【Rトラブルシュート】longer object length is not a multiple of shorter object length
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"longer object length is not a multiple of shorter object length" のエラーメッセージが出たら、 それは、指示したベクター同士の長さがあっていないという事。 […]
【Rデータ整理】文字列の中に数式を入れたい場合：str_c／paste
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例えば作表の際、列名に「(N = 数字)」という情報をいれたくて、数値は計算式で出したい場合、 stringr::str_c() 文字列操作は Hadley氏作製の stringr パッケージで完結できる。 string […]
【Rデータ整理】NAを無視して計算する：na.rm = TRUE
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Rにはベクトル専用の関数が多く用意されている。 例えば、 sum() ：合計を求める mean() ：平均値を求める median() ：中央値を求める etc. この時注意したいのが、データフレーム内に「 […]
【R Markdownトラブルシュート】Run All Chunks Above が使えなくなった件
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ある日、今までサクサク動いていた "Run All Chunks Above" ボタンが、全く反応しなくなりました。 Ctrl+Alt+Shift+P を押してもダメだし、 右上の、"Run" タブから "Run All […]
【Rデータ整理】2つの要素をまとめて、新しい列に追加する：fct_collapse
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例えば、あるデータ（Data）内に Alzheimer's disease neuropathologi change (ADNC) の項目があり、 そのデータフレームに ADNC="Not" と ADNC="Low" […]
【Rデータ整理】小数点以下を0.00とかに揃えたい場合
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R で小数点第○○位まで出したい、というときは、Excel でもおなじみの Round 関数が使える。 round(データ, 桁数) round(0.12345, 3) output 0.123 ただこれだと、小数点以下 […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names
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R Markdown で Knit しようとしたら、下記 warning が出て止まった。 Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match prev […]
Wi-Fi が繋がらない場所で iPhone のインターネットが使えなくなったけど、見事に解決した件
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ある時から、iPhone の通信マークがずっとぐるぐるして（spinning gear）、インターネットに繋がらなくなりました。 Wi-Fi に繋いでいたら普通に使えるので、問題は LTE/4G にあるよう…… &nbs […]
【Rデータ整理】スコア “1+, 2+…” を数値 “1, 2…” に変換し、データ型を数値型に変更
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相変わらず R でデータ整理中。 今回は、データベースに記載されている 1+, 2+ などのスコアを数値 1, 2... に変換し、データ型を数値型に変更する方法。 データベースから落としてきたときは、下記のようになって […]
公開日・更新日の設定とGoogle 検索画面に「更新日」を表示させる方法
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賢威8.0 では、投稿記事の日付を、 表示しない 投稿日と更新日を表示する 更新日を表示 投稿日を表示 の4種類から選択できる。 日記的要素が強いブログなら、「投稿日」の方が意味があると思うけれど、 情報発信系ブログなら […]
【Rベーシック】パイプ演算子：%>%
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便利なパイプ演算子 %>% ……の覚書。 パイプ演算子とは パイプ演算子は、左辺のオブジェクトを右辺の関数に入れる機能を持つ演算子。 %>% %>%はtidyverseに含まれているパイプ演算子。%&g […]
【Rで作図】EPSファイルやsvgファイルで出力
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R は色々なグラフィックスが作れて嬉しくなる。 作成した図表をそのまま R Markdown で出力できるのも魅力の一つだが、場合によっては、別のソフトで編集したいときも。 私の場合、Figures 等を作 […]
【Rで作表】tableoneで全てのカテゴリを表示する方法
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医学臨床系論文の Table 1. は、たいてい "Patient Demographics"… その "Table 1" を作るために非常に便利な R パッケージ: tableone。 基本的な使い方は、 […]
【Rデータ整理】列名とデータ型の変換
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R にデータを取り込んで、そこから最初に行う作業の備忘録。 データのインポート 私は、データベースからエクセル (.xlsx) でデータを取得し、それを R に取り込む場合が多い。 エクセルの取り込みは、 readxl: […]
【Rデータ整理】データフレームの結合 : join
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最近リバイスが返ってきて、データ整理に追われ中…… n数を増やす目的等で他から持ってきたデータを結合させた時の備忘録。 dplyr::join dplyr パッケージの join 関数を使う。 join 関数は４種類。 […]
【PowerPoint】Adobe Acrobat のスクリーンショットを貼り付けた画像の解像度が悪いときにはコレ！
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先日、同僚のプレゼンテーションで、Adobe Acrobat のスクショ機能を使って貼り付けたであろう画像がぼやけていたので、 改善方法を伝えたらとても感謝された。 個人的には最近ほとんど使わなくなった Adobe Ac […]
【Rトラブルシュート】”R code execution error”
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ある時、R でコードを打つ度に、"R code execution error" という warning sign に遭遇するようになりました。 普通に仕事は進められるけど、警告の度に作業がストップされるので、ちょっと […]
【Excel】グラフの形式（フォーマット）をコピーする
一つのテーマで複数のグラフを作るときには、フォーマットをあわせたくなるのが心情。 でも、一つ一つフォーマットを作り直していたら時間が勿体ない。 そんな時便利なのが、「グラフのフォーマットをコピペする」方法。 グラフのフォ […]
【Rデータ整理】データフレームの行名と列名を変更：rownames／rename／colnames
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下記のようなデータフレームがあり、この表の行名（左側の列）と列名（一番上のヘッダー行）とを変更したい場合。 Estimate Std. Error Pr(>|z|) OR CI_low CI_high (Inter […]
ある遺伝子の発現量を、脳部位別、細胞別、細胞内小器官別で確認するサイト達
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脳内にある、特定の遺伝子やタンパクの発現量をみるとき、いくつか方法があるけど、個人的によく使うサイトを書き留めておく。 主にはmRNAレベル。 脳の部位別発現量をみたいとき 使っているのは「Allen Brain Atl […]
【Rトラブルシュート】unused argument
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この間まで普通に動いていた下記コードが、突然エラー表示に。 Data_D <- readxl::read_xlsx("sample", guess_max=40000, range="A1:AK755") %> […]
【Excel】セルの中で改行する方法
この間、同僚から 「どうやったらエクセルのセルの中で改行できるの？」 と聞かれました。 普通に「Enter」を押すと、セルの中で改行せずに、下のセルに移動してしまいます。 「セル内で改行」したいときには、 […]
【VSCode】正規表現を使って置換
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例えば、下記のようなコードで、 省略された小数点3桁目が「0」の場合にその「0」を追加したいと思った場合。 何万字の中から一つ一つ見つけ出して置換していくのは大変。 そんなときは正規表現を使ってサクッと置換する。 正規表 […]
【賢威8.0】関連コンテンツユニット等の画像が「no image」となる事への対応：メイン画像に差し替える
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Google AdSense の 関連コンテンツユニットを見ていると、メインページの画像が「no image」になっていた。 でも、賢威にサイト全体のアイキャッチ画像を設定する項目はない。 ……この「no image」画 […]
【Excel】COUNTIF (COUNTIFS) で、A ∪ B（A集合 OR B集合）の数をカウントする
例えば、下記のように、臨床診断 (Clinical Dx) が PD (Parkinson's disease), PDD (Parkinson's disease with Dementia), DLB (Dement […]
特殊記号のショートカットキー (Alt コード)
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個人的によく使っている特殊記号 (Alt コード) の出し方備忘録。 単位 etc. Alt 0181 : μ (μg とかで使う。) Alt 0176 : ° (後ろに C を打って ℃ にする。) 遺伝子や名前 et […]
【Excel】プルダウンリストから選択し、リスト毎に文字やセルを修飾する
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エクセルで情報管理しているときに、時々「これはリストから選べるようにした方が効率的だな」と思う時があります。 例えば私の場合、マウスのジェノタイプを入力するときに、 +/+ +/- -/- と入れていますが、エクセルでは […]
【Rで統計】Rank 関数を使って非正規分布のデータを解析する
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先日、共著者から送られたデータの中に、下記のようなコードがありました。 model <- lm(rank(Data$MMSETotal, ties.method = "average", na.last = "ke […]
【WordPress】自動整形機能によるPタグが勝手に入らないようにする
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ワードプレスには自動整形機能があり、ビジュアルテキストなどで書いた記事に、自動でPタグなどをつけてくれています。 ただ、私のように、別のテキストエディタで記事を書き、ワードプレスのテキストエディタに貼り付けている場合、 […]
【Rデータ整理】Factor 内の順序を入れ替える
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例えば下記のように、 症例の年齢 Alzheimer's Disease Neuropathologic Change (ADNC) で10症例のデータフレームを作った場合。 Age <- c(65, 72, 82 […]
【The Thor】テーマを The Thor に変更し、AMP化の設定を行う
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私のサイトでは、メインドメイン、サブドメインともに PageSpeed Insights で90点以上を保っていましたが、 サブドメインの個別記事は、アフィリリンクを貼っているものが多く、低速化が懸念されていました。 & […]