【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更
Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。 （論文ではMethodsに記載する必要がある。） 画像の取り込みと確認 生データをFijiで取り込む 顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。 （今回は、cziファイル。撮影は16bitで撮影し、16bitのまま編集、最後にRGBに置換してtifで保存する。） 最初のディスプレイは何もチェックせず、”OK” […]
CATEGORY
備忘録
【Rで作図】facet のタイトルのフォントサイズを変更
グラフを作っていて、「Facetのタイトルのフォントサイズを変更したい」と思って消した時の備忘録。 themeに”strip.text = element_text(size = ○○)”でサイズを指定すればOK。 theme(strip.text = element_text(size = 20)) size=20で追加してみたら、フォントサイズが大きくなった。 &nbs […]
【Photoshop】矢印つきのラインを描く
この間、フォトショで矢印ラインの描き方を忘れていたので備忘録。 １．ツールバーでラインを選択。 ２．画面上に出てくるオプションツール（なければ、Window → Option で表示させる。）で、ラインが選択されていることを確認し、右の歯車マークを選択。 ３．”Arrowheads” で、始点もしくは終点（あるいは両方）にチェックを入れ、下のオプションで太さや長さなどを調 […]
【Rで作図】レジェンドを消す
グラフを作っていて、「レジェンド要らないな」と思って消した時の備忘録。 方法はいくつかあるけど、使い勝手が良かったのは、themeに “legend.position = “none”を追加する方法。 theme(legend.position = "none") これで、レジェンドが消えて、その分グラフの専有面積が水平方向に拡大した。 全体の […]
【Rトラブルシュート】csvで書き出すとき遭遇したトラブル
あるコードをcsvで書き出し、 # CSV で書き出し write.csv(Data, "file_name.csv", row.names = FALSE) それを別アプリで開こうとすると、下記エラーメッセージが出現した。 でも、エクセルから保存した csv ファイルは普通に work する……。 で、Rから write.csv() で出力したファイルをエクセルで開き、そのまま . […]
【Rトラブルシュート】the condition has length > 1 and only the first element will be used
R で if 構文を使うときに時々遭遇する下記エラーメッセージ。 the condition has length > 1 and only the first element will be used 例えば、下記のようなデータフレームで、 “Region” 列の “Ctx-” の “-” だけ取り除きたいと思った時、 […]
アンダーライン色々：通常下線、太め、マーカー風、波線、２重線
文字に下線を引く際の色々。 普通の下線: <u> 普通の下線だったら <u> で。 <u>下線を引きます</u> output 下線を引きます 下線のバリエーション①: border-bottom 下線部を太くしたり、色を変えたり etc.には、 <span style="border-bottom:> で色々設定してあげると良い。 例え […]
【Rで統計】カイ二乗検定
カイ二乗検定とは カイχ二乗検定というと、一般にピアソンのカイ二乗検定を指す事が多い。 仮説によって、適合度検定や独立性の検定などがある。 基本はｔ検定と似ているけれど、ｔ検定が「２つの群の連続変数（numerical variable）の平均値の比較検定」（帰無仮説（null hypothesis）は、「平均値に差がない」）を検証するのに対して、 カイ二乗検定は「２群間のカテゴリカル変数（cat […]
【RMarkdownトラブルシュート】openBinaryFile: permission denied (Permission denied)
前回、”openBinaryFile: invalid argument” の問題は絶対パスを指定することで解消したけど、 次に出てきたエラーメッセージは、 openBinaryFile: permission denied (Permission denied) あれ？なんで拒否られるの？ と思いながら検索すると、下記に答えが。 This might see […]
【RStudio】基本言語を変更
この間、R と RStudio でバグが起こって全インストールし直したら、エラーメッセージが日本語に変わっていた。 どうやら、再インストールする時に疲れていて言語選択をスキップしてたみたい……。 別に日本語でも良いのだけれど、英語に慣れてしまったので、下記指示を入れて英語に変更。 Sys.setenv(LANG = "en") 無事、英語に戻せた。
【トラブルシュート】package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace と Error in app$vspace(new_style$`margin-top` %||% 0) : attempt to apply non-function
ある日、Rを使っていて、突然 “tidyverse” が使えなくなった。 Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace まずは下記に倣って、 “rlang” の再インストールを試みた。 remove.packages("rlang") i […]
【Rデータ整理】クロス集計表
カテゴリデータの集計表⇔データフレームの切り替え。 クロス集計表 例えば、 運動あり 運動なし 認知症あり 10 15 認知症なし 20 5 のようなデータの集計表を作る時。 基本は行列で作る。 行列（matrix）で作る場合 行列で作る場合は下記。 # クロス集計表を作る x < matrix(c(10, 15, 20, 5), byrow=TRUE, ncol=2) dimnames(x […]
【Rトラブルシュート】 attempt to set ‘colnames’ on an object with less than two dimensions
列名を変更しようとして colnames() を使った時に下記エラーメッセージ。 attempt to set ‘colnames’ on an object with less than two dimensions 下記フォーラムの回答によると、 列名の数が足りないときにこのエラーメッセージが出てくる様子。 ……そうだった。colnames だと、全部の […]
【RStudio】RStudio Cloud を使う
私は、自宅PCと職場PCの２箇所でRStudioを利用していますが、時々データをクラウドに上げ忘れたりして困る事があります。 リモート接続で自宅PC⇔職場PCに入り、リモートでデータをクラウドに上げる、という方法で対処していますが、時々職場のセキュリティにかかることも……。 という事で、この機会に RStudio Cloud を使ってみる事にしました。 RStudio Cloud と […]
【Rトラブルシュート】Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer
今までサクサク動いていたコードで、カラーコードだけ変更したつもりでRUNしたら、最後にグラフを ggsave で保存する時に下記メッセージ↓。 Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer 下記フォーラムの回答によると、 数値が来るべき所に文字列とかNAとか、別のものが紛れ込んでいると出てくるメッセ […]
【Rデータ整理】tidy data に変換する
↑ これは見やすいけど、Rで計算する場合は tidy data じゃないのでちょっと困る。 これを、Rに取り込んで、tidy data に変換する方法。 tidy data と messy data については、多くのサイトで詳しく紹介されているので、ここでは割愛。 データの取り込み まずは、もらった “Fig044_BlMSA03-2dHipp.xlsx” という名前の […]
【R Markdown】エラーが起こっても中止しない方法
通常、エラーが起こったらRは処理を停止するけれど、人へのチュートリアルなどの時は、エラーを見せたい時もある。 そんな時は、 error = TRUE をチャンクオプションに加える。（通常は FALSE になっている。） ```{r, error=TRUE} 1 + "a" ``` アウトプットでは、下記のようにエラーの説明が入る。 Error in 1 + “a”: non […]
【Rトラブルシュート】’list’ object cannot be coerced to type ‘double’
３行目をcolnamesにする前に “for” を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2)) } for(i in 7:10){ at1[3,i] <- paste("M_DN_",c(i-6)) } for(i in 11:14){ Da […]
【Rで統計】二元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
二元配置分散分析の求め方。 “二元” の “２” は、「目的変数に影響を与えるかもしれない因子型の説明変数が２つある」とゆーこと。 例えば下記の例。 基本事項は一元配置分散分析と同じだけれど、二元配置分散分析では、どのタイプの平方和を選択するかで結果が変わってくることがある。 分散分析の前提条件は下記３点。 N数が十分に多 […]
【RMarkdownトラブルシュート】openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument)
RMarkdown を word で出力しようとした時に出たエラー。 openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument) で、word styleの reference_docx: ./Settings/word_styles.docx" を「#」でコメントしたら普通に出力できた。 原因を調べると、下記に答えが。 reference […]
【R Markdown】外部スクリプト等をチャンク内で読み込む
RMarkdownは多機能だけど、内容が増えたら、コードを外部の.rmdファイルや、他の.rファイルなどに配置し、チャンクで読み込むようにした方がなにかと便利。 見た目が簡潔になるし、Rコードのデバック等も、Rスクリプトでやるほうが簡単な場合が多い。 外部の RMarkdown ファイルをチャンク内で読み込む場合 子ファイルの RMarkdown (child) を作成 子ファイル (child) […]
【Illustrator】CS2を使う場合
この記事を読むほとんどの人には関係ないと思うけど、ほぼほぼ自分の為だけに備忘録。 ラボにある古い古いヒートマップアプリのテンプレ画像をイラレで作る際、なぜか自宅PCにインストールしている illustrator CC で作った ai ファイルでバグが起こり、CS2で作らないといけない、という事象が起こっているので、 もう何年ぶりかわからないほど久しぶりにCS2を開いた。 基本構造は変 […]
【Rデータ整理】行方向の平均値を出して任意の列に適応
列A、列B、列C…の各行毎に平均値を出して、それぞれ新しい列に結果を追加する方法３つ。 個人の練習も兼ねて前後の工程も記載しているので、あしからず。 事前準備 データの取り込み 人からもらった、とあるデータを取り込む。 Dat1 <- read.csv("./Data/Fig055.csv", header=TRUE) 結果は下記。 データのチェック 取り込んだデータの5-7列に […]
【R Markdown】ビジュアルモードで記述
RMarkdownで記述→knit→記述→knit…という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 RStudio にも、wordpress のようにビジュアルモードとテキストエディタモードを切り替えて使うことができる。 例えば下記のような記述があって、 確 […]
【Word】辞書機能を賢く利用する
他の人の原稿を添削する時によく気になるのが、「スペルチェック」のnotificationを無視している事。 例えば以下のような原稿。 “amylacea” という単語の下に赤の波線が引かれていて、「スペルミスじゃないですか？」と知らせてくれています。 これは、実際にはスペルミスじゃないんだけど、wordに内蔵されている辞書には載っていない単語だから親切に通知してくれている […]
【Rで統計】一元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
統計について何もわからないまま研究を始めた頃、最初に覚えた合言葉：パラメトリックで２群比較はｔ検定、３群以上の比較は分散分析（Analysis of variance, ANOVA）。 ・ ・ ・ とゆーことで、今回はANOVAをRで行う時の覚え書き。 分散分析の前提条件は下記３点。 N数が十分に多い 分散が等しい 正規分布 分散はBartlett検定で、 […]
【Illustrator】Dot-density map を作成し、Heatmap と重ねる
先日、ハーフトーンでスケールを作る方法を書き留めたばかりだけど、 私の持っている heatmap アプリがハーフトーンのスケールを認識しなかった（まあ、あたり前かもだけど……）。 で、結局グレースケールで一度ヒートマップを作ってからイラレ上で dot-density map に変える、という方法を取ることに。 なんで dot-density map が作りたいかというと、異なる形態の […]
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書をRMarkdownで編集したい などの時に、Word → Markdown に変換する方法。 なお、今回参考にしたサイトは下記。 マニュアルで変換 内容が少なければ、 […]
【Illustrator】ドッド模様（ハーフトーン）を作る
Heatmapのテンプレート作成中。 ドット模様のスケールが必要になったので、その備忘録。 ドット模様（ハーフトーン）を作る グラディエントの図を作成 まずは、グラディエントの図形を作成する。 「M」（もしくは、ツールバーから四角形のアイコンを選択）で長方形を作成し、 「G」でグラディエント。（グラディエントツールの表示は「Ctrl + 9」、もしくは上のタブから「Window」→「Gradien […]
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場合は、 wordファイルで自分の目的に沿ってスタイルを変更し それを.docxファイルで保存して そのスタイルを参照する という方法をとる。 とゆーわけで、「word […]
【Illustrator】魔法の消しゴムツール
まあ、言ってしまえばただの消しゴムなんだけど、あたかも鉛筆で書いた線を消しゴムで消すかのように消して、ベクターを再編成してくれるから、魔法みたいだなーと思う。 消しゴムツール 例えば下記のような線の余計な部分を消したい場合、 選択ツール（「V」）で図形を選択した状態で、 「Shift + E」（もしくは、ツールバーから「消しゴムツール」を選択）。 左クリックしながら線をなぞっていくと、消しゴムで消 […]
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマイズした。 RMarkdownのhtmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応 CSSを作る CSSはブログ等で使っている形式と同じ。 今回は変更したかった部分はフォント […]
【Illustrator】ライブペイントで色塗り
Heatmapのテンプレづくりに欠かせないライブペイント。 私の使っているHeatmapアプリでは、アトラスの各領域をソフトに認識してもらうために、グレースケールで領域を指定したテンプレートを作っておく必要がある。 ライブペイントツール 例えば下記画像の特定の部分に色を塗りたい場合、 ツールボックスからLive Paint Bucketを選択し、 目的の場所の上をホバリングすると、イラレが「ここが […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い⑤：他のデータ値から計算で求める
前回の続き。 下記データフレーム（Dat）で、”Expenses” の値を補完しようと思うけど、 17行目の “Expenses” は、両隣の “Revenue” と “Profit” から計算できる。 この場合は、 “Expenses (経費)” = “Revenu […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い④：群の中央値で補完する
NAの取り扱いシリーズ第４段。 今回は、他のデータから推測して補完する方法。 よく使われるのは、中央値（median）で補完する方法。 場合によっては平均値（mean）でもいいけど、中央値の方が外れ値の影響を受けにくいので、中央値の方が好まれる。 群の中央値で補完 (1) 例えば下記のようなデータフレーム（Dat）で、”Employees” のデータが２箇所欠 […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い③：他のデータから予測し補完する
NAの取り扱いシリーズ第３段。 今回は、他のデータから予測できる場合にその情報を使って補完する方法。 他のデータを使って補完 例えば下記のようなデータフレームがあった場合、 “State” が<NA>になっているけど、隣の “City” がわかっていれば100%推測可能。 New Yorkはニューヨーク州（NY）だし、San […]