【Rトラブルシュート】unused argument
この間まで普通に動いていた下記コードが、突然エラー表示に。 Data_D <- readxl::read_xlsx("sample", guess_max=40000, range="A1:AK755") %>% rename(LATE = "TDP") output Error in rename(., LATE = "TDP") : unused argument (LATE = […]
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備忘録
【Excel】セルの中で改行する方法
この間、同僚から 「どうやったらエクセルのセルの中で改行できるの？」 と聞かれました。 普通に「Enter」を押すと、セルの中で改行せずに、下のセルに移動してしまいます。 「セル内で改行」したいときには、 「Alt + Enter」 を押すとOK。 ……凄く感謝されました。ラッキー ♪
【VSCode】正規表現を使って置換
例えば、下記のようなコードで、 省略された小数点3桁目が「0」の場合にその「0」を追加したいと思った場合。 何万字の中から一つ一つ見つけ出して置換していくのは大変。 そんなときは正規表現を使ってサクッと置換する。 正規表現で検索 「Ctrl + F」で検索窓を出す。 検索窓の右側に正規表現のボタンがある。 ちなみに左から、 大文字と小文字を区別 単語単位で検索 正規表現を使用 のボタンになっている […]
【賢威8.0】関連コンテンツユニット等の画像が「no image」となる事への対応：メイン画像に差し替える
Google AdSense の 関連コンテンツユニットを見ていると、メインページの画像が「no image」になっていた。 でも、賢威にサイト全体のアイキャッチ画像を設定する項目はない。 ……この「no image」画像を別のイメージに差し替える方法２つ。 方法１：OGPの共通画像の項目を設定 １. 「ダッシュボード → 賢威の設定 → SNS設定」 ２．「OGP の共通画像（アイキャッチがない […]
【Excel】COUNTIF (COUNTIFS) で、A ∪ B（A集合 OR B集合）の数をカウントする
例えば、下記のように、臨床診断 (Clinical Dx) が PD (Parkinson’s disease), PDD (Parkinson’s disease with Dementia), DLB (Dementia with Lewy Bodies) の患者さん２０人のデータがあったとして、 Dementia with Lewy Bodies の患者さんの何人が病 […]
特殊記号のショートカットキー (Alt コード)
個人的によく使っている特殊記号 (Alt コード) の出し方備忘録。 単位 etc. Alt 0181 : μ (μg とかで使う。) Alt 0176 : ° (後ろに C を打って ℃ にする。) 遺伝子や名前 etc. Alt 916 : Δ (大文字デルタ、欠損とかのときに使う。) Alt 0248 : ø (ファージ。マクロファージとか。) Alt 964 : τ (半減期のタウ。タウ蛋 […]
【Excel】プルダウンリストから選択し、リスト毎に文字やセルを修飾する
エクセルで情報管理しているときに、時々「これはリストから選べるようにした方が効率的だな」と思う時があります。 例えば私の場合、マウスのジェノタイプを入力するときに、 +/+ +/- -/- と入れていますが、エクセルでは計算式と間違わないために、直前に「’（シングル・クオート）」を入れて下記のように入力しなければなりません。 ‘+/+ ‘+/- ‘- […]
【Rで統計】Rank 関数を使って非正規分布のデータを解析する
先日、共著者から送られたデータの中に、下記のようなコードがありました。 model <- lm(rank(Data$MMSETotal, ties.method = "average", na.last = "keep") ~ LATE + ADcopath + Phenotype + GlobalAgeOnset + Education + MMSEtoDeath, Data) %> […]
【WordPress】自動整形機能によるPタグが勝手に入らないようにする
ワードプレスには自動整形機能があり、ビジュアルテキストなどで書いた記事に、自動でPタグなどをつけてくれています。 ただ、私のように、別のテキストエディタで記事を書き、ワードプレスのテキストエディタに貼り付けている場合、 <!--コメントアウト--> の部分にも勝手にPタグがついてしまい、余計な空白部分ができて困ります。 プラグイン「Advanced Editor Tool […]
【Rデータ整理】Factor 内の順序を入れ替える
例えば下記のように、 症例の年齢 Alzheimer’s Disease Neuropathologic Change (ADNC) で10症例のデータフレームを作った場合。 Age <- c(65, 72, 82, 68, 75, 74, 78, 68, 69, 80) ADNC <- c("Intermediate", "High" , "Low" , "Interme […]
【The Thor】テーマを The Thor に変更し、AMP化の設定を行う
私のサイトでは、メインドメイン、サブドメインともに PageSpeed Insights で90点以上を保っていましたが、 サブドメインの個別記事は、アフィリリンクを貼っているものが多く、低速化が懸念されていました。 以前にも AMP化を試みた事はあったのですが、レイアウト崩れが困ったので、結局元にもどしていました。 けれども、以前購入して、そのままだった【THE THOR（ザ・トー […]
【Rトラブルシュート】glm 関数でのエラー：Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in ‘y’
先日、多重ロジスティック回帰分析を行っていて、下記の様に入力していたら、 model <- glm(LATE ~ Age + Sex + DLBType + ADNC, data = Data_L) 下記のエラーが出た。 Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in […]
サイドバーのウィジェットの位置がずれて、コンテンツの下に表示されるようになった件
先日、サブドメインのテーマを変更し、フォーマットを整えていたのですが、 その途中で、トップページの右にあるはずのサイドバーのウィジェットが、記事下に移動してデザインが崩れる、という事態に遭遇しました。 ちょうどテーマを変更中の出来事だったので、そのテーマの設定内容を間違えたのかと思い、 一度テーマを削除して入れ直したりしましたが、改善しません。 その際、元のテーマに戻しても同様の現象 […]
【Rベーシック】NA とは何か？
「NA」とは、「Not Available」の略。 欠損値の場合もあるし、「認識できない」ときにも表示される。 TRUE #1 で表される FALSE #0 で表される NA という感じで、TRUE でも FALSE でもない場合に、「NA」と表示される。 eg. 下記のように入力した場合、 TRUE == TRUE TRUE == 5 FALSE == 1 FALSE == FALSE […]
【賢威 8.0】サイト全体のフォントを変更
WordPress のテーマを賢威8.0に変更し、諸々ありがたく思っているのですが、フォントに若干の違和感があったので、変更しました。 賢威 8.0のデフォルトのフォントは、 游ゴシック ヒラギノ角ゴシック Pro メイリオ MSPゴシック のような順番になっていますが、 body, input, textarea{ font-family: 'Yu Gothic Medium', '游ゴシック […]
【Rで統計】共分散分析：ANCOVA
共分散分析 (analysis of covariance, ANCOVA) は、 従属変数が「連続型」の場合、1つ以上の独立変数がその連続型の共変量に影響を及ぼしているかどうか調べる時に使う。 「共変量を用いる」という点を除けば、本質的には分散分析 (analysis of variance, ANOVA) と同じ。 R で ANCOVA をする時は、「重回帰分析 ＋ 分散分析」というイメージ。 […]
そろそろブロックエディタに慣れようとクラシックエディタ機能をOFFにしてみたけど、やっぱり困ってしまっている件
私は、ブログの記事を VS Code で作成し、Wordpress のテキストエディタに貼り付けて使用している。 WordPressはずっとクラシックエディタを使っていたが、 「そろそろブロックエディタに慣れないとかなー」 と思い、思い切ってクラシックエディタのプラグインを停止してみたら、やっぱり苦労した……。 色々調べて思ったのは、 「このブロックエディタは私みたいに別のエディタで […]
【Rで統計】順序ロジスティック回帰分析
回帰分析をする際、 目的変数が Yes or No などの２つだと、通常のロジスティック回帰を行うが、 これが、例えば Not, Low, Intermediate, or High のように、 ３つ以上の場合は、順序ロジスティック回帰を使う。 順序ロジスティック回帰をRで行う方法 例 ある遺伝子多型 の major allele は “C”, minor allele は […]
【PowerPoint】プレゼンテーションを記録して保存する
ちょっと前、自分のプレゼンテーションの内容を録画・録音して送る必要があったので、その方法を書き留めておく。 2つ方法があるけれど、個人的には「画面録画」を使う方法の方が便利だと思う。 「画面録画」を使って録画・録音する方法 録画の準備 1. 画面上部の「挿入 (Insert)」タブから、「画面録画 (Screen Recording)」を選択。 2. 領域を選択するパネルが現れるので、「Selec […]
【Rデータ整理】文字の置換：gsub／sub／str_replacement／str_replacement_all
とある csv データを取り込み…… Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 数値になっていてほしいところが、文字列で認識されている。 これはなんでかというと、 例えば Revenue や Expenses の行は、3桁毎に「,」で区切られているが、R はこれを「数値」だとは認識せず、「文字列」として認識している。 また、Revenue […]
【Excel】IF関数とAND関数の組み合わせ
先日、下記のような一塩基多型データを受け取った。 その場所のSNPは C or T。 このデータから、 a1/a2 ともに C だったら「CC」 a1/a2 の片方が C で片方が T だったら「CT」 a1/a2 ともに T だったら「TT] それ以外（空欄）だったら「NA」 と入力したい。 これを Excel で作業するときには、「IF関数」と「AND関数」を組み合わせる。 IF関数 IF関数 […]
【Rデータ整理】factor と numeric の変換
これからデータ整理の色々と書き留めていく予定。 まず、とあるcsv データを取り込み。 取り込みの方法は下記 ▼ Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 factor になっていてほしいところが、numeric で認識されている。 そして、サマリーをみてみると、 と、西暦なのに最大値とか最小値とか平均値とか四分位とかが出ている……。 & […]
【プラグインなし】記事内のコードにシンタックスハイライトを適応
以前、シンタックスハイライトのプラグインを紹介しましたが、 実際使ってみるとかなり重くて都合が悪かったので、プラグインなしでシンタックスハイライト表示を試みる事にしました。 いくつかみたのですが、「Prism.js」が良さげだったので、こちらを導入しました。 以下、方法の備忘録。 Prism.js のダウンロード 公式サイトからダウンロードします。 テーマ を選択 Theme は、 Default […]
【Rベーシック】データの取り込み
エクセルのデータ etc. を R にインポートする方法。 csv ファイル etc. の取り込み エクセルデータは基本 csv ファイルで保存し、R に取り込む。 CSV ファイル CSV ファイルは、「comma Separated Value」の略。 カンマ（,）で区切った値、という意味。 csvファイルは相互性が高く、Excel、メモ帳、メールソフト、データベースなどほとんどのソフトに取り […]
Visual Studio Code で R の実行環境を整える
RStudio は、R の IDE として大変使いやすいけれど、マルチカーソルがちょっと使いづらい…… とゆーことで、VSCode で R を動かせるように設定した時の備忘録。 必要なインストール類は下記。 ＜必須＞ R Visual Studio Code VS Code 拡張機能：R (by Yuki Ueda) ＜入れるべき＞ VS Code 拡張機能：R LSP Client (by RE […]
【VS Code】複数のPC間で設定・スニペット・拡張機能 etc. を同期する
VS Code Ver.1.48 でリリースされた、公式の設定同期機能「Settings Sync」が凄く使いやすいと思ったので、書き留めておきます。 VS Code 「Settings Sync」で必要なもの 端末 VS Code GitHub か Microsoft のアカウント 以上。 同期が可能なもの 2021年6月の時点で同期可能なものは、 設定 キーボードショートカット ユーザースニペ […]
【R Markdownトラブルシュート】レンダリングできないとき（openBinaryFile: invalid argument）
先日、R Markdown を knit しようとしたら、下記メッセージがでてレンダリングできなかった。 pandoc.exe openbinaryfile invalid argument (invalid argument) 検索すると、同じエラーで困っている人達の投稿が…… 解決策の一つに、ディレクトリをクラウドからローカルに移すことを推奨。 ……最近、職場と自宅と両方で R を使う必要があ […]
【PowerPoint】デフォルトのテーマとデザインを設定しておく方法
パワーポイントでプレゼン資料を作る時、私は毎回同じ設定で作っている。 で、最初にパワーポイントを開いたときから、その設定にして置いたほうが手間が少なく便利なので、私は自分用テンプレートを作って毎回それを利用している。 以下、その方法。 PPTを開き、いつものデザイン設定を行う PPTのテーマを設定 １．PPTを開いて、「Alt → G」もしくは、上のデザインタブから任意のテーマを選ぶ。 スライドマ […]
【Rで統計】正規分布の検定（シャピロ・ウィルク検定）
Demographics を Table で出す時、 正規分布していたら 平均値と標準偏差（standard devision, SD） 正規分布していなかったら 中央値と四分位範囲（inter quartile range, IQR） で記載する。 他、統計で各群を比較する際にも、 正規分布している：パラメトリック検定 正規分布していない：ノンパラメトリック検定 対応なし 対応あり 対応なし 対 […]
【Word】共著者とのやりとりに欠かせない Word 機能：「校閲」と「比較」
論文の原稿を書いて、共著者に見てもらいたい時、「校閲」機能を使っている人は多いと思います。 この機能のおかげで、共著者達がどこを修正したのか、ひと目でわかるようになり、 修正した方がよいかオリジナルの文書の方がよいかなども簡単に選べるので、大変ありがたいです。 ただ、複数の共著者に一度に原稿を送り、それぞれが別々の箇所を修正してきた場合、校閲機能だけだとちょっと大変…… そんな時は、 […]
【RStudio】パッケージを読み込めないとき
先日、今まで普通につかえていた R Markdown ドキュメントを開いて Knit しようとしたら、途中でエラー表示がでました。 内容は、「tidyverseがインストールされていない」というもの。 Error in library(tidyverse) : there is no package called ‘tidyverse’ 「あれ？」と思って、tidyverse を再インストールする […]
【Photoshop】「別名で保存」が「JPEG」でできなくなった件
ある日、Photoshop をアップデートしたら、JPEGで保存ができなくなった。 保存形式の選択肢は、 PSD PSB PDF TIF の4種類に激減…… 困って調べると、下記にその理由と対処法が載っていた……ありがたし！ JPEG で保存ができなくなった経緯 5月のアップデートで、画像に透過情報が含まれるだけで、JPEG が選択できなくなってしまったらしい。 従来の「別名で保存」を実行した場合 […]
【Excel】フィルター & ソート（並べ替え）機能
今更だけど、エクセルのフィルターとソート機能って便利だな－と思うので、必要な誰かのために記録。 フィルターで要らない行を隠す 例えば下記データがあって、”D: FreezerLocation” が空欄の行は使わない場合 ▼ 必要なセルを選択した状態で、Ctrl + Shift + L もしくは、リボンから Data > Filter でフィルター機能をO […]
【Rベーシック】データ構造とデータ型
データ構造とデータ型の覚え書き。 データ構造 データ構造とは データ構造とは、データがどのように入っているのかを定めるもの。 Rでは５種類のデータ構造がある。 ベクトル (Vector) 行列 (Matrix) 配列 (Array) リスト (List) データフレーム (Data Frame) ベクトル (Vector) vector は１次元ベクトルとして値を格納する。 １つの vector […]
【Excel】空行を一括削除する方法
先日同僚から、下記のように１行空きの状態の Excel データが送られてきた。 このまま R に取り入れるんだったら問題ないんだけど、今回は Excel のままで作業するために、空行を削除。 1,2行の場合：”Ctrl + – “ 1,2行だったら、普通に「Ctrl + -」で行削除すればいい。 ……けど、今回は1000行近くあったので、これだと時間と労力がかか […]
サイトスピードの向上：Google PageSpeed Insights で100点をとるまでの軌跡
去年の夏、サイトスピードが遅いという警告があり、PageSpeed Insights で確認したら、 モバイル: 17 デスクトップ: 56 というひどい状況だった。 「なんとかせねば」と思い、ウェブ上で地道に調べて修復していった。 その方法で88点くらいまでには改善したけれど、それ以上はなかなか素人では難しかったので、 最後はプロの人に相談し、最終的に モバイル: 98 デスクトッ […]