【R Markdown】外部スクリプト等をチャンク内で読み込む
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RMarkdownは多機能だけど、内容が増えたら、コードを外部の.rmdファイルや、他の.rファイルなどに配置し、チャンクで読み込むようにした方がなにかと便利。 見た目が簡潔になるし、Rコードのデバック等も、Rスクリプト […]
「備忘録集」の記事一覧
【Illustrator】CS2を使う場合
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この記事を読むほとんどの人には関係ないと思うけど、ほぼほぼ自分の為だけに備忘録。 ラボにある古い古いヒートマップアプリのテンプレ画像をイラレで作る際、なぜか自宅PCにインストールしている illustrator CC で […]
【Rデータ整理】行方向の平均値を出して任意の列に適応
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列A、列B、列C...の各行毎に平均値を出して、それぞれ新しい列に結果を追加する方法３つ。 個人の練習も兼ねて前後の工程も記載しているので、あしからず。 事前準備 データの取り込み 人からもらった、とあるデータを取り込む […]
【R Markdown】ビジュアルモードで記述
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RMarkdownで記述→knit→記述→knit...という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 […]
【Word】辞書機能を賢く利用する
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他の人の原稿を添削する時によく気になるのが、「スペルチェック」のnotificationを無視している事。 例えば以下のような原稿。 "amylacea" という単語の下に赤の波線が引かれていて、「スペルミスじゃないで […]
【Rで統計】一元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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統計について何もわからないまま研究を始めた頃、最初に覚えた合言葉：パラメトリックで２群比較はｔ検定、３群以上の比較は分散分析（Analysis of variance, ANOVA）。 ・ ・ ・ &nbs […]
【Illustrator】Dot-density map を作成し、Heatmap と重ねる
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先日、ハーフトーンでスケールを作る方法を書き留めたばかりだけど、 私の持っている heatmap アプリがハーフトーンのスケールを認識しなかった（まあ、あたり前かもだけど……）。 で、結局グレースケールで一度ヒートマップ […]
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
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RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書を […]
【Illustrator】ドッド模様（ハーフトーン）を作る
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Heatmapのテンプレート作成中。 ドット模様のスケールが必要になったので、その備忘録。 ドット模様（ハーフトーン）を作る グラディエントの図を作成 まずは、グラディエントの図形を作成する。 「M」（もしくは、ツールバ […]
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
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先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 […]
【Illustrator】魔法の消しゴムツール
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まあ、言ってしまえばただの消しゴムなんだけど、あたかも鉛筆で書いた線を消しゴムで消すかのように消して、ベクターを再編成してくれるから、魔法みたいだなーと思う。 消しゴムツール 例えば下記のような線の余計な部分を消したい場 […]
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
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RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマ […]
【Illustrator】ライブペイントで色塗り
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Heatmapのテンプレづくりに欠かせないライブペイント。 私の使っているHeatmapアプリでは、アトラスの各領域をソフトに認識してもらうために、グレースケールで領域を指定したテンプレートを作っておく必要がある。 ライ […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い⑤：他のデータ値から計算で求める
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前回の続き。 下記データフレーム（Dat）で、"Expenses" の値を補完しようと思うけど、 17行目の "Expenses" は、両隣の "Revenue" と "Profit" から計算できる。 この場合は、 " […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い④：群の中央値で補完する
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NAの取り扱いシリーズ第４段。 今回は、他のデータから推測して補完する方法。 よく使われるのは、中央値（median）で補完する方法。 場合によっては平均値（mean）でもいいけど、中央値の方が外れ値の影響 […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い③：他のデータから予測し補完する
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NAの取り扱いシリーズ第３段。 今回は、他のデータから予測できる場合にその情報を使って補完する方法。 他のデータを使って補完 例えば下記のようなデータフレームがあった場合、 "State" が<NA& […]
【Illustrator】オープンパスの連結
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Heatmapのテンプレ画像を作る為にイラレ作業中。 ちょこちょこ忘れている所があったので、備忘録。 オープンパスの連携 例えば下図真ん中のように、パスが離れている場合、 色塗りできないからくっつけたい。 こんな時は、離 […]
【Rデータ整理】欠損値（NA）の取り扱い②：欠損値を含むレコードを削除する
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NAの取り扱いシリーズ第２段。 今回は、NAがある行を取り除いて解析する方法。 NAのある行を抽出 まずは、前回のおさらい。 全体でNAがある行を抽出する方法。 Dat[!complete.cases(Dat),] で、 […]
【Illustrator】検索と置換
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イラストレーター内で、文字を検索したり置換したりしたいとき。 wordみたいに Ctrl＋F／Ctrl+H はできないけど、ちゃんと検索・置換機能がある。 検索と置換 上にある「編集（Edit）」タブから、「検索と置換（ […]
【Rデータ整理】NAの取り扱い方①：NA／NA以外のデータの抽出方法
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データ整理をしていると、データが抜けていて欠損値になっている事がある。 この時の対処方法いろいろ。 前処理：空欄を NA に置き換えてデータをインポートする 例えば、下記のようなデータがあって、いくつか空欄がある。 これ […]
【Illustrator】丸（○）のオブジェクトを四角（□）に変換 etc.
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同僚からの依頼。 下グラフのDLB2の黄緑の○を、上のDLB1と同じ深緑色に変えて、形を○から□に変更したい、という内容。 途中まではさくっとできたけど、○ → □ って、どうすればいいかなーと迷ったので、 […]
【Rトラブルシュート】Error in file(file, “rt”) : cannot open the connection
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Rでcsvファイルを読み込もうとしたら、下記エラーメッセージ↓。 Error in file(file, "rt") : cannot open the connection ちょっと困って、下記を参考にして direc […]
【Excel】カット（コピー）したセルを挿入する時のショートカット
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エクセルでセルをカット（コピー）して別の場所に挿入する場合、 今までは、 １．セルをカット「Ctrl + X」or コピー「Ctrl + C」 ２．挿入先を選択 ３．「Shift + F10」 (右クリック) ４．「Al […]
【Excelマクロ／VBA】PERSONAL.xlsm/PERSONAL.SLXB を開く
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エクセルでマクロを personal.xlsm に記録・呼び出しするためには、PERSONAL.xlsm を開いておかなければならない。 その保存先についての備忘録。 1. 「Win + E」でファイルエク […]
【R Markdown】Figureサイズの設定方法
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R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_ […]
【Excelマクロ／VBA】開発タブの表示
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マクロ登録する時に、開発タブ（Developer）があったほうが便利。 でも、デフォルトでは非表示になっている…… ので、表示させる方法 ↓ 開発タブの表示 １．「ファイル（File）」 ２．「オプション（ […]
【Rトラブルシュート】Error: attempt to use zero-length variable name
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R markdown のチャンクに ```{r fig.height=10 fig.width=6} コード色々 ``` と書いて、「Ctrl + Enter」で実行しようとしたら下記エラーが出た。 Error: att […]
【Rで作図】グループ内でサブブループによってプロットの色と形を変える
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下記のようなグラフがあり、 これにプロットを重ねたい……でもただプロットするだけじゃなくて、各グループ内にいるオスとメスがプロットの形と色で区別できるようにしたい。 そんな場合の備忘録↓ グループ内でサブブループによ […]
【Rで作図】棒グラフにプロットを重ねる
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最近はどのジャーナルからも「棒グラフにはプロットを重ねるように」と言われると思う。 私自身、プロットしていないと気持ちが悪い。 で、その方法 ↓ 棒グラフにプロットを重ねる 棒グラフだけだと mean とかのデータを使う […]
【Rで作図】x軸ラベルを斜めにする
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下記グラフのx軸ラベルを斜めにしたい場合。 theme(axis.text.x = element_text(angle = 角度, hjust = 高さの調節)) を追加する。 theme(axis.text.x = […]
【Rで統計】F検定とt検定
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等分散の検定 データが等分散かどうか、F test で検証。 var.test(グループ1, グループ2) var.test(Tg$NFT, WT$NFT) アウトプットは下記↓ output F test […]
【Rトラブルシュート】Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’
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パッケージ "ggsignif" をインストールしようとして、 install.packages(ggsignif) と入れて実行したら下記エラーメッセージ↓ Error in library(ggsignif) : t […]
【Excelマクロ／VBA】Can’t Execute Code in Break Mode
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家で作ったVBAをクラウドに上げて、職場で実行しようとした時に出てきたこの表示。 あれ？と思って調べた時の備忘録。 前置き：別の場所で作ったVBAの参照元を変更した まず、クラウドに上げておいたVBAは、自宅PCの保管場 […]
【Rで作図】x軸の順番を変更
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下記のようにグラフを作った。 # bar graphs factor(Data_NFT_sum$Region, levels=c("Ipsi-Hipp", "Ipsi-Ctx" , "Cont-Hipp" , "Cont […]
【Excelマクロ/VBA】マクロ実行ボタンの設置
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ボタンをポンっと押すだけで自動でマクロを実行できるようにしたい……という場合。 こんな感じでボタンを作っておくと便利 ↓ マクロ実行ボタンの設置 １．「開発」タブ → 「挿入」→ 「ボタンマーク」を選択。 […]
【Rで作図】エラーバーを追加する
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とある棒グラフを作成。 このグラフにエラーバーを付けたい場合、 geom_errorbar() を追加する。 エラーバーをつける 標準偏差（standard deviation, SD） SDは、 dplyr::summ […]