【Rベーシック】While ループ
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while ループでは、ある条件式が与えられると、その条件式が偽になるまで処理を繰り返し続ける構文。 while(条件){処理} で表す。 Rではapplyファミリーで代用できるし、速度も遅いので、他の言語ほどは whi […]
「備忘録集」の記事一覧
【Google日本語入力】数値入力の初期設定を半角にする
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Google日本語入力で数値を打ち込む時、デフォルトは全角。 でも、2桁以上の場合は半角が良いと思う……ので、「数値設定を半角にする方法」の覚書。 Google日本語入力 の数値入力の初期設定を半角にする方法 1．右下の […]
【Rベーシック】リスト (List) を作る
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リストは異なるデータ構造を複数個格納することができるデータ構造の事。 Vector, Matrix, DataFrameなども混ぜて格納できる。 リスト (List) を作る list はlist()で作成する。 my_ […]
【Rベーシック】データフレーム (Data Frame) を作る
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データフレーム (data frame) の作り方色々。 データフレーム (Data Frame) とは data frame は list の２次元バージョン。 データサイエンスで最も多く使用される。 data fra […]
【Rベーシック】行列 (Matrix) を作る
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行列 (Matrix) の作り方。 行列 (Matrix) とは matrix は線形代数の行列と同じように、２次元配列に値を格納する。 Matrix を作る 行を指定する場合 matrix を作る時は、行 […]
【Rベーシック】ベクトル (Vector) を作る
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ベクトル (vector) の作り方。 ベクトル (Vector) とは vector は１次元ベクトルとして値を格納する。 イメージは、「１列のデータセット」。 例えば、下記の場合、Boxの中にそれぞれ数値が入っている […]
【Rデータ整理】１行目を列名に指定する
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下記のようなデータが得られて、 １行目の値を列名に宛てがいたい場合。 colnames() で列名を１行目に指定した後、１行目を削除する。 colnames(df7) <- df7[1,] df7 <- df […]
【Rデータ整理】行の並び替え
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下記のようなデータフレーム(df)があり、行を昇順or降順で並べ替えたい時。 私が使いやすいと思う順で arrange() , order , sort() の使い方を書き留めておく。 dplyr::arrange() […]
【Rデータ整理】データフレームの行と列を入れ替える
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下記のようなデータがあって、行と列を入れ替えたい場合。 t(データ) でOK。 df6 <- t(df5) ただこれだと行列で返ってくるので、 > class(df6) [1] "matrix" "array […]
【Rデータ整理】重複する列を削除
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下記のようなデータがあって、 "Deceased" が "True" と "False" と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか count(group_by()) で求めると、 Dat1 <- rea […]
【Rデータ整理】特定の条件を満たす行数をカウント
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例えば、下記のようなデータがあって、 "Deceased" が "True" と "False" と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか知りたい時。 count(group_by()) で求める。 Dat1 […]
【ImageJ/Fiji】イメージサイズ（解像度）を変更
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コントラストの変更、切り抜きを行った後に、イメージサイズを変更する。 イメージサイズの変更 スタート時点でのイメージサイズは、200 px ✕ 200 px。 これをサイズダウンしてみる。 Image > Adju […]
【Rで作図】グラフの背景を変更する
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下のようなグラフがあって、この背景を変更したいとき。 themeで変更する。 グラフの背景の変更 白 theme_classic() グレー＋格子（白） theme_gray() 白＋格子（グレー） theme_bw() […]
【Rで作図】レジェンドのタイトルを消す
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ggplot2でグラフを作っていて、「レジェンドは要るけど、レジェンドタイトルは消したいな」と思って消した時の備忘録。 使う関数は「theme」のlegend.title = element_blank。 theme(l […]
【ImageJ/Fiji】画像の切り抜き
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前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する（今回は、 […]
【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更
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Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。 （論文ではMethodsに記載する必要がある。） 画像の取り込みと確認 生データをFijiで取り込む 顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。 （今回は […]
ジャーナルから “photoshopで画像のコントラストを調節したら駄目ですよ” と指摘された件
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先日、投稿先のジャーナルから 「レビューアーのレビューは終わったんだけど、ジャーナルのルーチンチェックで画像に懐疑的な問題が指摘されたので、対応してください。」 という旨のメールが届き、一気に心拍数が上昇しました。 ―― […]
【Rで作図】facet のタイトルのフォントサイズを変更
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グラフを作っていて、「Facetのタイトルのフォントサイズを変更したい」と思って消した時の備忘録。 themeに"strip.text = element_text(size = ○○)"でサイズを指定すればOK。 th […]
【Photoshop】矢印つきのラインを描く
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この間、フォトショで矢印ラインの描き方を忘れていたので備忘録。 １．ツールバーでラインを選択。 ２．画面上に出てくるオプションツール（なければ、Window → Option で表示させる。）で、ラインが選択されているこ […]
【Rで作図】レジェンドを消す
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グラフを作っていて、「レジェンド要らないな」と思って消した時の備忘録。 方法はいくつかあるけど、使い勝手が良かったのは、themeに "legend.position = "none"を追加する方法。 theme(leg […]
【Rトラブルシュート】csvで書き出すとき遭遇したトラブル
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あるコードをcsvで書き出し、 # CSV で書き出し write.csv(Data, "file_name.csv", row.names = FALSE) それを別アプリで開こうとすると、下記エラーメッセージが出現し […]
【Rトラブルシュート】the condition has length > 1 and only the first element will be used
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R で if 構文を使うときに時々遭遇する下記エラーメッセージ。 the condition has length > 1 and only the first element will be used 例えば、下 […]
アンダーライン色々：通常下線、太め、マーカー風、波線、２重線
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文字に下線を引く際の色々。 普通の下線: <u> 普通の下線だったら <u> で。 <u>下線を引きます</u> output 下線を引きます 下線のバリエーション①: b […]
【Rで統計】カイ二乗検定
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カイ二乗検定とは カイχ二乗検定というと、一般にピアソンのカイ二乗検定を指す事が多い。 仮説によって、適合度検定や独立性の検定などがある。 基本はｔ検定と似ているけれど、ｔ検定が「２つの群の連続変数（numerical […]
【Rトラブルシュート】openBinaryFile: permission denied (Permission denied)
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前回、"openBinaryFile: invalid argument" の問題は絶対パスを指定することで解消したけど、 次に出てきたエラーメッセージは、 openBinaryFile: permission deni […]
【Rの設定】基本言語を変更
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この間、R と RStudio でバグが起こって全インストールし直したら、エラーメッセージが日本語に変わっていた。 どうやら、再インストールする時に疲れていて言語選択をスキップしてたみたい……。 別に日本語 […]
【トラブルシュート】package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace と Error in app$vspace(new_style$`margin-top` %||% 0) : attempt to apply non-function
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ある日、Rを使っていて、突然 "tidyverse" が使えなくなった。 Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace […]
【Rデータ整理】クロス集計表
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カテゴリデータの集計表⇔データフレームの切り替え。 クロス集計表 例えば、 運動あり 運動なし 認知症あり 10 15 認知症なし 20 5 のようなデータの集計表を作る時。 基本は行列で作る。 行列（matrix）で作 […]
【Rトラブルシュート】 attempt to set ‘colnames’ on an object with less than two dimensions
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列名を変更しようとして colnames() を使った時に下記エラーメッセージ。 attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions […]
【RStudio】RStudio Cloud を使う
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私は、自宅PCと職場PCの２箇所でRStudioを利用していますが、時々データをクラウドに上げ忘れたりして困る事があります。 リモート接続で自宅PC⇔職場PCに入り、リモートでデータをクラウドに上げる、という方法で対処し […]
【Rトラブルシュート】Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer
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今までサクサク動いていたコードで、カラーコードだけ変更したつもりでRUNしたら、最後にグラフを ggsave で保存する時に下記メッセージ↓。 Error in seq_len(n) : argument must be […]
【Rデータ整理】tidy data に変換する
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↑ これは見やすいけど、Rで計算する場合は tidy data じゃないのでちょっと困る。 これを、Rに取り込んで、tidy data に変換する方法。 tidy data と messy data については、多くのサ […]
【R Markdown】エラーが起こっても中止しない方法
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通常、エラーが起こったらRは処理を停止するけれど、人へのチュートリアルなどの時は、エラーを見せたい時もある。 そんな時は、 error = TRUE をチャンクオプションに加える。（通常は FALSE になっている。） […]
【Rトラブルシュート】’list’ object cannot be coerced to type ‘double’
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３行目をcolnamesにする前に "for" を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2) […]
【Rで統計】二元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
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二元配置分散分析の求め方。 "二元" の "２" は、「目的変数に影響を与えるかもしれない因子型の説明変数が２つある」とゆーこと。 例えば下記の例。 基本事項は一元配置分散分析と同じだけれど、二元配置分散分 […]
【Rトラブルシュート】openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument)
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RMarkdown を word で出力しようとした時に出たエラー。 openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument) で、word styleの reference […]