【Rで作図】グラフの背景を変更する
- 更新日：
- 公開日：
下のようなグラフがあって、この背景を変更したいとき。 themeで変更する。 グラフの背景の変更 白 theme_classic() グレー＋格子（白） theme_gray() 白＋格子（グレー） theme_bw() […]
「備忘録集」の記事一覧
【Rで作図】レジェンドのタイトルを消す
- 更新日：
- 公開日：
ggplot2でグラフを作っていて、「レジェンドは要るけど、レジェンドタイトルは消したいな」と思って消した時の備忘録。 使う関数は「theme」のlegend.title = element_blank。 theme(l […]
【ImageJ/Fiji】画像の切り抜き
- 更新日：
- 公開日：
前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する（今回は、 […]
【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更
- 更新日：
- 公開日：
Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。 （論文ではMethodsに記載する必要がある。） 画像の取り込みと確認 生データをFijiで取り込む 顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。 （今回は […]
【Rで作図】facet のタイトルのフォントサイズを変更
- 更新日：
- 公開日：
グラフを作っていて、「Facetのタイトルのフォントサイズを変更したい」と思って消した時の備忘録。 themeに"strip.text = element_text(size = ○○)"でサイズを指定すればOK。 th […]
【Photoshop】矢印つきのラインを描く
- 更新日：
- 公開日：
この間、フォトショで矢印ラインの描き方を忘れていたので備忘録。 １．ツールバーでラインを選択。 ２．画面上に出てくるオプションツール（なければ、Window → Option で表示させる。）で、ラインが選択されているこ […]
【Rで作図】レジェンドを消す
- 更新日：
- 公開日：
グラフを作っていて、「レジェンド要らないな」と思って消した時の備忘録。 方法はいくつかあるけど、使い勝手が良かったのは、themeに "legend.position = "none"を追加する方法。 theme(leg […]
【Rトラブルシュート】csvで書き出すとき遭遇したトラブル
- 更新日：
- 公開日：
あるコードをcsvで書き出し、 # CSV で書き出し write.csv(Data, "file_name.csv", row.names = FALSE) それを別アプリで開こうとすると、下記エラーメッセージが出現し […]
【Rトラブルシュート】the condition has length > 1 and only the first element will be used
- 更新日：
- 公開日：
R で if 構文を使うときに時々遭遇する下記エラーメッセージ。 the condition has length > 1 and only the first element will be used 例えば、下 […]
アンダーライン色々：通常下線、太め、マーカー風、波線、２重線
- 更新日：
- 公開日：
文字に下線を引く際の色々。 普通の下線: <u> 普通の下線だったら <u> で。 <u>下線を引きます</u> output 下線を引きます 下線のバリエーション①: b […]
【Rで統計】カイ二乗検定
- 更新日：
- 公開日：
カイ二乗検定とは カイχ二乗検定というと、一般にピアソンのカイ二乗検定を指す事が多い。 仮説によって、適合度検定や独立性の検定などがある。 基本はｔ検定と似ているけれど、ｔ検定が「２つの群の連続変数（numerical […]
【Rトラブルシュート】openBinaryFile: permission denied (Permission denied)
- 更新日：
- 公開日：
前回、"openBinaryFile: invalid argument" の問題は絶対パスを指定することで解消したけど、 次に出てきたエラーメッセージは、 openBinaryFile: permission deni […]
【RStudio】基本言語を変更
- 更新日：
- 公開日：
この間、R と RStudio でバグが起こって全インストールし直したら、エラーメッセージが日本語に変わっていた。 どうやら、再インストールする時に疲れていて言語選択をスキップしてたみたい……。 別に日本語 […]
【トラブルシュート】package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace と Error in app$vspace(new_style$`margin-top` %||% 0) : attempt to apply non-function
- 更新日：
- 公開日：
ある日、Rを使っていて、突然 "tidyverse" が使えなくなった。 Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace […]
【Rデータ整理】クロス集計表
- 更新日：
- 公開日：
カテゴリデータの集計表⇔データフレームの切り替え。 クロス集計表 例えば、 運動あり 運動なし 認知症あり 10 15 認知症なし 20 5 のようなデータの集計表を作る時。 基本は行列で作る。 行列（matrix）で作 […]
【Rトラブルシュート】 attempt to set ‘colnames’ on an object with less than two dimensions
- 更新日：
- 公開日：
列名を変更しようとして colnames() を使った時に下記エラーメッセージ。 attempt to set 'colnames' on an object with less than two dimensions […]
【RStudio】RStudio Cloud を使う
- 更新日：
- 公開日：
私は、自宅PCと職場PCの２箇所でRStudioを利用していますが、時々データをクラウドに上げ忘れたりして困る事があります。 リモート接続で自宅PC⇔職場PCに入り、リモートでデータをクラウドに上げる、という方法で対処し […]
【Rトラブルシュート】Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer
- 更新日：
- 公開日：
今までサクサク動いていたコードで、カラーコードだけ変更したつもりでRUNしたら、最後にグラフを ggsave で保存する時に下記メッセージ↓。 Error in seq_len(n) : argument must be […]
【Rデータ整理】tidy data に変換する
- 更新日：
- 公開日：
↑ これは見やすいけど、Rで計算する場合は tidy data じゃないのでちょっと困る。 これを、Rに取り込んで、tidy data に変換する方法。 tidy data と messy data については、多くのサ […]
【R Markdown】エラーが起こっても中止しない方法
- 更新日：
- 公開日：
通常、エラーが起こったらRは処理を停止するけれど、人へのチュートリアルなどの時は、エラーを見せたい時もある。 そんな時は、 error = TRUE をチャンクオプションに加える。（通常は FALSE になっている。） […]
【Rトラブルシュート】’list’ object cannot be coerced to type ‘double’
- 更新日：
- 公開日：
３行目をcolnamesにする前に "for" を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2) […]
【Rで統計】二元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
- 更新日：
- 公開日：
二元配置分散分析の求め方。 "二元" の "２" は、「目的変数に影響を与えるかもしれない因子型の説明変数が２つある」とゆーこと。 例えば下記の例。 基本事項は一元配置分散分析と同じだけれど、二元配置分散分 […]
【Rトラブルシュート】openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument)
- 更新日：
- 公開日：
RMarkdown を word で出力しようとした時に出たエラー。 openBinaryFile: invalid argument (Invalid argument) で、word styleの reference […]
【R Markdown】外部スクリプト等をチャンク内で読み込む
- 更新日：
- 公開日：
RMarkdownは多機能だけど、内容が増えたら、コードを外部の.rmdファイルや、他の.rファイルなどに配置し、チャンクで読み込むようにした方がなにかと便利。 見た目が簡潔になるし、Rコードのデバック等も、Rスクリプト […]
【Illustrator】CS2を使う場合
- 更新日：
- 公開日：
この記事を読むほとんどの人には関係ないと思うけど、ほぼほぼ自分の為だけに備忘録。 ラボにある古い古いヒートマップアプリのテンプレ画像をイラレで作る際、なぜか自宅PCにインストールしている illustrator CC で […]
【Rデータ整理】行方向の平均値を出して任意の列に適応
- 更新日：
- 公開日：
列A、列B、列C...の各行毎に平均値を出して、それぞれ新しい列に結果を追加する方法３つ。 個人の練習も兼ねて前後の工程も記載しているので、あしからず。 事前準備 データの取り込み 人からもらった、とあるデータを取り込む […]
【R Markdown】ビジュアルモードで記述
- 更新日：
- 公開日：
RMarkdownで記述→knit→記述→knit...という作業を行っていくけれど、 ちょっとした所をプレビューで確認したいだけなら、毎回 knit しなくても、ビジュアルモードに切り替えるだけで事足りる場合も多い。 […]
【Word】辞書機能を賢く利用する
- 更新日：
- 公開日：
他の人の原稿を添削する時によく気になるのが、「スペルチェック」のnotificationを無視している事。 例えば以下のような原稿。 "amylacea" という単語の下に赤の波線が引かれていて、「スペルミスじゃないで […]
【Rで統計】一元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
- 更新日：
- 公開日：
統計について何もわからないまま研究を始めた頃、最初に覚えた合言葉：パラメトリックで２群比較はｔ検定、３群以上の比較は分散分析（Analysis of variance, ANOVA）。 ・ ・ ・ &nbs […]
【Illustrator】Dot-density map を作成し、Heatmap と重ねる
- 更新日：
- 公開日：
先日、ハーフトーンでスケールを作る方法を書き留めたばかりだけど、 私の持っている heatmap アプリがハーフトーンのスケールを認識しなかった（まあ、あたり前かもだけど……）。 で、結局グレースケールで一度ヒートマップ […]
【RMarkdown】word文書をMarkdown形式に変えてRに取り込む
- 更新日：
- 公開日：
RMarkdown → Wordだったら、アウトプット形式をwordに変えてknitすれば良いけど、 今回は、 一度wordで出力して、色々編集した後にもう一度RMarkdownに取り込みたい 誰かが作ったword文書を […]
【Illustrator】ドッド模様（ハーフトーン）を作る
- 更新日：
- 公開日：
Heatmapのテンプレート作成中。 ドット模様のスケールが必要になったので、その備忘録。 ドット模様（ハーフトーン）を作る グラディエントの図を作成 まずは、グラディエントの図形を作成する。 「M」（もしくは、ツールバ […]
【RMarkdown】wordアウトプットのスタイルを変更
- 更新日：
- 公開日：
先日、htmlアウトプットのスタイル変更について書いたので、 今回はwordアウトプットのスタイル変更について。 htmlの場合はスタイルのcssファイルを作ってそれを参照するようにしたけど、 wordの場 […]
【Illustrator】魔法の消しゴムツール
- 更新日：
- 公開日：
まあ、言ってしまえばただの消しゴムなんだけど、あたかも鉛筆で書いた線を消しゴムで消すかのように消して、ベクターを再編成してくれるから、魔法みたいだなーと思う。 消しゴムツール 例えば下記のような線の余計な部分を消したい場 […]
【RMarkdown】htmlアウトプットにカスタマイズのCSSスタイルを適応
- 更新日：
- 公開日：
RMarkdownを英語だけで使っていた時は規定のスタイルで気にならなかったのだけれど、 先日、日本語を使ってみたら、英語と日本語のフォントで明らかな差があったり、大きさのバランスが悪くて気になったので、CSSをカスタマ […]
【Illustrator】ライブペイントで色塗り
- 更新日：
- 公開日：
Heatmapのテンプレづくりに欠かせないライブペイント。 私の使っているHeatmapアプリでは、アトラスの各領域をソフトに認識してもらうために、グレースケールで領域を指定したテンプレートを作っておく必要がある。 ライ […]