【Rデータ整理】文字の置換：gsub／sub／str_replacement／str_replacement_all
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とある csv データを取り込み…… Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 数値になっていてほしいところが、文字列で認識されている。 これはなんでかというと […]
「R」の記事一覧
【Rデータ整理】factor と numeric の変換
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これからデータ整理の色々と書き留めていく予定。 まず、とあるcsv データを取り込み。 取り込みの方法は下記 ▼ Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 fa […]
【Rベーシック】データの取り込み
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エクセルのデータ etc. を R にインポートする方法。 csv ファイル etc. の取り込み エクセルデータは基本 csv ファイルで保存し、R に取り込む。 CSV ファイル CSV ファイルは、「comma S […]
Visual Studio Code で R の実行環境を整える
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RStudio は、R の IDE として大変使いやすいけれど、マルチカーソルがちょっと使いづらい…… とゆーことで、VSCode で R を動かせるように設定した時の備忘録。 必要なインストール類は下記。 ＜必須＞ R […]
【R Markdownトラブルシュート】レンダリングできないとき（openBinaryFile: invalid argument）
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先日、R Markdown を knit しようとしたら、下記メッセージがでてレンダリングできなかった。 pandoc.exe openbinaryfile invalid argument (invalid argum […]
【Rで統計】正規分布の検定（シャピロ・ウィルク検定）
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Demographics を Table で出す時、 正規分布していたら 平均値と標準偏差（standard devision, SD） 正規分布していなかったら 中央値と四分位範囲（inter quartile ran […]
【RStudio】パッケージを読み込めないとき
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先日、今まで普通につかえていた R Markdown ドキュメントを開いて Knit しようとしたら、途中でエラー表示がでました。 内容は、「tidyverseがインストールされていない」というもの。 Error in […]
【Rベーシック】データ構造とデータ型
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データ構造とデータ型の覚え書き。 データ構造 データ構造とは データ構造とは、データがどのように入っているのかを定めるもの。 Rでは５種類のデータ構造がある。 ベクトル (Vector) 行列 (Matrix) 配列 ( […]
【Rトラブルシュート】caret がインストールできなかった件
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caret を install.pakages ("caret") でインストールしようとしたら、 Error in install.packages : object 'caret' not found となってインス […]
【R Markdown】アウトラインの表示
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ドキュメントの中身が長くなってくると、ほしいコードや文書がどこにあるかわかりにくくなる。 そんな時、ドキュメントのアウトラインを表示しておくと、内容を整理しやすいし、目的の場所にすぐジャンプすることができて便利。 アウト […]
正規表現とメタ文字の覚え書き
色々使える正規表現の覚え書き。 正規表現（Regular Expression, Regex）とは 正規表現とは、「いくつかの文字列を一つの形式で表現するための表現方法」。 この形式を使えば、違う言葉etc.が入った文字 […]
【R Markdown】R Markdown の使い方色々
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R Markdownとは、RとMarkdownが結合されたもので、文章の表示とRの実行が同時にできる事が魅力の1つ。 R Markdownでは文章の中にコマンドを同梱できるため、ファイルが複数に散逸せず、整理しやすいとい […]
【Rで作図】複数グループのグラフの順番を並べ替える
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facet_wrap で３グループのグラフに分けて、ボックスプロットを作った。 MMSE <- filter(Data, complete.cases(Disease), complete.cases(LBD_Su […]
シンタックスハイライトを維持した状態でコードをメール本文に貼り付ける方法
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ある日、友人にR Markdown のコードを確認してもらいたかったんですが、添付ファイルがごちゃごちゃしていたので、本文にも重要箇所だけ記載しておきたいという気持ちになりました。 でも、シンタックスハイライトがないと、 […]
【Rベーシック】演算子
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演算子等の覚え書き。 論理演算子 論理演算子 < 左片は右辺より小さい > 左片は右辺より大きい <= 左片は右辺以下 >= 左片は右辺以上 == 等しい != 等しくない ! 否定 | 両辺のど […]
【Rトラブルシュート】’rlang’ does not have a namespace
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ある日突然、今までできていた パッケージのインストールができなくなることが時々ある。 今回は、'tidyverse' を読み込もうとしたら、下記メッセージが出てきて止まった。 Error: package or name […]
【R Markdown】現在の日時を記入：Sys.Date(), Sys.time()
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R Markdown で新規作成すると、ヘッダに日付が入力されるが、それを「現在の日時」にする方法。 現在の日付を記入: Sys.Date() Sys.Date() で、現在の日付を挿入できる。 私が設定している方法は下 […]
【R Markdown】cache オプションと無効化の方法
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R Markdown で使用するチャンクには、 {r チャンク名} でチャンク名をつける事ができます。 ほとんどの場合、チャンク名をつけなくても問題はないのですが、 cache オプションをつけるときには、チャンク名が重 […]
【RStudio】ショートカットキー
RStudio のショートカットキーの備忘録。 随時更新予定。 全般 目的 ショートカットキー 実行（RUN） Ctrl + Enter 表示コードを全実行 Ctrl + Shift + Enter 選択部分より上のコー […]
【Rトラブルシュート】パッケージをインストールできないとき
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Rの環境を変えて、パッケージを再インストールしようとしたら、下記エラーが表示された。 「代わりに新しいライブラリを構築しますか？」 的な事を効かれたので、「YES」としたのに、また下記メッセージ。 「結局ダメってことじゃ […]
【Rで作図】特定のグループ毎に固めて表示する方法
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例えば、Tgマウス（例はPdと記載）とWTマウスの解析で、 １つのグラフ内でオス（M）とメス（F）毎に固めて表示 Region（Ipsi-Hipp, Ipsi-Ctx, Cont-Hipp, Cont-Ctx）毎に複数の […]
【RStudio】デフォルトの作業ディレクトリを変更
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デフォルトの作業ディレクトリは、最初は上の階層に設置されている。 この作業ディレクトリの初期設定を、任意の場所に変更したい場合の覚え書き。 ついでに、現在の作業ディレクトリの場所の確認方法と、その場所を変更する方法も紹介 […]
【RStudio】テーマを変更
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RStudioの画面は、デフォルトでは白いバックグラウンドになっている これを、私の好きなDark colorに変更する方法 1. Tools -> Global Options -> Appe […]
【Rで作図】バイオリン・プロット（Violin plot）
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データをグラフにするとき、 「これのデータは バイオリン プロット で表すのが最適。」 と思う時があります。 今回は、それを R で作るときの備忘録。 ggplot2 のインストール ggplot2 は、“The Gra […]
【Rデータ整理】データフレームの最初の行、ディメンジョン、構造を確認する：head／dim／str
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テーブルデータを取り込んだ後は、最初の6行、ディメンジョン、概要などを確認する。 データの取り込み 例えば、 コンソールに下記入力してデータを取り込む。 例えば、Dドライブにある"data.csv"というファイルを取り込 […]
【Rで統計】McNemar検定
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COVID19による在宅勤務継続中…… 自宅の顕微鏡でコツコツ見てきたデータを元に、ある病理分布のステージングを作ったのですが、 オンラインミーティングで、 「そのステージングの信頼性を示す統計が必要。」 と言われました […]
【Rで統計】オッズ比、P値、信頼区間
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前回に引き続き、統計の備忘録。 例えば、カテゴリカル変数のXとYというデータの相関、オッズ比（超幾何分布による最尤推定値）、 95% 信頼限界などは、カイ二乗検定 odds.ratio() やフィッシャーの […]
【Rで統計】ロジスティック回帰分析
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デスクワークをしながら、久しぶりにRを開きました。 私は最初、「言語さえ理解できれば応用が利く」と思って、統計にはRを利用していたのですが、周りの同僚達は皆、ラボが購入している統計ソフトを使っているので、最近はRから少し […]