【Rベーシック】演算子 更新日:2021年12月4日 公開日:2021年5月1日 R 演算子等の覚え書き。 論理演算子 論理演算子 < 左片は右辺より小さい > 左片は右辺より大きい <= 左片は右辺以下 >= 左片は右辺以上 == 等しい != 等しくない ! 否定 | 両辺のど […] 続きを読む
【Rトラブルシュート】’rlang’ does not have a namespace 更新日:2021年11月14日 公開日:2021年4月30日 R ある日突然、今までできていた パッケージのインストールができなくなることが時々ある。 今回は、'tidyverse' を読み込もうとしたら、下記メッセージが出てきて止まった。 Error: package or name […] 続きを読む
【R Markdown】現在の日時を記入:Sys.Date(), Sys.time() 更新日:2022年4月23日 公開日:2021年4月21日 R R Markdown で新規作成すると、ヘッダに日付が入力されるが、それを「現在の日時」にする方法。 現在の日付を記入: Sys.Date() Sys.Date() で、現在の日付を挿入できる。 私が設定している方法は下 […] 続きを読む
【R Markdown】cache オプションと無効化の方法 更新日:2022年4月23日 公開日:2021年4月13日 R R Markdown で使用するチャンクには、 {r チャンク名} でチャンク名をつける事ができます。 ほとんどの場合、チャンク名をつけなくても問題はないのですが、 cache オプションをつけるときには、チャンク名が重 […] 続きを読む
【RStudio】ショートカットキー 更新日:2022年3月28日 公開日:2021年4月10日 ショートカットキーR RStudio のショートカットキーの備忘録。 随時更新予定。 全般 目的 ショートカットキー 実行(RUN) Ctrl + Enter 表示コードを全実行 Ctrl + Shift + Enter 選択部分より上のコー […] 続きを読む
【Rトラブルシュート】パッケージをインストールできないとき 更新日:2021年11月14日 公開日:2021年3月22日 R Rの環境を変えて、パッケージを再インストールしようとしたら、下記エラーが表示された。 「代わりに新しいライブラリを構築しますか?」 的な事を効かれたので、「YES」としたのに、また下記メッセージ。 「結局ダメってことじゃ […] 続きを読む
【Rで作図】特定のグループ毎に固めて表示する方法 更新日:2021年12月25日 公開日:2021年1月31日 R 例えば、Tgマウス(例はPdと記載)とWTマウスの解析で、 1つのグラフ内でオス(M)とメス(F)毎に固めて表示 Region(Ipsi-Hipp, Ipsi-Ctx, Cont-Hipp, Cont-Ctx)毎に複数の […] 続きを読む
【RStudio】デフォルトの作業ディレクトリを変更 更新日:2022年3月28日 公開日:2020年12月21日 R デフォルトの作業ディレクトリは、最初は上の階層に設置されている。 この作業ディレクトリの初期設定を、任意の場所に変更したい場合の覚え書き。 ついでに、現在の作業ディレクトリの場所の確認方法と、その場所を変更する方法も紹介 […] 続きを読む
【RStudio】テーマを変更 更新日:2022年4月13日 公開日:2020年12月1日 R RStudioの画面は、デフォルトでは白いバックグラウンドになっている これを、私の好きなDark colorに変更する方法 1. Tools -> Global Options -> Appe […] 続きを読む
【Rで作図】バイオリン・プロット(Violin plot) 更新日:2021年11月14日 公開日:2020年11月9日 R データをグラフにするとき、 「これのデータは バイオリン プロット で表すのが最適。」 と思う時があります。 今回は、それを R で作るときの備忘録。 ggplot2 のインストール ggplot2 は、“The Gra […] 続きを読む
【Rで統計】McNemar検定 更新日:2023年3月31日 公開日:2020年6月14日 R COVID19による在宅勤務継続中…… 自宅の顕微鏡でコツコツ見てきたデータを元に、ある病理分布のステージングを作ったのですが、 オンラインミーティングで、 「そのステージングの信頼性を示す統計が必要。」 と言われました […] 続きを読む
【Rで統計】オッズ比、P値、信頼区間 更新日:2023年5月6日 公開日:2020年5月11日 R 前回に引き続き、統計の備忘録。 例えば、カテゴリカル変数のXとYというデータの相関、オッズ比(超幾何分布による最尤推定値)、 95% 信頼限界などは、カイ二乗検定 odds.ratio() やフィッシャーの […] 続きを読む
【Rで統計】ロジスティック回帰分析 更新日:2022年5月16日 公開日:2020年5月9日 R デスクワークをしながら、久しぶりにRを開きました。 私は最初、「言語さえ理解できれば応用が利く」と思って、統計にはRを利用していたのですが、周りの同僚達は皆、ラボが購入している統計ソフトを使っているので、最近はRから少し […] 続きを読む