【GitHub】commit & push（RStudio Terminal / Git Bash）
RStudio の Terminal から GitHub にコードを反映する方法の覚書。 もちろん、Git Bash でも使える。 RStudio の反応が悪い時には、Git Bash から送信したほうが早い場合も多い。 今回は、研究コード管理で頻用する commit → push（Terminal編） をまとめておく。 GitHubに変更を反映する（commit & push）の基本 […]
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【RStudio】作成済みの GitHub リポジトリを URL 経由で RStudio に Clone する
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 今回は、GitHub に作成していたリポジトリを RStudio に Clone する方法。 作成済みの GitHub リポジトリを RStudio に Clone する GitHub リポジトリの URL をコピーする GitHubに移動し、左上のGitHubのアイコンをクリック。 任意のリポジトリを選択。 リポジトリ画面に […]
【RStudio】RStudio のプロジェクトを URL 経由でGitHub と連携
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回、RStudioとGitとの連携まで行った。 今回は、RStudioとGitHubとの連携まで。今回はURLを使う方法（SSHより簡便。） 事前準備 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作成 RStudioとGitとの連携 方法は下記参照。 […]
【GitHub】リポジトリを作成
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 GitHubでリポジトリ（Repository）を作成 GitHubのアカウントへ移動し、Dashboardの左上にある「New」ボタンをクリック。 Repository nameをつける（今回は”test”） PublicかPrivateを選択。 Publicにすると全世界に公開される。Private […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error: pandoc document conversion failed with error 1
RMarkdownをwordファイルにknitしようとしたとき、下記エラーメッセージが出て止まってしまった。 Error: pandoc document conversion failed with error 1 このエラーは、pandocが出力ファイル（Wordドキュメント）を作成または上書きする際にアクセス権限の問題が発生していることを示している。 で、なんで問題が発生してい […]
【RStudio】RStudio に GitHub Copilot と chattr を取り込む
RStudioにCopilotとchattrを導入すると、かなりの時短につながり、一度取り込むと、元には戻れぬ……。 双方の得手不得手は、こちらの比較サイトを参照 ▼ GitHub CopilotとChatGPTのざっくりとした違い GitHub Copilot Copilotは、GitHubのAIによるコーディングアシスタント。 色々と機能はあるけれど、最も重宝されている機能は、I […]
【RStudio】GitHubのブランチ（Branch）を作って作業する
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了し、RStudioとGitHub間のコードのやり取り（Pull/Push）を行いました。 もう一人用のアーカイブとしてはこれで十分だと思いますが、一応、ブランチの作成までさらっと記録に残しておきます。 ブランチ（Branch）を作る必要性のある場面 ブランチが威力を […]
【RStudio】GitHubのリポジトリからRStudioに「Pull」
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了し、RStudioで作成したコードをGitHubに送りました。 今回は逆に、GitHubからコードを取得する方法。 準備1：各種インストールと相互連携 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウ […]
【RStudio】RStudioで作成したスクリプトを「Commit」→「GitHubにPush」
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了しました。 今回からいよいよ、RStudioのスクリプトをGitHubに送ったり、逆にGitHubからスクリプトを取得したりします。 事前準備 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作 […]
【RStudio】RStudio のプロジェクトを SSH 経由でGitHub と連携
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 今回は、RStudioとGitHubとの連携まで。今回はSSHを使う方法。 事前準備 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作成 RStudioとGitとの連携 方法は下記参照。 SSHの設定 GitHubと接続する際、HTTPSを使う方法と、S […]
【RStudio】RStudio を Git と連携
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまで RとRStudioのインストール Gitのインストール RStudioの情報をGitへ伝える（Configuration） RStudioでローカルリポジトリの作成とGitの「Initial commit」 GitHubのアカウント作成 SSH鍵の設定と認証（※op […]
【Rトラブルシュート】Error: package or namespace load failed for ‘tidyr’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): namespace ‘cli’ 3.3.0 is already loaded, but >= 3.6.1 is required
”tidyverse”のfunctionがない、というエラーメッセージが出たので、アンインストール／再インストールを試みた。 remove.packages("tidyverse") install.packages("tidyverse") library(tidyverse) するとここでまたエラーメッセージ。 Error: package or namespace load fa […]
【RStudio】RとRStudioのインストール
Rは統計解析等に強いプログラミング言語。 RStudioは、Rを使うための総合開発環境（IDE）の一つ。 両方とも無料でダウンロードできる。 Rのダウンロード／インストール Rのダウンロード CRANウェブサイトへ。 私はWindowsを使っているので、「Download R for Windows」を選択。 （Macの場合は「Download R for macOS」, Linuxの場合は「Do […]
【RMarkdown】チャンクオプションの色々
R Markdownのチャンクオプション（include など）は、コードチャンクやその出力の表示方法および動作を制御するために用いる。 これにより、レポートの構成や内容を柔軟にカスタマイズすることが可能となる。 RMarkdownのチャンクオプション色々 include オプション チャンク全体を出力に含めるか否かを制御するオプション。 include = TRUE: チャンクのコードと結果を出 […]
【RStuido】パッケージをアップデート
古いバージョンのパッケージを使っている場合、互換性の問題を引き起こす事がある。 この場合、update.packages()でパッケージをアップデートすると良い。 update.packages() アップデートが必要なパッケージをどんどん見つけ出してくれる。 「UPDATEしたい？」と聞かれるBOXが現れるので、「YES」とすれば、自動でアップデートしてくれて便利。
【RStudio】Docker で RStudio Server の構築
Hyper-V に Ubuntu 22.04 LTS を入れて RStudio Server を利用していたけど、SSH のところで引っかかって、手元の Laptop PC から繋げなくなったりした。 ネット上のトラブルシューティングは色々試してみたけど、後一歩 work せず、「これを使うにはちょっと知識不足だなー。」と感じて一旦リセット。ネットワークエンジニアリング的な事を調べる事自体は楽しい […]
【RStudio Server】Ubuntu で RStudio Server の構築
以前、RStudio Cloud を導入して使用していたが、使用限度などの問題があり、なんだかんだと使い辛さを感じるようになってきた。 なので、しばらく敬遠していた RStudio Server 環境作りに着手することにした。 RStudio Server を使うメリット 計算端末と操作端末を分離できる RStudio Server を、ハイスペックのローカルPCに導入しておけば、R のスクリプト […]
【RStudio】基本言語を変更
この間、R と RStudio でバグが起こって全インストールし直したら、エラーメッセージが日本語に変わっていた。 どうやら、再インストールする時に疲れていて言語選択をスキップしてたみたい……。 別に日本語でも良いのだけれど、英語に慣れてしまったので、下記指示を入れて英語に変更。 Sys.setenv(LANG = "en") 無事、英語に戻せた。
【RStudio】RStudio Cloud を使う
私は、自宅PCと職場PCの２箇所でRStudioを利用していますが、時々データをクラウドに上げ忘れたりして困る事があります。 リモート接続で自宅PC⇔職場PCに入り、リモートでデータをクラウドに上げる、という方法で対処していますが、時々職場のセキュリティにかかることも……。 という事で、この機会に RStudio Cloud を使ってみる事にしました。 RStudio Cloud と […]
【RStudio】environment 内のオブジェクトを一掃する
RStudioでは、実行したオブジェクト（ベクトル、リスト、データフレームなど）はそのまま “environment” の中に残り、再利用することができる。 Emvironment に残っているオブジェクトの確認方法 この environment に残っているオブジェクトは、そのオブジェクトを environment 内でクリックするか、 ls() で確認できる。 &nbs […]
【RStudio】任意の単語etc.を全選択（VSCodeの Ctrl+L, Ctrl+D の代わりになるショートカットキーは？）
R Studio を使っていてちょっと不便だなと思ったのが、VS Code で多用している Ctrl + Shift + L (カーソル上と同じ単語etc. を全選択) Ctrl + Shift + D (カーソル上と同じ単語etc. を一つずつ選択) と同じショートカット機能がないことです。 この機能に使い慣れている私にとってはかなり困る事象なんですが、普段から R Studio を使っている人 […]
Visual Studio Code で R の実行環境を整える
RStudio は、R の IDE として大変使いやすいけれど、マルチカーソルがちょっと使いづらい…… とゆーことで、VSCode で R を動かせるように設定した時の備忘録。 必要なインストール類は下記。 ＜必須＞ R Visual Studio Code VS Code 拡張機能：R (by Yuki Ueda) ＜入れるべき＞ VS Code 拡張機能：R LSP Client (by RE […]
【RStudio】パッケージを読み込めないとき
先日、今まで普通につかえていた R Markdown ドキュメントを開いて Knit しようとしたら、途中でエラー表示がでました。 内容は、「tidyverseがインストールされていない」というもの。 Error in library(tidyverse) : there is no package called ‘tidyverse’ 「あれ？」と思って、tidyverse を再インストールする […]
【R Markdown】アウトラインの表示
ドキュメントの中身が長くなってくると、ほしいコードや文書がどこにあるかわかりにくくなる。 そんな時、ドキュメントのアウトラインを表示しておくと、内容を整理しやすいし、目的の場所にすぐジャンプすることができて便利。 アウトラインの表示 普段は下記のような表示設定。 右上の、アウトラインボタンを押すと、 スクリプトペインの右側にアウトラインが表示される。 スクリプトで、 # : h1タグ ## : h […]
【RStudio】ショートカットキー
RStudio のショートカットキーの備忘録。 随時更新予定。 全般 目的 ショートカットキー 実行（RUN） Ctrl + Enter 表示コードを全実行 Ctrl + Shift + Enter 選択部分より上のコードを全実行 Ctrl + Shift + Alt + P パイプ演算子（%>%） Ctrl + Shift + M ペイン 目的 ショートカットキー 説明 Source Ct […]
【RStudio】デフォルトの作業ディレクトリを変更
デフォルトの作業ディレクトリは、最初は上の階層に設置されている。 この作業ディレクトリの初期設定を、任意の場所に変更したい場合の覚え書き。 ついでに、現在の作業ディレクトリの場所の確認方法と、その場所を変更する方法も紹介。 デフォルトのディレクトリを変更する方法 1. RStudioを開く 2. Tools -> Global options 3. “Default workin […]
【RStudio】テーマを変更
RStudioの画面は、デフォルトでは白いバックグラウンドになっている これを、私の好きなDark colorに変更する方法 1. Tools -> Global Options -> Appearance 2. 設定を変更 RStudio theme: Modern ZoomL 100% Editor font: Lucida Console Editor font s […]
【RStudio】Console内のオブジェクトを一掃する
コンソールがごちゃごちゃなって、内容を一掃したいときは、 右上の🧹マークをクリック。 ・ ・ ・ きれいになった。