【GitHub】commit & push（RStudio Terminal / Git Bash）
RStudio の Terminal から GitHub にコードを反映する方法の覚書。 もちろん、Git Bash でも使える。 RStudio の反応が悪い時には、Git Bash から送信したほうが早い場合も多い。 今回は、研究コード管理で頻用する commit → push（Terminal編） をまとめておく。 GitHubに変更を反映する（commit & push）の基本 […]
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【RStudio】作成済みの GitHub リポジトリを URL 経由で RStudio に Clone する
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 今回は、GitHub に作成していたリポジトリを RStudio に Clone する方法。 作成済みの GitHub リポジトリを RStudio に Clone する GitHub リポジトリの URL をコピーする GitHubに移動し、左上のGitHubのアイコンをクリック。 任意のリポジトリを選択。 リポジトリ画面に […]
【RStudio】RStudio のプロジェクトを URL 経由でGitHub と連携
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回、RStudioとGitとの連携まで行った。 今回は、RStudioとGitHubとの連携まで。今回はURLを使う方法（SSHより簡便。） 事前準備 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作成 RStudioとGitとの連携 方法は下記参照。 […]
【GitHub】リポジトリを作成
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 GitHubでリポジトリ（Repository）を作成 GitHubのアカウントへ移動し、Dashboardの左上にある「New」ボタンをクリック。 Repository nameをつける（今回は”test”） PublicかPrivateを選択。 Publicにすると全世界に公開される。Private […]
【RStudio】GitHubのブランチ（Branch）を作って作業する
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了し、RStudioとGitHub間のコードのやり取り（Pull/Push）を行いました。 もう一人用のアーカイブとしてはこれで十分だと思いますが、一応、ブランチの作成までさらっと記録に残しておきます。 ブランチ（Branch）を作る必要性のある場面 ブランチが威力を […]
【RStudio】GitHubのリポジトリからRStudioに「Pull」
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了し、RStudioで作成したコードをGitHubに送りました。 今回は逆に、GitHubからコードを取得する方法。 準備1：各種インストールと相互連携 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウ […]
【RStudio】RStudioで作成したスクリプトを「Commit」→「GitHubにPush」
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 前回までに、RStudioとGit／GitHubとの連携が終了しました。 今回からいよいよ、RStudioのスクリプトをGitHubに送ったり、逆にGitHubからスクリプトを取得したりします。 事前準備 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作 […]
【RStudio】RStudio のプロジェクトを SSH 経由でGitHub と連携
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 今回は、RStudioとGitHubとの連携まで。今回はSSHを使う方法。 事前準備 事前準備として必要な事リスト RとRStudioのインストール Gitのインストールと初期設定 GitHubアカウントの作成 RStudioとGitとの連携 方法は下記参照。 SSHの設定 GitHubと接続する際、HTTPSを使う方法と、S […]
【RStudio】RStudio を Git と連携
RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまでの道のり。 RStudioとGitHubを連携させて使えるようになるまで RとRStudioのインストール Gitのインストール RStudioの情報をGitへ伝える（Configuration） RStudioでローカルリポジトリの作成とGitの「Initial commit」 GitHubのアカウント作成 SSH鍵の設定と認証（※op […]
Git／GitHubの環境構築
これまで、Rのスクリプトやプロジェクトの管理を、職場のサーバーに諸々保存して、リモートデスクトップで編集して、、、とゆー感じでやっていました。 けれど、新しい職場はセキュリティ対策的なもので、しょっちゅうネットワークがリセットされるし、繋がらなくなったりするし⋯⋯で、仕事のパフォーマンスがだだ下がり orz…。 でも、今更自宅にサーバーを構築するのも時間かかるし⋯⋯とゆーことで、以前ア […]
【RStudio】RとRStudioのインストール
Rは統計解析等に強いプログラミング言語。 RStudioは、Rを使うための総合開発環境（IDE）の一つ。 両方とも無料でダウンロードできる。 Rのダウンロード／インストール Rのダウンロード CRANウェブサイトへ。 私はWindowsを使っているので、「Download R for Windows」を選択。 （Macの場合は「Download R for macOS」, Linuxの場合は「Do […]
【Rで作図】Y軸タイトルを2列にする
ggplot2でグラフを描いたとき、Y軸タイトルを長ーくすると、2列に降りたくなる。 ▲ グラフの中にY軸タイトルが収まりきれない。。。 その方法の備忘録。 Y軸タイトルを2列にして、位置を調整する 正規表現「\n」で改行する。 # Y軸タイトルを2行に labs(x = "", y = "Thickness of the CA1 \n (ventral hippocampus) [μm]") 2 […]
【Rトラブルシュート】undefined columns selected
grepで特定の行を抽出しようとして下記コードを書いたら、 data=c <- Data[grep("Int", Data$ADNC, invert=T)] 下記メッセージ。 Error in `[.data.frame`(Data, grep("Int", Data$ADNC, invert = F)) : undefined columns selected あれ？と思って […]
【RMarkdownトラブルシュート】knit error: bkm [reaction mix] should only contain alphanumeric characters, “:”, “-” and “_”.
R Markdownをknitすると、下記エラーが出で止まった。 knit error: bkm [reaction mix] should only contain alphanumeric characters, ":", "-" and "_". ChatGPT先生に尋ねると、チャンク名にスペースが含まれているためエラーが出ているとのこと。 なので、チャンク名のところを、 `` […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error: Functions that produce HTML output found in document targeting docx output.
とあるR Markdownファイルをdocx形式で出力しようとしたところ、以下のエラーが発生した。 Error: Functions that produce HTML output found in document targeting docx output. HTML出力を行う関数がdocx出力を行うドキュメントに含まれているため、エラーが発生しているとのこと。 これ、YAMLヘッダーにal […]
【RMarkdownトラブルシュート】Knitエラー：the execution halted because of the Error in match.fun(FUN) object ‘spaces’ not found
Markdownで簡単な表を書いて、 Cont_6h <- c("Cont_6h_1","Cont_6h_2","Cont_6h_3") LPS_6h <- c("LPS_6h_1","LPS_6h_2","LPS_6h_3") plate_6h <- data.frame(Cont_6h,LPS_6h) %>% t() colnames(plate_6h) <- c("1 […]