【Rデータ整理】スコア “1+, 2+…” を数値 “1, 2…” に変換し、データ型を数値型に変更
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相変わらず R でデータ整理中。 今回は、データベースに記載されている 1+, 2+ などのスコアを数値 1, 2... に変換し、データ型を数値型に変更する方法。 データベースから落としてきたときは、下記のようになって […]
「R」の記事一覧
【Rベーシック】パイプ演算子：%>%
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便利なパイプ演算子 %>% ……の覚書。 パイプ演算子とは パイプ演算子は、左辺のオブジェクトを右辺の関数に入れる機能を持つ演算子。 %>% %>%はtidyverseに含まれているパイプ演算子。%&g […]
【Rで作図】EPSファイルやsvgファイルで出力
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R は色々なグラフィックスが作れて嬉しくなる。 作成した図表をそのまま R Markdown で出力できるのも魅力の一つだが、場合によっては、別のソフトで編集したいときも。 私の場合、Figures 等を作 […]
【Rで作表】tableoneで全てのカテゴリを表示する方法
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医学臨床系論文の Table 1. は、たいてい "Patient Demographics"… その "Table 1" を作るために非常に便利な R パッケージ: tableone。 基本的な使い方は、 […]
【Rデータ整理】列名とデータ型の変換
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R にデータを取り込んで、そこから最初に行う作業の備忘録。 データのインポート 私は、データベースからエクセル (.xlsx) でデータを取得し、それを R に取り込む場合が多い。 エクセルの取り込みは、 readxl: […]
【Rデータ整理】データフレームの結合 : join
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最近リバイスが返ってきて、データ整理に追われ中…… n数を増やす目的等で他から持ってきたデータを結合させた時の備忘録。 dplyr::join dplyr パッケージの join 関数を使う。 join 関数は４種類。 […]
【Rトラブルシュート】”R code execution error”
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ある時、R でコードを打つ度に、"R code execution error" という warning sign に遭遇するようになりました。 普通に仕事は進められるけど、警告の度に作業がストップされるので、ちょっと […]
【Rデータ整理】データフレームの行名と列名を変更：rownames／rename／colnames
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下記のようなデータフレームがあり、この表の行名（左側の列）と列名（一番上のヘッダー行）とを変更したい場合。 Estimate Std. Error Pr(>|z|) OR CI_low CI_high (Inter […]
【Rトラブルシュート】unused argument
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この間まで普通に動いていた下記コードが、突然エラー表示に。 Data_D <- readxl::read_xlsx("sample", guess_max=40000, range="A1:AK755") %> […]
【Rで統計】Rank 関数を使って非正規分布のデータを解析する
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先日、共著者から送られたデータの中に、下記のようなコードがありました。 model <- lm(rank(Data$MMSETotal, ties.method = "average", na.last = "ke […]
【Rデータ整理】Factor 内の順序を入れ替える
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例えば下記のように、 症例の年齢 Alzheimer's Disease Neuropathologic Change (ADNC) で10症例のデータフレームを作った場合。 Age <- c(65, 72, 82 […]
【Rトラブルシュート】glm 関数でのエラー：Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in ‘y’
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先日、多重ロジスティック回帰分析を行っていて、下記の様に入力していたら、 model <- glm(LATE ~ Age + Sex + DLBType + ADNC, data = Data_L) 下記のエラーが […]
【Rベーシック】NA とは何か？
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「NA」とは、「Not Available」の略。 欠損値の場合もあるし、「認識できない」ときにも表示される。 TRUE #1 で表される FALSE #0 で表される NA という感じで、TRUE でも FAL […]
【Rで統計】共分散分析：ANCOVA
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共分散分析 (analysis of covariance, ANCOVA) は、 従属変数が「連続型」の場合、1つ以上の独立変数がその連続型の共変量に影響を及ぼしているかどうか調べる時に使う。 「共変量を用いる」という […]
【Rで統計】順序ロジスティック回帰分析
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回帰分析をする際、 目的変数が Yes or No などの２つだと、通常のロジスティック回帰を行うが、 これが、例えば Not, Low, Intermediate, or High のように、 ３つ以上の場合は、順序ロ […]
【Rデータ整理】文字の置換：gsub／sub／str_replacement
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とある csv データを取り込み…… Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 数値になっていてほしいところが、文字列で認識されている。 これはなんでかというと […]
【Rデータ整理】factor と numeric の変換
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これからデータ整理の色々と書き留めていく予定。 まず、とあるcsv データを取り込み。 取り込みの方法は下記 ▼ Data1 <- read.csv("Dataset.csv") 「str()」で確認すると、 fa […]
【Rベーシック】データの取り込み
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エクセルのデータ etc. を R にインポートする方法。 csv ファイル etc. の取り込み エクセルデータは基本 csv ファイルで保存し、R に取り込む。 CSV ファイル CSV ファイルは、「comma S […]
Visual Studio Code で R の実行環境を整える
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RStudio は、R の IDE として大変使いやすいけれど、マルチカーソルがちょっと使いづらい…… とゆーことで、VSCode で R を動かせるように設定した時の備忘録。 必要なインストール類は下記。 ＜必須＞ R […]
【R Markdown】レンダリングできないとき（openBinaryFile: invalid argument）
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先日、R Markdown を knit しようとしたら、下記メッセージがでてレンダリングできなかった。 pandoc.exe openbinaryfile invalid argument (invalid argum […]
【Rで統計】正規分布の検定（シャピロ・ウィルク検定）
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Demographics を Table で出す時、 正規分布していたら 平均値と標準偏差（standard devision, SD） 正規分布していなかったら 中央値と四分位範囲（inter quartile ran […]
【RStudio】パッケージを読み込めないとき
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先日、今まで普通につかえていた R Markdown ドキュメントを開いて Knit しようとしたら、途中でエラー表示がでました。 内容は、「tidyverseがインストールされていない」というもの。 Error in […]
【Rベーシック】データ構造とデータ型
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データ構造とデータ型の覚え書き。 データ構造 データ構造とは データ構造とは、データがどのように入っているのかを定めるもの。 Rでは５種類のデータ構造がある。 ベクトル (Vector) 行列 (Matrix) 配列 ( […]
【Rトラブルシュート】caret がインストールできなかった件
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caret を install.pakages ("caret") でインストールしようとしたら、 Error in install.packages : object 'caret' not found となってインス […]
【R Markdown】アウトラインの表示
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ドキュメントの中身が長くなってくると、ほしいコードや文書がどこにあるかわかりにくくなる。 そんな時、ドキュメントのアウトラインを表示しておくと、内容を整理しやすいし、目的の場所にすぐジャンプすることができて便利。 アウト […]
正規表現とメタ文字の覚え書き
色々使える正規表現の覚え書き。 正規表現（Regular Expression, Regex）とは 正規表現とは、「いくつかの文字列を一つの形式で表現するための表現方法」。 この形式を使えば、違う言葉etc.が入った文字 […]
【R Markdown】R Markdown の使い方色々
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R Markdownとは、RとMarkdownが結合されたもので、文章の表示とRの実行が同時にできる事が魅力の1つ。 R Markdownでは文章の中にコマンドを同梱できるため、ファイルが複数に散逸せず、整理しやすいとい […]
【Rで作図】複数グループのグラフの順番を並べ替える
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facet_wrap で３グループのグラフに分けて、ボックスプロットを作った。 MMSE <- filter(Data, complete.cases(Disease), complete.cases(LBD_Su […]
シンタックスハイライトを維持した状態でコードをメール本文に貼り付ける方法
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ある日、友人にR Markdown のコードを確認してもらいたかったんですが、添付ファイルがごちゃごちゃしていたので、本文にも重要箇所だけ記載しておきたいという気持ちになりました。 でも、シンタックスハイライトがないと、 […]
ざっくりと統計いろいろ：適切な統計手法を選択する
先日、同僚のポスドクからテキストが届きました。 「Prism (統計ソフト) で統計やってんだけど、ANOVAでP < 0.001 ってなっているのに、Tukey では P > 0.05ってでて有意差ないって […]
【Rベーシック】演算子
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演算子等の覚え書き。 論理演算子 論理演算子 < 左片は右辺より小さい > 左片は右辺より大きい <= 左片は右辺以下 >= 左片は右辺以上 == 等しい != 等しくない ! 否定 | 両辺のど […]
【Rトラブルシュート】’rlang’ does not have a namespace
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ある日突然、今までできていた パッケージのインストールができなくなることが時々ある。 今回は、'tidyverse' を読み込もうとしたら、下記メッセージが出てきて止まった。 Error: package or name […]
【R Markdown】現在の日時を記入：Sys.Date(), Sys.time()
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R Markdown で新規作成すると、ヘッダに日付が入力されるが、それを「現在の日時」にする方法。 現在の日付を記入: Sys.Date() Sys.Date() で、現在の日付を挿入できる。 私が設定している方法は下 […]
【R Markdown】cache オプションと無効化の方法
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R Markdown で使用するチャンクには、 {r チャンク名} でチャンク名をつける事ができます。 ほとんどの場合、チャンク名をつけなくても問題はないのですが、 cache オプションをつけるときには、チャンク名が重 […]
【RStudio】ショートカットキー
RStudio のショートカットキーの備忘録。 随時更新予定。 全般 目的 ショートカットキー 実行（RUN） Ctrl + Enter 表示コードを全実行 Ctrl + Shift + Enter 選択部分より上のコー […]
【Rトラブルシュート】パッケージをインストールできないとき
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Rの環境を変えて、パッケージを再インストールしようとしたら、下記エラーが表示された。 「代わりに新しいライブラリを構築しますか？」 的な事を効かれたので、「YES」としたのに、また下記メッセージ。 「結局ダメってことじゃ […]