【Rデータ整理】ちょっとした集計：dplyr::summarise
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データフレーム内の合計や平均値などを求める時、Rでは「aggregate関数」が用意されているけど、比較的作業時間がかかるため、「dplyr::summarise」の方が良さげ。 ちょっとした集計：dplyr::summ […]
「R」の記事一覧
【Rデータ整理】文字を切り出して新しい列に追加する：mutate／substr／str_sub
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文字列から一部だけ切り出して、新しい列を作りたい時。 列の追加は dplyrパッケージ: mutate 文字の切り出しは R標準パッケージ: substr or substring stringrパッケージ: st […]
【RStudio】environment 内のオブジェクトを一掃する
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RStudioでは、実行したオブジェクト（ベクトル、リスト、データフレームなど）はそのまま "environment" の中に残り、再利用することができる。 Emvironment に残っているオブジェクトの確認方法 こ […]
【Rで統計】Kruskal.Wallis検定
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前回、ノンパラメトリックの2群検定の方法を書き留めておいたけど、 「よく考えたら、2群じゃなくて、2群ｘ3群の6群でみなきゃじゃん。」 とゆーことに気づき、 多重比較のデータを追加した。 各グループが正規分布じゃないこと […]
【Rで統計】Wilcoxonの順位和検定
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あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 […]
【Rで作図】ヒストグラム
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あるデータのリバイスで、患者さんが最後に認知機能検査を受けた時期から亡くなるまでの期間が解析グループで差があるんじゃないか、とレビューアーから指摘された。 なので、その期間が各群で差がないことを示す検定結果をつける事に。 […]
【Rデータ整理】列の追加：mutate
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Rで列を追加する時は、 dplyr::mutate() を使っている。 mutate(列A+列B) のように計算式の結果を入れられるので便利だけど、文字列を入れる時はこんな感じ ▼ 例：Data というデータフレーム内で […]
【RStudio】任意の単語etc.を全選択（VSCodeの Ctrl+L, Ctrl+D の代わりになるショートカットキーは？）
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R Studio を使っていてちょっと不便だなと思ったのが、VS Code で多用している Ctrl + Shift + L (カーソル上と同じ単語etc. を全選択) Ctrl + Shift + D (カーソル上と同 […]
【Rで作図】facet毎に色を変える
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認知機能の変化を、LBD, AD, LBD+AD グループ毎に、LATE(+)とLATE(-)で分けて示したいと思い、下記のようにグラフを作製。 ```{r fig.width=6} filter(Data, compl […]
【Rで統計】回帰分析で参照グループを指定する
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あるデータで線形混合モデルを使っていたときの話。 R の場合、参照グループは一番最初に分類されているグループと決められています。 例えば、 Group = factor(NA, levels = c("LBD-LATE( […]
【Rトラブルシュート】invalid factor level, NA generated
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あるデータフレームに論理型（factor）の列を追加しようとして、下記のように作成した。 Data <- %>% mutate(Group = factor(NA, levels = c("LBD-L […]
【Rトラブルシュート】number of items to replace is not a multiple of replacement length
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ある病理のスコアで、Brainstem (BS) が NA の項目があったので、 "Midbrain(MB) と Pons(Pons) と Medulla (Med) のどこかで 1 以上のスコアがあったら、BS = 1 […]
【Rデータ整理】文字列の追加：mutate／transform
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データフレームに列を追加する時の方法２つ。 dplyr::mutate() 普段は dplyr パッケージの dplyr::mutate() を使っている。 文字列は " " で括って追加する。 mutate(列名 = […]
【Rデータ整理】文字列の結合：str_c／paste／paste0
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文字列を繋げるときには、paste(), paste0(), str_c()などを使う。 paste()とpaste0()は、Rの標準パッケージ（base）。 str_c()は、stringrパッケージの関数。 str_ […]
【Rトラブルシュート】longer object length is not a multiple of shorter object length
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"longer object length is not a multiple of shorter object length" のエラーメッセージが出たら、 それは、指示したベクター同士の長さがあっていないという事。 […]
【Rデータ整理】文字列の中に数式を入れたい場合：str_c／paste
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例えば作表の際、列名に「(N = 数字)」という情報をいれたくて、数値は計算式で出したい場合、 stringr::str_c() 文字列操作は Hadley氏作製の stringr パッケージで完結できる。 string […]
【Rデータ整理】NAを無視して計算する：na.rm = TRUE
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Rにはベクトル専用の関数が多く用意されている。 例えば、 sum() ：合計を求める mean() ：平均値を求める median() ：中央値を求める etc. この時注意したいのが、データフレーム内に「 […]
【R Markdownトラブルシュート】Run All Chunks Above が使えなくなった件
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ある日、今までサクサク動いていた "Run All Chunks Above" ボタンが、全く反応しなくなりました。 Ctrl+Alt+Shift+P を押してもダメだし、 右上の、"Run" タブから "Run All […]
【Rデータ整理】2つの要素をまとめて、新しい列に追加する：fct_collapse
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例えば、あるデータ（Data）内に Alzheimer's disease neuropathologi change (ADNC) の項目があり、 そのデータフレームに ADNC="Not" と ADNC="Low" […]
【Rデータ整理】小数点以下を0.00とかに揃えたい場合
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R で小数点第○○位まで出したい、というときは、Excel でもおなじみの Round 関数が使える。 round(データ, 桁数) round(0.12345, 3) output 0.123 ただこれだと、小数点以下 […]
【RMarkdownトラブルシュート】Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names
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R Markdown で Knit しようとしたら、下記 warning が出て止まった。 Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match prev […]
【Rデータ整理】スコア “1+, 2+…” を数値 “1, 2…” に変換し、データ型を数値型に変更
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相変わらず R でデータ整理中。 今回は、データベースに記載されている 1+, 2+ などのスコアを数値 1, 2... に変換し、データ型を数値型に変更する方法。 データベースから落としてきたときは、下記のようになって […]
【Rベーシック】パイプ演算子：%>%
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便利なパイプ演算子 %>% ……の覚書。 パイプ演算子とは パイプ演算子は、左辺のオブジェクトを右辺の関数に入れる機能を持つ演算子。 %>% %>%はtidyverseに含まれているパイプ演算子。%&g […]
【Rで作図】EPSファイルやsvgファイルで出力
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R は色々なグラフィックスが作れて嬉しくなる。 作成した図表をそのまま R Markdown で出力できるのも魅力の一つだが、場合によっては、別のソフトで編集したいときも。 私の場合、Figures 等を作 […]
【Rで作表】tableoneで全てのカテゴリを表示する方法
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医学臨床系論文の Table 1. は、たいてい "Patient Demographics"… その "Table 1" を作るために非常に便利な R パッケージ: tableone。 基本的な使い方は、 […]
【Rデータ整理】列名とデータ型の変換
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R にデータを取り込んで、そこから最初に行う作業の備忘録。 データのインポート 私は、データベースからエクセル (.xlsx) でデータを取得し、それを R に取り込む場合が多い。 エクセルの取り込みは、 readxl: […]
【Rデータ整理】データフレームの結合 : join
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最近リバイスが返ってきて、データ整理に追われ中…… n数を増やす目的等で他から持ってきたデータを結合させた時の備忘録。 dplyr::join dplyr パッケージの join 関数を使う。 join 関数は４種類。 […]
【Rトラブルシュート】”R code execution error”
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ある時、R でコードを打つ度に、"R code execution error" という warning sign に遭遇するようになりました。 普通に仕事は進められるけど、警告の度に作業がストップされるので、ちょっと […]
【Rデータ整理】データフレームの行名と列名を変更：rownames／rename／colnames
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下記のようなデータフレームがあり、この表の行名（左側の列）と列名（一番上のヘッダー行）とを変更したい場合。 Estimate Std. Error Pr(>|z|) OR CI_low CI_high (Inter […]
【Rトラブルシュート】unused argument
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この間まで普通に動いていた下記コードが、突然エラー表示に。 Data_D <- readxl::read_xlsx("sample", guess_max=40000, range="A1:AK755") %> […]
【Rで統計】Rank 関数を使って非正規分布のデータを解析する
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先日、共著者から送られたデータの中に、下記のようなコードがありました。 model <- lm(rank(Data$MMSETotal, ties.method = "average", na.last = "ke […]
【Rデータ整理】Factor 内の順序を入れ替える
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例えば下記のように、 症例の年齢 Alzheimer's Disease Neuropathologic Change (ADNC) で10症例のデータフレームを作った場合。 Age <- c(65, 72, 82 […]
【Rトラブルシュート】glm 関数でのエラー：Error in glm.fit(x = c(1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, : NA/NaN/Inf in ‘y’
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先日、多重ロジスティック回帰分析を行っていて、下記の様に入力していたら、 model <- glm(LATE ~ Age + Sex + DLBType + ADNC, data = Data_L) 下記のエラーが […]
【Rベーシック】NA とは何か？
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「NA」とは、「Not Available」の略。 欠損値の場合もあるし、「認識できない」ときにも表示される。 TRUE #1 で表される FALSE #0 で表される NA という感じで、TRUE でも FAL […]
【Rで統計】共分散分析：ANCOVA
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共分散分析 (analysis of covariance, ANCOVA) は、 従属変数が「連続型」の場合、1つ以上の独立変数がその連続型の共変量に影響を及ぼしているかどうか調べる時に使う。 「共変量を用いる」という […]
【Rで統計】順序ロジスティック回帰分析
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回帰分析をする際、 目的変数が Yes or No などの２つだと、通常のロジスティック回帰を行うが、 これが、例えば Not, Low, Intermediate, or High のように、 ３つ以上の場合は、順序ロ […]