【R Markdown】Figureサイズの設定方法
R Markdown で Figures のサイズを設定する方法３つ。 YAML ヘッダーで設定する 最初の YAML ヘッダーで指定できる。 --- title: "My Document" output: html_document: fig_width: 6 fig_height: 4 --- チャンク内で設定する チャンク内に下記のように記載する事で設定可能。 knitr::opts_ch […]
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2022年
神経変性疾患の新たなキープレイヤー!?①：TMEM106Bの凝集体が色々な変性疾患で観察される
先日、TMEM106Bに関する驚きの論文がCellに1報、Natureに2報掲載されました。 Cellの論文は、アメリカ・コロンビア大学のDr.Fitzpatric、カナダ・英コロンビア大学のDr.Mackenzieらの研究グループからで、FTLD-TDP, PSP, DLBの患者さんの脳内でTMEM106Bの凝集体があることをcryo-EMとMSの解析から明らかになった、というもの [1]。 N […]
【Excelマクロ／VBA】開発タブの表示
マクロ登録する時に、開発タブ（Developer）があったほうが便利。 でも、デフォルトでは非表示になっている…… ので、表示させる方法 ↓ 開発タブの表示 １．「ファイル（File）」 ２．「オプション（Options)」 ３．「リボンのカスタマイズ（Customize Ribbon）」 ４．右側にある「開発（Developer）」にチェックを入れる。 […]
Glymphaticドレナージは細胞外タウを洗い流して、タウ凝集化や神経障害を防ぐ
私達の脳は液体で満たされており、 脳の間質内：脳間質液（interstitial fluid, ISF） 脳室や脳周囲：脳脊髄液（cerebrospinal fluid, CSF） と名付けられています。 ISFは、間質に溜まった脳内の代謝産物などをCSFへ送り出し、CSFはそれらを篩骨篩板や鼻のリンパ節などを経由して深部頸部リンパ節へ排出するというドレナージ機能がありますが [1] 、 その排出 […]
ガンテネルマブの２回目の第３相治験が始まる：SKYLINE
Roche社は、抗アミロイドβ（Aβ）抗体のガンテネルマブ（gantenermumab）の２回目の第３相治験についてアナウンスしました。 ドナネマブはAβフィブリルに結合するヒトIgG1抗体でAβのN末と中央部を認識します。 多くのAβ抗体が静注薬剤の中、このガンテネルマブは皮下注で使用するので、より患者さん-friendlyなAβ抗体製剤といえると思います。 DIAN研究でも選ばれ […]
【Rトラブルシュート】Error: attempt to use zero-length variable name
R markdown のチャンクに ```{r fig.height=10 fig.width=6} コード色々 ``` と書いて、「Ctrl + Enter」で実行しようとしたら下記エラーが出た。 Error: attempt to use zero-length variable name 調べると、Rチャンクの一部を普通のRスクリプトの様に実行すると、Rはこのコードを全てのRコードとして実行 […]
CSF中sTREM2から、ミクログリアの善戦の跡を垣間見る
TREM2 (triggering receptor expressed on myeloid cell 2) は、脳内では主にミクログリアに発現する膜貫通型の糖蛋白です。 このTREM2をコードする遺伝子TREM2の点変異はアルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) のリスク遺伝子で、この変異をヘテロで持つ人達は、low-of-function で約3倍 A […]
【Rで作図】グループ内でサブブループによってプロットの色と形を変える
下記のようなグラフがあり、 これにプロットを重ねたい……でもただプロットするだけじゃなくて、各グループ内にいるオスとメスがプロットの形と色で区別できるようにしたい。 そんな場合の備忘録↓ グループ内でサブブループによってプロットの色と形を変える １．サブグループの列を作り、レベル指定する まずは、プロットの色形を変えるためのサブグループ毎のデータを指定する。 今回の例では、”Dat […]
PSPとCBDの脊髄にTDP-43病理
前頭側頭葉変性症（Frontotemporal lobar degeneration, FTLD） は、人格変化、情動異常、言語障害などを特徴とする認知症の1つで、若年性認知症（65歳以下）の症例数としては、アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）に次いで2番目に多いとも言われています [1]。 この疾患は遺伝学的、病理学的観点から、筋萎縮性側索硬化症（Amy […]
【Rで作図】棒グラフにプロットを重ねる
最近はどのジャーナルからも「棒グラフにはプロットを重ねるように」と言われると思う。 私自身、プロットしていないと気持ちが悪い。 で、その方法 ↓ 棒グラフにプロットを重ねる 棒グラフだけだと mean とかのデータを使うけど、プロットを重ねる時はボックスプロットなどと同じ様に生データのデータフレームを使う。 （コード内では、表の上にもっていきたい方を後ろの方に書く。） 棒グラフの部分は、 stat […]
リコンビナントのタウでも本物に近い構造の凝集体が作れる
タウは微小管結合タンパクで、その異常凝集体はアルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の主要病理の1つと言われています。 他にも、前頭側頭型認知症（frontotemporal dementia, FTD）、進行性核上性麻痺（Progressive supranuclear palsy, PSP）、cortico basal degeneration（CBD）、 […]
【Rで作図】x軸ラベルを斜めにする
下記グラフのx軸ラベルを斜めにしたい場合。 theme(axis.text.x = element_text(angle = 角度, hjust = 高さの調節)) を追加する。 theme(axis.text.x = element_text(angle = 45)) angle だけ指定すると、文字は真ん中で回転する。 なので、高さも指定。 theme(axis.t […]
閉経後の女性に朗報？FSHを抑えてアルツハイマー病を防ぐ
この投稿はパスワードで保護されているため抜粋文はありません。
【Rで統計】F検定とt検定
等分散の検定 データが等分散かどうか、F test で検証。 var.test(グループ1, グループ2) var.test(Tg$NFT, WT$NFT) アウトプットは下記↓ output F test to compare two variances data: Tg$NFT and WT$NFT F = 4.3765, num df = 5, denom df = 5, p- […]
変異GCaseはシャペロン介在性オートファジーを阻害する
ゴーシェ病の原因遺伝子 GBA1。 GBA1 はリソソーム脂質加水分解酵素グルコセレブロシダーゼ（Glucocerebrosidase, GCase）をコードする遺伝子で [1] 、GBA1のホモ変異でGCaseの活性が低下し、基質のグルコセレブロシドが肝脾、骨髄、脳内などに蓄積し重篤な症状をきたします。 この変異をヘテロで持つキャリアの人達は、ゴーシェ病への罹患は免れますが、晩年パーキンソン病（ […]
【Rトラブルシュート】Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’
パッケージ “ggsignif” をインストールしようとして、 install.packages(ggsignif) と入れて実行したら下記エラーメッセージ↓ Error in library(ggsignif) : there is no package called ‘ggsignif’ なので、下記ページを参照して、 install.packages("remotes […]
タウのインターラクトームマップ
タウは、アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の主要病理の1つである神経原線維変化（neurofibrillary tangles, NFT）の構成タンパクの1つで、これまでに色々なタンパクとの相互作用が報告されてきました [1, 2] が、 生理状態のタウと変異タウとでインターラクトームを直接比較した研究はあまりありませんでした。 今回、アメリカ・Glad […]
Alzforum: 2021年のまとめと2022年の展望
今年に入ってから、身内の手術やメンターの他界などであまり頭が働かず、論文もアブストをさらっと見るだけで、内容をまともに読めていませんでした。 でも、このまま停滞していても良くないので、一人抄読会を再開しようと思います。 仕切り直しの初回は、論文ではなく Alzforum から。 先月に投稿されていた2021年のまとめ記事で、頭を整理し直したいと思います。 Aβ抗体による治療 アデュカヌマブ（Adu […]
【Excelマクロ／VBA】Can’t Execute Code in Break Mode
家で作ったVBAをクラウドに上げて、職場で実行しようとした時に出てきたこの表示。 あれ？と思って調べた時の備忘録。 前置き：別の場所で作ったVBAの参照元を変更した まず、クラウドに上げておいたVBAは、自宅PCの保管場所を指定しているはず。 試しにそのまま RUN したら、普通にストップした。 VBAを開いて、下記部分のデータ参照先を 新たに保存したフォルダに変更。 フォルダの場所は、下記方法で […]
【Rで作図】x軸の順番を変更
下記のようにグラフを作った。 # bar graphs factor(Data_NFT_sum$Region, levels=c("Ipsi-Hipp", "Ipsi-Ctx" , "Cont-Hipp" , "Cont-Ctx" )) Data_NFT_sum %>% ggplot(aes(x = Sex, y = mean_NFT, fill = Group)) + geom_col(posi […]
【Excelマクロ/VBA】マクロ実行ボタンの設置
ボタンをポンっと押すだけで自動でマクロを実行できるようにしたい……という場合。 こんな感じでボタンを作っておくと便利 ↓ マクロ実行ボタンの設置 １．「開発」タブ → 「挿入」→ 「ボタンマーク」を選択。 ２．任意の場所にボタンを挿入する。 ３．どのマクロを実行するか選択。 ４．できあがり。ボタンを押すと、指定したマクロが実行される。 複数のマクロ毎にボタ […]
【Rで作図】エラーバーを追加する
とある棒グラフを作成。 このグラフにエラーバーを付けたい場合、 geom_errorbar() を追加する。 エラーバーをつける 標準偏差（standard deviation, SD） SDは、 dplyr::summarise(新規作成列名 = sd(参照データの列)) で求める。 dplyr::summarise(mean = mean(Data), sd = sd(Data)) で、このS […]
【Excel】数式を列全体に一括で適応
普段からオートフィルにはお世話になっているけど、100セル以上とかオートフィルするのは、地味に時間がかかる。 ので、数式を列全体（とか長いセルとか）に一瞬でオートフィルする方法↓ 数式を列全体に一括で適応 方法１：数式を先に入れておく方法 例えば、下記のように、S7に数式を入れておいて、S100くらいまで相対参照でコピーしたい場合。 １．S7に数式を入れる。 ２. 「Ctrl + G」もしくは「F […]
【Rで作図】グラフタイトル、x軸、y軸、レジェンドタイトルを変更する
下記の様に棒グラフを作成。 # bar graphs Data$Group <- factor(Data$Group, levels=c("WTM", "PdM" , "WTF" , "PdF" )) Data$Region <- factor(Data$Region, levels=c("Ipsi-Hipp", "Ipsi-Ctx" , "Cont-Hipp" , "Cont-Ctx […]
【Excelマクロ/VBA】Personal Macro Workbook in Startup Folder must stay open for recording
マクロを登録しようとしていたら、下記表示が出て先に進めなくなった。 Personal Macro Workbook in Startup Folder must stay open for recording ……ちょっと前に別のウィンドウを消していってて、誤って Personal Macro Workbook も消してしまったらしい。 で、再度 open させる方は下記。 &nbs […]
進行の早いアルツハイマー病のタウの構造の違いを間接的に検証
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）は、認知症をきたす疾患の中で最も症例の多い疾患ですが、同じADでも、10年以上かけてゆっくり進行するタイプもあれば、発症から数ヶ月～1年程度で急激に症状が悪化するタイプもあり、その臨床経過は様々です。 以前より、発症から2－3年以内に急激に臨床症状が悪化し、死亡してしまうタイプのADを「急性進行形AD（rapid pro […]
【Rデータ整理】列の順番を並び替える：select
データフレームの列の順番を並び替える時は、列選択で使用する dplyr::select を使う。 例えば、下記の様なデータフレーム（データ名: Dat1）があって、 これを左から 「Sex -> Genotype -> Region -> Area -> NFT -> FN -> それ以外の列」 とゆーふーに並べ変えたい場合、 dplyr::select(Dat […]
【ファイルエクスプローラー】拡張子を表示
普段隠れているファイルの拡張子。 時々表示させて確認したり、拡張子を変更したりしたい。 ……そんな時には、 ファイルエクスプローラーの「表示」タブ→「表示／非表示」にある「ファイル名拡張子」にチェックを入れる。 ・ ・ ・ 拡張子が表示される。
Aβ38が多いと認知機能低下がマイルド
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の主要病理の1つ、アミロイドβ (Amyloid beta, Aβ) 。 Aβは、アミロイド前駆蛋白 (Amyloid precursor protein, APP) から、まずβセクレターゼでN側が切断され（β切断）、次にγセクレターゼでC側が切断され（γ切断）、Aβとして細胞外に分泌されます [1, 2]。 この […]
【Rで作図】ggplot の基本概念
ggplot (ggplot2) では色々なグラフがかけるけど、基本概念は「レイヤー構造」で作る、という事。 イメージは photoshop や illustrator のレイヤーと似てる。 ggplot() でグラフ作りを始め、 aes() でx, y 軸などを決定し、 その上に追加要素としてレイヤーを重ねていくイメージ。 できたグラフは ggsave() で出力する […]
【Excel】01, 001…という形で記入する方法
エクセルで、「01」と記入しても、自動的に「1」と変換されて困る事がある。 特に、ID番号とか付けたい場合は、順番がずれないように「01」とか「001」にしたい。 この場合は、「書式設定」を変更する。 01, 001… という形で記入する方法 問題のセル（もしくは行や列）を選択し、 右クリック（もしくは「Shift + F10」）。 「セルの書式設定（Format Cells̷ […]
Aβがp181タウとp217タウを誘導する
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の２大病理といえば「アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）」と「タウ」ですが、 この２つの病理はどちらが先か、という議論は以前から続いていました。 １０年以上前までは「アミロイド仮説（Aβ → タウ）」が主流で、Aβがタウをリン酸化する経路も多く報告されました [1] 。 その後、「 […]
【Rデータ整理】ちょっとした集計：dplyr::summarise
データフレーム内の合計や平均値などを求める時、Rでは「aggregate関数」が用意されているけど、比較的作業時間がかかるため、「dplyr::summarise」の方が良さげ。 ちょっとした集計：dplyr::summarise 全体での平均値を出す場合 例えば、下記テーブル “Data” の “FN” と “NFT” の列 […]
【Excel】セルをドラッグできなくなったら……
ある時期から、自宅PCのエクセルでセルのドラッグができなくなった。 オートフィルとか、ページセクションとか、トラックボールでできなくって結構不便……。 で、知らべたら解決方法が。 セルをドラッグできるようにする設定方法 １．「ファイル（File）」 ２．「オプション（Options)」 ３．「詳細設定（Advanced）」 ４．「フィル ハンドルおよびセル […]
【CPSを上げたい！】色々なクリッキング法のアンケート結果：中間報告
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加齢による炎症増加のメカニズムに核ラミナの減少が関与
加齢による慢性炎症は、アルツハイマー病やパーキンソン病などの神経変性疾患と密接に関係しており、 炎症がこれら変性疾患の二次的変化だけでなく、増悪因子として働く事は周知の事実だと思います。 でも、どうして歳をとると慢性炎症が起こりやすくなるのでしょうか？ 今回、アメリカ・MDI生物学研究所の Dr. Samuelらのグループは、 「加齢により各ラミナが減少し、それによって炎症遺伝子の発現が上がる」 […]