2022年 今年のブレイクスルー研究（Science）
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年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 帰国後、臨床が忙しすぎて一人抄読会も全くできていませんでしたが、やっぱり Sience誌の Breakthrough of the Year だ […]
Year: 2022年
サンタさん問題-2022
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日本に帰国後、初めてのクリスマスです。 毎年、何らかのサンタさん問題に直面する子ども達。 今回の課題は、「サンタさんは、自分たちが日本に帰って来たことを知っているかどうか」でした。 次男（7歳）「僕はサンタ […]
【Rデータ整理】列の抽出／削除／並び替え：select
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例えば下記データ（Data_c）がある。 X ID Cohort Sex Age ADNC 1 1 232493 LBD Male 83 Low 2 2 326342 AD Male 78 High 3 3 326322 […]
【Rデータ整理】データの中身（構造）を確認する：str
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データをインポートしたらまず始めにする作業。 今回は、同じ階層にある"my_Data"というエクセルファイルをインポート library(readxl) Data_C <- readxl::read_xlsx(". […]
【Rデータ整理】１行目を列名に指定する：colnames
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下記のようなデータが得られて、 １行目の値を列名に宛てがいたい場合。 colnames() で列名を１行目に指定した後、１行目を削除する。 colnames(df7) <- df7[1,] df7 <- df […]
Words of Wisdom：by 同室のポスドク
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少し前にラボのみんながお別れ会を開いてくれましたが、それ以外にも多くの方々から、個別に食事に誘ってもらったり、時間をとってミーティングをしてもらったり、手紙をもらったりしました。 それらの中で、特に今後の成長の糧になりそ […]
Words of Wisdom：by 創薬部門PI
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少し前にラボのみんながお別れ会を開いてくれましたが、それ以外にも多くの方々から、個別に食事に誘ってもらったり、時間をとってミーティングをしてもらったり、手紙をもらったりしました。 それらの中で、特に今後の成長の糧になりそ […]
【Rデータ整理】行の並び替え：arrange／order／sort
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下記のようなデータフレーム(df)があり、行を昇順or降順で並べ替えたい時。 私が使いやすいと思う順で arrange() , order , sort() の使い方を書き留めておく。 dplyr::arrange() […]
Words of Wisdom：by 新ディレクター
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少し前にラボのみんながお別れ会を開いてくれましたが、それ以外にも多くの方々から、個別に食事に誘ってもらったり、時間をとってミーティングをしてもらったり、手紙をもらったりしました。 それらの中で、特に今後の成長の糧になりそ […]
【Rデータ整理】データフレームの行と列を入れ替える：t／as.data.frame
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下記のようなデータがあって、行と列を入れ替えたい場合。 t(データ) でOK。 df6 <- t(df5) ただこれだと行列で返ってくるので、 > class(df6) [1] "matrix" "array […]
Words of Wisdom：by ホープ助教
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少し前にラボのみんながお別れ会を開いてくれましたが、それ以外にも多くの方々から、個別に食事に誘ってもらったり、時間をとってミーティングをしてもらったり、手紙をもらったりしました。 それらの中で、特に今後の成長の糧になりそ […]
【Rデータ整理】重複する列を削除：distinct
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下記のようなデータがあって、 "Deceased" が "True" と "False" と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか count(group_by()) で求めると、 Dat1 <- rea […]
久しぶりの個人ミーティング－３
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数ヶ月に及んだマウスの手術も一区切りつき、私は久しぶりにPIとの個人ミーティングをセッティングしてもらいました。 それまでの数ヶ月間は、２種類の手術や行動解析などで、ほとんど時間が取れず、私は個人ミーティングにもグループ […]
【Rデータ整理】特定の条件を満たす行数をカウント
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例えば、下記のようなデータがあって、 "Deceased" が "True" と "False" と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか知りたい時。 count(group_by()) で求める。 Dat1 […]
メモリアルシンポジウム当日
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バタバタしながら迎えた金曜日。 午前中には、プレゼンテーター達の何人かがラボを訪れると聞いていましたが、私にはちょっとお腹いっぱいだったので、ラボには顔を出さず、ちょっと遅れて出勤し、直接会場に向かいました。   […]
【ImageJ/Fiji】イメージサイズ（解像度）を変更
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コントラストの変更、切り抜きを行った後に、イメージサイズを変更する。 イメージサイズの変更 スタート時点でのイメージサイズは、200 px ✕ 200 px。 これをサイズダウンしてみる。 Image > Adju […]
【Rで作図】グラフの背景を変更する
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下のようなグラフがあって、この背景を変更したいとき。 themeで変更する。 グラフの背景の変更 白 theme_classic() グレー＋格子（白） theme_gray() 白＋格子（グレー） theme_bw() […]
【Rで作図】レジェンドのタイトルを消す
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ggplot2でグラフを作っていて、「レジェンドは要るけど、レジェンドタイトルは消したいな」と思って消した時の備忘録。 使う関数は「theme」のlegend.title = element_blank。 theme(l […]
【ImageJ/Fiji】画像の切り抜き
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前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する（今回は、 […]
メモリアルシンポジウム前夜
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故Co-PIのメモリアルシンポジウム前夜。 招待されたプレゼンテーター達が集まって食事会が開かれました。 昼間はオサレ服でマウスと戯れ 「何を着ていけば……」 と、朝から悩みました。スーツ？ドレス？普段着？ よくわからな […]
メモリアルシンポジウム前々日
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先月末で、予定していたマウスの手術が全て終了し、やっと一息ついて……と言いたいところですが……相変わらず追われていますorz... ちょっと頭を整理するために何に追われているか洗い出してみると、 プライベート 引っ越しに […]
【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更
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Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。 （論文ではMethodsに記載する必要がある。） 画像の取り込みと確認 生データをFijiで取り込む 顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。 （今回は […]
Farewell Party
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ラボの最終日が近づいてきたある日の事、同僚達が私達夫婦のFarewell Partyを開いてくれました。 当日は、PIがピザを注文してくれて、有志の人達が手作りのお菓子やジュースを持ってきてくれました。 午 […]
ジャーナルから “photoshopで画像のコントラストを調節したら駄目ですよ” と指摘された件
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先日、投稿先のジャーナルから 「レビューアーのレビューは終わったんだけど、ジャーナルのルーチンチェックで画像に懐疑的な問題が指摘されたので、対応してください。」 という旨のメールが届き、一気に心拍数が上昇しました。 ―― […]
【Rで作図】facet のタイトルのフォントサイズを変更
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グラフを作っていて、「Facetのタイトルのフォントサイズを変更したい」と思って消した時の備忘録。 themeに"strip.text = element_text(size = ○○)"でサイズを指定すればOK。 th […]