2022年 今年のブレイクスルー研究（Science）
年の瀬、各誌この１年のブレイクスルーや来年の展望etc.をまとめています。 帰国後、臨床が忙しすぎて一人抄読会も全くできていませんでしたが、やっぱり Sience誌の Breakthrough of the Year だけはまとめておきたいかな……と思い、筆をとりました。 2022 BREAKTHROUGH OF THE YEAR 宇宙望遠鏡 JWST の華々しいデビュー 今年のブレイクスルーに選 […]
YEAR
2022年
【Rデータ整理】１列目を行名に指定する：rownames
例えば、下記データフレームを作る。 # データフレームを作成 df <- data.frame( x = c("A", "B", "C"), y = c(1, 3, 5), z = c("Apple", "Banana", "Cherry") ) # データフレームを表示 print(df) output > print(df) x y z 1 A 1 Apple 2 B 3 Bana […]
【Rデータ整理】列の抽出／削除／並び替え：select
例えば下記データ（Data_c）がある。 X ID Cohort Sex Age ADNC 1 1 232493 LBD Male 83 Low 2 2 326342 AD Male 78 High 3 3 326322 LBD Female 75 Low 4 4 219018 LBD Male 74 Low 5 5 326217 AD Male 78 High 6 6 324906 LBD Ma […]
【Rデータ整理】データの中身（構造）を確認する：str
データをインポートしたらまず始めにする作業。 今回は、同じ階層にある”my_Data”というエクセルファイルをインポート library(readxl) Data_C <- readxl::read_xlsx("../my_Data.xlsx") str()でデータの中身を確認する。 str(Data_C) output tibble [1,052 × […]
【Rデータ整理】１行目を列名に指定する：colnames
下記のようなデータが得られて、 １行目の値を列名に宛てがいたい場合。 colnames() で列名を１行目に指定した後、１行目を削除する。 colnames(df7) <- df7[1,] df7 <- df7[-1,]
【Rデータ整理】行の並び替え：arrange／order／sort
下記のようなデータフレーム(df)があり、行を昇順or降順で並べ替えたい時。 私が使いやすいと思う順で arrange() , order , sort() の使い方を書き留めておく。 dplyr::arrange() 関数 arrange() はdplyrのパッケージの中に入っている。 install.packages("dplyr") library(dplyr) 昇順で並べ替え 方法は、 a […]
【Rデータ整理】データフレームの行と列を入れ替える：t／as.data.frame
下記のようなデータがあって、行と列を入れ替えたい場合。 t(データ) でOK。 df6 <- t(df5) ただこれだと行列で返ってくるので、 > class(df6) [1] "matrix" "array" > is.data.frame(df6) [1] FALSE as.data.frame でデータフレームに戻す。 > df7 <- as.data.fram […]
【Rデータ整理】重複する列を削除：distinct
下記のようなデータがあって、 “Deceased” が “True” と “False” と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか count(group_by()) で求めると、 Dat1 <- read_xlsx("./Data/test.xlsx") %>% rename(OldestCDR = ' […]
【Rデータ整理】特定の条件を満たす行数をカウント
例えば、下記のようなデータがあって、 “Deceased” が “True” と “False” と入力されている症例がそれぞれどれくらいずつあるか知りたい時。 count(group_by()) で求める。 Dat1 <- read_xlsx("./Data/test.xlsx") %>% rename(Olde […]
【ImageJ/Fiji】イメージサイズ（解像度）を変更
コントラストの変更、切り抜きを行った後に、イメージサイズを変更する。 イメージサイズの変更 スタート時点でのイメージサイズは、200 px ✕ 200 px。 これをサイズダウンしてみる。 Image > Adjust > Size 目的のイメージサイズになるように、Width (px) と Height (px) を設定する。 今回は、300 dpi で 0.5 inch の大きさに […]
【Rで作図】グラフの背景を変更する
下のようなグラフがあって、この背景を変更したいとき。 themeで変更する。 グラフの背景の変更 白 theme_classic() グレー＋格子（白） theme_gray() 白＋格子（グレー） theme_bw() 白＋格子（黒） theme_linedraw() 白＋格子（薄墨） theme_light() ダークグレー＋格子 theme_dark() 白＋格子（外枠なし） theme_m […]
【Rで作図】レジェンドのタイトルを消す
ggplot2でグラフを作っていて、「レジェンドは要るけど、レジェンドタイトルは消したいな」と思って消した時の備忘録。 使う関数は「theme」のlegend.title = element_blank。 theme(legend.title = element_blank()) 無事に消えた。 全体のコードは下記。 ggplot(Data2, aes(x = Age, y = `XX posit […]
【ImageJ/Fiji】画像の切り抜き
前回コントラストを調節した画像から、一部分を切り抜いてみる。 切り取る部分を選択 rectangle ツールで切り取りたい部分を選択する。 この時、ツールボックスの表示を確認しながら、目的の大きさ、形を選択する（今回は、縦と横のアスペクト比が１：１になるように。） 画像の切り取り 選択できたら、Image > Crop (Ctrl + Shift + X) で切り取り。 切り取られた画像は、35. […]
【ImageJ/Fiji】画像のコントラストを変更
Fiji/ImageJで画像のコントラストを変更する。 （論文ではMethodsに記載する必要がある。） 画像の取り込みと確認 生データをFijiで取り込む 顕微鏡で撮影した画像の生データをFijiで取り込む。 （今回は、cziファイル。撮影は16bitで撮影し、16bitのまま編集、最後にRGBに置換してtifで保存する。） 最初のディスプレイは何もチェックせず、”OK” […]
【Rで作図】facet のタイトルのフォントサイズを変更
グラフを作っていて、「Facetのタイトルのフォントサイズを変更したい」と思って消した時の備忘録。 themeに”strip.text = element_text(size = ○○)”でサイズを指定すればOK。 theme(strip.text = element_text(size = 20)) size=20で追加してみたら、フォントサイズが大きくなった。 &nbs […]
【Photoshop】矢印つきのラインを描く
この間、フォトショで矢印ラインの描き方を忘れていたので備忘録。 １．ツールバーでラインを選択。 ２．画面上に出てくるオプションツール（なければ、Window → Option で表示させる。）で、ラインが選択されていることを確認し、右の歯車マークを選択。 ３．”Arrowheads” で、始点もしくは終点（あるいは両方）にチェックを入れ、下のオプションで太さや長さなどを調 […]
【Rで作図】レジェンドを消す
グラフを作っていて、「レジェンド要らないな」と思って消した時の備忘録。 方法はいくつかあるけど、使い勝手が良かったのは、themeに “legend.position = “none”を追加する方法。 theme(legend.position = "none") これで、レジェンドが消えて、その分グラフの専有面積が水平方向に拡大した。 全体の […]
低複雑性ドメインのアミノ酸主鎖同士の水素結合が、特定のタンパクの液液相分離および凝集化に関与
タンパク質は、通常、２０種類のアミノ酸がバランス良く含まれている事が多く、それらのタンパク質はAnfinsenのドグマに従い、特定の構造に折りたたまれます。 しかしながら、20%程度のタンパク質の中には、限られた種類のアミノ酸のみで構成された領域がみられ、これらは低複雑性ドメイン（low-complexity domain, LCD）と呼ばれています。 このLCDは、細胞内での液液相分離（liqu […]
【Rトラブルシュート】csvで書き出すとき遭遇したトラブル
あるコードをcsvで書き出し、 # CSV で書き出し write.csv(Data, "file_name.csv", row.names = FALSE) それを別アプリで開こうとすると、下記エラーメッセージが出現した。 でも、エクセルから保存した csv ファイルは普通に work する……。 で、Rから write.csv() で出力したファイルをエクセルで開き、そのまま . […]
タウの “マスター” リン酸化部位
Alzheimer’s disease（AD）の主要病理の一つ、過リン酸化タウ。 タウには、リン酸化、ユビキチン火、アセチル化、メチル化、SUMO化、糖化……と、様々な翻訳後修飾（post-translational modification, PTM）が報告されており [1]、ADにおけるPTMの経時変化についても、色々と調べられてきました [2]。 その中でも特にリン酸化タウに関し […]
【Rトラブルシュート】the condition has length > 1 and only the first element will be used
R で if 構文を使うときに時々遭遇する下記エラーメッセージ。 the condition has length > 1 and only the first element will be used 例えば、下記のようなデータフレームで、 “Region” 列の “Ctx-” の “-” だけ取り除きたいと思った時、 […]
アンダーライン色々：通常下線、太め、マーカー風、波線、２重線
文字に下線を引く際の色々。 普通の下線: <u> 普通の下線だったら <u> で。 <u>下線を引きます</u> output 下線を引きます 下線のバリエーション①: border-bottom 下線部を太くしたり、色を変えたり etc.には、 <span style="border-bottom:> で色々設定してあげると良い。 例え […]
【Rで統計】カイ二乗検定
カイ二乗検定とは カイχ二乗検定というと、一般にピアソンのカイ二乗検定を指す事が多い。 仮説によって、適合度検定や独立性の検定などがある。 基本はｔ検定と似ているけれど、ｔ検定が「２つの群の連続変数（numerical variable）の平均値の比較検定」（帰無仮説（null hypothesis）は、「平均値に差がない」）を検証するのに対して、 カイ二乗検定は「２群間のカテゴリカル変数（cat […]
“細胞外” のAβプラークの起源は “細胞内” のオートリソソームだった
「オートファジー」は、生態系の恒常性を維持する為になくてはならないものであり、アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）を含む数々の変性疾患でオートファジー機能障害との関連性が示唆されています [1]。 ミスフォールドされたタンパクは、ユビキチン・プロテアソーム系（ubiquitin proteasome system, UPS）やマクロオートファジー、シャペロ […]
【RMarkdownトラブルシュート】openBinaryFile: permission denied (Permission denied)
前回、”openBinaryFile: invalid argument” の問題は絶対パスを指定することで解消したけど、 次に出てきたエラーメッセージは、 openBinaryFile: permission denied (Permission denied) あれ？なんで拒否られるの？ と思いながら検索すると、下記に答えが。 This might see […]
【RStudio】基本言語を変更
この間、R と RStudio でバグが起こって全インストールし直したら、エラーメッセージが日本語に変わっていた。 どうやら、再インストールする時に疲れていて言語選択をスキップしてたみたい……。 別に日本語でも良いのだけれど、英語に慣れてしまったので、下記指示を入れて英語に変更。 Sys.setenv(LANG = "en") 無事、英語に戻せた。
【トラブルシュート】package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace と Error in app$vspace(new_style$`margin-top` %||% 0) : attempt to apply non-function
ある日、Rを使っていて、突然 “tidyverse” が使えなくなった。 Error: package or namespace load failed for ‘tidyverse’ in loadNamespace まずは下記に倣って、 “rlang” の再インストールを試みた。 remove.packages("rlang") i […]
【Rデータ整理】クロス集計表
カテゴリデータの集計表⇔データフレームの切り替え。 クロス集計表 例えば、 運動あり 運動なし 認知症あり 10 15 認知症なし 20 5 のようなデータの集計表を作る時。 基本は行列で作る。 行列（matrix）で作る場合 行列で作る場合は下記。 # クロス集計表を作る x < matrix(c(10, 15, 20, 5), byrow=TRUE, ncol=2) dimnames(x […]
【Rトラブルシュート】 attempt to set ‘colnames’ on an object with less than two dimensions
列名を変更しようとして colnames() を使った時に下記エラーメッセージ。 attempt to set ‘colnames’ on an object with less than two dimensions 下記フォーラムの回答によると、 列名の数が足りないときにこのエラーメッセージが出てくる様子。 ……そうだった。colnames だと、全部の […]
【RStudio】RStudio Cloud を使う
私は、自宅PCと職場PCの２箇所でRStudioを利用していますが、時々データをクラウドに上げ忘れたりして困る事があります。 リモート接続で自宅PC⇔職場PCに入り、リモートでデータをクラウドに上げる、という方法で対処していますが、時々職場のセキュリティにかかることも……。 という事で、この機会に RStudio Cloud を使ってみる事にしました。 RStudio Cloud と […]
【Rトラブルシュート】Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer
今までサクサク動いていたコードで、カラーコードだけ変更したつもりでRUNしたら、最後にグラフを ggsave で保存する時に下記メッセージ↓。 Error in seq_len(n) : argument must be coercible to non-negative integer 下記フォーラムの回答によると、 数値が来るべき所に文字列とかNAとか、別のものが紛れ込んでいると出てくるメッセ […]
【Rデータ整理】tidy data に変換する
↑ これは見やすいけど、Rで計算する場合は tidy data じゃないのでちょっと困る。 これを、Rに取り込んで、tidy data に変換する方法。 tidy data と messy data については、多くのサイトで詳しく紹介されているので、ここでは割愛。 データの取り込み まずは、もらった “Fig044_BlMSA03-2dHipp.xlsx” という名前の […]
【R Markdown】エラーが起こっても中止しない方法
通常、エラーが起こったらRは処理を停止するけれど、人へのチュートリアルなどの時は、エラーを見せたい時もある。 そんな時は、 error = TRUE をチャンクオプションに加える。（通常は FALSE になっている。） ```{r, error=TRUE} 1 + "a" ``` アウトプットでは、下記のようにエラーの説明が入る。 Error in 1 + “a”: non […]
PAAN/MIFをターゲットにしてパータナトスを阻害すると、パーキンソン病を防ぐことができる……か否か
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【Rトラブルシュート】’list’ object cannot be coerced to type ‘double’
３行目をcolnamesにする前に “for” を使って名前を順に変更していくことにした。 # 3行目のIDを変更 for(i in 3:6){ Dat1[3,i] <- paste("M_NFT_",c(i-2)) } for(i in 7:10){ at1[3,i] <- paste("M_DN_",c(i-6)) } for(i in 11:14){ Da […]
【Rで統計】二元配置分散分析：One-way factorial ANOVA
二元配置分散分析の求め方。 “二元” の “２” は、「目的変数に影響を与えるかもしれない因子型の説明変数が２つある」とゆーこと。 例えば下記の例。 基本事項は一元配置分散分析と同じだけれど、二元配置分散分析では、どのタイプの平方和を選択するかで結果が変わってくることがある。 分散分析の前提条件は下記３点。 N数が十分に多 […]