【Rデータ整理】文字列の追加：mutate／transform
データフレームに列を追加する時の方法２つ。 dplyr::mutate() 普段は dplyr パッケージの dplyr::mutate() を使っている。 文字列は ” ” で括って追加する。 mutate(列名 = c("文字列１", "文字列２",....), データフレーム名) base::transform() Rの標準パッケージだと、 transform() を […]
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2021年10月
FDG-PETは、神経変性だけじゃなくミクログリアの糖代謝も反映していた
先日に引き続き、ミクログリアのイメージングのお話。 アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の診断をつける上で、画像データは欠かせませんが、だいたい single-photon emission computerized tomography (SPECT) か、2-Deoxy-2-[18F]fluoro-D-glucose positron emission […]
【Rデータ整理】文字列の結合：str_c／paste／paste0
文字列を繋げるときには、paste(), paste0(), str_c()などを使う。 paste()とpaste0()は、Rの標準パッケージ（base）。 str_c()は、stringrパッケージの関数。 baseとstringrの違いの詳細は、下記参照。 以下、それぞれの使い方と、使用例、ポイントの比較等のまとめ。 paste() paste()は、文字列を結合する最も基本的な関数。スペー […]
【Illustrator】特定のオブジェクトをまとめて選択し、個別に変形する
久しぶりにイラストレーター。 例えば、下のようなグラフの「ドットの大きさだけ大きくしたいなー」と思った場合、 同じ性質のオブジェクトを選択 個別に変形 機能を使えば簡単に変形できる。 同じ性質のオブジェクトを選択 １．ドットの一つを選択し、「選択」タブから「共通」を選択。 ２．変更したいオブジェクトに共通な性質を考え、 塗りと線 カラー（塗り） 不透明度 カラー（線） 線幅 などを選択する。 今回 […]
活性化ミクログリアがタウ病理の広がりを介在する……かも
アルツハイマー病（Alzheimer’s disease, AD）の代表的な病理といえば、 アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ） タウ 神経炎症 血管病変 神経障害 などが挙げられるかと思います。 これらの変化をリアルタイムで見る方法として、AβやタウのPETトレーサーが開発されてきました。 そして、最近は神経炎症の変化を追うため、活性化ミクログリアをターゲットとしたトレー […]
【Rトラブルシュート】longer object length is not a multiple of shorter object length
“longer object length is not a multiple of shorter object length” のエラーメッセージが出たら、 それは、指示したベクター同士の長さがあっていないという事。 例えば、 x = c(1,2,3,4,5) y = c(1,2,3,4,5,6,7,8) z = x + y と指示した場合、ベクターxとベクターyの長さ […]
グリアを神経に変えて病気を治す……という論文には間違いがあったらしい
以前このブログで、「グリアに遺伝子改変操作を加えて機能性ニューロンに変化させる」という内容の論文を紹介しました。 上記2つはマウスのPtbp1をノックダウンしてアストロサイトをニューロンに変える [1, 2] という方法 でしたが、 他にもNeuroD1を過剰発現させてニューロンに変える [3, 4, 5] という方法もあります。 両者とも主に中国からの報告が多く、「最近の中国は凄いな」と思ってい […]
【Rデータ整理】文字列の中に数式を入れたい場合：str_c／paste
例えば作表の際、列名に「(N = 数字)」という情報をいれたくて、数値は計算式で出したい場合、 stringr::str_c() 文字列操作はstringr パッケージで。 stringr の特徴 処理速度が速い。 関数が全て “str_” で始まる。 パイプ（%>%）で連鎖しやすい。 R標準にはない機能も色々追加されている。 stringr パッケージは tidyv […]
タウフィラメントの構造でタウオパチーを分類する
クライオ電子顕微鏡法（cryo-electron microscopy, cryo-EM）でのフィラメント構造解析については、このブログでも何回かとりあげました。 主に、イギリス・MRC分子生物学研究所の Dr. Goedert、Dr. Scheres らの研究グループからの報告が多く、ここ数年の間にタウオパチーやシヌクレイノパチーのフィラメント構造を次々と解明してきました。 今回彼 […]
【Rデータ整理】NAを無視して計算する：na.rm = TRUE
Rにはベクトル専用の関数が多く用意されている。 例えば、 sum() ：合計を求める mean() ：平均値を求める median() ：中央値を求める etc. この時注意したいのが、データフレーム内に「NA」があると、計算結果が全て「NA」になってしまう。 この現象を回避するため、 「ベクトルに含まれている NA を無視する」 という指示を記載しておくと良い。 na.rm = T […]
【R Markdownトラブルシュート】Run All Chunks Above が使えなくなった件
ある日、今までサクサク動いていた “Run All Chunks Above” ボタンが、全く反応しなくなりました。 Ctrl+Alt+Shift+P を押してもダメだし、 右上の、”Run” タブから “Run All Chunks Above” を選択してもダメ…… “Run Current Ch […]
ミクログリアはナノチューブを介して、お隣さんにα-synをおすそ分けする
ミクログリアは脳内のお掃除屋さんで、アミロイドβ（Amyloid beta, Aβ）、タウ、αシヌクレイン（α-synuclein, α-syn）など、神経変性疾患に関わる様々な病的蛋白を貪食・分解・除去してくれています。 でも、ミクリグリアにだってキャパシティがあり、あまりにたくさんの病的蛋白を処理しなければならないと、お腹いっぱいですぐにキャパ超えしてしまいます。 そんな時、ミクログリア達はど […]
【Rデータ整理】2つの要素をまとめて、新しい列に追加する：fct_collapse
例えば、あるデータ（Data）内に Alzheimer’s disease neuropathologi change (ADNC) の項目があり、 そのデータフレームに ADNC=”Not” と ADNC=”Low” → ADcopth=”NotLow”、 ADNC=”IntermediateR […]
もっと大規模な、ADのGWAS解析
アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の90％は孤発性で、リスク遺伝子多型に関しては今までにも何度かゲノムワイド関連解析 (genome-wide association study, GWAS) が行われてきました。 今までで一番大きいGWAS解析では、71,880症例のAD群と383,378症例のコントロール群のGWAS解析で、29のリスク多型を報告 […]
【Rデータ整理】小数点以下を0.00とかに揃えたい場合
R で小数点第○○位まで出したい、というときは、Excel でもおなじみの Round 関数が使える。 round(データ, 桁数) round(0.12345, 3) output 0.123 ただこれだと、小数点以下の最後が 0 だった場合、0 より手前までしか表示されない。 round(0.12000, 3) output 0.12 これを、”0.120″ […]