早発性家族性アルツハイマー病の原因遺伝子：Upsala APP deletion
家族性アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) の殆どはAβ産生系の遺伝子に変異があり、10％はアミロイド前駆蛋白 (Amyloid precursor protein, APP) の遺伝子に変異が報告されています。 今回、スウェーデン・Uppsala大学の Dr. Ingelsson らの研究グループは、新たな変異として、APPのUppsala変異を報告し […]
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2021年9月
【RMarkdownトラブルシュート】Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names
R Markdown で Knit しようとしたら、下記 warning が出て止まった。 Error in match.names(clabs, names(xi)) : names do not match previous names コードをみると、rbind しようとしていた２つのデータの列の名前が一致していない……ということらしい……。 Data_all <- rbind(Dat […]
Wi-Fi が繋がらない場所で iPhone のインターネットが使えなくなったけど、見事に解決した件
ある時から、iPhone の通信マークがずっとぐるぐるして（spinning gear）、インターネットに繋がらなくなりました。 Wi-Fi に繋いでいたら普通に使えるので、問題は LTE/4G にあるよう…… 一般的な解決方法 ネットで調べると、同じような不具合に遭遇している人は多いようで、いくつか解決策が載っていました。 通信マークがずっとぐるぐるして繋がらない場合の一般的な解決 […]
CHAMP7の核内集積がNPC異常のきっかけになり、ALS特有のTDP-43異所性凝集を誘導する
筋萎縮性側索硬化症 (Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS) は、主に上位下位の運動神経が障害されていく疾患で、約10%が家族性、90%が孤発性に発症します。 ALSで同定されているものの中で最も多い遺伝子変異は C9orf72の6塩基反復配列の伸長で、家族性ALSの約40％、孤発性ALSの約8％に認められています。 C9orf72がALSを発症する機序の一つとして […]
【Rデータ整理】スコア “1+, 2+…” を数値 “1, 2…” に変換し、データ型を数値型に変更
相変わらず R でデータ整理中。 今回は、データベースに記載されている 1+, 2+ などのスコアを数値 1, 2… に変換し、データ型を数値型に変更する方法。 データベースから落としてきたときは、下記のようになっている。 これをそのまま R に取り込むと、文字列として認識される。 全ての文字列を数値化し、中央値とか出しておきたい。 データフレーム内の特定の文字列全てを数値に変換 まず […]
公開日・更新日の設定とGoogle 検索画面に「更新日」を表示させる方法
賢威8.0 では、投稿記事の日付を、 表示しない 投稿日と更新日を表示する 更新日を表示 投稿日を表示 の4種類から選択できる。 日記的要素が強いブログなら、「投稿日」の方が意味があると思うけれど、 情報発信系ブログなら、（読者は最新の情報を求めているので）「更新日」を表示したいところ。 「投稿日と更新日を表示する」にすると、記事内では両方表示されるけれども、Google の検索画面 […]
【Rベーシック】パイプ演算子：%>%
便利なパイプ演算子 %>% ……の覚書。 パイプ演算子とは パイプ演算子は、左辺のオブジェクトを右辺の関数に入れる機能を持つ演算子。 %>% %>%はtidyverseに含まれているパイプ演算子。%>%の左にあるデータを右の関数の第一引数に渡す役割を担う。 |> |>はR 4.1.0以降で備わっているパイプ演算子。 ・ ・ ・ 今回は […]
【Rで作図】EPSファイルやsvgファイルで出力
R は色々なグラフィックスが作れて嬉しくなる。 作成した図表をそのまま R Markdown で出力できるのも魅力の一つだが、場合によっては、別のソフトで編集したいときも。 私の場合、Figures 等を作るときの最終的な整形は illustrator を使っている。 この時、R のグラフを EPS ファイルでの出力が必須。 後の編集が断然しやすい。 EPS ファイルで出力する方法: […]
【Rで作表】tableoneで全てのカテゴリを表示する方法
医学臨床系論文の Table 1. は、たいてい “Patient Demographics”… その “Table 1” を作るために非常に便利な R パッケージ: tableone。 基本的な使い方は、下記参照 ▼ 今回はちょっと躓いたところと、その解決法を書き留めておく。 tableone を使う時に躓いた事とその解 […]
【Rデータ整理】列名とデータ型の変換
R にデータを取り込んで、そこから最初に行う作業の備忘録。 データのインポート 私は、データベースからエクセル (.xlsx) でデータを取得し、それを R に取り込む場合が多い。 エクセルの取り込みは、 readxl::read_xlsx(ファイル名.xlsx) で行う。 そのままファイル名を指定：同じフォルダ内にデータがある場合 R ディレクトリと同じフォルダにデータがある場合は、そのままファ […]
運動は認知機能低下を抑制できるー特に血漿中タウが高い人に効果的
運動がアルツハイマー病などの認知症予防に効果的であることは、このブログでも何度かとりあげました。 機序的にも疫学的にも、運動の認知機能に対するポジティブな効果は疑いようがないんじゃないかと思います。 でも運動の効果って、年齢や性別、基礎疾患などによって様々なような気がしますね。 今回、アメリカ・Rush 大学の Dr Desai らの研究グループは、血漿中のタウをバイオマーカーとして、運動の有無や […]
【Rデータ整理】データフレームの結合 : join
最近リバイスが返ってきて、データ整理に追われ中…… n数を増やす目的等で他から持ってきたデータを結合させた時の備忘録。 dplyr::join dplyr パッケージの join 関数を使う。 join 関数は４種類。 full_join inner_join left_join right_join この中で一番多く使っているのは left_join と full_join right_join […]
【PowerPoint】Adobe Acrobat のスクリーンショットを貼り付けた画像の解像度が悪いときにはコレ！
先日、同僚のプレゼンテーションで、Adobe Acrobat のスクショ機能を使って貼り付けたであろう画像がぼやけていたので、 改善方法を伝えたらとても感謝された。 個人的には最近ほとんど使わなくなった Adobe Acrobat のスクショ機能だけど、世の中にはコレで慣れていて、かつ彼女と同じような症状で悩んでいる人もいるかもしれないので、ここに方法を記録☆ Adobe Acrobat のスクリ […]
【Rトラブルシュート】”R code execution error”
ある時、R でコードを打つ度に、”R code execution error” という warning sign に遭遇するようになりました。 普通に仕事は進められるけど、警告の度に作業がストップされるので、ちょっと annoying… 対処法について調べると、下記に答えが。 R の再起動 (d.g. .rs.restartR()) […]
【Excel】グラフの形式（フォーマット）をコピーする
一つのテーマで複数のグラフを作るときには、フォーマットをあわせたくなるのが心情。 でも、一つ一つフォーマットを作り直していたら時間が勿体ない。 そんな時便利なのが、「グラフのフォーマットをコピペする」方法。 グラフのフォーマットをコピペする方法 例えば、下記のような２つのグラフを作製し、左にある ”Hippocampal Sclerosis” のグラフ形式を右にある ”Brain We […]
【Rデータ整理】データフレームの行名と列名を変更：rownames／rename／colnames
下記のようなデータフレームがあり、この表の行名（左側の列）と列名（一番上のヘッダー行）とを変更したい場合。 Estimate Std. Error Pr(>|z|) OR CI_low CI_high (Intercept) -1.160 2.883 0.687 0.31 0.00 89.13 Age 0.003 0.027 0.915 1.00 0.95 1.06 Sex 0.433 0. […]