ある遺伝子の発現量を、脳部位別、細胞別、細胞内小器官別で確認するサイト達
脳内にある、特定の遺伝子やタンパクの発現量をみるとき、いくつか方法があるけど、個人的によく使うサイトを書き留めておく。 主にはmRNAレベル。 脳の部位別発現量をみたいとき 使っているのは「Allen Brain Atlas」 マウスの場合 マウスのページを開く ページの検索欄に、確認したい遺伝子名を入れて「Search」をクリック。 coronal, sagital など、色々な in situ […]
MONTH
2021年8月
【Rトラブルシュート】unused argument
この間まで普通に動いていた下記コードが、突然エラー表示に。 Data_D <- readxl::read_xlsx("sample", guess_max=40000, range="A1:AK755") %>% rename(LATE = "TDP") output Error in rename(., LATE = "TDP") : unused argument (LATE = […]
【Excel】セルの中で改行する方法
この間、同僚から 「どうやったらエクセルのセルの中で改行できるの？」 と聞かれました。 普通に「Enter」を押すと、セルの中で改行せずに、下のセルに移動してしまいます。 「セル内で改行」したいときには、 「Alt + Enter」 を押すとOK。 ……凄く感謝されました。ラッキー ♪
社会から隔離されると睡眠不足になり過食にはしる……という事をハエで検証
COVID-19 で自宅待機が長らく続き、精神的に辛い日々を過ごされた方は多いんじゃないかと思います。 外を出歩けず、対面で人と話せず……社会的に隔離されたように感じていたかもしれません。 アメリカでは、COVID-19 で自宅待機が続く間、精神科受診が必要な人達が 30％ 以上上昇したというニュースもありました。 実際社会から孤立すると、脳内ではどのような変化が起こるのでしょうか？ 今回、アメリ […]
【VSCode】正規表現を使って置換
例えば、下記のようなコードで、 省略された小数点3桁目が「0」の場合にその「0」を追加したいと思った場合。 何万字の中から一つ一つ見つけ出して置換していくのは大変。 そんなときは正規表現を使ってサクッと置換する。 正規表現で検索 「Ctrl + F」で検索窓を出す。 検索窓の右側に正規表現のボタンがある。 ちなみに左から、 大文字と小文字を区別 単語単位で検索 正規表現を使用 のボタンになっている […]
海馬のリップル波は血糖値を調節する？
睡眠時、海馬で観察される脳波の一つにリップル波（sharp wave ripple）があり、学習直後の睡眠時に一過性に上昇して記憶の定着に関与することが知られています [1]。 また一方で、海馬は視床下部とのコネクションも強く、ホルモン調節にも関与しているのではないかと言われているそうです [2]。 今回、アメリカ・ニューヨーク大学の Dr. Tingley, Dr. Buzsáki らの研究グル […]
【賢威8.0】関連コンテンツユニット等の画像が「no image」となる事への対応：メイン画像に差し替える
Google AdSense の 関連コンテンツユニットを見ていると、メインページの画像が「no image」になっていた。 でも、賢威にサイト全体のアイキャッチ画像を設定する項目はない。 ……この「no image」画像を別のイメージに差し替える方法２つ。 方法１：OGPの共通画像の項目を設定 １. 「ダッシュボード → 賢威の設定 → SNS設定」 ２．「OGP の共通画像（アイキャッチがない […]
タウのオリゴマーはアストロサイトの老化および HMGB1 分泌を促し、神経障害や認知機能障害を悪化させる
神経変性疾患分野では、老化細胞 (senescent cells) への注目が集まっていると思います。 以前、老化したグリアを除去するとモデルマウスのタウ病理と認知機能が改善したという論文を紹介しましたが、 今回は、そのメカニズムに注目した論文。 アメリカ・テキサス大学の Dr. Kayed らの研究グループは、アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) や […]
【Excel】COUNTIF (COUNTIFS) で、A ∪ B（A集合 OR B集合）の数をカウントする
例えば、下記のように、臨床診断 (Clinical Dx) が PD (Parkinson’s disease), PDD (Parkinson’s disease with Dementia), DLB (Dementia with Lewy Bodies) の患者さん２０人のデータがあったとして、 Dementia with Lewy Bodies の患者さんの何人が病 […]
GABA受容体を持つミクログリアは抑制性シナプスを剪定する
ミクログリアが神経シナプスの剪定を行い、シナプスの再編や可塑性に重要な役割を果たしている事は周知の事実ですが、 その働きについては主に興奮性シナプスについて研究されてきました [1, 2]。 ただ、最近明らかになってきたように、ミクログリアには非常に広い多様性があり、それぞれのサブタイプによって働きが大きく異なります [3, 4]。 今回、アメリカ・ハーバード大学の Dr. Fishell らの研 […]
特殊記号のショートカットキー (Alt コード)
個人的によく使っている特殊記号 (Alt コード) の出し方備忘録。 単位 etc. Alt 0181 : μ (μg とかで使う。) Alt 0176 : ° (後ろに C を打って ℃ にする。) 遺伝子や名前 etc. Alt 916 : Δ (大文字デルタ、欠損とかのときに使う。) Alt 0248 : ø (ファージ。マクロファージとか。) Alt 964 : τ (半減期のタウ。タウ蛋 […]
言語障害の患者さんが話そうとしている内容を読み取るデバイス
脳卒中や筋萎縮性側索硬化症 (Amyotrophic Lateral Sclerosis, ALS) などの疾患で、手足も動かせず、言葉も発せられない患者さん達は、自分の考えていることを周りに伝えることができません。 私が患者さんの立場だったら、 「今思っていることをテレパシーで伝えられたら」 と歯痒い気持ちでいっぱいになると思います。 今回、アメリカ・カリフォルニア大学サンディエゴ […]
【Excel】プルダウンリストから選択し、リスト毎に文字やセルを修飾する
エクセルで情報管理しているときに、時々「これはリストから選べるようにした方が効率的だな」と思う時があります。 例えば私の場合、マウスのジェノタイプを入力するときに、 +/+ +/- -/- と入れていますが、エクセルでは計算式と間違わないために、直前に「’（シングル・クオート）」を入れて下記のように入力しなければなりません。 ‘+/+ ‘+/- ‘- […]
TREM2 を急に減らすとミクログリアの貪食機能が上がり、Aβ プラークが減る
TREM2 (triggering receptor expressed on myeloid cell 2) は、アルツハイマー病 (Alzheimer’s disease, AD) のリスク遺伝子の一つで、 TREM2 の変異をヘテロで持つ人達は、low-of-function で約3倍 AD になりやすいといわれています [1, 2]。 また TREM2 ノックアウトマウスでは、 […]
【Rで統計】Rank 関数を使って非正規分布のデータを解析する
先日、共著者から送られたデータの中に、下記のようなコードがありました。 model <- lm(rank(Data$MMSETotal, ties.method = "average", na.last = "keep") ~ LATE + ADcopath + Phenotype + GlobalAgeOnset + Education + MMSEtoDeath, Data) %> […]
【WordPress】自動整形機能によるPタグが勝手に入らないようにする
ワードプレスには自動整形機能があり、ビジュアルテキストなどで書いた記事に、自動でPタグなどをつけてくれています。 ただ、私のように、別のテキストエディタで記事を書き、ワードプレスのテキストエディタに貼り付けている場合、 <!--コメントアウト--> の部分にも勝手にPタグがついてしまい、余計な空白部分ができて困ります。 プラグイン「Advanced Editor Tool […]
ドナネマブの第3相臨床試験決定：TRAILBLAZER-ALZ3
抗 アミロイドβ 抗体ドナネマブ (Donanemab, LY3002813) の第2相臨床試験の結果を受けて、 イーライリリー (Eli Lilly) とバナー・アルツハイマー病研究所（Banner Alzheimer’s Institute）がドナネマブの第3相試験を行うことを発表しました。 対象者は、 「認知症を発症していないけれども、血漿 p-tau217 が上昇 […]
【Rデータ整理】Factor 内の順序を入れ替える
例えば下記のように、 症例の年齢 Alzheimer’s Disease Neuropathologic Change (ADNC) で10症例のデータフレームを作った場合。 Age <- c(65, 72, 82, 68, 75, 74, 78, 68, 69, 80) ADNC <- c("Intermediate", "High" , "Low" , "Interme […]