ImageJ-Fiji

顕微鏡写真を撮影するときに、予めホワイトバランスをとることは基本ですが、

中には後から見直して、

「あれ?ホワイトバランスとったつもりだったけど……なんか変。」

となる事も……

 

私の場合、今まで使い慣れていた顕微鏡だったら問題ないですが、

最近使用した czi ファイルを Fiji で開くと

「なんか彩度がおかしい……」

という事がありました。

 

photoshop だったら簡単にホワイトバランスをとれますが、最近のこだわりで、できるだけphotoshop を使いたくない……

という事で、

ImageJ / Fiji でホワイトバランスを修正する方法(画像の解像度は落としています)▼

マクロファイルのインストール

GitHubの下記ページにいき、

右上にあるグリーンの「Code ▼ 」をクリックして、マクロファイルをダウンロード。

White Balance-Macromi

Zip ファイルを解凍し、IJM ファイルを ImageJにドラッグ&ドロップで取り込む。

マクロファイルが開く。

画像を RGB に変換

ここが残念なのですが、ホワイトバランスをとりたい画像を RGB に変換しなくてはなりません。

Image
   ↓
Type
   ↓
RGB color

で、RGBに変換します。

imagej-white-balance-3
▲ RGB変換画像には上に(RGB)の表示がつく

ホワイトバランスのマクロを実行

まず、画像上の白い背景の部分を、四角で選択。

imagej-white-balance-4

そして、マクロを Run。

マクロ Run

   ↓

ホワイトバランス後の画像に変わる。

imagej-white-balance-5

ホワイトバランス前のふた手間

出てきた画像をみて、私はがっかり。

せっかく高性能カメラで撮影したのに、色がくすんで見えます。

と、ゆーことで、ホワイトバランス前のふた手間。

カラーバランス

画像を選択し、

Image
   ↓
Adjust
   ↓
Color Balance
   ↓
All を選択 (場合によっては、それぞれのカラーを選択し、画面を見ながら調整する)
   ↓
Auto
   ↓
Apply

Brightness/Contrast

画像を選択し、

Image
   ↓
Adjust
   ↓
Brightness/Contrast
   ↓
Auto
   ↓
Apply

同じホワイトバランス画像でも、この2手間を入れた方が鮮やかさが保たれると思います。

imagej-white-balance-6

 

まあ、でも、ちゃんと撮影した画像に比べると、やっぱり後もう一歩な印象……

やっぱり撮影段階が鍵という事かー。

もう少しいい方法が見つかったらシェアさせていただきます。

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